41 research outputs found

    Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity

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    The combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management. © 2021, The Author(s)

    Genetic mechanisms of critical illness in COVID-19.

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    Host-mediated lung inflammation is present1, and drives mortality2, in the critical illness caused by coronavirus disease 2019 (COVID-19). Host genetic variants associated with critical illness may identify mechanistic targets for therapeutic development3. Here we report the results of the GenOMICC (Genetics Of Mortality In Critical Care) genome-wide association study in 2,244 critically ill patients with COVID-19 from 208 UK intensive care units. We have identified and replicated the following new genome-wide significant associations: on chromosome 12q24.13 (rs10735079, P = 1.65 × 10-8) in a gene cluster that encodes antiviral restriction enzyme activators (OAS1, OAS2 and OAS3); on chromosome 19p13.2 (rs74956615, P = 2.3 × 10-8) near the gene that encodes tyrosine kinase 2 (TYK2); on chromosome 19p13.3 (rs2109069, P = 3.98 ×  10-12) within the gene that encodes dipeptidyl peptidase 9 (DPP9); and on chromosome 21q22.1 (rs2236757, P = 4.99 × 10-8) in the interferon receptor gene IFNAR2. We identified potential targets for repurposing of licensed medications: using Mendelian randomization, we found evidence that low expression of IFNAR2, or high expression of TYK2, are associated with life-threatening disease; and transcriptome-wide association in lung tissue revealed that high expression of the monocyte-macrophage chemotactic receptor CCR2 is associated with severe COVID-19. Our results identify robust genetic signals relating to key host antiviral defence mechanisms and mediators of inflammatory organ damage in COVID-19. Both mechanisms may be amenable to targeted treatment with existing drugs. However, large-scale randomized clinical trials will be essential before any change to clinical practice

    Smoking behavior among Hispanic adults with diabetes on the United States-Mexico border: a public health opportunity Hábito tabáquico en adultos hispanos con diabetes residentes en la frontera México-Estados Unidos: una oportunidad de salud pública

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    OBJECTIVE: To examine the prevalence of smoking behaviors among adults with diabetes on the United States-Mexico border, to compare these behaviors in U.S. Hispanics and Mexicans with diabetes, and to identify explanations for group differences. METHODS: Data came from the U.S.-Mexico Border Diabetes Prevention and Control Project survey (2001-2002), a stratified, multistage sample representative of the border population. The analytic sample included adults from all racial and ethnic backgrounds with diabetes (n = 665), including 333 Mexicans and 268 U.S. Hispanics. Smoking behaviors were based on self-reports. Age- and gender-specific prevalence of smoking behavior was estimated and logistic regression was used for mediation analysis of group differences. RESULTS: One in five adults with diabetes (20.1%) in the region was a current smoker. Prevalence was higher among Mexicans (26.2%) than U.S. Hispanics (10.1%, P = 0.003); differences were not explained by sociodemographic or healthcare-related characteristics (odds ratio [OR] 3.86, 95% confidence interval [CI] 1.50-9.91, P = 0.004). Younger Mexicans with diabetes (OBJETIVO: Analizar la prevalencia de tabaquismo en adultos con diabetes residentes en la zona fronteriza entre los Estados Unidos y México, comparar este hábito entre los hispanos estadounidenses y los mexicanos con diabetes, y tratar de explicar las diferencias observadas entre ambos grupos. MÉTODOS: Los datos procedieron de la encuesta del Proyecto de Prevención y Control de la Diabetes en la Frontera México-Estados Unidos (2001-2002), llevada a cabo en una muestra estratificada polietápica, representativa de la población fronteriza. La muestra analítica incluyó a adultos con diabetes de todos los orígenes raciales y étnicos (n = 665), incluidos 333 mexicanos y 268 hispanos estadounidenses. La información en cuanto al hábito de fumar fue facilitada por los entrevistados. Se calculó la prevalencia específica de tabaquismo según sexo y edad, y se llevó a cabo el análisis de mediación de las diferencias entre grupos mediante regresión logística. RESULTADOS: En el momento de la encuesta, uno de cada cinco (20,1%) adultos con diabetes de la región era fumador. La prevalencia fue mayor entre los mexicanos (26,2%) que entre los hispanos estadounidenses (10,1%, P = 0,003); estas diferencias no se pudieron explicar por las características sociodemográficas o las relacionadas con la atención de salud (razón de posibilidades [OR] 3,86, intervalo de confianza [IC] de 95% 1,50-9,91, P = 0,004). La probabilidad de que los mexicanos más jóvenes con diabetes (menores de 55 años) fueran fumadores fue cuatro veces mayor que la de los estadounidenses hispanos más jóvenes (32,1% frente a 8,1%, P < 0,001). La probabilidad de que los varones mexicanos con diabetes fumaran fue más del doble que la de los varones hispanos estadounidenses (38,9% frente a 15,8%, P = 0,003). Entre los adultos con diabetes que tenían antecedentes de tabaquismo, 52,5% eran ex fumadores; la probabilidad de que los hispanos estadounidenses con diabetes fueran ex fumadores resultó mayor que la de los mexicanos con diabetes (62,6% frente a 27,5%, P = 0,001). Tras el ajuste por mediadores potenciales se mantuvo una diferencia marginalmente significativa (OR 0,42, IC 95% 0,17-1,08, P = 0,074). CONCLUSIONES: Las intervenciones en materia de tabaquismo en la zona fronteriza deben centrarse en los mexicanos con diabetes, especialmente en los varones jóvenes y adultos. La determinación de las causas que ocasionan las diferencias en el hábito de fumar entre los grupos fronterizos de personas con diabetes puede aportar nuevos datos útiles para futuras intervenciones

    Blood pressure control, hypertension, awareness, and treatment in adults with diabetes in the United States-Mexico border region Control de la presión arterial, hipertensión, concientización y tratamiento en adultos con diabetes de la zona fronteriza entre México y los Estados Unidos

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    OBJETIVE: To determine prevalence of blood pressure control, hypertension, hypertension awareness, and antihypertensive treatment among adults (> 18 years old) with diabetes living in the border region between the United States of America and Mexico, and to explore variation in those variables between all adults on the Mexican side of the border ("Mexicans") and three groups on the U.S. side of the border ("all U.S. adults," "U.S.-born Hispanics," and "Mexican immigrants"). METHODS: Using data from Phase I (February 2001-October 2002) of the U.S.-Mexico Border Diabetes Prevention and Control Project, a prevalence study of type 2 diabetes and its risk factors, age-adjusted prevalence of hypertension-related variables was calculated for the sample (n = 682) and differences between the border groups were examined through logistic regression. RESULTS: Less than one-third of the sample had controlled blood pressure (140/90 mm Hg), and hypertension awareness and treatment were inadequate. After adjusting for demographics, body mass index, and access to health care, there were no differences in blood pressure control, hypertension, hypertension awareness, or treatment between Mexicans and both U.S. adults and Mexican immigrants. However, compared to Mexicans and Mexican immigrants, U.S.-born Hispanics, particularly younger individuals, had the lowest rates of blood pressure control (17.3%) and the highest rates of coexisting hypertension (54.8%). Compared to Mexicans, U.S.-born Hispanics had lower odds of controlled blood pressure (odds ratio [OR] 0.30, 95% confidence interval [CI] 0.09-0.95) and greater odds of hypertension (OR 3.75, 95% CI 1.51-9.29) and hypertension awareness (OR 6.19, 95% CI 1.46-26.15). CONCLUSION: Co-occurrence of diabetes and hypertension is a major public health problem among U.S.-Mexico border residents. The low rate of blood pressure control among various border groups, especially younger U.S.-born Hispanics, suggests that initiatives should aggressively target blood pressure control.OBJETIVO: Determinar la prevalencia del control de la presión arterial, la hipertensión, la concientización en materia de hipertensión y el tratamiento antihipertensivo entre los adultos (> 18 años) con diabetes residentes en la zona fronteriza entre México y los Estados Unidos, y analizar las diferencias de esas variables en todos los adultos del lado mexicano de la frontera ("mexicanos") y tres grupos del lado estadounidense ("todos los adultos estadounidenses", "los hispanos nacidos en los Estados Unidos" y "los inmigrantes mexicanos"). MÉTODOS: A partir de los datos de la primera fase (febrero del 2001 a octubre del 2002) del Proyecto de Prevención y Control de la Diabetes en la Frontera México- Estados Unidos, un estudio sobre la prevalencia de la diabetes tipo 2 y sus factores de riesgo, se calculó en la muestra (n = 682) la prevalencia ajustada por edad de las variables relacionadas con la hipertensión, y se analizaron las diferencias entre los grupos fronterizos mediante regresión logística. RESULTADOS: Menos de un tercio de la muestra tenía una presión arterial controlada ( 140/90 mm de Hg), y la concientización y el tratamiento de la hipertensión eran inadecuados. Tras el ajuste en cuanto a los factores demográficos, el índice de masa corporal y el acceso a la atención de salud, no se observaron diferencias en cuanto al control de la tensión arterial (normotensión), la hipertensión, la concientización en materia de hipertensión o el tratamiento entre los mexicanos y los adultos estadounidenses o los inmigrantes mexicanos. Sin embargo, en comparación con los mexicanos y los inmigrantes mexicanos, los hispanos nacidos en los Estados Unidos, en particular los más jóvenes, presentaban las menores tasas de presión arterial normal (17,3%) y las mayores tasas de hipertensión coexistente (54,8%). En comparación con los mexicanos, la probabilidad de tener una tensión arterial normal era menor entre los hispanos nacidos en los Estados Unidos (razón de posibilidades [OR] 0,30, intervalo de confianza [IC] 95% 0,09-0,95), y eran mayores las probabilidades de hipertensión (OR 3,75, IC 95% 1,51-9,29) y concientización en materia de hipertensión (OR 6,19, IC 95% 1,46-26,15). CONCLUSIONES: La coexistencia de diabetes e hipertensión constituye un importante problema de salud pública en los residentes de la zona fronteriza entre México y los Estados Unidos. La baja tasa de normotensión entre los diversos grupos fronterizos, especialmente en los jóvenes hispanos nacidos en los Estados Unidos, indica que se deben llevar a cabo iniciativas dirigidas enérgicamente hacia el control de la presión arterial

    Disparities in undiagnosed diabetes among United States-Mexico border populations Disparidades en la prevalencia de diabetes no diagnosticada en las poblaciones residentes en la frontera México-Estados Unidos

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    OBJECTIVE: To compare the prevalence of undiagnosed diabetes among populations with diabetes living on the United States (U.S.)-Mexico border, examine explanations for differences between groups, and investigate differences in metabolic outcomes by diagnosis status. METHODS: Data come from the U.S.-Mexico Border Diabetes Prevention and Control Project survey (2001-2002), which used a stratified, multistage design. The sample included 603 adults (18 years or older) with diabetes. Undiagnosed diabetes was defined as a fasting plasma glucose (FPG) value of > 126 mg/dL and no report of diagnosis. Logistic regression was used to compare the odds of being undiagnosed among border populations with diabetes. Metabolic outcomes included FPG, glycosylated hemoglobin, and mean arterial blood pressure. RESULTS: One in four adults with diabetes (25.9%) living on the U.S.-Mexico border was undiagnosed. Mexicans (43.8%) and Mexican immigrants (39.0%) with diabetes were significantly more likely to be undiagnosed than were U.S.-born Hispanics (15.0%; P OBJETIVO: Comparar la prevalencia de diabetes no diagnosticada en la población con diabetes residente en la zona fronteriza entre México y los Estados Unidos; intentar explicar las diferencias entre grupos, e investigar las diferencias de los resultados metabólicos según la situación diagnóstica. MÉTODOS: Los datos proceden de la encuesta del Proyecto de Prevención y Control de la Diabetes en la Frontera México-Estados Unidos (2001-2002), que utilizó un diseño estratificado polietápico. La muestra incluyó a 603 adultos (> 18 años) con diabetes. Se definió como diabetes no diagnosticada una glucemia plasmática en ayunas > 126 mg/dl sin diagnóstico previo. Se utilizó un modelo de regresión logística para comparar la probabilidad de que la diabetes no fuera diagnosticada en las poblaciones fronterizas. Los resultados metabólicos incluyeron la glucemia plasmática en ayunas, la hemoglobina glicosilada (HbA1c) y la presión arterial media. RESULTADOS: Uno de cada cuatro (25,9%) adultos diabéticos residentes en la zona fronteriza entre México y los Estados Unidos no había sido diagnosticado. La probabilidad de que los mexicanos (43,8%) y los inmigrantes mexicanos (39,0%) con diabetes no hubieran sido diagnosticados fue significativamente mayor en comparación con los hispanos nacidos en los Estados Unidos (15,0%; P < 0,05 para cualquiera de las comparaciones) o los blancos no hispanos (6,6%; P < 0,001 para cualquiera de las comparaciones). Los mexicanos con diabetes tenían una probabilidad mayor de no estar diagnosticados que los adultos estadounidenses con diabetes en su conjunto (14,7%; P < 0,001). Tras el ajuste para las covariables sociodemográficas y relacionadas con la atención de salud, se mantuvieron diferencias significativas entre todos los grupos con diabetes en cuanto a la probabilidad de que su diabetes no fuera diagnosticada, excepto cuando se compararon los mexicanos con los hispanos nacidos en los Estados Unidos. En los mexicanos se observó un peor control metabólico y mayores beneficios potenciales en cuanto al control como consecuencia del diagnóstico, en particular en comparación con los grupos estadounidenses con diabetes no diagnosticada. CONCLUSIONES: En la zona fronteriza entre los Estados Unidos y México, las actividades orientadas a mejorar el diagnóstico de la diabetes deben centrarse en las poblaciones mexicanas y de inmigrantes mexicanos
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