130 research outputs found

    Automatic Segmentation of Pressure Images Acquired in a Clinical Setting

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    One of the major obstacles to pressure ulcer research is the difficulty in accurately measuring mechanical loading of specific anatomical sites. A human motion analysis system capable of automatically segmenting a patient\u27s body into high-risk areas can greatly improve the ability of researchers and clinicians to understand how pressure ulcers develop in a hospital environment. This project has developed automated computational methods and algorithms to analyze pressure images acquired in a hospital setting. The algorithm achieved 99% overall accuracy for the classification of pressure images into three pose classes (left lateral, supine, and right lateral). An applied kinematic model estimated the overall pose of the patient. The algorithm accuracy depended on the body site, with the sacrum, left trochanter, and right trochanter achieving an accuracy of 87-93%. This project reliably segments pressure images into high-risk regions of interest

    Niederfrequenzasymptotik und Wirbelstrom-Approximation der verallgemeinerten dissipativen Maxwell-Gleichungen

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    Wir stellen in dieser Arbeit für die Lösung der verallgemeinerten dissipativen Maxwell-Gleichungen im Ganzraum eine Niederfrequenzasymptotik auf. Die Daten stammen aus gewichteten Lebesgue-Räumen und die Dielektrizität und Permeabilität konvergieren asymptotisch im Unendlichen gegen die Identität. Die Leitfähigkeit besitzt beschränkten Träger. Für den zeitharmonischen Fall erarbeiten wir eine Fredholm-Theorie. Dies geschieht über eine Lösungstheorie für Frequenzen aus der unteren komplexen Halbebene, eine a-priori-Abschätzung der Lösungen, das polynomiale Abklingen von Eigenlösungen zu reellen Frequenzen, sowie dem Prinzip der Grenzabsorption. Wir können somit Daten behandeln, die auf Kernen endlicher Dimension senkrecht stehen. Die Elektro-Magneto-Statik im Ganzraum wird aufgrund nicht-entkoppelter Gleichungen in die Behandlung eines Innen- und eines Außenraumproblems mit Übergangsbedingungen überführt. Wir zeigen dabei, dass die Anzahl der Freiheitsgrade, die man beim Lösen des Innenraumproblems hat, genau der Anzahl der Bedingungen zum Lösen des Außenraumproblems entspricht, und diese immer eindeutig einzurichten sind. Bei der Behandlung des Außenraumproblems treten die von Pauly in seiner Dissertation 2003 aufgestellten "Turmformen" auf, die Produkte sogenannter "spherical harmonics" und Radiuspotenzen sind. Diese Turmformen können beim einmaligen statischen Lösen auftreten und dafür sorgen, dass die statischen Lösungen nicht im natürlich gewichteten Sobolev-Raum liegen. Es folgt eine Verallgemeinerung des statischen Lösungsoperators auf Datenräume mit „Turmformenanteilen“. Die Niederfrequenzasymptotik liefert, dass sich das Spektrum des dissipativen Maxwell-Operators in den reellen Zahlen nicht häufen kann, und dass für Daten aus einem speziellen Datenraum die Lösungen in gewichteten Normen gegen die Lösung des entsprechenden statischen Problems konvergieren, wenn die Frequenz gegen 0 konvergiert. Wir können Unterräume dieses speziellen Datenraums identifizieren, für die ein Potenzreihenansatz (Neumannsche Reihe) der zeitharmonischen Lösung bis zu einer gewissen Ordnung durchführbar ist. Unter der Bedingung eines nahe bei Unendlich homogenen Mediums führen wir auf unserem speziellen Datenraum Korrekturoperatoren ein, mit Hilfe derer wir die asymptotische Entwicklung bis zu einer gewissen Ordnung sogar auf unserem ursprünglichen Datenraum durchführen können. Zum Schluss entwickeln wir analog eine Niederfrequenzasymptotik für ein Wirbelstrom-Problem, welches aus den dissipativen Maxwell-Gleichungen durch Weglassen des Verschiebestroms entsteht. Wir erhalten die Lösung des Problems als echte Potenzreihe. Wir zeigen, dass die Asymptotiken der beiden Lösungen in nullter Ordnung immer übereinstimmen, in erster Ordnung nur unter gewissen Voraussetzungen an die Daten und nur für triviale Daten in zweiter Ordnung

    Nucleoside analogue activators of cyclic AMP-independent protein kinase A of Trypanosoma

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    Protein kinase A (PKA), the main effector of cAMP in eukaryotes, is a paradigm for the mechanisms of ligand-dependent and allosteric regulation in signalling. Here we report the orthologous but cAMP-independent PKA of the protozoan Trypanosoma and identify 7-deazanucleosides as potent activators (EC50 >= 6.5 nM) and high affinity ligands (K-D >= 8 nM). A co-crystal structure of trypanosome PKA with 7-cyano-7-deazainosine and molecular docking show how substitution of key amino acids in both CNB domains of the regulatory subunit and its unique C-terminal alpha D helix account for this ligand swap between trypanosome PKA and canonical cAMP-dependent PKAs. We propose nucleoside-related endogenous activators of Trypanosoma brucei PKA (TbPKA). The existence of eukaryotic CNB domains not associated with binding of cyclic nucleotides suggests that orphan CNB domains in other eukaryotes may bind undiscovered signalling molecules. Phosphoproteome analysis validates 7-cyano-7-deazainosine as powerful cell-permeable inducer to explore cAMP-independent PKA signalling in medically important neglected pathogens

    Sequence analysis of the Epstein-Barr virus (EBV) BRLF1 gene in nasopharyngeal and gastric carcinomas

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    <p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Epstein-Barr virus (EBV) has a biphasic infection cycle consisting of a latent and a lytic replicative phase. The product of immediate-early gene BRLF1, Rta, is able to disrupt the latency phase in epithelial cells and certain B-cell lines. The protein Rta is a frequent target of the EBV-induced cytotoxic T cell response. In spite of our good understanding of this protein, little is known for the gene polymorphism of BRLF1.</p> <p>Results</p> <p>BRLF1 gene was successfully amplified in 34 EBV-associated gastric carcinomas (EBVaGCs), 57 nasopharyngeal carcinomas (NPCs) and 28 throat washings (TWs) samples from healthy donors followed by PCR-direct sequencing. Fourteen loci were found to be affected by amino acid changes, 17 loci by silent nucleotide changes. According to the phylogenetic tree, 5 distinct subtypes of BRLF1 were identified, and 2 subtypes BR1-A and BR1-C were detected in 42.9% (51/119), 42.0% (50/119) of samples, respectively. The distribution of these 2 subtypes among 3 types of specimens was significantly different. The subtype BR1-A preferentially existed in healthy donors, while BR1-C was seen more in biopsies of NPC. A silent mutation A/G was detected in all the isolates. Among 3 functional domains, the dimerization domain of Rta showed a stably conserved sequence, while DNA binding and transactivation domains were detected to have multiple mutations. Three of 16 CTL epitopes, NAA, QKE and ERP, were affected by amino acid changes. Epitope ERP was relatively conserved; epitopes NAA and QKE harbored more mutations.</p> <p>Conclusions</p> <p>This first detailed investigation of sequence variations in BRLF1 gene has identified 5 distinct subtypes. Two subtypes BR1-A and BR1-C are the dominant genotypes of BRLF1. The subtype BR1-C is more frequent in NPCs, while BR1-A preferentially presents in healthy donors. BR1-C may be associated with the tumorigenesis of NPC.</p

    Pitfalls of vaccinations with WT1-, Proteinase3- and MUC1-derived peptides in combination with MontanideISA51 and CpG7909

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    T cells with specificity for antigens derived from Wilms Tumor gene (WT1), Proteinase3 (Pr3), and mucin1 (MUC1) have been demonstrated to lyse acute myeloid leukemia (AML) blasts and multiple-myeloma (MM) cells, and strategies to enhance or induce such tumor-specific T cells by vaccination are currently being explored in multiple clinical trials. To test safety and immunogenicity of a vaccine composed of WT1-, Pr3-, and MUC1-derived Class I-restricted peptides and the pan HLA-DR T helper cell epitope (PADRE) or MUC1-helper epitopes in combination with CpG7909 and MontanideISA51, four patients with AML and five with MM were repetitively vaccinated. No clinical responses were observed. Neither pre-existing nor naive WT1-/Pr3-/MUC1-specific CD8+ T cells expanded in vivo by vaccination. In contrast, a significant decline in vaccine-specific CD8+ T cells was observed. An increase in PADRE-specific CD4+ T helper cells was observed after vaccination but these appeared unable to produce IL2, and CD4+ T cells with a regulatory phenotype increased. Taken into considerations that multiple clinical trials with identical antigens but different adjuvants induced vaccine-specific T cell responses, our data caution that a vaccination with leukemia-associated antigens can be detrimental when combined with MontanideISA51 and CpG7909. Reflecting the time-consuming efforts of clinical trials and the fact that 1/3 of ongoing peptide vaccination trails use CpG and/or Montanide, our data need to be taken into consideration

    MEKK1-MKK4-JNK-AP1 Pathway Negatively Regulates Rgs4 Expression in Colonic Smooth Muscle Cells

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    Background: Regulator of G-protein Signaling 4 (RGS4) plays an important role in regulating smooth muscle contraction, cardiac development, neural plasticity and psychiatric disorder. However, the underlying regulatory mechanisms remain elusive. Our recent studies have shown that upregulation of Rgs4 by interleukin (IL)-1b is mediated by the activation of NFkB signaling and modulated by extracellular signal-regulated kinases, p38 mitogen-activated protein kinase, and phosphoinositide-3 kinase. Here we investigate the effect of the c-Jun N-terminal kinase (JNK) pathway on Rgs4 expression in rabbit colonic smooth muscle cells. Methodology/Principal Findings: Cultured cells at first passage were treated with or without IL-1b (10 ng/ml) in the presence or absence of the selective JNK inhibitor (SP600125) or JNK small hairpin RNA (shRNA). The expression levels of Rgs4 mRNA and protein were determined by real-time RT-PCR and Western blot respectively. SP600125 or JNK shRNA increased Rgs4 expression in the absence or presence of IL-1b stimulation. Overexpression of MEKK1, the key upstream kinase of JNK, inhibited Rgs4 expression, which was reversed by co-expression of JNK shRNA or dominant-negative mutants for MKK4 or JNK. Both constitutive and inducible upregulation of Rgs4 expression by SP600125 was significantly inhibited by pretreatment with the transcription inhibitor, actinomycin D. Dual reporter assay showed that pretreatment with SP600125 sensitized the promoter activity of Rgs4 in response to IL-1b. Mutation of the AP1-binding site within Rgs

    Molecular genetic analysis of single nucleotide polymorphisms of immunogenetic receptors and interleukins in historic populations

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    Die Immungenetische Variabilität des Menschen steht im Zentrum des Forschungsinteresses der medizinischen Grundlagenforschung. Eine Vielzahl an Polymorphismen wurde identifiziert, die einen Einfluß auf das Erkrankungs- und Sterberisiko bei verschiedenen Erkrankungen wie auch auf den Erfolg von Therapien haben. Für ein besseres Verständnis der Relevanz der heutigen Variabilität ist die Erhellung des evolutionären Kontextes unerläßlich. Besondere Bedeutung kommt dabei der jüngeren Geschichte der Menschheit mit ihrer dramatischen Expansion der Bevölkerungsgröße innerhalb der letzten Jahrhunderte zu. Dieser ging eine Phase der Bevölkerungsrückgang aufgrund der mittelalterlichen und frühneuzeitlichen Epidemien voraus. Das Feld der aDNA-Analytik ermöglicht über die Untersuchung genetischer Archive den direkten Zugriff auf Daten der Variabilität historischer Populationen. Für die modernen Forschungszweige ergeben sich damit wertvolle Informationen zur Aufklärung von Selektionsereignissen, die die immungenetische Ausstattung europäischer Individuen geformt haben.In der vorliegenden Studie wurden daher die Allelfrequenzen von single nucleotide polymorphisms (SNP) der Interleukine IL6, IL10 und IL4 sowie der Rezeptoren IL4Ra, TLR2 und TLR4 untersucht. Ihre immungenetische Relevanz ist für moderne Bevölkerungen bereits durch Assoziationsstudien belegt. Zentraler Gegenstand der Studie war die Untersuchung eines historischen epidemiologischen Skelettkollektivs aus einem Massengrab der Pestepidemie des Schwarzen Todes im mittelalterlichen Lübeck. Dieses wird verglichen mit einer zeitstellungsnahen und ortsgleichen Serie als nicht-epidemiologischer Kontrolle. Eine ältere Kontrolle, und damit präepidemisch, ist der bronzezeitliche Fundkomplex der Lichtensteinhöhle bei Dorste (Harz), die moderne Bevölkerung wird als postepidemische Kontrolle herangezogen. Die Studie umfaßt damit einen Zeitrahmen von 3000 Jahren Infektionsgeschichte, von der Bronzezeit bis zur Moderne. Erwartet wurde der Nachweis einer Selektion der proinflammatorischen Allele in Zeiten bedeutender epidemischer Ereignisse, wie z. B. des Schwarzen Todes . Damit sollte eine Zunahme der Frequenz der proinflammatorischen Allele bis zur Moderne einhergehen.Aus den Ergebnissen gehen geringe Abweichungen der Allelfrequenzen zwischen damals und heute hervor. Obwohl Trends beobachtbar sind, bestehen nur zwischen einzelnen historischen und der modernen Bevölkerung signifikante Abweichungen. Auffallend ist die hohe Frequenz der antiinflammatorischen Allele der Marker IL6, IL10 und IL4Ra in allen Zeitstellungen. Sie wird als Hinweis auf eine Bedeutung antiinflammatorischer Eigenschaften in historischen Bevölkerungen gewertet. In der Pestserie unterscheiden sich die Verteilungen der Allele des TLR4 D299G und des IL10 G-1087A von der der modernen Bevölkerung. Eine Selektion durch die Pestepidemie wird diskutiert. Die Frequenz des minor alleles 753Q des TLR2 ist in beiden mittelalterlichen Serien höher als in der modernen Bevölkerung. Eine Selektion durch die Pest ist daher unwahrscheinlich, jedoch ist anzunehmen, daß eine Selek- tion mit Reduktion der Allelfrequenz des minor alleles zwischen Mittelalter und Neuzeit stattfand. Der SNP G-2849A des Markers IL10 zeigt eine signifikante Abweichung aller historischen Stichproben zur modernen Bevölkerung. Das heute seltenere proinflammatorische Allel überwiegt in den historischen Serien. Kontinuierliche Veränderungen der Frequenzen zu Gunsten proinflammatorischer Allele über alle Serien wurden nicht beobachtet.Der Einfluß der Epidemiologie der letzten 3000 Jahre, insbesondere der Pest, ist damit geringer als erwartet. Zu überdenken ist damit die Bedeutung der Infektionsgeschichte für die rezente Variabilität. Unklar bleibt aber auch die Eignung rezenter industrieller Bevölkerungen als postepidemische Kontrolle. Abzuklären ist der Einfluß der modernen Medizin und Ernährung. Die Untersuchung einer frühneuzeitlichen Population als postepidemischer Kontrolle bietet sich hier an.Diese Studie zeigt die Möglichkeiten eines Screenings historischer Populationen über mehrere Marker. Dabei kam die Methode der single-base-extension-Reaktion (SBE), auch Minisequencing oder SNaPshot genannt, zum Einsatz, die eine simultane Analyse aller Marker ermöglichte. Sie wurde mit der Analyse von STR des genetischen Fingerabdrucks kombiniert, die den direkten Nachweis der Authentizität der Ergebnisse erlaubt
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