Infections liées aux mycobactéries du complexe abscessus diagnostiquées chez les patients mucoviscidosiques suivis au CHU de Rouen entre 2004 et 2012

Les mycobactéries du complexe abscessus sont fréquemment impliquées dans les infections respiratoires à mycobactéries non tuberculeuses chez les patients atteints de mucoviscidose. Ces bactéries sont difficiles à identifier de façon fiable au rang d'espèce. Par ailleurs, les mycobactéries du complexe abscessus sont résistantes à haut niveau à de nombreux antibiotiques. Malgré un traitement lourd et agressif, l'éradication de celles-ci est rare. Le laboratoire de microbiologie est confronté à des difficultés pour isoler les mycobactéries non tuberculeuses des prélèvements respiratoires des patients mucoviscidosiques. Notre étude montre qu'une double décontamination associée à l'ensemencement des prélèvements sur milieu Cepaciae permet probablement d'améliorer l'isolement des mycobactéries non tuberculeuses. L'étude rétrospective des dossiers cliniques des patients suivis au CRCM de Rouen de 2004 à 2011 et colonisés/infectés par une mycobactérie non tuberculeuse montre une prédominance des mycobactéries du complexe abscessus par rapport aux mycobactéries du complexe avium-intracellulare.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

Identification des Pseudomonas sp. par spectrométrie de masse type MALDI-TOF

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Cystites : l'antibiorésistance est très dépendante du terrain

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La carte Vitale permet de prédire l'antibiorésistance à l'échelon individuel

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fbl-Typing of Staphylococcus lugdunensis: A Frontline Tool for Epidemiological Studies, but Not Predictive of Fibrinogen Binding Ability

Staphylococcus lugdunensis is increasingly recognized as a potent pathogen, responsible for severe infections with an outcome resembling that of Staphylococcus aureus. Here, we developed and evaluated a tool for S. lugdunensis typing, using DNA sequence analysis of the repeat-encoding region (R-domain) in the gene encoding the fibrinogen (Fg)-binding protein Fbl (fbl-typing). We typed 240 S. lugdunensis isolates from various clinical and geographical origins. The length of the R-domain ranged from 9 to 52 repeats. fbl-typing identified 54 unique 18-bp repeat sequences and 92 distinct fbl-types. The discriminatory power of fbl-typing was higher than that of multilocus sequence typing (MLST) and equivalent to that of tandem repeat sequence typing. fbl-types could assign isolates to MLST clonal complexes with excellent predictive power. The ability to promote adherence to immobilized human Fg was evaluated for 55 isolates chosen to reflect the genetic diversity of the fbl gene. We observed no direct correlation between Fg binding ability and fbl-types. However, the lowest percentage of Fg binding was observed for isolates carrying a 5′-end frameshift mutation of the fbl gene and for those harboring fewer than 43 repeats in the R-domain. qRT-PCR assays for some isolates revealed no correlation between fbl gene expression and Fg binding capacity. In conclusion, this study shows that fbl-typing is a useful tool in S. lugdunensis epidemiology, especially because it is an easy, cost-effective, rapid and portable method (http://fbl-typing.univ-rouen.fr/). The impact of fbl polymorphism on the structure of the protein, its expression on the cell surface and in virulence remains to be determined

Virstatin inhibits biofilm formation and motility of Acinetobacter baumannii

BACKGROUND: Acinetobacter baumannii has emerged as an opportunistic nosocomial pathogen causing infections worldwide. One reason for this emergence is due to its natural ability to survive in the hospital environment, which may be explained by its capacity to form biofilms. Cell surface appendages are important determinants of the A. baumannii biofilm formation and as such constitute interesting targets to prevent the development of biofilm-related infections. A chemical agent called virstatin was recently described to impair the virulence of Vibrio cholerae by preventing the expression of its virulence factor, the toxin coregulated pilus (type IV pilus). The objective of this work was to investigate the potential effect of virstatin on A. baumannii biofilms. RESULTS: After a dose-response experiment, we determined that 100 μM virstatin led to an important decrease (38%) of biofilms formed by A. baumannii ATCC17978 grown under static mode. We demonstrated that the production of biofilms grown under dynamic mode was also delayed and reduced. The biofilm susceptibility to virstatin was then tested for 40 clinical and reference A. baumannii strains. 70% of the strains were susceptible to virstatin (with a decrease of 10 to 65%) when biofilms grew in static mode, whereas 60% of strains respond to the treatment when their biofilms grew in dynamic mode. As expected, motility and atomic force microscopy experiments showed that virstatin acts on the A. baumannii pili biogenesis. CONCLUSIONS: By its action on pili biogenesis, virstatin demonstrated a very promising antibiofilm activity affecting more than 70% of the A. baumannii clinical isolates

Maladie de Lyme (à propos de 1244 sérologies prescrites au CHU de Rouen en 2004)

La maladie de Lyme ou borréliose de Lyme est une maladie protéiforme saisonniere due à une bactérie du complexe Borrelia burgdorferi sensu lato transmise par une tique, Ixodes ricinus. La maladie évolue en trois stades pendant plusieurs années, elle touche différents organes comme la peau, le système nerveux central, les articulations, le coeur ou les yeux. Le diagnostic biologique de la maladie de Lyme repose sur un sérodiagnostic sur sérum ou LCR par des techniques immuno-enzymatiques (ELISA) suivi d'une confirmation par immuno-empreinte pour les tests positifs ou douteux (Western Blot). Le traitement repose sur une antibiothérapie adaptée (cyclines, bétalactamines, macrolides) instaurée le plus précocement possible mais le meilleur traitement reste encore la prévention individuelle de la piqûre de tique par des moyens adaptés. L'analyse des sérodiagnostics prescrits au laboratoire de bactériologie du CHU de Rouen en 2004 a permis d'observer la répartition des différents profils sérologiques en fonction de l'âge des patients comme elle est décrite dans la littérature. Cependant, elle a aussi mis l'accent sur une possible prescription mal ciblée de sérologies de Lyme par certains services cliniques car seules 17,4% des demandes se révèlent être positives.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

Intérêts phylogéniques du polymorphisme de gènes domestiques (multi locus sequence typing) chez le staphylococcus lugdunensis

Staphylococcus lugdunensis est un staphylocoque à coagulase négative décrit pour la première fois en 1988. Cette bactérie, agent pathogène opportuniste, se caractérise par une virulence inhabituelle. S. lugdunensis peut ainsi causer des infections aiguës similaires à celles engendrées par Staphylococcus aureus. Nous avons adapté à une collection de souches invasives de S. lugdunensis représentatives du territoire français une méthode de phylogénie moléculaire, basée sur l'étude du polymorphisme de gènes domestiques par séquençage nucléotidique : la MLST (Multi Locus Sequence Typing). Ce protocole a utilisé les gènesaroE, dat, ddl, gmk, ldh, recA et yqiL et a permis de typer l'ensemble des 87 isolats avec une discrimination satisfaisante. S. lugdunensis est peu variable phylogénétiquement. La structure de sa population est apparue clonale et évoluant par mutations ponctuelles. Cette espèce est soumise à une sélection purifiante, visant à éliminer toute mutation non silencieuse. Notre schéma MLST n'a pas mis en évidence de souches hyper-virulentes. Il a toutefois suggéré l'existence d'une association entre expression de pénicillinase et complexe clonal. Ces tendances devront être confirmées par l'analyse d'un nombre plus important de souches dont des souches de portage, notamment via la mise en ligne sur Internet de notre base de données.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

La rage des chiroptères en France

Dans cette thèse bibliographique, sont tout d'abord rappelées : les caractéristiques virologiques, la classification et l'évolution des Lyssavirus, les méthodes de diagnostic, de typage et d'investigations biologiques appliquées aux virus rabiques et quelques notions fondamentales sur la rage dans le monde. Ensuite, plusieurs éléments de la rage des chauves-souris européennes sont abordés : les espèces de chauves-souris vectrices, la situation précise du phénomène en Europe et en France métropolitaine ainsi que le pouvoir pathogène et le risque de transmission interspécifique. Enfin, le point est fait sur l'efficacité des traitements antirabiques classiques pour prévenir la rage véhiculée par les chauves-souris d'Europe et sur les modalités particulières de prophylaxie de la rage des chiroptères en France.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

Linézolide (caractéristiques d'une molécule représentante d'une nouvelle classe antibiotique, les oxazolidinones)

Le linézolide est le chef de famille d'une nouvelle classe d'antibiotiques sans analogie structurale avec les autres familles d'antibiotiques : les oxazolidinones. Cette molécule de synthèse possède un mécanisme d'action innovant d'inhibition de la synthèse protéique. Il exerce une activité bactériostatique vis-à-vis des principales bactéries à Gram positif, y compris les espèces multirésistantes (S.aureus, S.pneumoniae, E.faecium). Il n'a pas été mis en évidence de développement rapide de résistance à cette molécule. II a obtenu l'AMM aux USA dans le traitement des pneumonies nosocomiales et communautaires, des infections de la peau et des tissus mous, des infections dues aux entérocoques résistants à la vancomycine, ainsi que dans les infections dues à S.aureus résistant à la méticilline. Déjà commercialisé au Royaume Uni, il est en cours d'enregistrement en France. Sur la base de l'activité in vitro, chez l'animal, et des essais cliniques chez l'homme, le linézolide apparaît comme un antibiotique très prometteur.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF