Gwas gene hautagaien inplikazio funtzionala eritasun zeliakoaren patogenesian

123 p.(eng):129 p.(eusk)La enfermedad celíaca (EC) es una enfermedad autoinmune que se desarrolla en personas con susceptibilidad genética. En los últimos años se han realizado diversos estudios de asociación genómica, en los que se han identificado nuevas regiones asociadas a EC y se han propuesto una larga lista de genes candidato.Los objetivos de esta tesis han sido, por un lado repetir los estudios de asociación en población española y por otro lado hacer un estudio funcional de los genes candidato propuestos.Debido a las diferencias genéticas entre poblaciones, no todas las regiones genéticas aparecen asociadas en cada una de las poblaciones a estudio. En el caso de la población española, hemos obtenido resultados variados. Algunas de las regiones aparecen asociadas y otras no, y además hemos sido capaces de identificar nuevas regiones asociadas en nuestra población.Para el estudio funcional de los genes candidato, hemos analizado la expresión de dichos genes en varios tipos de muestras. Por un lado biopsias intestinales de pacientes celiacos al diagnóstico y tras el tratamiento, y controles no celíacos; y por otro lado poblaciones celulares extraídas de las biopsias de dichos pacientes, con el objetivo de analizar con mayor precisión lo que ocurre en cada uno de los tipos celulares.Los resultados obtenidos demuestran una vez más la complejidad de la EC, ya que la relación entre los genes alterados y los SNPs asociados no es direct

Transcription Factor Binding Site Enrichment Analysis In Co-Expression Modules In Celiac Disease

The aim of this study was to construct celiac co-expression patterns at a whole genome level and to identify transcription factors (TFs) that could drive the gliadin-related changes in coordination of gene expression observed in celiac disease (CD). Differential co-expression modules were identified in the acute and chronic responses to gliadin using expression data from a previous microarray study in duodenal biopsies. Transcription factor binding site (TFBS) and Gene Ontology (GO) annotation enrichment analyses were performed in differentially co-expressed genes (DCGs) and selection of candidate regulators was performed. Expression of candidates was measured in clinical samples and the activation of the TFs was further characterized in C2BBe1 cells upon gliadin challenge. Enrichment analyses of the DCGs identified 10 TFs and five were selected for further investigation. Expression changes related to active CD were detected in four TFs, as well as in several of their in silico predicted targets. The activation of TFs was further characterized in C2BBe1 cells upon gliadin challenge, and an increase in nuclear translocation of CAMP Responsive Element Binding Protein 1 (CREB1) and IFN regulatory factor-1 (IRF1) in response to gliadin was observed. Using transcriptome-wide co-expression analyses we are able to propose novel genes involved in CD pathogenesis that respond upon gliadin stimulation, also in non-celiac models.The authors thank the technical and human support provided by SGIker of the UPV/EHU. The work was funded by ISCIII Research Project Grants PI13/01201 and PI16/00258, cofunded by the European Union ERDF/ESF "A way to make Europe" and by Basque Department of Health project 2011/111034 to JRB and Basque Department of Health project 2015/111068 to I.S., N.F.-J. was supported by an IARC Postodctoral Fellowship (FP7 Marie Curie Actions-People-COFUND) and a Postdoctoral Fellowship from the Basque Department of Education. I.R.-G. and A.J.-M. are supported by predoctoral fellowship grants from the UPV/EHU and the Basque Department of Education, respectively

Diferencia esperada de progenie para peso al destete en selección de vaquillas mestizas en Manabí

Objective. Determine the progeny difference expected (DEP) for the weaning weight adjusted to 205 days (PD) in crossbreed Brahman females born in 2016 as selection criteria for future breeders. Materials and methods. It is analyzed 3467 records generated between 1983 and 2016 in the Napo farm (San Vicente, Manabí, Ecuador). The statistical model included the random effect of the father and as fixed effects: breed composition, sex and year of birth. The variance analysis was performed using the GLM procedure of the SAS statistical package. The components of the variance between and within the father to calculate the heritability (h2) of the PD and the breeding values, the MTDFRELM software was used, applying the animal model, through the evaluation system of the Best Linear Unbiased Predictor (BLUP). Results. It was found that the PD average for the 349 females born in 2016 was 173.67±34.23 kg. A highly significant difference (p≤0.01) was found for the random and fixed effects. The h2 for PD was 0.13±0.04. The DEP fluctuated between -6.13 and +5.58 kg with a range between the breeding values ​​of 11.71 kg and an accuracy between 0.50 and 0.72. Conclusions. The low h2 found for PD shows the high influence of non-genetic factors; it is necessary to identify the best crossbreed that adapts to the livestock in order to obtain high performance products in the PD.Objetivo. Se determinó la diferencia esperada de la progenie (DEP) para el peso al destete ajustado a 205 días (PD) en hembras Brahman mestizas nacidas en el año 2016 como criterio de selección de futuras reproductoras. Materiales y métodos. Se analizaron 3467 registros generados entre 1983 y 2016 en la hacienda Napo (San Vicente, Manabí, Ecuador). El modelo estadístico y animal incluyó el efecto aleatorio del padre y como efectos fijos: composición racial, sexo y año de nacimiento. El análisis de la varianza fue realizado mediante el procedimiento GLM del paquete estadístico SAS. Los componentes de la varianza entre y dentro de padre para calcular la heredabilidad (h2) del PD y los valores de cría, se utilizó el software MTDFRELM, a través del sistema de evaluación del Mejor Predictor Lineal Insesgado (BLUP). Resultados. Para las 349 hembras nacidas en 2016 se encontró un promedio para PD de 173.67±34.23 kg. Se halló diferencia altamente significativa (p≤0.01) para los efectos aleatorios y fijos, h2 para PD de 0.13±0.04 y las DEP variaron entre -6.13 y +5.58 kg con rango entre los valores de cría de 11.71 kg y una exactitud entre 0.50 y 0.72. Conclusiones. La baja h2 encontrada para PD manifiesta la alta influencia de los factores no genéticos, sin embargo las hembras con mayor valor DEP pueden mejorar el desempeño en este parámetro; se hace necesario identificar el mejor cruce racial que se adapte a la explotación con el fin de obtener crías con alto rendimiento en el PD

Accuracy in Copy Number Calling by qPCR and PRT: A Matter of DNA

The possible implication of copy number variation (CNV) in the genetic susceptibility to human disease needs to be assessed using robust methods that can be applied at a population scale. In this report, we analyze the performance of the two major techniques, quantitative PCR (qPCR) and paralog ratio test (PRT), and investigate the influence of input DNA amount and template integrity on the reliability of both methods. Analysis of three genes (PRELID1, SYNPO and DEFB4) in a large sample set showed that both methods are prone to false copy number assignments if sufficient attention is not paid to DNA concentration and quality. Accurate normalization of samples is essential for reproducible qPCR because it avoids the effect of differential amplification efficiencies between target and control assays, whereas PRT is generally more sensitive to template degradation due to the fact that longer amplicons are usually needed to optimize sensitivity and specificity of paralog sequence PCR. The use of normalized, high quality genomic DNA yields comparable results with both methods

Gwas gene hautagaien inplikazio funtzionala eritasun zeliakoaren patogenesian

123 p.(eng):129 p.(eusk)La enfermedad celíaca (EC) es una enfermedad autoinmune que se desarrolla en personas con susceptibilidad genética. En los últimos años se han realizado diversos estudios de asociación genómica, en los que se han identificado nuevas regiones asociadas a EC y se han propuesto una larga lista de genes candidato.Los objetivos de esta tesis han sido, por un lado repetir los estudios de asociación en población española y por otro lado hacer un estudio funcional de los genes candidato propuestos.Debido a las diferencias genéticas entre poblaciones, no todas las regiones genéticas aparecen asociadas en cada una de las poblaciones a estudio. En el caso de la población española, hemos obtenido resultados variados. Algunas de las regiones aparecen asociadas y otras no, y además hemos sido capaces de identificar nuevas regiones asociadas en nuestra población.Para el estudio funcional de los genes candidato, hemos analizado la expresión de dichos genes en varios tipos de muestras. Por un lado biopsias intestinales de pacientes celiacos al diagnóstico y tras el tratamiento, y controles no celíacos; y por otro lado poblaciones celulares extraídas de las biopsias de dichos pacientes, con el objetivo de analizar con mayor precisión lo que ocurre en cada uno de los tipos celulares.Los resultados obtenidos demuestran una vez más la complejidad de la EC, ya que la relación entre los genes alterados y los SNPs asociados no es direct

Association of the IL-15 and IL-15Rα genes with celiac disease

Celiac disease is a chronic autoimmune condition triggered by dietary gluten in genetically predisposed individuals and the treatment is a strict gluten-free diet. The major predisposing genes are HLA-DQA1 and HLA-DQB1, but these are not sufficient for disease development. One of the candidate genes worth studying is interleukin (IL)-15 gene, together with its specific receptor, IL-15Rα, as they participate in promoting lymphocyte signaling and survival, and the establishment of appropriate conditions for villous atrophy, then acting as key players in the immunopathogenesis of CD. Here we analyze IL-15 and IL-15Rα genes in samples from the Spanish Consortium for Genetics of Celiac Disease (CEGEC) collection, identifying two regulatory single-nucleotide polymorphisms (SNP) that might be associated with celiac disease: rs4956400 (p-value 0.0112, OR 1.21, 95% CI 1.04–1.40) and rs11100722 (p-value 0.0087, OR 1.24, 95% CI 1.06–1.45), both located upstream the IL15 gene. When the expression of both genes was assessed, these two SNPs were found to be correlated with IL-15 higher protein expression. Besides, rs8177655 from IL15RA was also associated to mRNA IL-15 expression in CD patients. Finally, three SNPs from IL15RA intronic regions, rs2296141, rs3136614 and rs3181148, and another from its 3’UTR region, rs2229135, could be related to the age of diagnosis of celiac disease patients.This study was performed thanks to the grants from the Junta de Castilla y León (VA016A10-2), Instituto de Salud Carlos III FEDER (PI10/01647 and PI13/01201), Basque Dpt. of Health (2011/111034) and FPI-University of Valladolid.Peer Reviewe

Estado fisiológico de los ovarios en bovinos en el Cantón Morona Santiago

En este artículo se evaluó el estado fisiológico de los ovarios de bovinos sacrificados en el camal del cantón Morona Santiago. La información obtenida se analizó mediante estadística descriptiva y se utilizó la prueba de Chi-cuadrado.Se determinó que el 25,7 % de las hembras estaban gestantes y el 74,3 % se encontraron vacías. En el ovario derecho se determinó la mayor proporción de cuerpos lúteos 66,7 %, los cuales difirieron significativamente del número de cuerpos lúteos del ovario izquierdo que presentó el 33,3 %. La presencia de ovarios funcionales, en mayor proporción se encontró en el izquierdo (68,9 %), el cual hace que difiera significativamente de los funcionales del ovario derecho.Se determinó únicamente un cuerpo hemorrágico en el ovario izquierdo. Seencontraron cinco animales con ovarios afuncionales de los cuales dos de ellos estaban en el ovario izquierdo equivalente al 40 % y el 60 % restante estaban en el ovario derecho, que difirieron significativamente. Se concluye que las estructuras encontradas difieren en la frecuencia de aparición entre el ovario izquierdo y el ovario derecho. AbstractIn this article the structure of the ovaries of cattle in the Ecuadorian Amazon is evaluated. The information obtained was analyzed using descriptive  statistics and chi-square method was used. It was determined that 25,7 % of the females were pregnant and those newly initiated puberty period accounted for 74,2 % of which were found all empty. In the right ovary the highest proportion of corpora lutea 66,6 %, which differ significantly from the number of corpora lutea of the left ovary presented 33,3 % was determined. The presence of functioning ovaries, a greater proportion determined on the left 68,9 % which causes differ significantly from the functional to the right ovary. It was also determined only a bleeding body in the left ovary. Five animals with nonfunctional ovaries of which two of them corresponded to the left ovary equal to 40 % and 60 % of these the right ovary, which differ significantly between met. It is concluded that the structures found differ in frequency of occurrence between the left and right ovary ovary

Expected progeny difference for the weaning weight in crossbred heifers selection in Manabí

Objective. Determine the progeny difference expected (DEP) for the weaning weight adjusted to 205 days (PD) in crossbreed Brahman females born in 2016 as selection criteria for future breeders. Materials and methods. It is analyzed 3467 records generated between 1983 and 2016 in the Napo farm (San Vicente, Manabí, Ecuador). The statistical model included the random effect of the father and as fixed effects: breed composition, sex and year of birth. The variance analysis was performed using the GLM procedure of the SAS statistical package. The components of the variance between and within the father to calculate the heritability (h2) of the PD and the breeding values, the MTDFRELM software was used, applying the animal model, through the evaluation system of the Best Linear Unbiased Predictor (BLUP). Results. It was found that the PD average for the 349 females born in 2016 was 173.67±34.23 kg. A highly significant difference (p≤0.01) was found for the random and fixed effects. The h2 for PD was 0.13±0.04. The DEP fluctuated between -6.13 and +5.58 kg with a range between the breeding values of 11.71 kg and an accuracy between 0.50 and 0.72. Conclusion. The low h2 found for PD shows the high influence of non-genetic factors; it is necessary to identify the best crossbreed that adapts to the livestock in order to obtain high performance products in the PD

Diferencia esperada de progenie para peso al destete en selección de vaquillas mestizas en Manabí

ABSTRACT Objective. Determine the progeny difference expected (DEP) for the weaning weight adjusted to 205 days (PD) in crossbreed Brahman females born in 2016 as selection criteria for future breeders. Materials and methods. It is analyzed 3467 records generated between 1983 and 2016 in the Napo farm (San Vicente, Manabí, Ecuador). The statistical model included the random effect of the father and as fixed effects: breed composition, sex and year of birth. The variance analysis was performed using the GLM procedure of the SAS statistical package. The components of the variance between and within the father to calculate the heritability (h2) of the PD and the breeding values, the MTDFRELM software was used, applying the animal model, through the evaluation system of the Best Linear Unbiased Predictor (BLUP). Results. It was found that the PD average for the 349 females born in 2016 was 173.67±34.23 kg. A highly significant difference (p<0.01) was found for the random and fixed effects. The h2 for PD was 0.13±0.04. The DEP fluctuated between -6.13 and +5.58 kg with a range between the breeding values of 11.71 kg and an accuracy between 0.50 and 0.72. Conclusion. The low h2 found for PD shows the high influence of non-genetic factors; it is necessary to identify the best crossbreed that adapts to the livestock in order to obtain high performance products in the PD.RESUMEN Objetivo. Determinar la diferencia esperada de la progenie (DEP) para el peso al destete ajustado a 205 días (PD) en hembras Brahman mestizas nacidas en el año 2016 como criterio de selección de futuras reproductoras. Materiales y métodos. Se analizaron 3467 registros generados entre 1983 y 2016 en la hacienda Napo (San Vicente, Manabí, Ecuador). El modelo estadístico y animal incluyó el efecto aleatorio del padre y como efectos fijos: composición racial, sexo y año de nacimiento. El análisis de la varianza fue realizado mediante el procedimiento GLM del paquete estadístico SAS. Los componentes de la varianza entre y dentro de padre para calcular la heredabilidad (h2) del PD y los valores de cría, se utilizó el software MTDFRELM, a través del sistema de evaluación del Mejor Predictor Lineal Insesgado (BLUP). Resultados. Para las 349 hembras nacidas en 2016 se encontró un promedio para PD de 173.67±34.23 kg. Se halló diferencia altamente significativa (p<0.01) para los efectos aleatorios y fijos, h2 para PD de 0.13 ± 0.04 y las DEP variaron entre -6.13 y +5.58 kg con rango entre los valores de cría de 11.71 kg y una exactitud entre 0.50 y 0.72. Conclusión. La baja h2 encontrada para PD manifiesta la alta influencia de los factores no genéticos, sin embargo las hembras con mayor valor DEP pueden mejorar el desempeno en este parámetro; se hace necesario identificar el mejor cruce racial que se adapte a la explotación con el fin de obtener crías con alto rendimiento en el PD