Pattern matching in compilers

In this thesis we develop tools for effective and flexible pattern matching. We introduce a new pattern matching system called amethyst. Amethyst is not only a generator of parsers of programming languages, but can also serve as an alternative to tools for matching regular expressions. Our framework also produces dynamic parsers. Its intended use is in the context of IDE (accurate syntax highlighting and error detection on the fly). Amethyst offers pattern matching of general data structures. This makes it a useful tool for implementing compiler optimizations such as constant folding, instruction scheduling, and dataflow analysis in general. The parsers produced are essentially top-down parsers. Linear time complexity is obtained by introducing the novel notion of structured grammars and regularized regular expressions. Amethyst uses techniques known from compiler optimizations to produce effective parsers.Comment: master thesi

Evaluation of many load tests of passive rock bolts in the Czech Republic

Within the research project "FR-TI4/329 Research and development - creating an application system for the design and analysis of soil and rock anchors including the development of monitoring elements", an extensive stage of field load tests of rock bolts was carried out. The tests were conducted at 14 locations with varied rock composition. Before the initial tests, a loading stand was designed and constructed. A total of 201 pieces of tensile tests of bolts having lengths from 0.5 up to 2.5 m, a diameter of 22-32 mm, were performed. These were fully threaded rods, self-drilling rods, and fiberglass rods. The bolts were clamped into the cement and resin. The loading tests were always performed until material failure of bolts or shear stress failure at the interface cement-rock. At each location, basic geotechnical survey was carried out in the form of core drilling in a length of 3.0 metres with the assessment of the rock mass in situ, and laboratory testing of rock mechanics. Upon the completion of testing protocols, rock mass properties analysis was performed focusing on the evaluation of shear friction at the grouting-rock interface

Amalgamations of classes of Banach spaces with a monotone basis

It was proved by Argyros and Dodos that, for many classes $C$ of separable Banach spaces which share some property $P$, there exists an isomorphically universal space that satisfies $P$ as well. We introduce a variant of their amalgamation technique which provides an isometrically universal space in the case that $C$ consists of spaces with a monotone Schauder basis. For example, we prove that if $C$ is a set of separable Banach spaces which is analytic with respect to the Effros-Borel structure and every $X \in C$ is reflexive and has a monotone Schauder basis, then there exists a separable reflexive Banach space that is isometrically universal for $C$

Controlled biotechnological production of polyhydroxyalkanoates

Předložená diplomová práce se zabývá produkcí polyhydroxyalkanoátů (PHA) bakterií Cupriavidus necator H16. Cílem práce byla příprava, selekce a charakterizace mutantních kmenů schopných vyšší produkce PHA. V teoretické části byla zpracována literární rešerše zabývající se nejdůležitějšími typy PHA, bakterií Cupriavidus necator a způsoby indukce mutageneze. V experimentální části byly připraveny mutantní kmeny pomocí fyzikální a chemické mutageneze. Mutantní kmeny schopné nadprodukce PHA byly selektovány pomocí kultivace na minerálním médium s olejem. Pro další studium byly vybrány 4 mutantní kmeny schopné nadprodukce PHA. Tyto mutantní kmeny byly dále podrobeny biochemické charakterizaci. Byly naměřeny specifické aktivity vybraných intracelulárních enzymů včetně enzymů podílejících se na biosyntéze PHA. Také byla naměřena resistence mutantů vůči oxidačnímu stresu. Bylo zjištěno, že mutantní kmeny schopné nadprodukce PHA mají vyšší aktivity enzymů produkujících NADPH. NADPH je jeden z klíčových substrátů ovlivňujících směr toku acetyl-CoA metabolizmem. Vyšší intracelulární koncentrace NADPH parciálně inhibuje Krebsův cyklus a aktivuje akumulaci PHA. Aktivity acetoacetyl-CoA reduktázy a PHA syntázy, enzymů zapojených do syntézy PHA, těchto mutantů proto byly také vyšší stejně jako molekulová hmotnost připravených polymerů. Aplikace fyzikálních a chemických mutagenů je způsob, kterým lze připravit biotechnologicky perspektivní mutantní kmeny schopné nadprodukce PHA.This diploma thesis deals with production of polyhydroxyalkanoates (PHA) by bacterial strain Cupriavidus necator H16. Goal of this work was preparation, selection and characterization of mutant strains overproducing PHA. Theoretical focuses on the most important PHA, bacteria Cupriavidus necator and mutagenesis techniques. In practical part mutant strains were prepared through physical and chemical mutagenesis. Mutant strains overproducing PHA were selected by cultivation in mineral medium with oil. For further study, 4 mutant strains overproducing PHA were selected. These mutants were biochemically characterized. Specific activities of several intracellular enzymes including enzymes involved in PHA biosynthesis were measured. Resistance of mutants against oxidative stress was measured as well. Mutant strains overproducing PHA revealed higher enzymatic activities of NADPH producing enzymes. Generally, NADPH is one of the substrates influencing flux of acetyl-CoA throughout the metabolism; higher intracellular concentration of NADPH partially inhibits TCA cycle and activates accumulation of PHA. Therefore, activities of acetoacetyl-CoA reductase and PHB synthase, enzymes directly involved in PHA synthesis were higher as compared to wild strain as well as molecular weight of produced materials. It can be concluded that biotechnologically perspective mutagens capable of PHA overproduction can be prepared by application of chemical and physical mutagens.

Navigace mobilních robotů v neznámém prostředí s využitím měření vzdáleností

The ability of a robot to navigate itself in the environment is a crucial step towards its autonomy. Navigation as a subtask of the development of autonomous robots is the subject of this thesis, focusing on the development of a method for simultaneous localization an mapping (SLAM) of mobile robots in six degrees of freedom (DOF). As a part of this research, a platform for 3D range data acquisition based on a continuously inclined laser rangefinder was developed. This platform is presented, evaluating the measurements and also presenting the robotic equipment on which the platform can be fitted. The localization and mapping task is equal to the registration of multiple 3D images into a common frame of reference. For this purpose, a method based on the Iterative Closest Point (ICP) algorithm was developed. First, the originally implemented SLAM method is presented, focusing on the time-wise performance and the registration quality issues introduced by the implemented algorithms. In order to accelerate and improve the quality of the time-demanding 6DOF image registration, an extended method was developed. The major extension is the introduction of a factorized registration, extracting 2D representations of vertical objects called leveled maps from the 3D point sets, ensuring these representations are 3DOF invariant. The extracted representations are registered in 3DOF using ICP algorithm, allowing pre-alignment of the 3D data for the subsequent robust 6DOF ICP based registration. The extended method is presented, showing all important modifications to the original method. The developed registration method was evaluated using real 3D data acquired in different indoor environments, examining the benefits of the factorization and other extensions as well as the performance of the original ICP based method. The factorization gives promising results compared to a single phase 6DOF registration in vertically structured environments. Also, the disadvantages of the method are discussed, proposing possible solutions. Finally, the future prospects of the research are presented.Schopnost lokalizace a navigace je podmínkou autonomního provozu mobilních robotů. Předmětem této disertační práce jsou navigační metody se zaměřením na metodu pro simultánní lokalizaci a mapování (SLAM) mobilních robotů v šesti stupních volnosti (6DOF). Nedílnou součástí tohoto výzkumu byl vývoj platformy pro sběr 3D vzdálenostních dat s využitím kontinuálně naklápěného laserového řádkového scanneru. Tato platforma byla vyvinuta jako samostatný modul, aby mohla být umístěna na různé šasi mobilních robotů. Úkol lokalizace a mapování je ekvivalentní registraci více 3D obrazů do společného souřadného systému. Pro tyto účely byla vyvinuta metoda založená na algoritmu Iterative Closest Point Algorithm (ICP). Původně implementovaná verze navigační metody využívá ICP s akcelerací pomocí kd-stromů přičemž jsou zhodnoceny její kvalitativní a výkonnostní aspekty. Na základě této analýzy byly vyvinuty rozšíření původní metody založené na ICP. Jednou z hlavních modifikací je faktorizace registračního procesu, kdy tato faktorizace je založena na redukci dat: vytvoření 2D „leveled“ map (ve smyslu jednoúrovňových map) ze 3D vzdálenostních obrazů. Pro tuto redukci je technologicky i algoritmicky zajištěna invariantnost těchto map vůči třem stupňům volnosti. Tyto redukované mapy jsou registrovány pomocí ICP ve zbylých třech stupních volnosti, přičemž získaná transformace je aplikována na 3D data za účelem před-registrace 3D obrazů. Následně je provedena robustní 6DOF registrace. Rozšířená metoda je v disertační práci v popsána spolu se všemi podstatnými modifikacemi. Vyvinutá metoda byla otestována a zhodnocena s využitím skutečných 3D vzdálenostních dat naměřených v různých vnitřních prostředích. Jsou zhodnoceny přínosy faktorizace a jiných modifikací ve srovnání s původní jednofázovou 6DOF registrací, také jsou zmíněny nevýhody implementované metody a navrženy způsoby jejich řešení. Nakonec následuje návrh budoucího výzkumu a diskuse o možnostech dalšího rozvoje.