Dcode.org anthology of comparative genomic tools

Comparative genomics provides the means to demarcate functional regions in anonymous DNA sequences. The successful application of this method to identifying novel genes is currently shifting to deciphering the non-coding encryption of gene regulation across genomes. To facilitate the practical application of comparative sequence analysis to genetics and genomics, we have developed several analytical and visualization tools for the analysis of arbitrary sequences and whole genomes. These tools include two alignment tools, zPicture and Mulan; a phylogenetic shadowing tool, eShadow for identifying lineage- and species-specific functional elements; two evolutionary conserved transcription factor analysis tools, rVista and multiTF; a tool for extracting cis-regulatory modules governing the expression of co-regulated genes, Creme 2.0; and a dynamic portal to multiple vertebrate and invertebrate genome alignments, the ECR Browser. Here, we briefly describe each one of these tools and provide specific examples on their practical applications. All the tools are publicly available at the website

Regional Component of Education as The Key Factor of Effective Development of The Professional Orientation (Based of The Arctic Zone of The Russian Federation)

The study was carried out with the financial support of the Ministry of Education and Science of the Murmansk region within the framework of the Agreement for the provision of grants in the form of subsidies from the regional budget to non-profit organizations that are not state institutions to support research projects of young scientists of the Murmansk region in 2021 dated 02.09.2021 No. 223In the higher education system, there is a tendency of continuous changes, the search for opportunities or conditions for multi-level, interdisciplinary education, additional knowledge, professions that will allow specialists to be more competitive, mobile, and able to cope with the challenges of our time. The article presents the content of "professional orientation of a person". The authors revealed the concept of "the factor of effective formation of the professional orientation of a person", determined the criteria and indicators of the formation of the professional orientation of students in the Arctic zone of the Russian Federation. The developed model of the professional orientation of students in the Arctic zone of the Russian Federation, formed during the survey of students of secondary professional and higher institutions of the Arctic zone of the Russian Federation, is presented through the example of the Murmansk region. The model was tested during special professional events with graduate students. The results of the survey and testing are presented in the article in the form of graphs.Ministry of Education and Science of the Murmansk region 02.09.2021 No. 22

La administración pública en el contexto de la reflexión del nivel digital inno-vador moderno de desarrollo económico

El artículo analiza la interacción del Estado y la sociedad para lograr una idea innovadora basada en el pensamiento estratégico y la cultura, que determina la justicia en la sociedad, reconociendo su comporta-miento, y fundamenta la importancia de las tecnologías digitales innovadoras en una sociedad de neoin-formación. lo que determina a una persona como innovadora. La investigación muestra la necesidad de un pensamiento innovador entre los gerentes de diferentes niveles capaces de crear y gestionar el conocimiento innovador del personal, creando valores innovadores. Se propone un vector práctico de transición de la economía a un nivel de innovació

Genome-wide de Novo Prediction of Proximal and Distal Tissue-Specific Enhancers

Determining how transcriptional regulatory networks are encoded in the human genome is essential for understanding how cellular processes are directed. Here, we present a novel approach for systematically predicting tissue specific regulatory elements (REs) that blends genome-wide expression profiling, vertebrate genome comparisons, and pattern analysis of transcription factor binding sites. This analysis yields 4,670 candidate REs in the human genome with distinct tissue specificities, the majority of which reside far away from transcription start sites. We identify key transcription factors (TFs) for 34 distinct tissues and demonstrate that tissue-specific gene expression relies on multiple regulatory pathways employing similar, but different cohorts of interacting TFs. The methods and results we describe provide a global view of tissue specific gene regulation in humans, and propose a strategy for deciphering the transcriptional regulatory code in eukaryotes

Modification of Structure and Strength Properties of Permanent Joints Under Laser Beam Welding with Application of Nanopowder Modifiers

In the paper we present the results of experimental study of specially prepared nanosize metal-ceramic compositions impact upon structure, microhardness and mechanical properties of permanent joints produced by laser-beam welding of steel and titanium alloy plates

ЕКОНОМІКО-МАТЕМАТИЧНЕ МОДЕЛЮВАННЯ ПРОЦЕСІВ ОПТИМІЗАЦІЇ ЛОГІСТИКИ ЦУКРОВОЇ СИРОВИНИ НА ЦУКРОВИХ ЗАВОДАХ

The mathematical model of proceeding in the supplies of agricultural on a factory-producer under force-majeure circumstances of their deficit products is suggested. It enables bringing in to the supply of feedstock not only own sources but also alternative ones.  Small and middle farmers became such suppliers. This helps to reduce the risk of failures in raw materials’ supply to sugar factories, as well as to integrate the interests of large associations of sugar producers with the interests of small and medium producers. This also helps to solve the tasks of socio-economic development of rural areas as it provides sales to small and medium agroproducers.The mathematical formulation of the problem is complicated by the presence of probabilistic parameters. Therefore, in the case of mathematical modeling, a stochastic network model was used.The complexity of the task of organizing the supply of raw materials by small and middle producers is due to the fact that the set of sugar beet suppliers is an open heterogeneous system, and the consumer is a link of a centralized association with a hierarchical structure.The factor of heterogeneity of the suppliers’ set is due to the fact that each of them acts autonomously and even has no information about the actions of other suppliers.The mathematical model allows to predict the time of implementation of the project and to solve the task concerning delivery of raw materials of the quantity required, for a given period of time, from a substantial number of autonomous suppliers. The developed mathematical model has allowed to take into account the influence of probabilistic factors on the decisive factor - the timely organization and restoration of the necessary resource for the smooth operation of sugar production.Independent substructures, by definition, do not have access to the centralized network schedule of the producer. In order to resolve this contradiction, the following decision is taken. For each of the autonomous primary producers, their own network schedule is created.The developed mathematical model can be used for other cases of emergent stocks replenishment, urgent formation of commodity batches of agricultural products.Предложена экономико-математическая модель восстановления запасов сельскохозяйственной продукции на заводе-изготовителе при форс-мажорных обстоятельствах их дефицита. Это дает возможность привлечения к поставкам сырья не только из собственных источников, но и из альтернативных. Такими поставщиками становятся малые и средние производители. Это позволяет уменьшить риски срывов поставок сырья на сахарные заводы, а также интегрировать интересы крупных ассоциаций производителей сахара с интересами малого и среднего производителя.Математическая постановка задачи осложнена наличием вероятностных параметров. Поэтому при экономико-математическом моделировании использована стохастическая сетевая модель.Разработанная экономико-математическая модель может быть использована для других случаев экстренного пополнения запасов, срочного формирования товарных партий сельскохозяйственной продукции.Запропоновано математичну модель відновлення запасів сільськогосподарської продукції на заводі-виробнику за форс-мажорних обставин їх дефіциту. Це дає можливість залучення до постачання сировини не тільки з власних, а й з альтернативних джерел. Такими постачальниками стають малі та середні виробники. Це дозволяє зменшити ризики зривів постачання сировини на цукрові заводи а також інтегрувати інтереси великих асоціацій виробників цукру з інтересами малого та середнього виробника. Це також допомагає ви-рішити задачі соціально-економічного розвитку села бо забезпечує збут для малих та серед-ніх виробників агропродукції.Математична постановка задачі ускладнена наявністю імовірнісних параметрів. Тому при математичному моделюванні використана стохастична мережева модель.Складність задачі організації постачання сировини від малих та середніх виробників обумовлена тим, що сукупність постачальників цукрового буряку є відкритою гетерогенною системою, а споживач є ланкою централізованої асоціації з ієрархічною структурою.Фактор гетерогенності сукупності постачальників обумовлений тим, що кожен з постачальників сировини діє автономно і навіть не має інформації про дії інших постачальників.Математична модель дозволяє прогнозувати час виконання проекту і вирішити здачу постачання  сировини в потрібній кількості у заданий термін від значної кількості автономних постачальників. Розроблена математична модель, дозволила забезпечити врахування впливу імовірнісних факторів на вирішальний чинник – своєчасну організацію та відновлен-ня необхідного ресурсу для безперебійної роботи цукрового виробництваАвтономні субструтури, за визначенням,  не мають доступу до централізованого мережевого графіку виробника. Задля вирішення цього протиріччя приймається наступне рішен-ня. Для кожного з автономних постачальників формується власний мережевий графік.Розроблена математична модель може бути використана для інших випадків екстреного поповнення запасів, термінового формування товарних партій сільськогосподарської продукції

La administración pública en el contexto de la reflexión del nivel digital inno-vador moderno de desarrollo económico

The article analyzes the state and society's interaction to achieve an innovative idea based on strategic thinking and culture, which determine justice in society, realize their behavior, and substantiate the importance of innovative digital technologies in a neo-information society determines a person as innovative. The research shows the necessity of innovative thinking among different-level managers able to create and manage innovative knowledge of personnel, creating innovative values. A practical vector of the transition of the economy to an innovation level is proposed.El artículo analiza la interacción del Estado y la sociedad para lograr una idea innovadora basada en el pensamiento estratégico y la cultura, que determina la justicia en la sociedad, reconociendo su comportamiento, y fundamenta la importancia de las tecnologías digitales innovadoras en una sociedad de neoinformación. lo que determina a una persona como innovadora. La investigación muestra la necesidad de un pensamiento innovador entre los gerentes de diferentes niveles capaces de crear y gestionar el conocimiento innovador del personal, creando valores innovadores. Se propone un vector práctico de transición de la economía a un nivel de innovación