19 research outputs found

    Y-nvestigation: applicazione per analisi geografica della variabilità del cromosoma Y

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    In questi ultimi anni è stato ampiamente dimostrato e riportato dalla letteratura scientifica che, per scopi medico-legali e antropologici, vi è molto spesso la necessità di utilizzare banche dati di DNA mitocondriale e del NRY(regione non ricombinante sul cromosoma Y) in grado di combinare le informazioni sul genoma con informazioni geografiche. La somma di queste due informazioni consente di individuare le regioni nel mondo dove la frequenza di marcatori, o combinazioni di marcatori identici a quelli cercati (ad esempio in una traccia biologica qualsiasi) è più alta, ovvero di attribuire una o più regioni più probabili come origini del soggetto o della traccia. In particolare i marcatori del cromosoma Y ereditati nella linea paterna consentono la ricostruzione della storia naturale sulla base delle mutazioni via via acquisite. (permettendo di ipotizzare anche il tracciato territoriale o geografico del cammino percorso dai nostri avi) L'identificazione di sotto-aplogruppi (che fanno riferimento alla variazione della regione non ricombinante del cromosoma Y), la definizione della loro distribuzione geografica e la quantificazione della loro variazione interna, possono dare importanti informazioni sui processi migratori antichi e recenti e su eventi demografici che, avendo lasciato tracce nella struttura genetica delle popolazioni moderne, ce ne raccontano la storia. L'applicazione web sviluppata, chiamata Y-nvestigation, permette, tramite la costruzione di apposite banche dati, di raccogliere informazioni di tipo biologico su tale cromosoma, combinare tali informazioni sul genoma con i relativi dati geografici, esplorare quindi la variazione genetica e la distribuzione geografica dei tipi di cromosomi Y tramite la visualizzazione di mappe principalmente dello spazio eurasiatico

    Y-nvestigation: applicazione per analisi geografica della variabilità del cromosoma Y

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    In questi ultimi anni è stato ampiamente dimostrato e riportato dalla letteratura scientifica che, per scopi medico-legali e antropologici, vi è molto spesso la necessità di utilizzare banche dati di DNA mitocondriale e del NRY(regione non ricombinante sul cromosoma Y) in grado di combinare le informazioni sul genoma con informazioni geografiche. La somma di queste due informazioni consente di individuare le regioni nel mondo dove la frequenza di marcatori, o combinazioni di marcatori identici a quelli cercati (ad esempio in una traccia biologica qualsiasi) è più alta, ovvero di attribuire una o più regioni più probabili come origini del soggetto o della traccia. In particolare i marcatori del cromosoma Y ereditati con la linea paterna consentono la ricostruzione della storia naturale sulla base delle mutazioni via via acquisite. L'identificazione di sotto-aplogruppi (che fanno riferimento alla variazione della regione non ricombinante del cromosoma Y), la definizione della loro distribuzione geografica e la quantificazione della loro variazione interna, possono dare importanti informazioni sui processi migratori antichi e recenti e su eventi demografici che, avendo lasciato tracce nella struttura genetica delle popolazioni moderne, ce ne raccontano la storia. L'applicazione web sviluppata, chiamata Y-nvestigation, permette, tramite la costruzione di apposite banche dati, di raccogliere informazioni di tipo biologico su tale cromosoma, combinare tali informazioni sul genoma con i relativi dati geografici, esplorare quindi la variazione genetica e la distribuzione geografica dei tipi di cromosomi Y tramite la visualizzazione di mappe principalmente dello spazio eurasiatico

    Agammaglobulinemia associated to nasal polyposis due to a hypomorphic RAG1 mutation in a 12 years old boy

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    Recombination-activating gene (RAG) 1 and 2 mutations in humans cause T(-) B(-) NK(+) SCID and Omenn syndrome, but milder phenotypes associated with residual protein activity have been recently described. We report a male patient with a diagnosis of common variable immunodeficiency (CVID) born from non-consanguineous parents, whose immunological phenotype was characterized by severe reduction of B cells and agammaglobulinemia for which several candidate genes were excluded by targeted Sanger sequencing. Next Generation Sequencing revealed two compound heterozygous mutations in the RAG1 gene: the previously described p.R624H, and the novel p.Y728H mutation, as well as the known polymorphism p.H249R. This case reinforces the notion of large phenotypic spectrum in RAG deficiency and opens questions on the management and follow-up of these patients

    First Case of Patient With Two Homozygous Mutations in MYD88 and CARD9 Genes Presenting With Pyogenic Bacterial Infections, Elevated IgE, and Persistent EBV Viremia

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    We described for the first time a female patient with the simultaneous presence of two homozygous mutations in MYD88 and CARD9 genes presenting with pyogenic bacterial infections, elevated IgE, and persistent EBV viremia. In addition to defective TLR/IL1R-signaling, we described novel functional alterations into the myeloid compartment. In particular, we demonstrated a defective production of reactive oxygen species exclusively in monocytes upon E. coli stimulation, the inability of immature mono-derived DCs (iDCs) to differentiate into mature DCs (mDCs) and the incapacity of mono-derived macrophages (MDMs) to resolve BCG infection in vitro. Our data do not provide any evidence for digenic inheritance in our patient, but rather for the association of two monogenic disorders. This case illustrates the importance of using next generation sequencing (NGS) to determine the most accurate and early diagnosis in atypical clinical and immunological phenotypes, and with particular concern in consanguineous families. Indeed, besides the increased susceptibility to recurrent invasive pyogenic bacterial infections due to MYD88 deficiency, the identification of CARD9 mutations underline the risk of developing invasive fungal infections emphasizing the careful monitoring for the occurrence of fungal infection and the opportunity of long-term antifungal prophylaxis. Highlights - Patient with atypical primary immunodeficiency - Clinical manifestations: pyogenic bacterial infections, high IgE level, and persistent EBV viremia - Next-generation sequencing reveals two homozygous mutations in MYD88 and CARD9 genes leading to complete absence of proteins - Monocytes/macrophages function and DC differentiation were severely compromised - NGS has a key role to determine the correct diagnosis in atypical primary immunodeficiency leading to reconsider the individualized treatment

    First Case of Patient With Two Homozygous Mutations in MYD88 and CARD9 Genes Presenting With Pyogenic Bacterial Infections, Elevated IgE, and Persistent EBV Viremia

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    We described for the first time a female patient with the simultaneous presence of two homozygous mutations in MYD88 and CARD9 genes presenting with pyogenic bacterial infections, elevated IgE, and persistent EBV viremia. In addition to defective TLR/IL1R-signaling, we described novel functional alterations into the myeloid compartment. In particular, we demonstrated a defective production of reactive oxygen species exclusively in monocytes upon E. coli stimulation, the inability of immature mono-derived DCs (iDCs) to differentiate into mature DCs (mDCs) and the incapacity of mono-derived macrophages (MDMs) to resolve BCG infection in vitro. Our data do not provide any evidence for digenic inheritance in our patient, but rather for the association of two monogenic disorders. This case illustrates the importance of using next generation sequencing (NGS) to determine the most accurate and early diagnosis in atypical clinical and immunological phenotypes, and with particular concern in consanguineous families. Indeed, besides the increased susceptibility to recurrent invasive pyogenic bacterial infections due to MYD88 deficiency, the identification of CARD9 mutations underline the risk of developing invasive fungal infections emphasizing the careful monitoring for the occurrence of fungal infection and the opportunity of long-term antifungal prophylaxis
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