Logic is Metaphysics

Analyzing the position of two philosophers whose views are recognizably divergent, W. O. Quine and M. Dummett, we intend to support a striking point of agreement between them: the idea that our logical principles constitute our principles about what there is, and therefore, that logic is metaphysics

On Quine's Ontology: quantification, extensionality and naturalism (or from commitment to indifference)

Much of the ontology made in the analytic tradition of philosophy nowadays is founded on some of Quine’s proposals. His naturalism and the binding between existence and quantification are respectively two of his very influential metaphilosophical and methodological theses. Nevertheless, many of his specific claims are quite controversial and contemporaneously have few followers. Some of them are: (a) his rejection of higher-order logic; (b) his resistance in accepting the intensionality of ontological commitments; (c) his rejection of first-order modal logic; and (d) his rejection of the distinction between analytic and synthetic statements. I intend to argue that these controversial negative claims are just interconnected consequences of those much more accepted and apparently less harmful metaphilosophical and methodological theses, and that the glue linking all these consequences to its causes is the notion of extensionality

Fusing Audio, Textual and Visual Features for Sentiment Analysis of News Videos

This paper presents a novel approach to perform sentiment analysis of news videos, based on the fusion of audio, textual and visual clues extracted from their contents. The proposed approach aims at contributing to the semiodiscoursive study regarding the construction of the ethos (identity) of this media universe, which has become a central part of the modern-day lives of millions of people. To achieve this goal, we apply state-of-the-art computational methods for (1) automatic emotion recognition from facial expressions, (2) extraction of modulations in the participants' speeches and (3) sentiment analysis from the closed caption associated to the videos of interest. More specifically, we compute features, such as, visual intensities of recognized emotions, field sizes of participants, voicing probability, sound loudness, speech fundamental frequencies and the sentiment scores (polarities) from text sentences in the closed caption. Experimental results with a dataset containing 520 annotated news videos from three Brazilian and one American popular TV newscasts show that our approach achieves an accuracy of up to 84% in the sentiments (tension levels) classification task, thus demonstrating its high potential to be used by media analysts in several applications, especially, in the journalistic domain.Comment: 5 pages, 1 figure, International AAAI Conference on Web and Social Medi

Functional impact of specific miRNAs on γδ T cell development

Tese de mestrado em Biologia Molecular e Genética, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, em 2018O sistema imune é composto por uma variedade de moléculas e células efetoras que protegem o organismo do potencial dano causado por agentes infecciosos e pelas suas toxinas. Entre os vários componentes do sistema imune, os linfócitos apresentam o maior potencial no reconhecimento e destruição de microorganismos e são parte integral da imunidade adaptativa, sendo dotados da especificidade e memória imunológica que lhe são características. Os linfócitos T em particular são responsáveis pela imunidade celular, participando nomeadamente na resposta contra células infectadas ou cancerígenas. Dentro destes, as células T γδ constituem uma população conservada, crucial na produção de citocinas pró-inflamatórias em contextos de (pato)fisiologia, tais como a infecção e o cancro mas também em autoimunidade e homeostase. As células T γδ são pré-programadas no timo em dois subtipos que se distinguem pela produção de interleucina (IL)-17 ou interferão (IFN)-γ, segregados pela expressão do marcador de superfície CD27, e a sua migração do timo para órgãos linfoides e outros tecidos específicos como a derme tem início em ondas de subpopulações distintas ainda na vida embrionária Enquanto as células T γδ produtoras de IFN-γ são essenciais na resposta a infecções intracelulares, como Listeria monocytogenes, as células T γδ produtoras de IL-17 participam na resposta a patogénios extracelulares, como Staphylococcus aureus e Candida albicans. Adicionalmente ao seu papel protetor, estas duas subpopulações participam também em doenças autoimunes, como a esclerose múltipla ou a psoríase. Embora ainda não se conheçam os mecanismos subjacentes à pré-programação da função efetora de células T γδ no timo, estes estão na base da sua participação não-redundante na resposta inflamatória, especialmente na fase inicial, uma vez que lhes permite uma rápida secreção de citocinas após ativação por um estímulo. Os microRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA transcritos a partir do genoma cuja forma madura resulta do processamento pela maquinaria celular no núcleo e no citoplasma. Esta classe de moléculas de RNA não codificante silencia a expressão de genes alvo após emparelhamento com a região 3’ UTR do respetivo RNA mensageiro (mRNA), promovendo a desestabilização dos transcritos ou a inibição da sua tradução. Como um miRNA pode interagir com vários mRNAs e levar à sua inibição, estima-se que mais de metade de todos os genes codificantes de proteínas em mamíferos estejam sujeitos a regulação por miRNAs. A sua contribuição na regulação de redes de expressão génica enquanto reguladores pós-transcricionais tem sido implicada em processos celulares tão fundamentais como a apoptose, o metabolismo, a divisão celular e a diferenciação celular, onde se inclui a diferenciação de linfócitos T. Além da participação crucial em homeostase, a desregulação dos níveis de expressão de miRNAs específicos em determinados tipos celulares tem sido associada a diversas condições patológicas, como as doenças autoimunes e o cancro. Embora vários miRNAs tenham até ao momento sido implicados no controlo da diferenciação e função de muitos tipos de células do sistema imune, nomeadamente na regulação da produção de IFN-γ e IL-17 por outros linfócitos T, pouco se sabe sobre o seu papel nas células T γδ. O nosso grupo descreveu pela primeira vez o papel de um miRNA na regulação da função efetora e plasticidade das células T γδ. Demonstrou-se que as células T γδ CD27-, que geralmente expressam IL-17 mas cuja co-expressão de IFN-γ pode ser induzida em condições inflamatórias como o microambiente tumoral, expressam seletivamente o miR-146a, que inibe a sua produção de IFN-γ através da sua ligação específica à região 3’ UTR do mRNA-alvo Nod1. Tendo em vista o estudo detalhado da regulação da diferenciação de células T γδ efetoras por miRNAs, explorámos uma estratégia independente do uso de marcadores de superfície, que não permitem o isolamento de populações puras de células T γδ produtoras de IL-17 ou IFN-γ. Assim, recorreu-se a uma estirpe de murganho duplo repórter para IL-17 (GFP) e IFN-γ (YFP), a partir da qual foram isoladas populações puras de células T γδ produtoras de IL-17 ou IFN-γ dos órgãos linfóides periféricos tendo os repertórios de miRNA e mRNA sido analisados por NGS “next-generation-sequencing”. Os miRNAs e mRNAs diferencialmente expressos nas duas populações foram integrados bioinformaticamente em redes que permitiram a previsão de 6 miRNAs - miR-7a-5p, miR-92a-1-5p, miR-128-3p, miR-139-5p, miR-677-3p and miR-1949 que reprimem o programa de expressão de IL-17 e 3 miRNAs - miR-322-5p, miR-326-3p and miR-450b-3p – que reprimem o programa de produção de IFN-γ das células T γδ por interação com mRNAs-chave das suas redes de expressão génica. O objectivo desta tese consistiu em analisar os potenciais efeitos destes miRNAs no desenvolvimento das células T γδ em termos da pré-programação no timo conducente à expressão de IL-17 ou IFN-γ. Confirmou-se que os miRNAs previamente selecionados a partir de células T γδ da periferia seguem o mesmo padrão de expressão diferencial nas populações correspondentes de células T γδ no timo fetal pré-programadas para a expressão de IL-17 ou IFN-γ, sugerindo que as assinaturas observadas na periferia são estabelecidas ainda durante o seu desenvolvimento no timo. De seguida, com vista à modulação funcional dos níveis dos miRNAs candidatos, procedeu-se à sua clonagem em retrovírus e estabeleceu-se um modelo de desenvolvimento de células T γδ que permite a modelação dos seus níveis de expressão através da transdução de células progenitoras de fígado fetal em co-cultura com células estromais OP9-DL1. Dado que, mesmo após uma extensa optimização em termos de combinações de citocinas adicionadas em pontos diferentes das co-culturas, não se conseguiram obter células T γδ produtoras de IL-17, que poderá ser uma limitação do sistema, as análises subsequentes foram focadas nos miRNAs envolvidos no programa de expressão de IFN-γ. A sua sobre-expressão nos progenitores em co-cultura com células OP9-DL1 mostrou que o miR-326 e o miR-450b regulam potencialmente o desenvolvimento de células T γδ, através da inibição da produção de IFN-γ. De acordo com esta observação, os níveis de expressão ex vivo de ambos os miRNAs aumentam especificamente em células que no timo fetal entram na via de expressão de IL-17 mas não em células que iniciam a pré-programação para produção de IFN-γ, sugerindo que, à semelhança do miR-146a, tanto o miR-326 como o miR-450b podem diminuir a plasticidade de células T γδ produtoras de IL-17, reprimindo a co-expressão de IFN-γ e mantendo a sua identidade celular. Mecanisticamente, previu-se que o miR-450b inibisse diretamente o mRNA do IFN-γ ligando-se à sua região 3’ UTR, enquanto o miR-326 inibiria os mRNAs codificantes de três proteínas associadas à produção de IFN-γ, o marcador extracelular CD27 e oa factores de transcrição Egr2 e Eomesodermin (Eomes). Experiências futuras incidirão numa caracterização funcional mais abrangente do efeito dos miRNAs na identidade e função das células T efectoras, bem como na modelação selectiva da produção de IL-17 e IFN-γ por células T γδ pela manipulação dos níveis de miRNAs. Os resultados obtidos poderão revelar interesse terapêutico em patologias associadas não só à desregulação da expressão de miRNAs nestas células mas também à desregulação da sua produção de citocinas. No seu conjunto, os dados descritos nesta tese confirmam a importância da pré-programação que ocorre no timo durante o desenvolvimento de células T γδ e a manutenção da sua assinatura genética na periferia, e revelam dois novos miRNAs que desempenham um papel na regulação da pré-programação funcional de células T γδ, contribuindo para o conhecimento dos mecanismos epigenéticos subjacentes ao controlo da sua função efetora.γδ T cells are key providers of proinflammatory cytokines in various contexts of (patho)physiology. They are pre-programmed in the thymus into distinct subsets producing either interleukin-17 (IL-17) or interferon-γ (IFN-γ), which segregate with CD27 expression. In the periphery, CD27− γδ T cells, which usually express IL-17, can be induced to coexpress IL-17 and IFN-γ under highly inflammatory conditions. We have previously found that miR-146a was selectively enriched in these cells and restricted their IFN-γ production by targeting Nod1 mRNA. In this project we aimed at further dissecting microRNA (miRNA)-mediated regulation of effector γδ T cell differentiation independently of the use of surface markers, which do not allow the isolation of pure populations of IL-17+ or IFN-γ+ γδ T cells. Instead, such pure γδ T cell populations were isolated from the peripheral lymphoid organs of a double reporter IL-17-GFP:IFN-γ-YFP mouse strain and subjected to next generation sequencing analysis of both microRNA and mRNA repertoires, which allowed for the first time the identification of miRNA and mRNA signatures directly associated with cytokine expression. Differentially expressed miRNAs and mRNAs were bioinformatically integrated into networks that allowed the prediction of respectively 6 and 3 miRNAs targeting key determinants of the IL-17 and IFN-γ programs of γδ T cells. In this work, we have validated by real-time quantitative PCR the expression pattern of these miRNAs in the corresponding foetal thymic γδ T cell subsets. Gain-of-function studies based on retroviral transduction of foetal liver progenitor cells co-cultured on OP9-DL1 stromal cells indicated that miR-326 and miR-450b regulate γδ T cell development, namely by inhibiting IFN-γ production. Moreover, both miRNAs levels specifically increased in γδ T cells that pre-commit to the IL-17 pathway but not to the IFN-γ pathway. Overall, by revealing two novel miRNAs with a role in γδ T cell thymic pre-commitment, the data described here support the importance of the thymic pre-programming of γδ T cell development and adds to the epigenetic knowledge of the regulation of γδ T cell effector function

Rhegmatogenous retinal detachment masquerading as exudative panuveitis with intense anterior chamber inflammatory reaction.

Purpose:This is a retrospective case report illustrating the diagnostic and therapeutic challenges associated with a chronic rhegmatogenous retinal detachment masquerading as a severe panuveitis with intense anterior chamber inflammation. We have included clinical features, anterior segment and fundus photography, B-scan ultrasonography, fluorescein angiography, and intraoperative findings. Observations:A 26-year-old male presented with features of unilateral panuveitis: hypotony, anterior segment inflammation (posterior synechiae and anterior chamber cell with fibrin clumping), diffuse choroidal thickening, and retinal detachment. Laboratory investigations for infectious or rheumatologic processes were negative, and empiric systemic corticosteroid therapy was unsuccessful. This prompted suspicion for an alternate primary etiology, and pars plana vitrectomy revealed small retinal breaks as the underlying cause of the retinal detachment and inflammation. Conclusions:Rhegmatogenous retinal detachments are a known cause of intraocular inflammation. Nevertheless, it remains a challenge to recognize retinal breaks in this setting, particularly with robust anterior segment inflammation and posterior findings resembling severe exudative uveitis. Being aware of this unique presentation may prevent delays in diagnosis and have important prognostic implications