An annotated chromosome-scale reference genome for Eastern black-eared wheatear (Oenanthe melanoleuca).

Pervasive convergent evolution and in part high incidences of hybridization distinguish wheatears (songbirds of the genus Oenanthe) as a versatile system to address questions at the forefront of research on the molecular bases of phenotypic and species diversification. To prepare the genomic resources for this venture, we here generated and annotated a chromosome-scale assembly of the Eastern black-eared wheatear (O. melanoleuca). This species is part of the O. hispanica-complex that is characterized by convergent evolution of plumage coloration and high rates of hybridization. The long-read-based male nuclear genome assembly comprises 1.04 Gb in 32 autosomes, the Z chromosome, and the mitogenome. The assembly is highly contiguous (contig N50: 12.6 Mb; scaffold N50: 70 Mb), with 96% of the genome assembled at chromosome level and 95.5% BUSCO completeness. The nuclear genome was annotated with 18,143 protein-coding genes and 31,333 mRNAs (annotation BUSCO completeness: 98.0%), and about 10% of the genome consists of repetitive DNA. The annotated chromosome-scale reference genome of Eastern black-eared wheatear provides a crucial resource for research into the genomics of adaptation and speciation in an intriguing group of passerines

HELLAS-ALIENS. The invasive alien species of Greece: time trends, origin and pathways

The current paper presents the first effort to organize a comprehensive review of the Invasive Alien Species (IAS) of Greece. For this purpose, a database was developed with fields of information on the taxonomy, origin, ecology and pathways of introduction of terrestrial, freshwater and marine species. Our database includes a) taxa in the Union’s list that are present in Greece, b) taxa already present in Greece and considered to be invasive, and c) taxa highly likely to enter Greece in the next 10 years and become invasive. The Database served as the starting point for the compilation of the National List of Alien Invasive Species (HELLAS-ALIENS) in compliance with the EU Regulation 1143/2014. Overall, the HELLAS-ALIENS comprises 126 species, i.e. 32 terrestrial and freshwater plant species, 14 terrestrial invertebrates, 28 terrestrial vertebrates, 30 freshwater fishes and invertebrates and 22 marine species. Terrestrial invertebrates, birds and mammals are mainly of Asiatic origin. Most of the terrestrial plants have their native geographical distribution in the Americas (North and South). Most of the freshwater invertebrates and fishes are of North American origin, while the majority of the marine species are of Indo-Pacific origin. The first records of IAS concern terrestrial plant species, and date back to the 19th century, while those in freshwater and marine ecosystems seem to have been systematically recorded some decades later. Regarding the pathways of introduction, most of the taxa arrived in Greece or are expected to arrive through escape from confinement and unaided. The majority of the terrestrial, freshwater and marine species have been evaluated as of High-risk for the indigenous biodiversity and only 3% of the species listed have been evaluated of Low-risk. Our results provide an important baseline for management and action plans, as required by the priorities set by the European Union through the Biodiversity Strategy for 2030

Habitat suitability as ecological parameter in the conservation of protection priority species: the case of Asperula baenitzii heldr. ex Boiss

Ενδιαίτημα του είδους αποτελεί ο χώρος και οι ιδιότητες του χώρου στον οποίο απαντά ο πληθυσμός του. Η εξ ορισμού χωρική φύση του ενδιαιτήματος, καθιστά τη μελέτη του ευαίσθητη στη χωρική κλίμακα. Από το επίπεδο του μικροενδιαιτήματος ως το επίπεδο του τοπίου, οι οικολογικές παράμετροι του κατάλληλου ενδιαιτήματος αναμένεται να διαφοροποιούνται ανάλογα με το μέγεθος της χωρικής μονάδας αναφοράς, όσο και για λόγους καθαρά μεθοδολογικούς. Τα μοντέλα καταλληλότητας ενδιαιτήματος σε επίπεδο τοπίου συσχετίζουν στατιστικά την παρουσία ή/και την απουσία του είδους με την κατανομή των ιδιοτήτων του χώρου, χωρίς να λαμβάνουν συνήθως υπόψη τη βιοϊστορία των ειδών. Αντικείμενο της Διατριβής αποτελεί η μελέτη των χαρακτηριστικών του ενδιαιτήματος ενός απειλούμενου φυτικού είδους σε διαφορετικές χωρικές κλίμακες, προκειμένου να εξεταστούν οι οικολογικές παράμετροι που εκφράζουν το κατάλληλο ενδιαίτημά του σε σχέση με τη βιοϊστορία του είδους και να προκύψουν συμπεράσματα που μπορούν να συμβάλλουν στη διατήρησή του. Για την επιλογή του υπό μελέτη είδους αναπτύχθηκε μεθοδολογία αξιολόγησης της προτεραιότητας προστασίας των φυτών στον Εθνικό Δρυμό Πάρνηθας. Συγκεντρώθηκε η δημοσιευμένη πληροφορία για τη χλωρίδα του βουνού και συντάχθηκε κατάλογος που περιλαμβάνει 1132 είδη και υποείδη φυτών. Από τα ενδημικά στην Ελλάδα είδη, για τα οποία η χώρα διαθέτει την αποκλειστική ευθύνη διατήρησής τους, ο Εθνικός Δρυμός Πάρνηθας διαθέτει μεγαλύτερη ευθύνη προστασίας για εκείνα που προστατεύονται μόνο εντός των ορίων του. Μεταξύ αυτών, μεγαλύτερη προτεραιότητα προστασίας διαθέτουν τα είδη με τη μικρότερη περιοχή κατάληψης και τους λιγότερους εκπροσώπους σε συγγενικές ταξινομικές μονάδες στη χλωρίδα της Πάρνηθας. Από τα είδη πρώτης προτεραιότητας προστασίας επιλέχθηκε να μελετηθεί η Asperula baenitzii Heldr. ex Boiss. (Rubiaceae), πολυετές ποώδες είδος, ενδημικό της Αττικής, που σύμφωνα με τη βιβλιογραφία εξαπλώνεται στα όρη Πάρνηθα, Πατέρας και Αιγάλεω. Δεν επιβεβαιώθηκε η παρουσία του είδους στο Αιγάλεω και τη θέση Μυρίνη (Πατέρας), ενώ εντοπίστηκαν δύο νέοι υποπληθυσμοί στην Πάρνηθα. Για τη μελέτη του κατάλληλου μικροενδιαιτήματος της Asperula baenitzii, εκτός από την περιγραφή των βιοτικών (βάθος εδάφους, φυτοκάλυψη) και αβιοτικών (υψόμετρο, έκθεση, κλίση, τύπος υποστρώματος) παραμέτρων του στο χώρο που καταλαμβάνει το κάθε άτομο, εξετάστηκε η συσχέτισή του με την απόδοση των ατόμων. Στο επίπεδο του ατόμου, καταγράφηκαν αυξητικά (διαστάσεις, εμβαδόν, αριθμός βλαστών, μέγιστο ύψος βλαστών) και αναπαραγωγικά (καρποφόροι βλαστοί, αριθμός δίσπερμων και μονόσπερμων καρπών) χαρακτηριστικά. Η ανάλυση αντιστοιχιών (CCA, Canonical Correspondence Analysis) ταξιθέτησε διακριτά τους υποπληθυσμούς της Πάρνηθας από εκείνους του Πατέρα, ερμηνεύοντας τη διασπορά των τιμών των αυξητικών και αναπαραγωγικών χαρακτηριστικών των ατόμων με το βάθος του εδάφους, το υψόμετρο, την έκθεση και τη φυτοκάλυψη. Η απόδοση του ατόμων, όπως εκφράζεται από την παραγωγή σπερμάτων, συσχετίστηκε με στατιστικά σημαντικό τρόπο με χαρακτηριστικά του μικροενδιαιτήματος τους (Spearman test) και διαπιστώθηκε ότι τα άτομα αναπτύσσουν περισσότερα σπέρματα ανά βλαστό και ποιοτικότερα χαρακτηριστικά καρποφορίας (π.χ. ποσοστό δίσπερμων καρπών) στα χαμηλότερα υψόμετρα της κατανομής τους, στις ΒΑ εκθέσεις και στις μεγαλύτερες κλίσεις. Στους μικρούς υποπληθυσμούς της Πάρνηθας το ενδιαίτημα του είδους μελετήθηκε και στο χωρικό επίπεδο της θέσης, εξετάζοντας κατά πόσο τα αβιοτικά και βιοτικά χαρακτηριστικά του διαφοροποιούνται στις άμεσα γειτονικές θέσεις, από όπου το είδος απουσιάζει. Σε μοναδιαίες δειγματοληπτικές επιφάνειες καταγράφηκαν οι παράμετροι που ελέγχθηκαν στο επίπεδο του μικροενδιαιτήματος, μαζί με θερμοκρασιακά χαρακτηριστικά του μικροκλίματος, το οργανικό περιεχόμενο του εδάφους, την εδαφική υγρασία και το pH. Διαπιστώθηκε (Mann-Whitney U test) ότι οι θέσεις παρουσίας της Asperula baenitzii διαθέτουν πιο αβαθή εδάφη σε σχέση με τις γειτονικές τους. Από την παρακολούθηση των πληθυσμών του είδους προέκυψαν νέα στοιχεία που αφορούν στη βιοϊστορία του. Η Asperula baenitzii διαθέτει διμορφικούς βλαστούς με διετή κύκλο ζωής, οι οποίοι αναπτύσσονται με αντίστροφο φαινολογικό πρότυπο από τους τυπικούς εκπροσώπους της Μεσογειακού τύπου φρυγανικής βλάστησης, διαθέτοντας μεγαλύτερη φυλλική επιφάνεια τους καλοκαιρινούς μήνες. Εργαστηριακά, εξετάστηκε η φύτρωση των σπερμάτων της Asperula baenitzii σε διάφορους συνδυασμούς διάρκειας στρωμάτωσης, θερμοκρασίας και φωτός. Στο μικρό δείγμα των σπερμάτων που χρησιμοποιήθηκαν καταγράφηκαν μεγαλύτερα ποσοστά φύτρωσης στους 15°C και δευτερευόντως στους 10°C με την ψυχρή στρωμάτωση να επιταχύνει τη φύτρωση. Η παρουσία φωτός δεν διαφοροποίησε σημαντικά τα ποσοστά φύτρωσης. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα, το είδος φαίνεται να παρουσιάζει στρατηγική για φύτρωση το Χειμώνα, έπειτα από στρωμάτωση στα μεγαλύτερα υψόμετρα της κατανομής του ή νωρίς την Άνοιξη, χωρίς στρωμάτωση, σε χαμηλότερα υψόμετρα. Για την αξιολόγηση της καταλληλότητας ενδιαιτήματος της Asperula baenitzii στο χωρικό επίπεδο του τοπίου αναπτύχθηκε μεθοδολογία σε περιβάλλον Συστημάτων Γεωγραφικών Πληροφοριών. Ως περιοχή μελέτης για την ανάπτυξη του μοντέλου επιλέχθηκε η έκταση που περιβάλλεται από τα όρη Κιθαιρώνας, Πάστρα, Πάρνηθα, Ποικίλο, Αιγάλεω και Πατέρας. Για την περιοχή μελέτης δομήθηκαν ψηφιδωτά θεματικά επίπεδα με μέγεθος φατνίου 30 m στο περιβάλλον του λογισμικού ArcGIS, που αφορούν στην εξάπλωση του είδους, τα τοπογραφικά χαρακτηριστικά (υψόμετρο, έκθεση, κλίση), την ηλιακή ακτινοβολία, διάφορες βιοκλιματικές παραμέτρους θερμοκρασίας και κατακρημνισμάτων, τον τύπο του γεωλογικού υποβάθρου και τις ιδιότητες της βλάστησης. Τα παραπάνω θεματικά επίπεδα αξιοποιήθηκαν από το λογισμικό Biomapper, το οποίο αναπτύσσει μοντέλα καταλληλότητας ενδιαιτήματος με Ανάλυση των Παραγόντων της Οικοθέσης (Ecological Niche Factor Analysis, ENFA). Δοκιμάστηκαν πολλοί συνδυασμοί των παραπάνω θεματικών επιπέδων στη δόμηση μοντέλων, προκειμένου να αποκτηθεί αξιόπιστο μοντέλο και παράλληλα αυτό να δομείται από παραμέτρους που δεν παρουσιάζουν συσχέτιση μεταξύ τους. Το πιο αξιόπιστο μοντέλο δομήθηκε με 8 οικολογικές παραμέτρους: Έκθεση, Κλίση, Ηλιακή Ακτινοβολία, Μέγιστη θερμοκρασία του θερμότερου μήνα του έτους, Κατακρημνίσματα το ξηρότερο 3μηνο του έτους, Δείκτης Φυλλικής Επιφάνειας, Μεικτή Πρωτογενής Παραγωγή και Εμπλουτισμένος Δείκτης Βλάστησης. Το κατάλληλο ενδιαίτημα της Asperula baenitzii εμφανίζεται να διαθέτει σημαντική περιθωριακότητα στην περιοχή μελέτης και να χαρακτηρίζεται από τις θερμότερες και υγρότερες θέσεις, σε μεγαλύτερες κλίσεις και ΒΑ εκθέσεις. Το κατάλληλο ενδιαίτημα του είδους δεν περιορίζεται στις θέσεις των γνωστών υποπληθυσμών του, αλλά καταγράφεται και στα γειτονικά όρη Κιθαιρώνας και Πάστρα. Συμπερασματικά, η Asperula baenitzii εμφανίζεται να διαθέτει χαρακτήρες για να ανταπεξέρχεται περισσότερο στη χειμερινή καταπόνηση, αλλά και επαρκή πλαστικότητα φύτρωσης για να εξαπλώνεται σε μικροενδιαιτήματα χαμηλότερων υψομέτρων, στα οποία παρουσιάζει μεγαλύτερη απόδοση. Τα πορίσματα για το κατάλληλο ενδιαίτημά της συμφωνούν μεταξύ των χωρικών επιπέδων μελέτης ως προς την επιλογή ΒΑ προσανατολισμών και μεγαλύτερων κλίσεων, αλλά η συσχέτιση του κατάλληλου ενδιαιτήματος με κλιματικά χαρακτηριστικά μεγαλύτερων υψομέτρων στο επίπεδο του τοπίου δεν συμφωνεί με την καλύτερη καρποφορία σε μικροενδιαιτήματα χαμηλότερων υψομέτρων. Εγείρονται συνεπώς νέα ερωτήματα για το κατά πόσο η εξάπλωση του είδους μόνο σε ορεινές θέσεις είναι αποτέλεσμα άλλων παραγόντων, που δεν έχουν ενσωματωθεί στο μοντέλο του τοπίου, όπως για παράδειγμα οι δασικές πυρκαγιές της μεσογειακής ζώνης

Utilization of citizen science data to monitor alien species: the box tree moth Cydalima perspectalis (Walker, 1859) (Lepidoptera: Crambidae) invades natural vegetation in Greece

Since the first report of the box tree moth, Cydalima perspectalis (Walker, 1859) (Lepidoptera: Crambidae) in northern Greece in 2013, the pest has gradually expanded its range to a total of eight administrative regions in the country. A survey consisting mainly of citizen science occurrence records provides a new insight on the distribution of the box tree moth in Greece. The data collected circumscribe invasion into boxwood Buxus sempervirens L. stands, especially at Mt Olympus National Park. The updated invasive status and the ecological risks are discussed with particular reference to the Natura 2000 area in Mt Olympus

Alien flora of Europe: species diversity, temporal trends, geographical patterns and research needs

The paper provides the first estimate of the composition and structure of alien plants occurring in the wild in the European continent, based on the results of the DAISIE project (2004-2008), funded by the 6th Framework Programme of the European Union and aimed at "creating an inventory of invasive species that threaten European terrestrial, freshwater and marine environments". The plant section of the DAISIE database is based on national checklists from 48 European countries/regions and Israel; for many of them the data were compiled during the project and for some countries DAISIE collected the first comprehensive checklists of alien species, based on primary data (e.g., Cyprus, Greece, R Y. R. O. Macedonia, Slovenia, Ukraine). In total, the database contains records of 5789 alien plant species in Europe (including those native to a part of Europe but alien to another part), of which 2843 are alien to Europe (of extra-European origin). The research focus was on naturalized species; there are in total 3749 naturalized aliens in Europe, of which 1780 are alien to Europe. This represents a marked increase compared to 1568 alien species reported by a previous analysis of data in Flora Europaea (1964-1980). Casual aliens were marginally considered and are represented by 1507 species with European origins and 872 species whose native range falls outside Europe. The highest diversity of alien species is concentrated in industrialized countries with a tradition of good botanical recording or intensive recent research. The highest number of all alien species, regardless of status, is reported from Belgium (1969), the United Kingdom (1779) and Czech Republic (1378). The United Kingdom (857), Germany (450), Belgium (447) and Italy (440) are countries with the most naturalized neophytes. The number of naturalized neophytes in European countries is determined mainly by the interaction of temperature and precipitation; it increases with increasing precipitation but only in climatically warm and moderately warm regions. Of the nowadays naturalized neophytes alien to Europe, 50% arrived after 1899, 25% after 1962 and 10% after 1989. At present, approximately 6.2 new species, that are capable of naturalization, are arriving each year. Most alien species have relatively restricted European distributions; half of all naturalized species occur in four or fewer countries/regions, whereas 70% of non-naturalized species occur in only one region. Alien species are drawn from 213 families, dominated by large global plant families which have a weedy tendency and have undergone major radiations in temperate regions (Asteraceae, Poaceae, Rosaceae, Fabaceae, Brassicaceae). There are 1567 genera, which have alien members in European countries, the commonest being globally-diverse genera comprising mainly urban and agricultural weeds (e.g., Amaranthus, Chenopodium and Solanum) or cultivated for ornamental purposes (Cotoneaster, the genus richest in alien species). Only a few large genera which have successfully invaded (e.g., Oenothera, Oxalis, Panicum, Helianthus) are predominantly of non-European origin. Conyza canadensis, Helianthus tuberosus and Robinia pseudoacacia are most widely distributed alien species. Of all naturalized aliens present in Europe, 64.1% occur in industrial habitats and 58.5% on arable land and in parks and gardens. Grasslands and woodlands are also highly invaded, with 37.4 and 31.5%, respectively, of all naturalized aliens in Europe present in these habitats. Mires, bogs and fens are least invaded; only approximately 10% of aliens in Euope occur there. Intentional introductions to Europe (62.8% of the total number of naturalized aliens) prevail over unintentional (37.2%). Ornamental and horticultural introductions escaped from cultivation account for the highest number of species, 52.2% of the total. Among unintentional introductions, contaminants of seed, mineral materials and other commodities are responsible for 1091 alien species introductions to Europe (76.6% of all species introduced unintentionally) and 363 species are assumed to have arrived as stowaways (directly associated with human transport but arriving independently of commodity). Most aliens in Europe have a native range in the same continent (28.6% of all donor region records are from another part of Europe where the plant is native); in terms of species numbers the contribution of Europe as a region of origin is 53.2%. Considering aliens to Europe separately, 45.8% of species have their native distribution in North and South America, 45.9% in Asia, 20.7% in Africa and 5.3% in Australasia. Based on species composition, European alien flora can be classified into five major groups: (1) north-western, comprising Scandinavia and the UK; (2) west-central, extending from Belgium and the Netherlands to Germany and Switzerland; (3) Baltic, including only the former Soviet Baltic states; (4) east-central, comprizing the remainder of central and eastern Europe; (5) southern, covering the entire Mediterranean region. The clustering patterns cut across some European bioclimatic zones; cultural factors such as regional trade links and traditional local preferences for crop, forestry and ornamental species are also important by influencing the introduced species pool. Finally, the paper evaluates a state of the art in the field of plant invasions in Europe, points to research gaps and outlines avenues of further research towards documenting alien plant invasions in Europe. The data are of varying quality and need to be further assessed with respect to the invasion status and residence time of the species included. This concerns especially the naturalized/casual status; so far, this information is available comprehensively for only 19 countries/regions of the 49 considered. Collating an integrated database on the alien flora of Europe can form a principal contribution to developing a European-wide management strategy of alien species