Aislamiento e identificación de hongos nematófagos nativos de zonas arroceras de Costa Rica.

El objetivo de la presente investigación fue identifi car hongos nematófagos en fi ncas arroceras de Costa Rica. El estudio se realizó entre los meses de abril del 2008 a agosto de 2009. Fueron analizadas muestras de suelo provenientes de tres regiones productoras de arroz de Costa Rica: Pacífi co Central, Huetar Atlántica y Chorotega, mediante el método de espolvoreado en placa en búsqueda de hongos nematófagos. Los hongos aislados fueron identifi cados como Trichoderma sp., Penicillium sp., Paecilomyces sp., Fusarium oxysporum, Fusarium tabacinum, Fusarium sp., Aspergillus sp., Monacrosporium sp., Gonatobotrys sp., Geotrichium sp., Phythium sp., Cladosporium sp., Curvularia sp., Phoma sp., Oomycete y micelio estéril. Los resultados sugieren una alta diversidad de hongos nematófagos con potencial para ser utilizados como agentes de control biológico

Cálculo de índices de sostenibilidad para una finca dedicada a la producción de café orgánico en San José (Costa, Rica)

En el Cantón de Aserrí (Provincia San José, Costa Rica) se monitoreo la sostenibilidad en la Finca Los Bobos, dedicada a la producción de café orgánico, mediante la utilización de una metodología integrada para evaluar la sostenibilidad en sistemas de producción agropecuarios. El cálculo de índices comprendió la determinación de los valores actuales y de referencia para los indicadores, estandarización, ponderación, agregación y graficación. A través de este método se generó un índice agregado de sostenibilidad que evaluó el desarrollo integral de la Finca Los Bobos en cuatro dimensiones: Ecológica, Económica, Social y Técnica. Los valores extremos de este índice fueron 0 (subóptimo) y 1 (óptimo). Se realizó la medición de 27 indicadores para la dimensión ecológica, 25 para la económica, 20 para la social y 23 para la técnica. Para cada dimensión los componentes con mayor índice de sostenibilidad son: ecológica: humano (1,00); económica: animal (0,90); social: animal (0,99) y vegetal (0,99); y técnica: humano (1,00). El índice agregado de sostenibilidad para las dimensiones fue: dimensión social: 0,91; dimensión ecológica: 0,74; dimensión técnica: 0,74; y dimensión económica: 0,69. El índice agregado de sostenibilidad para el sistema fue de 0,76

Diseño de una matriz de indicadores para evaluar la sostenibilidad de una finca en San José (Costa Rica)

En el Cantón de Aserrí (Provincia San José, Costa Rica) se diseñó una matriz de objetivos e indicadores claves para el monitoreo de la sostenibilidad en la Finca Los Bobos, dedicada a la producción de café orgánico. La comunidad participó activamente en la caracterización del sistema de producción, el diseño del diagrama de flujo y la elaboración de la matriz. Se diseñaron un total de 50 objetivos y 119 indicadores, 14 objetivos y 37 indicadores para la dimensión ecológica, 13 objetivos y 32 indicadores para la dimensión económica, 12 objetivos y 22 indicadores para la dimensión social, y 11 objetivos y 28 indicadores para la dimensión técnica

First report of two Mesocriconema (Nematoda: Criconematidae) species in mulberry trees in Costa Rica

Soil samples were collected from the rhizosphere of mulberry (Morus alba L.) trees, in a 1,000 m2 plot, at the Experimental Farm Santa Lucia, in Barva, Heredia, Costa Rica, in August 2013. The plants showed symptoms of yellowing, declining and poor development. Specimens of two ring nematode were collected from the soil and identified as Mesocriconema sphaerocephalum (Taylor 1936) Loof 1989 and M. anastomoides (Maqbool & Shahina 1985) Loof & De Grisse 1989, based on the morphological and morphometrical analysis of females. Both nematodes have been previously found in Costa Rica. However, this is the first report of nematodes from the Criconematidae family associated to mulberry trees and it provides additional information on the distribution of this phytoparasite

Identificación morfológica y molecular de Meloidogyne javanica en una plantación de papaya (Carica papaya l.) en Pococí, Limón, Costa Rica

Introduction. Meloidogyne is a genus of phytoparasitic nematodes of agricultural importance worldwide. The correct diagnosis must include the use of different identification tools, since it represents many species. Objective. To morphologically and molecularly identify a Meloidogyne population associated with a papaya (Carica papaya L.) plot in Costa Rica. Materials and methods. In April 2015, in Pococi-Limon, galls were detected in the radical system of a papaya plantation. Plant material with root galls were collected, and females, egg masses and juveniles (J2) of Meloidogyne sp. were extracted. Perineal patterns of females were examined as well as their taxonomy. Juvenile stages were morphologically and molecularly identified by RFLP-PCR. An intergenic region of the mitochondrial genome (COII/16S) was amplified with primers C2F3 and 1108 and 1.7 kb PCR products were generated. Results. PCR products subject to endonuclease digestion generated three fragments of 1000, 460 and 250 bp with AluI, five fragments of 660, 600, 150, 105 and 85 bp with the DraI enzyme and there was no cut of the PCR product with the HinfI enzyme, it was 1.7 bp. The use of these techniques allowed the characterization of Meloidogyne javanica associated with the radical system of the crop. Conclusion. The correct identification of a nematode species is essential to prevent its spread to other sites where it is not yet present and it is a relevant aspect to know which of these species are associated with a certain crop, in order to define control strategies.Introducción. Meloidogyne es un género de nematodos fitoparásitos de importancia agrícola mundial. La diagnosis correcta de estas debe incluir el uso de diferentes herramientas de identificación, ya que representa muchas especies. Objetivo. Identificar morfológica y molecularmente una población de Meloidogyne asociada a una parcela de papaya (Carica papaya L.) en Costa Rica. Materiales y métodos. En abril de 2015, en el cantón de Pococí-Limón, se detectaron agallas en el sistema radical de una plantación de papaya. Se recolectaron raíces agalladas y se extrajeron hembras, masas de huevos y juveniles (J2 ) de Meloidogyne sp. Se examinaron patrones perineales de hembras, así como su taxonomía. Los estadios juveniles se identificaron morfológica y molecularmente mediante PCR-RFLP. Se amplificó una región intergénica del genoma mitocondrial (COII/16S) con los imprimadores C2F3 y 1108 y se generaron productos de PCR de 1,7 kb. Resultados. Al tratar los productos de PCR con endonucleasas, se produjeron tres fragmentos, uno de 1000, 460 y 250 pb con la enzima AluI, cinco fragmentos, uno de 660, 600, 150, 105 y 85 pb con la enzima DraI y no hubo corte del producto PCR con la enzima HinfI, es decir, fue de 1,7 pb. Por medio de las técnicas se logró la caracterización de Meloidogyne javanica asociada al sistema radical del cultivo. Conclusión. La correcta identificación de una especie de nematodo es primordial para evitar su propagación a otros sitios donde aún no está presente y es un aspecto relevante para conocer cuáles de esas especies están asociadas a un determinado cultivo, para definir estrategias de combate

Evaluación de arvenses como hospedantes alternos de nematodos fitoparásitos en cafetales en Costa Rica

There is potential for weeds to be alternative hosts of plant-parasitic nematodes (PPN), but a methodology that assesses the phytosanitary risk derived from the presence of weeds in plantations is not available. This research was conducted in order to determine if the presence of weeds in coffee plantations (organic and conventional) represented a phytosanitary risk due to their role as alternative hosts of PPN. The research was developed into two plantations located in Aserrí, San José, Costa Rica during August, 2010. The most important weeds were identified in the plantations, also nematodes of the genera Meloidogyne, Pratylenchus and Helicotylenchus were quantified in soil and roots from selected weeds and coffee plants. A permutational analysis of variance was executed in order to determine the genera of PPN that significantly differed from the ones found in weeds to the ones found in coffee plants. Based on these results, the weeds were classified as: reservoir, trap crop, or weak host of PPN. This classification criterion, in addition to life cycle and type of parasitism of the PPN were used to assign numerical values to the weeds. The values were used to calculate the Phytosanitary Risk Index (PRI) that acquired a maximum value of 10 for the weed Piper umbellatum in the organic plantation, and a maximum value of 24 for Commelina diffusa, Emilia fosbergii, Spananthe paniculata, Delilia biflora, and Spermacoce hirta in the conventional plantation. The results indicated that from a nematological perspective the presence of these weeds in coffee plantation could be a potential risk for coffee plants.Las arvenses pueden ser hospedantes alternos de nematodos fitoparásitos (NF); sin embargo, no existe una metodología que evalúe el riesgo fitosanitario de la presencia de estas en los cultivos. El objetivo de esta investigación fue determinar si las arvenses presentes en dos plantaciones de cafeto (orgánico y convencional) constituyen un riesgo al ser hospedantes alternos de NF. El estudio se llevó a cabo en dos fincas localizadas en Aserrí, San José, Costa Rica, durante agosto de 2010. En las plantaciones se identificaron las arvenses más importantes, se cuantificaron los nematodos de los géneros Meloidogyne, Pratylenchus y Helicotylenchus en suelo y raíz de las arvenses seleccionadas, y en los cafetos. Mediante análisis permutacional de varianza, se determinaron los géneros de NF cuyas poblaciones en arvenses fueron significativamente diferentes de las de cafetos. Con base en estos resultados, las arvenses se clasificaron como: reservorio, trampa, u hospedante poco susceptible de NF. Este criterio de clasificación, además del ciclo de vida y tipo de parasitismo de los NF, fueron utilizados para asignar valores numéricos a las arvenses. Con los valores numéricos se calculó un Índice de Riesgo Fitosanitario (IRF), el cual presentó un valor máximo de 10 para la arvense Oplismenus burnannii en la finca orgánica, y un valor máximo de 24 para Commelina diffusa, Emilia fosbergii, Delilia biflora y Spermacoce hirta, en la finca convencional. Los resultados indican que la presencia de estas arvenses en cafetales puede constituir un riesgo potencial para los cafetos desde el punto de vista nematológico

Evaluación de arvenses como hospedantes alternos de nematodos fitoparásitos en cafetales en Costa Rica

Las arvenses pueden ser hospedantes alternos de nematodos fitoparásitos (NF); sin embargo, no existe una metodología que evalúe el riesgo fitosanitario de la presencia de estas en los cultivos. El objetivo de esta investigación fue determinar si las arvenses presentes en dos plantaciones de cafeto (orgánico y convencional) constituyen un riesgo al ser hospedantes alternos de NF. El estudio se llevó a cabo en dos fincas localizadas en Aserrí, San José, Costa Rica, durante agosto de 2010. En las plantaciones se identificaron las arvenses más importantes, se cuantificaron los nematodos de los géneros Meloidogyne, Pratylenchus y Helicotylenchus en suelo y raíz de las arvenses seleccionadas, y en los cafetos. Mediante análisis permutacional de varianza, se determinaron los géneros de NF cuyas poblaciones en arvenses fueron significativamente diferentes de las de cafetos. Con base en estos resultados, las arvenses se clasificaron como: reservorio, trampa, u hospedante poco susceptible de NF. Este criterio de clasificación, además del ciclo de vida y tipo de parasitismo de los NF, fueron utilizados para asignar valores numéricos a las arvenses. Con los valores numéricos se calculó un Índice de Riesgo Fitosanitario (IRF), el cual presentó un valor máximo de 10 para la arvense Oplismenus burnannii en la finca orgánica, y un valor máximo de 24 para Commelina diffusa, Emilia fosbergii, Delilia biflora y Spermacoce hirta, en la finca convencional. Los resultados indican que la presencia de estas arvenses en cafetales puede constituir un riesgo potencial para los cafetos desde el punto de vista nematológico

Morphological, morphometric and molecular identification of Meloidogyne exigua (Göeldi 1887) in coffee (Coffea arabica)

Introducción. El género Meloidogyne contiene muchas especies y el diagnóstico correcto de estas debe basarse en el uso de múltiples herramientas, mismas que en laboratorios de diagnóstico permiten una evaluación correcta y confiable, especialmente cuando podría tratarse de nematodos cuarentenarios. La identificación adecuada de un fitonematodo es importante no solo para establecer una apropiada estrategia de control, sino que también para evitar su diseminación a otras áreas donde podría provocar daños que se traducirían en pérdidas económicas. Objetivo. Realizar estudios taxonómicos y moleculares para confirmar la especie de Meloidogyne, asociada a una plantación de café en la localidad de San Pedro de Barva, Heredia. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de suelo y raíz en una plantación de café ubicada en Barva, Heredia, Costa Rica, las cuales se procesaron en el laboratorio de Nematología de la Escuela de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional (UNA), por el método centrifugación-flotación en solución azucarada y técnicas moleculares. Resultados. En promedio se contabilizaron 30 J2 en 100 cc-1 en suelo y 1000 J2 en 10 g-1 de raíces del nematodo agallador. Tanto las técnicas taxonómicas como moleculares permitieron identificar que las hembras y juveniles extraídos de raíces de café correspondieron a Meloidogyne exigua. El análisis de las secuencias generadas mediante PCR y el uso de la enzima Dral confirmaron la identidad de la especie con un 99 % de similitud al compararla con secuencias de Costa Rica y Nicaragua, reportadas en el Genbank. Conclusión. Mediante el uso de diferentes técnicas morfométricas y moleculares se identificó a M. exigua asociada a una plantación de café.Introduction. The genus Meloidogyne contains many species and their correct diagnosis of these must be based on the use of multiple tools, which in diagnostic laboratories allow a correct and reliable evaluation, specially for quarantine nematodes. The proper identification of a phytonematode is important not only to establish an appropriate control strategy, but also to avoid its spread to other areas where it could cause damage that would result in economic losses. Objective. To perform taxonomic and molecular studies to confirm the Meloidogyne species, associated to a coffee plantation located in Barva, Heredia. Materials and methods. Soil and root samples were collected in a coffee plantation located in Barva, Heredia, Costa Rica, which were processed in the Nematology laboratory of the School of Agricultural Sciences at the Universidad Nacional (UNA), using the centrifugation-flotation method in sugary solution and molecular techniques. Results. On average, 30 J2 100 cc-1 were counted in soil and 1000 J2 10 g-1 of roots of the root-knot nematode. Taxonomic and molecular techniques allowed to identify that the females and juveniles extracted from coffee roots corresponded to Meloidogyne exigua. Analysis of the sequences generated by PCR and the use of the DraI enzyme confirmed the identity of the species with 99 % similarity when compared to sequences from Costa Rica and Nicaragua, reported in the Genbank. Conclusion. Using different morphometric and molecular techniques, M. exigua associated with a coffee plantation was identified.Universidad Nacional, Costa RicaEscuela de Ciencias Agraria

Identificación morfológica, morfométrica y molecular de Meloidogyne exigua (Göeldi 1887) en café (Coffea arabica)

Introduction. The genus Meloidogyne contains many species and their correct diagnosis of these must be based on the use of multiple tools, which in diagnostic laboratories allow a correct and reliable evaluation, specially for quarantine nematodes. The proper identification of a phytonematode is important not only to establish an appropriate control strategy, but also to avoid its spread to other areas where it could cause damage that would result in economic losses. Objective. To perform taxonomic and molecular studies to confirm the Meloidogyne species, associated to a coffee plantation located in Barva, Heredia. Materials and methods. Soil and root samples were collected in a coffee plantation located in Barva, Heredia, Costa Rica, which were processed in the Nematology laboratory of the School of Agricultural Sciences at the Universidad Nacional (UNA), using the centrifugation-flotation method in sugary solution and molecular techniques. Results. On average, 30 J2 100 cc-1 were counted in soil and 1000 J2 10 g-1 of roots of the root-knot nematode. Taxonomic and molecular techniques allowed to identify that the females and juveniles extracted from coffee roots corresponded to Meloidogyne exigua. Analysis of the sequences generated by PCR and the use of the DraI enzyme confirmed the identity of the species with 99 % similarity when compared to sequences from Costa Rica and Nicaragua, reported in the Genbank. Conclusion. Using different morphometric and molecular techniques, M. exigua associated with a coffee plantation was identified.Introducción. El género Meloidogyne contiene muchas especies y el diagnóstico correcto de estas debe basarse en el uso de múltiples herramientas, mismas que en laboratorios de diagnóstico permiten una evaluación correcta y confiable, especialmente cuando podría tratarse de nematodos cuarentenarios. La identificación adecuada de un fitonematodo es importante no solo para establecer una apropiada estrategia de control, sino que también para evitar su diseminación a otras áreas donde podría provocar daños que se traducirían en pérdidas económicas. Objetivo. Realizar estudios taxonómicos y moleculares para confirmar la especie de Meloidogyne, asociada a una plantación de café en la localidad de San Pedro de Barva, Heredia. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de suelo y raíz en una plantación de café ubicada en Barva, Heredia, Costa Rica, las cuales se procesaron en el laboratorio de Nematología de la Escuela de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional (UNA), por el método centrifugaciónflotación en solución azucarada y técnicas moleculares. Resultados. En promedio se contabilizaron 30 J2 en 100 cc-1 en suelo y 1000 J2 en 10 g-1 de raíces del nematodo agallador. Tanto las técnicas taxonómicas como moleculares permitieron identificar que las hembras y juveniles extraídos de raíces de café correspondieron a Meloidogyne exigua. El análisis de las secuencias generadas mediante PCR y el uso de la enzima Dral confirmaron la identidad de la especie con un 99 % de similitud al compararla con secuencias de Costa Rica y Nicaragua, reportadas en el Genbank. Conclusión. Mediante el uso de diferentes técnicas morfométricas y moleculares se identificó a M. exigua asociada a una plantación de café

Identificación morfométrica y molecular de nematodos lesionadores de la raíz de Costa Rica. Nematropica

[EN] Root-lesion nematodes, Pratylenchus spp., are among the top three most significant nematode parasites of a wide range of vascular plants including several economically important crops. There are more than 100 described species. Identification at the species level is difficult due to morphological similarities and overlapping morphometric characters. This research was carried out between 2017 and 2019 with the aim of identifying Pratylenchus species associated with four crops in Costa Rica. Species of Pratylenchus were identified by their morphological features and with molecular methods. For molecular analysis, rDNA 28S expansion segments D2-D3 were amplified by PCR with D2A and D3B primers and the ITS1 region with the 18S and rDNA1 primers, which were subsequently sent for sequencing. Phylogenetic relationships between Pratylenchus species were established by Bayesian Inference, based on the sequences analyzed. Three species of Pratylenchus were detected: P. brachyurus associated with pineapple (Ananas comosus), P. coffeae with plantain (Musa paradisiaca), and P. zeae associated with rice (Oryza sativa) and star grass (Cynodon nlemfuensis). Of the three Pratylenchus species identified in this research, this is the first report of P. zeae associated with star grass in Costa Rica, however, this species had already been reported in rice in the country.[ES] Los nematodos lesionadores de raíces Pratylenchus spp. se encuentran entre las tres plagas de nematodos más importantes que parasitan una amplia gama de plantas vasculares, incluidos varios cultivos de importancia económica. Hay más de 100 especies descritas. La identificación a nivel de especie es difícil debido a las similitudes morfológicas y los caracteres morfométricos superpuestos. La presente investigación se llevó a cabo entre el 2017 y el 2019 con el objetivo de identificar especies de Pratylenchus asociadas a cuatro cultivos en Costa Rica. Se identificaron especies de Pratylenchus por sus características morfológicas y con métodos moleculares. Para los análisis moleculares se amplificaron por medio de PCR los segmentos de expansión D2-D3 del gen 28S del ADNr utilizando los cebadores D2A y D3B, y la región ITS1 con los cebadores 18S y rDNA1 los cuales posteriormente se enviaron a secuenciar. Se establecieron relaciones filogenéticas entre las especies de Pratylenchus por medio de Inferencia Bayesiana, con base en las secuencias analizadas. Se detectaron tres especies de Pratylenchus: P. brachyurus asociada al cultivo de piña (Ananas comosus L.), P. coffeae asociada con el cultivo de plátano (Musa paradisiaca) y P. zeae asociada a arroz (Oryza sativa) y a un cultivo de pasto estrella. De las tres especies de Pratylenchus identificadas en esta investigación, P. zeae se reporta por primera vez asociada a pasto estrella en Costa Rica; sin embargo, en el cultivo del arroz ya había sido previamente reportada.This research was supported by Laboratorio de Nematología at Universidad Nacional and funds FIDA (Fondo Institucional al Desarrollo Académico) from Universidad Nacional of Costa Rica.Peer reviewe