Evaluating molecular representations in machine learning models for drug response prediction and interpretability

Machine learning (ML) is increasingly being used to guide drug discovery processes. When applying ML approaches to chemical datasets, molecular descriptors and fingerprints are typically used to represent compounds as numerical vectors. However, in recent years, end-to-end deep learning (DL) methods that can learn feature representations directly from line notations or molecular graphs have been proposed as alternatives to using precomputed features. This study set out to investigate which compound representation methods are the most suitable for drug sensitivity prediction in cancer cell lines. Twelve different representations were benchmarked on 5 compound screening datasets, using DeepMol, a new chemoinformatics package developed by our research group, to perform these analyses. The results of this study show that the predictive performance of end-to-end DL models is comparable to, and at times surpasses, that of models trained on molecular fingerprints, even when less training data is available. This study also found that combining several compound representation methods into an ensemble can improve performance. Finally, we show that a post hoc feature attribution method can boost the explainability of the DL models.This study was supported by the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) under the scope of the strategic funding of UIDB/04469/2020 unit and through a PhD scholarship (SFRH/BD/130913/2017) awarded to Delora Baptista. This research has also been supported by the DeepBio project - ref. NORTE-01-0247-FEDER- 039831, funded by Lisboa 2020, Norte 2020, Portugal 2020 and FEDER - Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

o papel do enfermeiro especialista em enfermagem de reabilitação

A taxa de incidência de complicações decorrentes de longos períodos de imobilidade a que o doente crítico está sujeito tem contribuído significativamente para a redução da sua qualidade de vida, declínio da sua capacidade funcional, aumento dos custos hospitalares, aumento da taxa de mortalidade e necessidades aumentadas de reabilitação, mesmo no período pós-alta hospitalar. Estudos recentes, sobre as suas consequências a longo prazo, têm demonstrado que um número significativo de doentes que sobrevivem à doença crítica apresentam um conjunto de morbilidades significativas. A mobilização precoce tem sido documentada e sustentada pela bibliografia atual como uma intervenção segura, eficaz e eficiente na prevenção dos efeitos nocivos da imobilidade, constituindo um desafio atual para os demais profissionais de reabilitação a estruturação de planos de exercícios específicos, individualizados e devidamente estruturados que deem resposta a esta problemática, por muitos considerada um dos problemas de saúde pública do século XXI. Assim, pesquisas recentes têm recomendado a aplicação de um plano hierarquizado de mobilizações, assim que a condição clínica do doente crítico o permita. À luz do seu Regulamento de Competências Específicas (OE, 2010b), a intervenção do EEER visa promover o diagnóstico precoce e ações preventivas de forma a assegurar a manutenção da capacidade funcional dos seus doentes em qualquer contexto de cuidados, inclusive em ambiente comunitário, pelo que a sua ação na prevenção das complicações da imobilidade no doente crítico deve ser estudada e analisada. Para além disso, deve ser considerado que a prescrição e execução de atividades e exercícios específicos no âmbito da promoção do autocuidado do doente crítico são do domínio da enfermagem de reabilitação, pelo que identificar quais as suas competências no âmbito desta problemática deve ser igualmente avaliado, nomeadamente quando o enfermeiro generalista pretende atingir este nível de desenvolvimento profissional

Avaliação do impacto na estabilidade de um SEE em resultado da presença da produção eólica

Tese de mestrado integrado. Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Major Enegia). Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 201

Health positive outcomes promoted by NNICC: an integrative overview

Communication (nº6) included in symposium: National Network of Integrated Continuous Care: evolution of the dependents health profile. Symposium coordinator: Fernando Petronilho, Escola Superior de Enfermagem da Universidade do Minho.Introduction: The National Network of Integrated Continuous Care (NNICC) was created to provide effective responses to a growing number of people with self-care dependency. Objective: To know the health profile of the dependents and their families, as well as their evolution during NNICC accompaniment. Material and Methods: Exploratory study of quantitative profile with an inter-subject and intra-subject design. The sample includes 891 dependents and family caregivers followed by the NNICC, in Minho, Portugal. Was applied the form “Profile of dependents integrated in the NNICC providers" in admission (A) and clinical discharge (D), during 1 year (between 2013 and 2014) Results: This is an aging population, mainly women, with low education and low income. Despite the dependence pattern manifest different between the typologies, overall are found significant positive health outcomes, in particular a positive development on self-care dependence level and bodily processes. However, these positive health outcomes are different between typologies and more evident in the CU and MDRU, influenced by the higher potential of autonomy reconstruction. The planning formal support after clinic discharge was insufficient, particularly of nurses, despite FC show, overall, potential to take care, there were differences in this training among the different typologies. Conclusion: The NNICC promotes significant positive health outcomes, in the dependents health status. However, we need a better clinic discharge planning, more systematized and professionalized, especially in families that integrate the most dependent patients, for the need of greater complexity and intensity of care to be provided

Performance of ZrO2 -Bioglass Dental Ceramics Under Cyclic Fatigue Loading

A vida em fadiga cíclica de ZrO2 estabilizada com 3%mol.Y2O3 (3YTZP) dopada com vidro biativo foi investigada. Amostras pré-sinterizada 3Y-TZP-biovidro foram sinterizadas a 1300oC por 120 minutos. As amostras sinterizadas foram caracterizadas por densidade relativa, difração de raios X e MEV. Os valores de dureza e tenacidade ä fratura foram determinados usando método de indentação Vickers e o modulo de ruptura por flexão foi realizado em ensaio de flexão em 4 pontos. Além disso, testes de fadiga cíclica foram realizados sob freqüência de 25Hz e razão de tensão de 0,1. Amostras altamente densas de ZrO2 tetragonal foram obtidas e apresentaram dureza, tenacidade a fratura de 11.3GPa, 6.1MPa. m1/2 e 320MPa, respectivamente. O aumento do nível de tensão leva a diminuição do numero de ciclos e o numero de amostras com vida infinita. A tenacificação induzida por transformação de fase tetragonal-monoclinica (t-m), observada por difração de raios X, contribui para o aumento da vida em fadiga. Amostras de 3Y-TZP apresentaram claramente uma faixa de condições de carregamento onde fadiga cíclica pode ser detectada

Evolución de las personas dependientes en el autocuidado acompañadas en la Red Nacional de Cuidados Continuos Integrados

Background: The National Network for Integrated Continuous Care (NNICC) emerged as a response to the increasing aging of the Portuguese population and the consequent increase in the number of self-care dependent individuals. Objectives: To assess the potential for the recovery of autonomy, the evolution of bodily processes impairment, and the level of self-care dependence among dependent individuals admitted to the NNICC. Methodology: A descriptive and exploratory study was conducted using a convenience sample of 891 dependent individuals from 10 NNICC care units within the area of influence of a Local Coordination Team in the region of Minho, Portugal. Results: The results showed a low to moderate potential for the recovery of autonomy. There was a positive evolution in bodily processes impairment and in the level of self-care dependence. The greater potential for the recovery of autonomy is associated with a lower level of bodily processes impairment and a higher self-care independence. Conclusion: The study reveals effective health gains in the health condition of dependent individuals admitted to the NNICC, within its different types of care, which demonstrates its usefulness.Enquadramento: A Rede Nacional de Cuidados Continuados Integrados surgiu como resposta ao crescente envelhecimento da população portuguesa e ao consequente aumento do número de pessoas dependentes no autocuidado. Objetivos: Avaliar o potencial de reconstrução de autonomia, e a evolução do compromisso nos processos corporais e da dependência no autocuidado das pessoas dependentes admitidas na Rede. Metodologia: Estudo descritivo e exploratório, com uma amostra de conveniência constituída por 891 pessoas dependentes, realizado em 10 prestadores de cuidados da Rede da área de abrangência de uma Equipa Coordenadora Local da região Minho de Portugal. Resultados: O potencial de reconstrução de autonomia situa-se entre reduzido a moderado. Verificou-se uma evolução positiva no compromisso nos processos corporais e no nível de dependência no autocuidado. Maior potencial de reconstrução de autonomia está associado a menor compromisso nos processos corporais e a maior independência. Conclusão: O estudo revela ganhos em saúde efetivos na condição de saúde das pessoas dependentes acompanhadas nas diferentes tipologias de cuidados da Rede, o que demonstra a sua utilidade.Marco contextual: La Red Nacional de Cuidados Continuados Integrados surgió como respuesta al creciente envejecimiento de la población portuguesa y al consiguiente aumento del número de personas dependientes en el autocuidado. Objetivos: Evaluar el potencial de reconstrucción de la autonomía, y la evolución del compromiso en los procesos corporales y de dependencia en el autocuidado de las personas dependientes admitidas en la Red. Metodología: Estudio descriptivo y exploratorio, con una muestra de conveniencia constituida por 891 personas dependientes, realizado en 10 prestadores de cuidados de la Red del área de cobertura de un equipo coordinador local de la región del Miño de Portugal. Resultados: El potencial de reconstrucción de la autonomía se sitúa entre reducido y moderado. Se verificó una evolución positiva en el compromiso en los procesos corporales y en el nivel de dependencia en el autocuidado. Un mayor potencial de reconstrucción de la autonomía se asocia con un menor compromiso en los procesos corporales y una mayor independencia. Conclusión: El estudio revela beneficios efectivos en la salud de las personas dependientes acompañadas en las diferentes tipologías de cuidados de la Red, lo que demuestra su utilidad.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Evolution of self-care dependent individuals admitted to the National Network for Integrated Continuous Care

Enquadramento: A Rede Nacional de Cuidados Continuados Integrados surgiu como resposta ao crescente envelhecimento da população portuguesa e ao consequente aumento do número de pessoas dependentes no autocuidado. Objetivos: Avaliar o potencial de reconstrução de autonomia, e a evolução do compromisso nos processos corporais e da dependência no autocuidado das pessoas dependentes admitidas na Rede. Metodologia: Estudo descritivo e exploratório, com uma amostra de conveniência constituída por 891 pessoas dependentes, realizado em 10 prestadores de cuidados da Rede da área de abrangência de uma Equipa Coordenadora Local da região Minho de Portugal. Resultados: O potencial de reconstrução de autonomia situa-se entre reduzido a moderado. Verificou-se uma evolução positiva no compromisso nos processos corporais e no nível de dependência no autocuidado. Maior potencial de reconstrução de autonomia está associado a menor compromisso nos processos corporais e a maior independência. Conclusão: O estudo revela ganhos em saúde efetivos na condição de saúde das pessoas dependentes acompanhadas nas diferentes tipologias de cuidados da Rede, o que demonstra a sua utilidade.Background: The National Network for Integrated Continuous Care (NNICC) emerged as a response to the increasing aging of the Portuguese population and the consequent increase in the number of self-care dependent individuals. Objectives: To assess the potential for the recovery of autonomy, the evolution of bodily processes impairment, and the level of self-care dependence among dependent individuals admitted to the NNICC. Methodology: A descriptive and exploratory study was conducted using a convenience sample of 891 dependent individuals from 10 NNICC care units within the area of influence of a Local Coordination Team in the region of Minho, Portugal. Results: The results showed a low to moderate potential for the recovery of autonomy. There was a positive evolution in bodily processes impairment and in the level of self-care dependence. The greater potential for the recovery of autonomy is associated with a lower level of bodily processes impairment and a higher self-care independence. Conclusion: The study reveals effective health gains in the health condition of dependent individuals admitted to the NNICC, within its different types of care, which demonstrates its usefulness.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Estudo do padrão de consumo de medicamentos pelos estudantes da Universidade de Lisboa

A caracterização do padrão de consumo de medicamentos nos estudantes universitários contribui não só para um melhor conhecimento sobre a sua saúde, mas também para a elaboração de programas que visam o uso racional do medicamento na população em geral, pois são potenciais líderes de opinião das comunidades onde se inserem. Assim, foi efectuado um estudo qualitativo do consumo de medicamentos nos estudantes da Universidade de Lisboa (UL) visando: caracterizar o padrão de consumo de medicamentos, o perfil sócio-demográfico, psicológico e de saúde; identificar preditores de consumo; estimar o grau de adequação na sua utilização. Realizou-se um estudo descritivo e transversal numa amostra aleatória, constituída por 1147 alunos, aos quais foi administrado um questionário para obtenção de informação relativa aos medicamentos consumidos na quinzena anterior e para a caracterização dos inquiridos. Cerca de 57% dos estudantes inquiridos consumiram medicamentos na quinzena anterior ao inquérito, tendo o número de medicamentos variado entre 1 e 10 por consumidor. O uso de medicamentos revelou-se associado ao status de saúde, mas foi independente de qualquer das variáveis sóciodemográficas estudadas, exceptuando o sexo, pois foi significativamente maior nas mulheres, mesmo após exclusão de contraceptivos orais. No período estudado foram consumidos 1160 medicamentos, dos quais 78% de prescrição médica obrigatória. Os grupos terapêuticos mais utilizados foram os do sistema nervoso cérebro-espinal (34,4%) e do aparelho músculo-esquelético (16,4%). Cerca de 6% dos consumidores utilizaram antibióticos, 8% psicofármacos, 15% AINES e 22% analgésicos e antipiréticos. O Paracetamol foi o fármaco mais usado. A prevalência de automedicação foi de apenas 19% e a maioria dos inquiridos assumiu ter cumprido a terapêutica instituída. Cerca de 58% dos consumidores consideram-se bem informados quanto aos efeitos adversos e contra-indicações dos medicamentos usados. Conclusões: o consumo de medicamentos pelos alunos da UL foi elevado, mas na maioria dos casos de forma adequada. Segundo a sua utilização, a dor, a infecção e os desequilíbrios psicoemocionais foram os problemas de saúde mais frequentes. O estudo do consumo de medicamentos através da administração de um questionário revelou- se um instrumento muito útil para a caracterização do padrão de utilização e do grau de informação dos consumidores sobre o produto e da adequação com que o utilizam. The characterisation of the drug use pattern in university students and their knowledge and attitudes about the drugs used is very important to obtain an indirect picture of morbidity in this community, to identify drug use predictors and also to develop strategies leading to a more rational use of medicines in the general community. Thus, in order to reach those purposes, a cross-sectional survey was carried out in a probabilistic sample of students of Lisbon University (UL) including 1147 subjects (354 males and 791 females). Information about the use of medicines in the previous fortnight and co-variates was collected by questionnaire which was administered by trained interviewers. About 57% of the students took medicines in the period studied. The number of drugs consumed ranged from 1 to 10 per student, although the majority consumed 1 or 2. Drug use was associated with health status, but it was independent from all the socio-demographic variables under study, except sex. Females consume significantly more drugs, even after the exclusion of oral contraceptives. In the period under study, students consumed 1160 medicines, being 78% of them mandatory — prescription medicines. The therapeutic groups more used were the nervous system (34.4%) and the musculo-skeletal system (16.4%). About 6% of the consumers used antibiotics, 8% used psychodrugs, 15% used NSAIDS and 22% used analgesics and antipiretics. Paracetamol was the most used drug. The self medication prevalence was 19% and the majority of the consumers assumed to have a compliant attitude. About 58% of the consumers consider themselves well informed about the adverse effects and the contraindications of the medicines used. Conclusions: the students of the UL consumed medicines frequently, but, in general, they used them properly. The most frequent health problems were: pain, infection and the psychoemotional disorders. The administration of a questionnaire, to collect information about drug use, demonstrated to be an useful tool in order to characterise the drug use pattern and to find out the consumer’s knowledge about the medicines used

Qualidade de Vida e Governação Urbana. Relatório Final

UID/SOC/04647/2013; Projecto Estudo Científico de Inquirição aos Munícipes e Principais Agentes da Cidade de Lisboa relativo à Qualidade de Vida e Governação UrbanaO presente trabalho de pesquisa, intitulado “Inquirição aos Munícipes e Principais Agentes da Cidade de Lisboa: Qualidade de Vida e Governação Urbana”, tem como principal objetivo analisar os impactos percecionados pelos munícipes e pelos principais agentes da cidade em resultado das mudanças introduzidas nos modelos de governação urbana e os seus efeitos na qualidade de vida em Lisboa. A pesquisa ancora-se empiricamente no quadro mais amplo das mudanças que a cidade de Lisboa vive atualmente: mudanças nas suas estruturas sociodemográficas, económicas e culturais, bem como nas perceções de urbanidade, de utilização e de usufrutos urbanos que lhe são associadas.publishersversionpublishe

Evidence for the first multi-species shark nursery area in Atlantic Africa (Boa Vista Island, Cabo Verde)

Funding: This research is part of project NGANDU (The Importance of Shark Populations and Sustainable Ocean Use for Human Well-being in Cabo Verde and São Tomé and Príncipe, West Africa) funded by the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) and the Aga Khan Development Network (AKDN) under grant agreement FCT AGA-KHAN/541746579/2019. All authors acknowledge funding from FCT under the strategic project UIDB/04292/2020 granted to MARE and project LA/P/0069/2020 granted to the Associate Laboratory ARNET. TM acknowledges funding from the strategic project UIDB/00006/2020 granted to CEAUL. CF acknowledges funding from FCT research contract 2020.03704.CEECIND and FCT grant agreement PTDC/CTA-AMB/30226/2017. VP acknowledges funding from FCT PhD grant 2020.05435.BD. CS acknowledges funding from FCT PhD grant SFRH/BD/117890/2016, FCT research grants under PTDC/CTA-AMB/30226/2017 through FCiencias.ID and AGA-KHAN/541746579/2019 through Nova School of Business and Economics. EN acknowledges funding from FCT PhD grant SFRH/BD/135438/2017. JRP acknowledges funding from FCT research contract 2021.01030.CEECIND. JV acknowledges funding from the Intergovernmental Panel on Climate Change (PhD grant, IPCC Scholarship Programme–Prince Albert II of Monaco Foundation) and the Camões–Instituto da Cooperação e da Língua, I.P. (Scholarship Programme).This study describes the first potential multi-species shark nursery area in Atlantic Africa (Sal Rei Bay – SRB, Boa Vista Island, Cabo Verde). From August 2016 to September 2019, 6162 neonates and juveniles of 5 different shark species were observed in SRB using beach gillnet-based bycatch surveys, namely milk (Rhizoprionodon acutus; n= 4908), scalloped hammerhead (Sphyrna lewini; n= 1035), blacktip (Carcharhinus limbatus; n=115), Atlantic weasel (Paragaleus pectoralis; n= 93) and nurse (Ginglymostoma cirratum; n= 12) sharks. Except for nurse sharks, significant seasonal variations in shark relative abundance were observed, with higher levels being recorded during summer and autumn. These findings, together with local knowledge (interviews to fishermen), denote the consistent use of SRB by juvenile sharks and its preference relative to other areas in the region. Ensuring the protection and conservation of SRB nursery area is especially relevant as, according to IUCN, all identified shark species are threatened with extinction over the near-future – in particular, scalloped hammerheads (critically endangered) and Atlantic weasel sharks (endangered). The effective protection of SRB will not only support the conservation of shark populations, but also of other charismatic fauna (e.g., loggerhead turtles) and broader benthic and pelagic ecosystems.Publisher PDFPeer reviewe