Identificación morfométrica y molecular de nematodos lesionadores de la raíz de Costa Rica. Nematropica

Abstract

[EN] Root-lesion nematodes, Pratylenchus spp., are among the top three most significant nematode parasites of a wide range of vascular plants including several economically important crops. There are more than 100 described species. Identification at the species level is difficult due to morphological similarities and overlapping morphometric characters. This research was carried out between 2017 and 2019 with the aim of identifying Pratylenchus species associated with four crops in Costa Rica. Species of Pratylenchus were identified by their morphological features and with molecular methods. For molecular analysis, rDNA 28S expansion segments D2-D3 were amplified by PCR with D2A and D3B primers and the ITS1 region with the 18S and rDNA1 primers, which were subsequently sent for sequencing. Phylogenetic relationships between Pratylenchus species were established by Bayesian Inference, based on the sequences analyzed. Three species of Pratylenchus were detected: P. brachyurus associated with pineapple (Ananas comosus), P. coffeae with plantain (Musa paradisiaca), and P. zeae associated with rice (Oryza sativa) and star grass (Cynodon nlemfuensis). Of the three Pratylenchus species identified in this research, this is the first report of P. zeae associated with star grass in Costa Rica, however, this species had already been reported in rice in the country.[ES] Los nematodos lesionadores de raíces Pratylenchus spp. se encuentran entre las tres plagas de nematodos más importantes que parasitan una amplia gama de plantas vasculares, incluidos varios cultivos de importancia económica. Hay más de 100 especies descritas. La identificación a nivel de especie es difícil debido a las similitudes morfológicas y los caracteres morfométricos superpuestos. La presente investigación se llevó a cabo entre el 2017 y el 2019 con el objetivo de identificar especies de Pratylenchus asociadas a cuatro cultivos en Costa Rica. Se identificaron especies de Pratylenchus por sus características morfológicas y con métodos moleculares. Para los análisis moleculares se amplificaron por medio de PCR los segmentos de expansión D2-D3 del gen 28S del ADNr utilizando los cebadores D2A y D3B, y la región ITS1 con los cebadores 18S y rDNA1 los cuales posteriormente se enviaron a secuenciar. Se establecieron relaciones filogenéticas entre las especies de Pratylenchus por medio de Inferencia Bayesiana, con base en las secuencias analizadas. Se detectaron tres especies de Pratylenchus: P. brachyurus asociada al cultivo de piña (Ananas comosus L.), P. coffeae asociada con el cultivo de plátano (Musa paradisiaca) y P. zeae asociada a arroz (Oryza sativa) y a un cultivo de pasto estrella. De las tres especies de Pratylenchus identificadas en esta investigación, P. zeae se reporta por primera vez asociada a pasto estrella en Costa Rica; sin embargo, en el cultivo del arroz ya había sido previamente reportada.This research was supported by Laboratorio de Nematología at Universidad Nacional and funds FIDA (Fondo Institucional al Desarrollo Académico) from Universidad Nacional of Costa Rica.Peer reviewe