Periodic orbits 1-5 of quadratic polynomials on a new coordinate plane

While iterating the quadratic polynomial f_{c}(x)=x^{2}+c the degree of the iterates grows very rapidly, and therefore solving the equations corresponding to periodic orbits becomes very difficult even for periodic orbits with a low period. In this work we present a new iteration model by introducing a change of variables into an (u,v)-plane, which changes situation drastically. As an excellent example of this we can compare equations of orbits period four on (x,c)- and (u,v)-planes. In the latter case, this equation is of degree two with respect to u and it can be solved explicitly. In former case the corresponding equation ((((x^{2}+c)^{2}+c)^{2}+c)^{2}+c-x)/((x^{2}+c)^{2}+c-x)=0 is of degree 12 and it is thus much more difficult to solve

Steps in modular specifications for concurrent modules

© 2015 Published by Elsevier B.V.The specification of a concurrent program module is a difficult problem. The specifications must be strong enough to enable reasoning about the intended clients without reference to the underlying module implementation. We survey a range of verification techniques for specifying concurrent modules, in particular highlighting four key concepts: auxiliary state, interference abstraction, resource ownership and atomicity. We show how these concepts combine to provide powerful approaches to specifying concurrent modules

Reasoning with time and data abstractions

In this thesis, we address the problem of verifying the functional correctness of concurrent programs, with emphasis on fine-grained concurrent data structures. Reasoning about such programs is challenging since data can be concurrently accessed by multiple threads: the reasoning must account for the interference between threads, which is often subtle. To reason about interference, concurrent operations should either be at distinct times or on distinct data. We present TaDA, a sound program logic for verifying clients and implementations that use abstract specifications that incorporate both abstract atomicity—the abstraction that operations take effect at a single, discrete instant in time—and abstract disjointness—the abstraction that operations act on distinct data resources. Our key contribution is the introduction of atomic triples, which offer an expressive approach for specifying program modules. We also present Total-TaDA, a sound extension of TaDA with which we can verify total correctness of concurrent programs, i.e. that such programs both produce the correct result and terminate. With Total-TaDA, we can specify constraints on a thread’s concurrent environment that are necessary to guarantee termination. This allows us to verify total correctness for nonblocking algorithms and express lock- and wait-freedom. More generally, the abstract specifications can express that one operation cannot impede the progress of another, a new non-blocking property that we call non-impedance. Finally, we describe how to extend TaDA for proving abstract atomicity for data structures that make use of helping—where one thread is performing an abstract operation on behalf of another—and speculation—where an abstract operation is determined by future behaviour.Open Acces

Homogeneous abundance analysis of dwarf, subgiant and giant FGK stars with and without giant planets

We have analyzed high-resolution and high signal-to-noise ratio optical spectra of nearby FGK stars with and without detected giant planets in order to homogeneously measure their photospheric parameters, mass, age, and the abundances of volatile (C, N, and O) and refractory (Na, Mg, Si, Ca, Ti, V, Mn, Fe, Ni, Cu, and Ba) elements. Our sample contains 309 stars from the solar neighborhood (up to the distance of 100 pc), out of which 140 are dwarfs, 29 are subgiants, and 140 are giants. The photospheric parameters are derived from the equivalent widths of Fe I and Fe II lines. Masses and ages come from the interpolation in evolutionary tracks and isochrones on the HR diagram. The abundance determination is based on the equivalent widths of selected atomic lines of the refractory elements and on the spectral synthesis of C_2, CN, C I, O I, and Na I features. We apply a set of statistical methods to analyze the abundances derived for the three subsamples. Our results show that: i) giant stars systematically exhibit underabundance in [C/Fe] and overabundance in [N/Fe] and [Na/Fe] in comparison with dwarfs, a result that is normally attributed to evolution-induced mixing processes in the envelope of evolved stars; ii) for solar analogs only, the abundance trends with the condensation temperature of the elements are correlated with age and anticorrelated with the surface gravity, which is in agreement with recent studies; iii) as in the case of [Fe/H], dwarf stars with giant planets are systematically enriched in [X/H] for all the analyzed elements, except for O and Ba (the former due to limitations of statistics), confirming previous findings in the literature that not only iron has an important relation with the planetary formation; and iv) giant planet hosts are also significantly overabundant for the same metallicity when the elements from Mg to Cu are combined together.Comment: 20 pages, 16 figures, 8 table

Interface controlled secondary structure changes of the fibril forming peptides B18 and B amyloid

Tese de mestrado. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 199

A labyrinth of mirrors: Orientalisms, immigration and discourses about the nation in Brazil

Este artigo analisa a constituição do orientalismo brasileiro nos séculos XIX e XX, interrogando como diferentes dispositivos discursivos articulam-se em torno de objetos construídos como parte de um “oriente” de modo a produzirem distintos regimes de verdade, projetos de realidade e hierarquias culturais. Esta análise do orientalismo brasileiro mostra como ele constitui um campo de discursos, representações e práticas que refletem os imaginários sociais e as ansiedades culturais que circulavam tanto na sociedade brasileira quanto nas comunidades de imigrantes médio-orientais e seus descendentesThis paper analyzes the constitution of Brazilian orientalism in the late nineteenth and early twentieth century. It interrogates how discrete discursive regimes articulate around objects constructed as part of an imagined “Orient” as well as which regimes of truth, projects of reality, and cultural hierarchies are produced by them. This analysis of Brazilian orientalism shows how it constitutes a field of discourses, representations and practices that create discrete regimes that reflect the social imaginaries and cultural anxieties that circulate in both the Brazilian society and the communities of Middle Eastern immigrants and their descendant

Identification and quantification of the alveolar compartment by confocal laser endomicroscopy in patients with interstitial lung diseases

Tese de mestrado integrado, Engenharia Biomédica e Biofísica (Biofísica Médica e Fisiologia de Sistemas), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2018Doenças Intersticiais Pulmonares (DIP) é um termo que inclui mais de 200 doenças que afectam o parênquima pulmonar, partilhando manifestações clínicas, radiográficas e patológicas semelhantes. Este conjunto de doenças é bastante heterogéneo, apresentando cada tipo de DIP em diferente grau os elementos de inflamação e fibrose: enquanto a inflamação é reflectida pelo aumento de células inflamatórias e presença de nódulos ou edema, a fibrose reflecte-se pelas fibras adicionais de colagénio e elastina. Identificar o tipo de DIP de um doente é um processo difícil, sendo a Discussão Multidisciplinar o actual método de diagnóstico "gold standard": vários médicos especialistas compõem uma equipa multidisciplinar que vai ter em conta os dados clínicos, radiológicos e patológicos disponíveis para chegar a uma conclusão. Estes dados incluem imagens de tomografia computorizada de alta resolução (TCAR), a descrição da lavagem broncoalveolar e, quando possível, dados de biópsias. Apesar do esforço e competência da equipa multidisciplinar, 10% dos pacientes são categorizados como inclassificáveis devido a dados inadequados ou discrepância entre os dados existentes. A maior causa para DIP inclassificáveis é a ausência de dados histopatológicos associada aos riscos das biópsias cirúrgicas. É muito importante determinar a DIP específica de um doente, dadas as suas implicações no tratamento e gestão do mesmo. É particularmente crítica a distinção entre doentes com Fibrose Pulmonar Idiopática (FPI) e doentes sem FPI, dado que há terapias anti-fibróticas – como o Pirfenidone – indicadas para FPI que são extremamente dispendiosas, exigindo certeza no diagnóstico antes de serem prescritas. Além disso, o tratamento com agentes imunossupressores pode funcionar com o grupo dos não-FPI mas aumenta a morte e hospitalizações nos doentes com FPI. A discussão multidisciplinar pode beneficiar da informação adicional oferecida pelo Confocal Laser Endomicroscopy (CLE), uma técnica de imagiologia que torna possível visualizar os alvéolos pulmonares com resolução microscópica de forma minimamente invasiva, através de uma broncoscopia. O laser do CLE tem um comprimento de onda de 488 nm que permite observar a autofluorescência das fibras de elastina. Há evidências de que a quantidade de fibras de elastina é aumentada e a arquitectura destas fibras é alterada na presença de fibrose pulmonar, a qual está associada a algumas doenças intersticiais pulmonares incluindo a fibrose pulmonar idiopática. Até à data, os vídeos de Confocal Laser Endomicroscopy são, na maioria dos casos, analisados apenas visualmente, e pouca informação objectiva e consistente foi conseguida destes vídeos em doentes de DIP. No entanto, é possível obter informação mais relevante dos mesmos, convertendo-os em frames, pré-processando as imagens e extraindo atributos numéricos. Neste projecto, foram obtidas imagens dos alvéolos pulmonares de doentes de DIP através de CLE. O principal objectivo do projecto é melhorar a técnica de CLE e aumentar a sua usabilidade para que no futuro possa contribuir para facilitar a estratificação de doentes com DIP e eventualmente reduzir o número de biópsias pulmonares nestes doentes. Como mencionado, o instrumento de Confocal Laser Endomicroscopy emite uma luz laser azul de 488nm, a qual é reflectida no tecido e reorientada para o sistema de detecção pela mesma lente, passando por um pequeno orifício (pinhole). Isto permite que a luz focada seja recolhida e que feixes provenientes de planos fora de foco sejam excluídos, originando uma resolução microscópica que permite imagens ao nível celular. Quando o CLE é aplicado a imagem pulmonar, é possível observar as paredes alveolares pela autofluorescência natural presente nas fibras de elastina. No estudo clínico subjacente a este estudo, o protocolo de CLE foi aplicado a 20 pacientes, embora 8 tenham sido posteriormente excluídos da análise. Os vídeos de CLE obtidos sofreram duas selecções: uma com base na região onde uma biópsia (usada como referência) foi tirada e outra com base na qualidade técnica das imagens. Depois, os dados foram pré-processados: geraram-se imagens mosaico com um campo de visão alargado e, paralelamente converteram-se as sequências de vídeo em frames. A qualidade da imagem foi melhorada, filtrando o ruído electrónico para que posteriormente pudesse ser aplicada a análise de imagem. Esta análise extraiu valores numéricos que reflectem o estado do espaço alveolar, nomeadamente, variáveis de textura e medições relacionadas com as fibras de elastina. As imagens de CLE obtidas mostraram-se muito interessantes. A resolução é superior à tomografia computorizada de alta resolução e a tridimensionalidade acrescenta informação às biópsias. O facto de permitir feedback em tempo real e observar ao vivo os movimentos naturais da respiração contribui para a análise do estado do doente. A análise de textura feita às imagens serviu-se de um algoritmo de extracção de variáveis de Haralick a partir de uma Gray-Level Co-occurence Matrix (GLCM). Foram extraídas as variáveis de textura Momento Angular Secundário (Energia), Entropia, Momento de Diferença Inversa, Contraste, Variação e Correlação. O algoritmo de Ridge Detection (detecção de linhas) identificou a maior parte das fibras de elastina detectáveis por um observador humano e mediu o Número de Fibras, o seu Comprimento e Largura e o Número de Junções entre fibras, permitindo também calcular a Soma dos Comprimentos de todas as fibras. Estes algoritmos devolveram valores consistentes num processo mais eficiente comparado com um observador humano, conseguindo avaliar em poucos segundos múltiplas variáveis para todo o conjunto de dados. As medições relacionadas com as fibras de elastina pretendiam ajudar a identificar os doentes fibróticos. Era esperado que as fibras dos doentes fibróticos fossem mais largas, mas isso não se observou. Também se previa que este grupo de doentes apresentasse maior número de fibras e junções, mas não houve uma diferença significativa entre grupos. No entanto, quando o grupo fibrótico foi segregado, o número de fibras e junções parece separar a fibrose moderada da fibrose severa. Este resultado é interessante na medida em que sugere que a monitorização do número de fibras/junções com CLE pode potencialmente ser usado como medida de eficácia de medicação anti-fibrótica. Em relação às variáveis de textura, esperava-se que os doentes fibróticos apresentassem valores mais elevados de Entropia, Contraste e Variância e valores inferiores de Momento de Diferença Inversa, dado que o seu tecido pulmonar deveria corresponder a imagens mais complexas e heterogéneas com mais arestas presentes. No entanto, ainda não foi possível estabelecer diferenças significativas entre grupos. Apesar dos resultados com o conjunto de dados usado não ter demonstrado correlações fortes entre as conclusões do CLE e da TCAR/histopatologia, os valores das variáveis em si já contribuem para o estudo das DIP, nomeadamente da sua fisiologia. De facto, a amostra de doentes deste estudo era reduzida, mas com uma amostra maior, espera-se que algumas das varáveis se correlacionem com outras técnicas usadas no diagnóstico e permitam segregar os pacientes em grupos e eventualmente aplicar classificação de dados. Neste momento, é possível especular que algumas variáveis seriam melhores candidatas para um classificador, nomeadamente os Números de Fibras e Junções, a Soma dos Comprimentos das fibras e as variáveis de Haralick Entropia e Energia. O projecto apresentado nesta dissertação foi desenvolvido através de um estágio de 6 meses no departamento de Pneumologia no Academic Medical Center em Amsterdão, Países Baixos. No Academic Medical Center (AMC), fui acompanhada pelos estudantes de doutoramento Lizzy Wijmans - médica - e Paul Brinkman - engenheiro biomédico - e supervisionada pelo Dr. Jouke Annema, MD, PhD, Professor de endoscopia pulmonar. Este grupo de investigação do AMC está focado em técnicas inovadoras de imagiologia do sistema pulmonar e teve a oportunidade de reunir com a empresa MKT –que produz a tecnologia de Confocal Laser Endomicroscopy –, o que enriqueceu a discussão aqui apresentada. Do Departamento de Física da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, fui orientada pelo Prof. Nuno Matela.Interstitial Lung Diseases (ILD) is a heterogeneous group of more than 200 diseases which affect the lung parenchyma. To identify the type of ILD a patient suffers from is a difficult process, and 10% of the patients are categorized as unclassifiable, mostly due to the absence of histopathological data associated with the risks of lung biopsies. The patient specific diagnosis is important because of its implications to the patient treatment and management, being particularly relevant to identify lung fibrosis. The Confocal Laser Endomicroscopy (CLE) can add information to this process. CLE allows to image the lung tissue with a micrometer resolution in a minimally invasive way, through a bronchoscopy. The elastin fibers from the lung alveoli are visible with this technique due to their autofluorescence. Since there is evidence that the amount of elastin fibers increases, and their architecture is altered in lung fibrosis, CLE should be used to extract values reflecting this condition. Thus, the main goal of this project was to improve the CLE technique and increase its usability, by extracting numerical values from the images which would reflect the state of the alveolar space, particularly the elastin fibers. The ILD patients recruited for the study had their lung alveoli imaged with CLE. The CLE movies were selected, pre-processed – were converted into frames, had their image quality enhanced and some mosaics were obtained – and then analyzed. The ridge detection algorithm detected most fibers recognized by a human observer. It allowed the measurement of the Number of Detected Fibers, their Length and Width, the Number of Junctions between fibers and to calculate the Sum from all Fibers’ Lengths. The Gray-Level Co-occurrence Matrix allowed the extraction of the Haralick texture features: Angular Second Moment (Energy), Entropy, Inverse Difference Moment, Contrast, Variance and Correlation. These algorithms produced consistent and unbiased numerical features, in an efficient process which can analyze the entire data set in a few seconds. Regarding the fiber related measurements, it was expected for the fibrotic patients to have wider fibers and a higher number of fibers and junctions. In terms of texture variables, it was expected from the fibrotic patients to present higher values of Entropy, Contrast and Variance, and lower values of Inverse Difference Moment, given their lung tissue should correspond to more complex and heterogeneous images with more ridges present. Due to the small sample size, it was still not possible to stratify patients with this data set. Nevertheless, the measurements presented here already contribute to the study of ILD, helping to understand the disease physiology. It is hoped that in the future, these measurements will aid the diagnosis process specially in those cases when patients cannot undergo a surgical biopsy. Additionally, CLE could potentially be used as an anti-fibrotic medication efficiency measurement tool

Modular termination verification for non-blocking concurrency

© Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2016.We present Total-TaDA, a program logic for verifying the total correctness of concurrent programs: that such programs both terminate and produce the correct result. With Total-TaDA, we can specify constraints on a thread’s concurrent environment that are necessary to guarantee termination. This allows us to verify total correctness for nonblocking algorithms, e.g. a counter and a stack. Our specifications can express lock- and wait-freedom. More generally, they can express that one operation cannot impede the progress of another, a new non-blocking property we call non-impedance. Moreover, our approach is modular. We can verify the operations of a module independently, and build up modules on top of each other