Orientações para catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa.

As atividades científicas têm passado por profundas mudanças na sua forma de produzir conhecimento. O modo de fazer ciência vem, ao longo dos tempos, se modificando. Os avanços constantes na produção de conhecimento científico têm propulsionado o desenvolvimento de novas tecnologias, produtos e serviços, voltados ao atendimento de amplos interesses da sociedade. A passagem de um paradigma da ciência baseada em hipótese para um paradigma de ciência orientada a dados traz implicações substanciais no fazer científico em instituições de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação (PD&I), como a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa). Atenta a essas transformações, a Embrapa tem priorizado ações voltadas à gestão de dados, informação e conhecimento, a partir do estabelecimento de mecanismos para a geração, organização, tratamento, acesso, preservação, recuperação, divulgação, compartilhamento e reúso dos seus ativos de informação. Nesse contexto, esta publicação traz uma contribuição efetiva para comunidade de dados ômicos da Embrapa apresentando orientações de cunho prático para que pesquisadores e analistas cataloguem seus conjuntos de dados (datasets ômicos) no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape), visto que a catalogação é uma atividade essencial para a interoperabilidade, o compartilhamento, o uso e o reúso dos dados de pesquisa. As orientações para catalogação de datasets ômicos foram elaboradas no âmbito de uma ação gerencial de melhoria de processos de gestão de dados, conduzida no Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB). Trata-se, assim, de uma contribuição tanto para implementar a Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento (PGDIC), quanto para instrumentalizar o processo de catalogação de datasets no Redape

Continuous symmetry of C60 fullerene and its derivatives

Conventionally, the Ih symmetry of fullerene C60 is accepted which is supported by numerous calculations. However, this conclusion results from the consideration of the molecule electron system, of its odd electrons in particular, in a close-shell approximation without taking the electron spin into account. Passing to the open-shell approximation has lead to both the energy and the symmetry lowering up to Ci. Seemingly contradicting to a high-symmetry pattern of experimental recording, particularly concerning the molecule electronic spectra, the finding is considered in the current paper from the continuous symmetry viewpoint. Exploiting both continuous symmetry measure and continuous symmetry content, was shown that formal Ci symmetry of the molecule is by 99.99% Ih. A similar continuous symmetry analysis of the fullerene monoderivatives gives a reasonable explanation of a large variety of their optical spectra patterns within the framework of the same C1 formal symmetry exhibiting a strong stability of the C60 skeleton.Comment: 11 pages. 5 figures. 6 table

Aluminium-induced ion transport in Arabidopsis: the relationship between Al tolerance and root ion flux

Aluminium (Al) rhizotoxicity coincides with low pH; however, it is unclear whether plant tolerance to these two factors is controlled by the same mechanism. To address this question, the Al-resistant alr104 mutant, two Al-sensitive mutants (als3 and als5), and wild-type Arabidopsis thaliana were compared in long-term exposure (solution culture) and in short-term exposure experiments (H+ and K+ fluxes, rhizosphere pH, and plasma membrane potential, Em). Based on biomass accumulation, als5 and alr104 showed tolerance to low pH, whereas alr104 was tolerant to the combined low-pH/Al treatment. The sensitivity of the als5 and als3 mutants to the Al stress was similar. The Al-induced decrease in H+ influx at the distal elongation zone (DEZ) and Al-induced H+ efflux at the mature zone (MZ) were higher in the Al-sensitive mutants (als3 and als5) than in the wild type and the alr104 mutant. Under combined low-pH/Al treatment, alr104 and the wild type had depolarized plasma membranes for the entire 30 min measurement period, whereas in the Al-sensitive mutants (als3 and als5), initial depolarization to around –60 mV became hyperpolarization at –110 mV after 20 min. At the DEZ, the Em changes corresponded to the changes in K+ flux: K+ efflux was higher in alr104 and the wild type than in the als3 and als5 mutants. In conclusion, Al tolerance in the alr104 mutant correlated with Em depolarization, higher K+ efflux, and higher H+ influx, which led to a more alkaline rhizosphere under the combined low-pH/Al stress. Low-pH tolerance (als5) was linked to higher H+ uptake under low-pH stress, which was abolished by Al exposure

Termos técnicos úteis na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa: uma compilação de definições.

Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Informática Agropecuária", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram ativamente membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biblioteconomia aplicada a dados, em especial, na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Neste documento estão reunidos os principais termos catalográficos utilizados na linguagem corrente e empregados por catalogadores. A publicação tem o propósito de apoiar os catalogadores - autores de datasets e bibliotecários, entre outros atores -, na compreensão e apropriação dos principais conceitos e definições, sobretudo no processo de representação descritiva. Além de contribuir para o mapeamento da linguagem corrente praticada pelos catalogadores e demais interessados na catalogação de datasets ômicos, a obra beneficiará diretamente a implementação de boas práticas de catalogação. Ademais, esta compilação de termos é uma contribuição efetiva para a implementação do processo de gestão de dados biológicos na Embrapa, pois além do seu valor intrínseco, é também um documento complementar às orientações para catalogação de datasets no Redape, publicadas na série Documentos, pela Embrapa Agricultura Digital. Destaca-se, ainda, a contribuição desta compilação de termos técnicos para o processo de gestão de dados de pesquisa na Embrapa, visto que oferece um recurso adicional no apoio a ações de capacitação e divulgação, previstas na Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa (PGDIC)

Short Stat5-Interacting Peptide Derived from Phospholipase C-β3 Inhibits Hematopoietic Cell Proliferation and Myeloid Differentiation

Constitutive activation of the transcription factor Stat5 in hematopoietic stem/progenitor cells leads to various hematopoietic malignancies including myeloproliferative neoplasm (MPN). Our recent study found that phospholipase C (PLC)-β3 is a novel tumor suppressor involved in MPN, lymphoma and other tumors. Stat5 activity is negatively regulated by the SH2 domain-containing protein phosphatase SHP-1 in a PLC-β3-dependent manner. PLC-β3 can form the multimolecular SPS complex together with SHP-1 and Stat5. The close physical proximity of SHP-1 and Stat5 brought about by interacting with the C-terminal segment of PLC-β3 (PLC-β3-CT) accelerates SHP-1-mediated dephosphorylation of Stat5. Here we identify the minimal sequences within PLC-β3-CT required for its tumor suppressor function. Two of the three Stat5-binding noncontiguous regions, one of which also binds SHP-1, substantially inhibited in vitro proliferation of Ba/F3 cells. Surprisingly, an 11-residue Stat5-binding peptide (residues 988-998) suppressed Stat5 activity in Ba/F3 cells and in vivo proliferation and myeloid differentiation of hematopoietic stem/progenitor cells. Therefore, this study further defines PLC-β3-CT as the Stat5- and SHP-1-binding domain by identifying minimal functional sequences of PLC-β3 for its tumor suppressor function and implies their potential utility in the control of hematopoietic malignancies

Termos de Biologia e áreas afins úteis na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa: uma compilação de definições.

Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Agricultura Digital", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram os membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biologia, Bioquímica, Biologia Molecular e Bioinformática, especialmente voltado para catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Neste documento estão reunidos os principais termos biológicos utilizados na linguagem corrente e empregados por catalogadores de datasets ômicos. A publicação tem o propósito de apoiar os catalogadores - autores de datasets e bibliotecários, entre outros atores -, na compreensão e apropriação das principais definições, em apoio ao processo de representação descritiva. Além de contribuir para o mapeamento da linguagem corrente praticada pelos catalogadores e demais interessados na catalogação de datasets ômicos, a obra beneficiará diretamente a implementação de boas práticas de catalogação. Ademais, esta compilação de termos é uma contribuição efetiva para a imple-mentação do processo de gestão de dados biológicos na Embrapa, pois além do seu valor intrínseco, é também uma fonte de informação complementar às orientações para catalogação de datasets no Redape, publicadas na série Documentos, pela Embrapa Agricultura Digital. Destaca-se, ainda, o mérito desta obra que arrola 378 verbetes, acompanhados de definições extraídas da literatura científica, as quais se encontravam dispersas em diferentes fontes bibliográficas e que, a partir de agora, estão reunidas em uma única publicação. O documento traz também uma contribuição para o processo de gestão de dados de pesquisa, visto que oferece à comunidade científica um recurso adicional no apoio a ações de capacitação e divulgação, previstas na Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa (PGDIC)

Resolving the electromagnetic mechanism of surface-enhanced light scattering at single hot spots

Light scattering at nanoparticles and molecules can be dramatically enhanced in the 'hot spots' of optical antennas, where the incident light is highly concentrated. Although this effect is widely applied in surface-enhanced optical sensing, spectroscopy and microscopy, the underlying electromagnetic mechanism of the signal enhancement is challenging to trace experimentally. Here we study elastically scattered light from an individual object located in the well-defined hot spot of single antennas, as a new approach to resolve the role of the antenna in the scattering process. We provide experimental evidence that the intensity elastically scattered off the object scales with the fourth power of the local field enhancement provided by the antenna, and that the underlying electromagnetic mechanism is identical to the one commonly accepted in surface-enhanced Raman scattering. We also measure the phase shift of the scattered light, which provides a novel and unambiguous fingerprint of surface-enhanced light scattering

Effect of ethnomedicinal plants used in folklore medicine in Jordan as antibiotic resistant inhibitors on Escherichia coli

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p><it>Escherichia coli </it>occurs naturally in the human gut; however, certain strains that can cause infections, are becoming resistant to antibiotics. Multidrug-resistant <it>E. coli </it>that produce extended-spectrum β lactamases (ESBLs), such as the CTX-M enzymes, have emerged within the community setting as an important cause of urinary tract infections (UTIs) and bloodstream infections may be associated with these community-onsets. This is the first report testing the antibiotic resistance-modifying activity of nineteen Jordanian plants against multidrug-resistant <it>E. coli</it>.</p> <p>Methods</p> <p>The susceptibility of bacterial isolates to antibiotics was tested by determining their minimum inhibitory concentrations (MICs) using a broth microdilution method. Nineteen Jordanian plant extracts (<it>Capparis spinosa </it>L., <it>Artemisia herba-alba Asso, Echinops polyceras </it>Boiss., <it>Gundelia tournefortii </it>L, <it>Varthemia iphionoides </it>Boiss. & Blanche, <it>Eruca sativa Mill</it>., <it>Euphorbia macroclada </it>L., <it>Hypericum trequetrifolium </it>Turra, <it>Achillea santolina </it>L., <it>Mentha longifolia </it>Host, <it>Origanum syriacum </it>L., <it>Phlomis brachydo</it>(Boiss.) Zohary, <it>Teucrium polium </it>L., <it>Anagyris foetida </it>L., <it>Trigonella foenum-graecum </it>L., <it>Thea sinensis </it>L., <it>Hibiscus sabdariffa </it>L., <it>Lepidium sativum </it>L., <it>Pimpinella anisum </it>L.) were combined with antibiotics, from different classes, and the inhibitory effect of the combinations was estimated.</p> <p>Results</p> <p>Methanolic extracts of the plant materials enhanced the inhibitory effects of chloramphenicol, neomycin, doxycycline, cephalexin and nalidixic acid against both the standard strain and to a lesser extent the resistant strain of <it>E. coli</it>. Two edible plant extracts (<it>Gundelia tournefortii L</it>. and <it>Pimpinella anisum L</it>.) generally enhanced activity against resistant strain. Some of the plant extracts like <it>Origanum syriacum </it>L.(Labiateae), <it>Trigonella foenum- graecum </it>L.(Leguminosae), <it>Euphorbia macroclada </it>(Euphorbiaceae) and <it>Hibiscus sabdariffa </it>(Malvaceae) did not enhance the activity of amoxicillin against both standard and resistant <it>E. coli</it>. On the other hand combinations of amoxicillin with other plant extracts used showed variable effect between standard and resistant strains. Plant extracts like <it>Anagyris foetida </it>(Leguminosae) and <it>Lepidium sativum </it>(Umbelliferae) reduced the activity of amoxicillin against the standard strain but enhanced the activity against resistant strains. Three edible plants; Gundelia <it>tournefortii </it>L. (Compositae) <it>Eruca sativa </it>Mill. (Cruciferae), and <it>Origanum syriacum </it>L. (Labiateae), enhanced activity of clarithromycin against the resistant <it>E. coli </it>strain.</p> <p>Conclusion</p> <p>This study probably suggests possibility of concurrent use of these antibiotics and plant extracts in treating infections caused by <it>E. coli </it>or at least the concomitant administration may not impair the antimicrobial activity of these antibiotics.</p

Absence of CD34 on Murine Skeletal Muscle Satellite Cells Marks a Reversible State of Activation during Acute Injury

Background: Skeletal muscle satellite cells are myogenic progenitors that reside on myofiber surface beneath the basal lamina. In recent years satellite cells have been identified and isolated based on their expression of CD34, a sialomucin surface receptor traditionally used as a marker of hematopoietic stem cells. Interestingly, a minority of satellite cells lacking CD34 has been described. Methodology/Principal Findings: In order to elucidate the relationship between CD34+ and CD34- satellite cells we utilized fluorescence-activated cell sorting (FACS) to isolate each population for molecular analysis, culture and transplantation studies. Here we show that unless used in combination with a7 integrin, CD34 alone is inadequate for purifying satellite cells. Furthermore, the absence of CD34 marks a reversible state of activation dependent on muscle injury. Conclusions/Significance: Following acute injury CD34- cells become the major myogenic population whereas the percentage of CD34+ cells remains constant. In turn activated CD34- cells can reverse their activation to maintain the pool of CD34+ reserve cells. Such activation switching and maintenance of reserve pool suggests the satellite cell compartment is tightly regulated during muscle regeneration

c-Kit-Mediated Functional Positioning of Stem Cells to Their Niches Is Essential for Maintenance and Regeneration of Adult Hematopoiesis

The mechanism by which hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) through interaction with their niches maintain and reconstitute adult hematopoietic cells is unknown. To functionally and genetically track localization of HSPCs with their niches, we employed novel mutant loxPs, lox66 and lox71 and Cre-recombinase technology to conditionally delete c-Kit in adult mice, while simultaneously enabling GFP expression in the c-Kit-deficient cells. Conditional deletion of c-Kit resulted in hematopoietic failure and splenic atrophy both at steady state and after marrow ablation leading to the demise of the treated adult mice. Within the marrow, the c-Kit-expressing GFP+ cells were positioned to Kit ligand (KL)-expressing niche cells. This c-Kit-mediated cellular adhesion was essential for long-term maintenance and expansion of HSPCs. These results lay the foundation for delivering KL within specific niches to maintain and restore hematopoiesis