Genes modificadores y bases moleculares de la variabilidad evolutiva del cáncer

Máster Universitario en Biología y Clínica del Cáncer: Programa, Objetivos y Metodología.Peer Reviewe

Comparison of two commercial DNA extraction kits for the analysis of nasopharyngeal bacterial communities

Characterization of microbial communities via next-generation sequencing (NGS) requires an extraction ofmicrobial DNA. Methodological differences in DNA extraction protocols may bias results and complicate inter-study comparisons. Here we compare the effect of two commonly used commercial kits (Norgen and Qiagen)for the extraction of total DNA on estimatingnasopharyngeal microbiome diversity. The nasopharynxis a reservoir for pathogens associated with respiratory illnesses and a key player in understandingairway microbial dynamics. Total DNA from nasal washes corresponding to 30 asthmatic children was extracted using theQiagenQIAamp DNA and NorgenRNA/DNA Purification kits and analyzed via IlluminaMiSeq16S rRNA V4 ampliconsequencing. The Norgen samples included more sequence reads and OTUs per sample than the Qiagen samples, but OTU counts per sample varied proportionallybetween groups (r = 0.732).Microbial profiles varied slightly between sample pairs, but alpha- and beta-diversity indices (PCoAand clustering) showed highsimilarity between Norgen and Qiagenmicrobiomes. Moreover, no significant differences in community structure (PERMANOVA and adonis tests) and taxa proportions (Kruskal-Wallis test) were observed betweenkits. Finally, aProcrustes analysis also showed low dissimilarity (M2 = 0.173; P\u3c 0.001) between the PCoAs of the two DNA extraction kits. Contrary to what has been observed in previous studies comparing DNA extraction methods, our 16S NGS analysis of nasopharyngeal washes did not reveal significant differences in community composition or structure between kits. Our findingssuggest congruence between column-based chromatography kits and supportthe comparison of microbiomeprofilesacross nasopharyngeal metataxonomic studies

How Long Does Evolution of the Troglomorphic Form Take? Estimating Divergence Times in Astyanax Mexicanus

Features including colonization routes (stream capture) and the existence of both epigean and cave-adapted hypogean populations make Astyanax mexicanus an attractive system for investigating the subterranean evolutionary time necessary for acquisition of the troglomorphic form. Using published sequences, we have estimated divergence times for A. mexicanus using: 1) two different population-level mitochondrial datasets (cytochrome b and NADH dehydrogenase 2) with both strict and relaxed molecular clock methods, and 2) broad phylogenetic approaches combining fossil calibrations and with four nuclear (recombination activating gene, seven in absentia, forkhead, and α-tropomyosin) and two mitochondrial (16S rDNA and cytochrome b) genes. Using these datasets, we have estimated divergence times for three events in the evolutionary history of troglomorphic A. mexicanus populations. First, divergence among cave haplotypes occurred in the Pleistocene, possibly correlating with fluctuating water levels allowing the colonization and subsequent isolation of new subterranean habitats. Second, in one lineage, A. mexicanus cave populations experienced introgressive hybridization events with recent surface populations (0.26-2.0 Ma), possibly also correlated with Pleistocene events. Finally, using divergence times from surface populations in the lineage without evidence of introgression as an estimate, the acquisition of the troglomorphic form in A. mexicanus is younger than 2.2 (fossil calibration estimates) – 5.2 (cytb estimate) Ma (Pliocene)

Auscultación deformacional por métodos geodésicos clásicos de presas de hormigón de gravedad

Programa Oficial de Doutoramento en Enxeñaría Civil . 5011V01[Resumen] Durante un ciclo de cuatro años, se han realizado lecturas de nivelación y colimación, en tres presas de gravedad de planta recta, con una altura desde cimientos próxima a 20 metros. La fiabilidad de muchas series de estas lecturas, combinada con una gran precisión instrumental y el mantenimiento del decisivo factor humano, permite deducir la determinante influencia del factor térmico ambiental sobre los movimientos verticales, así como la influencia secundaria, respecto del empuje hidrostático, sobre los movimientos horizontales. Con el objetivo de proponer un modelo de comportamiento común para las presas de hormigón de gravedad, con significado físico para sus parámetros, que reproduzca los movimientos esperados de la coronación respecto de la cimentación en las presas de gravedad, se propone una ley térmica anual ambiental formada por dos sinusoides acoplados y ajustados, en las temperaturas valle y cresta media mensual, del lugar del emplazamiento de cada presa. Se adopta la ley térmica ambiental para el agua del embalse en contacto con el paramento mojado de la presa, y se desprecia la insolación, el ciclo diario de temperaturas y el flujo de calor a través del cimiento. Se amortigua y retrasa la temperatura de ciclo anual, al fluir a través del cuerpo de presa, perpendicular a su respectivo paramento, en función de su único parámetro: la difusividad. Se determina la temperatura media del macizo de cada día del año, en la vertical de cada testigo de nivelación, desde el paramento más cercano: suso mojado o bien yuso seco, para una altura de cada bloque limitada por el contacto con el terreno, y la magnitud de su desplazamiento mediante la constante de proporcionalidad: el coeficiente de dilatación térmica. Los movimientos de cada testigo se calculan respecto de la referencia externa, formada por un clavo de nivelación, y campaña origen, y se representa su suma frente a la ley de temperatura anual ambiental, lo que se muestra en un gráfico en forma de bucle. Este gráfico permitirá predecir los movimientos de los testigos de coronación de la presa antes de la realización de cada campaña de nivelación, lo que se considera básico para obtener datos fiables y, por consiguiente, la posibilidad de estudiar sus desviaciones futuras debidas a otros efectos de menor índole.[Abstract] During a four-year cycle, leveling and collimation readings were performed in three straight-line gravity dams, with a height from foundations close to 20 meters. The reliability of many series of these readings combined with a high instrumental precision and the maintenance of the decisive human factor, allows to deduce the determinant influence of the environmental thermal factor on the vertical movements, as well as the secondary influence, with respect to the hydrostatic thrust, on the Horizontal movements. With the objective of proposing a common behavioral model for gravity concrete dams, with physical significance for their parameters, which reproduces the expected movements of the coronation with respect to the foundation in gravity dams, we propose an annual thermal environmental law Formed by two sinusoids coupled and adjusted, in the valley temperatures and average monthly crest, of the place of the location of each prey. The environmental thermal law is adopted for reservoir water in contact with the wet face of the dam, and insolation, the daily cycle of temperatures and the flow of heat through the foundation are neglected. It dampens and delays the annual cycle temperature, as it flows through the dam body, perpendicular to its respective surface, depending on its only parameter: diffusivity. The average temperature of the solid concrete of each day of the year, in the vertical of each leveling control, is determined from the nearest wet or dry surface, for a height of each block limited by contact with the ground, and The magnitude of its displacement by the constant of proportionality: the coefficient of thermal expansion. The movements of each spot are calculated with respect to the external reference, consisting of a leveling nail, and origin campaign, and its sum is plotted against the environmental annual temperature law, which is shown in a loop diagram. This graph will make it possible to predict the movements of the dam before each leveling campaign, which is considered basic to obtain reliable data and, therefore, the possibility of studying their future deviations due to other minor effects.[Resumo] Durante un ciclo de catro anos, realizáronse lecturas de nivelación e colimación, en tres presas de gravidade de planta recta, cunha altura dende cimentos preto a 20 metros. A fiabilidade de moitas series destas lecturas, combinada cunha grande precisión instrumental e o mantemento do decisivo factor humano, permite deducir a determinante influencia do factor térmico ambiental sobre os movementos verticais, así como a influencia secundaria, respecto do empuxe hidrostático, sobre os movementos horizontais. Co obxectivo de propor un modelo de comportamento común para as presas de formigón de gravidade, con significado físico para os seus parámetros, que reproduza os movementos esperados da coroación respecto da cimentación nas presas de gravidade, proponse unha lei térmica anual ambiental formada por dous sinusoides enganchados e axustados, nas temperaturas val e crista media mensual, do lugar do emprazamento de cada presa. Adóptase a lei térmica ambiental para o auga do embalse en contacto co paramento mollado da presa, e desprézanse a insolación, o ciclo diario de temperaturas e o fluxo de calor a través do cimento. Amortécense e atrásanse a temperatura de ciclo anual, ó fluír a través do corpo de presa, perpendicular ó seu respectivo paramento, en función do seu único parámetro: a difusividade. Determínase a temperatura media do macizo de cada día do año, na vertical de cada testemuña de nivelación, dende o paramento máis preto: suso mollado ou ben lluso seco, para unha altura de cada bloque limitada polo contacto co terreo, e a magnitude do seu desprazamento mediante a constante de proporcionalidade: o coeficiente de dilatación térmica. Os movementos de cada testemuña calcúlanse respecto da referencia externa, formada por un cravo de nivelación, e campaña orixe, e represéntase a súa suma fronte á lei de temperatura anual ambiental, o que móstrase no gráfico en forma de bucle. Este gráfico permitirá predicir os movementos dos testemuña de coroación da presa antes da realización de cada campaña de nivelación, o que considérase básico para obter datos fiables e, por conseguinte, a posibilidade de estudar as súas desviacións futuras debidas a outros efectos de menor índole

Ejecución eficiente de secuencias de navegación web

Programa Oficial de Doutoramento en Tecnoloxías da Información e as Comunicacións. 5032V01[Resumen] Las aplicaciones de automatización web se utilizan ampliamente para diferentes propósitos, tales como integración B2B o pruebas automatizadas de aplicaciones web. En la mayoría de los sistemas, el componente de navegación automático, se desarrolla utilizando las APIs de navegadores convencionales (ej. Internet Explorer o Firefox). Esta aproximación, presenta problemas de rendimiento en tareas de automatización web intensivas, que requieren de respuestas en tiempo real y/o de un alto nivel de paralelismo. Otros sistemas, utilizan componentes de navegación especializados, que omiten ciertas etapas de procesamiento de los navegadores convencionales, pero funcionan de forma similar a éstos, a la hora de cargar y construir la representación interna de las páginas web. En esta tesis doctoral, se presenta un conjunto de técnicas de optimización, que permiten ejecutar eficientemente tareas de automatización web. Estas técnicas, se aplican cuando el componente de navegación construye la representación interna de las páginas web. Además, también se ha diseñado una arquitectura completa para un componente de navegación especializado en automatización web, que da soporte a las novedosas técnicas de optimización diseñadas previamente. Para validar experimentalmente las técnicas de optimización y el rendimiento de la arquitectura, se ha desarrollado una implementación de referencia, que sigue todos los principios de esta arquitectura. Dicha implementación, ha sido comparada con otros sistemas de navegación, utilizando sitios web reales.[Abstract] Web automation applications are widely used for different purposes, such as B2B integration and automated testing of web applications. Most current systems, build the automatic web navigation component by using the APIs of conventional browsers. This approach suffers performance problems for intensive web automation environments, which require real time responses and/or a high degree of parallelism. Other systems, use the approach of creating custom browsers to avoid some of the processing steps of conventional browsers, but they work like them when loading and building the internal representation of the web pages. In this PhD, we present a set of optimization techniques that allow an efficient execution of the Web automation tasks. These techniques, can be applied when the navigation component builds the internal representation of the Web page. In addition, we designed a complete architecture for a custom browser specialized in the execution of Web automation tasks. The proposed architecture, supports the novel optimization techniques previously designed. Finally, to evaluate the validity of the optimization techniques and the performance of the proposed architecture, we develop a reference implementation following the architecture principles. This reference implementation, was validated comparing it with other navigation components, using real Web sites.[Resumo] As aplicacions de automatización web, utilízanse amplamente para diferentes propósitos, tales como integración B2B ou probas automatizadas de aplicacións web. Na meirande parte dos sistemas, o compoñente de navegación automático desenrólase empregando as APIs dos navegadores convencionais (ex. Internet Explorer ou Firefox). Esta aproximación, presenta problemas de rendemento en tarefas de automatización web intensivas que requiren de respostas en tempo real e/ou de un alto grao de paralelismo. Outros sistemas, empregan compoñentes de navegación especializados, que omiten certas etapas de procesamento dos navegadores convencionais, pero funcionan de maneira similar a estes, á hora de cargar e construír a representación interna da páxina web. Nesta tese de doutoramento, preséntase un conxunto de técnicas de optimización, que permiten executar eficientemente, tarefas de automatización web. Estas técnicas, aplícanse cando o compoñente de navegación constrúe a representación interna das páxinas web. Ademais, tamén se deseñou unha arquitectura completa para un compoñente de navegación especializado na automatización web, que da soporte as novidosas técnicas de optimización deseñadas previamente. Para validar experimentalmente as técnicas de optimización e o rendemento da arquitectura, desenrolouse unha implementación de referencia, que segue todos os principios desta arquitectura. Dita implementación, foi comparada con outros sistemas de navegación, empregando sitios web reais

Sistema viário e núcleos agrupados romanos no sector oriental galego do convento bracarense.

110 Jan.-Dez. 2000, p. 119-162

Proyectos educativos institucionales P.E.I.

In the P.E.I. the experiences of the institutions and of the community itself must be retaken. In this way, we intend to link culturally organized experiences with cognitive activities. Especially in the reorganization of the curricula and the new social organization of the school creating a new school culture, starting from the interdependence * of culture, ecology and historical circumstances, organizing balancing actions that are constituted in acts of intelligence which involve the development of certain competencies and the execution of certain domains.One of the essential objectives of the Institutional Educational Projects P.E.I., interpreting the spirit of the General Law of Education; is to take advantage of the experience of all the educational agents so that they have the possibility to recognize, build and exercise the set of competences in their cultural context in the elaboration of the Educational Projects creating a new social organization in the school, with the participation of all and at the same time that responds to the needs of the environment.With the elaboration of the P.E.I- by the institutions it is expected that they build their own curricula making the cognitive abilities acquire an adaptive value to the concrete situations processing the information of the reality; for this it is important to consider the relationship between language and cognition: the language and the sociocultural system, aware that language in the context of culture has close relationships with the ways in which subjects construct a social reality.En los P.E.I. se deben retomar las experiencias de las instituciones y de la misma comunidad; de esta forma pretendemos vincular las experiencias culturalmente organizadas con las actividades cognitivas, especialmente en la reorganización de los currículos y la nueva organización social de la escuela creando una nueva cultura escolar, partiendo de la interdependencia* de la cultura, la ecología y las circunstancias históricas, organizan-do acciones equilibrantes que se constituyan en actos de inteligencia los cuales implican el desarrollo de ciertas competencias y la ejecución de ciertos dominios.Uno de los objetivos esenciales de los Proyectos Educativos Institucionales P.E.I., interpretando el espíritu de la Ley General de Educación; es aprovechar la experiencia de todos los agentes educativos para que tengan la posibilidad de reconocer, construir y ejercer el conjunto de competencias en su contexto cultural en la elabo-ración de los Proyectos Educativos creando una nueva organización social en la escuela, con la participación de todos y a la vez que responda a las necesidades del medio.Con la elaboración de los P.E.I- por parte de las instituciones se espera que éstas construyan sus propios currículos haciendo que las habilidades cognitivas adquieran un valor adaptativo a las situaciones concretas procesando la información de la realidad; para ello es importante considerar la relación entre lenguaje y cognición:; el lenguaje y el sistema sociocultural, conscientes de que el lenguaje en el contexto de la cultura tiene relaciones estrechas con los modos en que los sujetos construyen una realidad social

Cancer evolution and individual susceptibility

El pdf del artículo es la versión de autor.Cancer susceptibility is due to interactions between inherited genetic factors and exposure to environmental carcinogens. The genetic component is constituted mainly by weakly acting low-penetrance genetic variants that interact among themselves, as well as with the environment. These low susceptibility genes can be categorized into two main groups: one includes those that control intrinsic tumor cell activities (i.e. apoptosis, proliferation or DNA repair), and the other contains those that modulate the function of extrinsic tumor cell compartments (i.e. stroma, angiogenesis, or endocrine and immune systems). Genome-Wide Association Studies (GWAS) of human populations have identified numerous genetic loci linked with cancer risk and behavior, but nevertheless the major component of cancer heritability remains to be explained. One reason may be that GWAS cannot readily capture gene–gene or gene–environment interactions. Mouse model approaches offer an alternative or complementary strategy, because of our ability to control both the genetic and environmental components of risk. Recently developed genetic tools, including high-throughput technologies such as SNP, CGH and gene expression microarrays, have led to more powerful strategies for refining quantitative trait loci (QTL) and identifying the critical genes. In particular, the cross-species approaches will help to refine locations of QTLs, and reveal their genetic and environmental interactions. The identification of human tumor susceptibility genes and discovery of their roles in carcinogenesis will ultimately be important for the development of methods for prediction of risk, diagnosis, prevention and therapy for human cancers.J. H. Mao is supported by Office of Biological & Environmental Research, of the U.S. Department of Energy under Contract No. DE-AC02-05CH11231, by Laboratory Downloaded on 20 February 2012 Published on 24 January 2011 on http://pubs.rsc.org | doi:10.1039/C0IB00094A View Online This journal is c The Royal Society of Chemistry 2011 Integr. Biol., 2011, 3, 316–328 325 Directed Research & Development Program (LDRD), and by the National Institutes of Health, National Cancer Institute grant R01 CA116481. J. Pe´rez-Losada is partially supported by FEDER and MICINN (PLE2009-119), FIS (PI070057; PI10/00328), CSIC (200920I137), Junta de Castilla y Leo´ n (SAN126/SA66/09; SA079A09). A. Castellanos-Martı´n is supported by FEDER and MICINN (PLE2009-119).Peer reviewe

Vivero flotante solar de mejillón

En este proyecto elaboro el diseño de un prototipo de vivero flotante de mejillón que implementa paneles solares fotovoltaicos para generar energía eléctrica. El vivero o batea tendrá la misma operatividad que cualquier otra batea actualmente en funcionamiento para cultivar mejillón en las rías gallegas pero además dispondrá de una segunda función. Podrá producir energía eléctrica a través de una fuente renovable como es la solar que incide en gran medida en el lugar donde se encuentran ubicadas las bateas. Fue prioridad en el diseño que la ubicación de los paneles solares no dificulten en ningún caso el laboreo de los trabajadores en la batea, todo lo contrario, sino que podrán facilitar el movimiento de éstos sobre la misma. Los paneles instalados en el prototipo de batea solar que se presenta en este proyecto constan de una potencia de 270 Wp (vatios pico) sumando juntos una potencia instalada por batea de 12,96 kWp. También se estudiará la implantación de paneles solares fotovoltaicos a viveros flotantes ya existentes y en uso. Se determinará la producción energética del vivero y el potencial energético si se aplicase a más viveros flotantes en las rías gallegas. Se propondrá aplicación a la energía producida, tal como abastecer a núcleos urbanos cercanos. Por último, se realizará un análisis de rentabilidad económica.Traballo fin de grao (UDC.ETSNEM). Tecnoloxías Mariñas. Enerxía e Propulsión. Curso 2014/201