Functional Analysis of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi Type III Secretion System Effectors

Los efectores (T3E) del sistema de secreción tipo III (T3SS) son factores de virulencia esenciales en la interacción de bacterias fitopatógenas con sus hospedadores, debido a que: (i) promueven la penetración y permanencia del patógeno en el tejido del hospedador, (ii) interfieren con las respuestas de defensa de las plantas y (iii) facilitan el acceso a los nutrientes, promoviendo la proliferación y el crecimiento del patógeno (Gohre and Robatzek, 2008). La secuenciación y análisis de los genomas de diferentes cepas pertenecientes al complejo Pseudomonas syringae, ha permitido identificar el catálogo de T3E hipotéticos de cada una de ellas, así como clasificarlos en más de 60 familias génicas que constituyen el pangenoma de este relevante complejo de bacterias fitopatógenas (http://www.pseudomonassyringae.org/) (Baltrus et al., 2011; Lindeberg et al., 2012). Aunque la función concreta de la mayoría de los T3E identificados hasta la fecha en la interferencia con los mecanismos de defensa de la planta es aún desconocida, durante los últimos años se han producido grandes avances en el conocimiento del papel de los T3E del complejo P. syringae durante la interacción con plantas herbáceas. Estudios recientes, han establecido a Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi NCPPB 3335 como una cepa modelo en el estudio de la interacción de este complejo bacteriano con plantas leñosas (Ramos et al., 2012). El análisis bioinformático del borrador del genoma de esta cepa identificó 33 posibles T3E (Rodriguez-Palenzuela et al., 2010; Ramos et al., 2012), cuya translocación a través del T3SS se demostró para 7 de ellos (AvrRpm2, HopA1, HopAA1, HopAZ1, HopBK1, HopBL1 y HopBL2) durante el desarrollo de esta Tesis Doctoral (Matas et al., 2014). Además, la secuenciación de los tres plásmidos de esta cepa reveló que los genes codificantes de los T3E HopAF1 y HopAO1 se localizan en los plásmidos pPsv48A y pPsv48B, respectivamente, codificándose en el cromosoma un homólogo de HopAF1 (HopAF1-2). Teniendo en cuenta estos antecedentes, el objetivo principal que se planteó en esta Tesis Doctoral fue el análisis funcional de los T3E de NCPPB 3335, prestando mayor atención a las familias HopAF y HopAO. Para llevar a cabo este objetivo general, se plantearon los siguientes abordajes: 1) estudiar la distribución de los efectores de las familias HopAF y HopAO en los patovares de P. savastanoi y P. syringae, 2) analizar la translocación a través del T3SS de NCPPB 3335 y el papel en virulencia de los efectores de las familias HopAF y HopAO y, 3) analizar la interacción con los sistemas de defensa de la planta de los siete efectores de NCPPB 3335 cuya translocación a través del sistema de secreción tipo III ha sido demostrada, así como de los pertenecientes a las familias HopAF y HopAO. El análisis bioinformático y filogenético de las familias HopAF y HopAO permitió identificar que ambas se encuentran ampliamente distribuidas dentro del complejo P. syringae, si bien, P. savastanoi pv. savastanoi NCPPB 3335 codifica dos genes de la familia hopAO (hopAO1 y hopAO2) y tres genes de la familia hopAF (dos copias del gen hopAF1 y una del gen hopAF1-2). La filogenia de esta última familia reveló que el alelo hopAF1 se codifica mayoritariamente en cepas patógenas de plantas leñosas. Análisis de translocación y transcripcionales validaron a los T3E HopAF1, HopAF1-2, HopAO1 y HopAO2 como nuevos T3E del secretoma del T3SS de NCPPB 3335. Por otra parte, en este trabajo hemos demostrado que tanto los T3E AvrRpm2, HopBK1, HopBL1, HopBL2, HopAF1, HopAF1-2, HopAO1 y HopAO2, así como los efectores truncados HopAA1 y HopAZ1, interfieren con la respuesta de defensa primaria (PTI) de Nicotiana tabacum. Además, presentamos evidencias de que HopAZ1, HopBL1, HopAF1-2, HopAO1 y HopAO2 también inhiben la inmunidad mediada por efectores (ETI) en este mismo hospedador. Por otro lado, y utilizando fusiones traduccionales a la proteína verde fluorescente (GFP), hemos podido comprobar que los T3E HopAF1, HopAF1-2, HopAO1 y HopAO2 se localizan en la membrana plasmática de las células de Nicotiana benthamiana, así como que HopAO2 también se localiza en vesículas del aparato de Golgi. Con el fin de averiguar el papel de los T3E HopAF1 y HopAO1 en la virulencia de NCPPB 3335 se construyeron mutantes simples de los mismos. La deleción del gen hopAF1 del plásmido pPsv48A en NCPPB 3335 tuvo como consecuencia una ligera reducción en el tamaño de los tumores inducidos por este patógeno en plantas de olivo lignificadas, mientras que la deleción del gen hopAO1 conllevó una clara disminución de la virulencia del mismo. Los resultados incluidos en esta Tesis Doctoral, convierten a NCPPB 3335 en la cuarta cepa del complejo P. syringae cuyo secretoma del T3SS incluye un mayor número de T3E demostrados, y en la primera cepa aislada de un hospedador leñoso

Identificación del Retardo Temporal Significante, en la Modelación de Series de Tiempo Económicas, Lineales y no Lineales

La identificación de los retardos temporales que deben incluirse en un modelo general que describe una serie de tiempo, es el primer paso crucial al que se enfrenta un analista, en el desarrollo de modelos económicos de predicción. Los coeficientes de autocorrelación y autocorrelación parcial, han sido tradicionalmente utilizados para especificar los retardos temporales apropiados, como bien se ha establecido ([Granger1983]), que procesos con una autocorrelación nula, exhiben dependencias de orden mayor o dependencias no lineales, como sería el caso de algunos procesos bilineales, y aún más para modelos puramente deterministas caóticos entre otros. En general, los procedimientos basados en las autocorrelaciones fallan al utilizarse para especificar los retardos significativos en modelos no lineales, al no detectar relaciones no lineales importantes en los datos, ni los desfases temporales apropiados, especialmente en aquellos escenarios en donde los fenómenos no lineales son más la regla que la excepción. En esta investigación se propone como herramienta para el modelado, una nueva prueba estadística no paramétrica y un procedimiento, para identificar el retardo temporal relevante en la descripción de un modelo general lineal o no lineal para series de tiempo estacionarias. Estas técnicas están basadas en la estimación de la integral de correlación

Tailoring the depth of focus for optical imaging systems using a Fourier transform approach

We show how to tailor the depth of focus for an optical system using pupil functions obtained from a Fourier transform approach. These complex amplitude and phase pupil functions are encoded onto a single liquid-crystal spatial light modulator. Experimental results show excellent agreement with theory and indicate the power of this approach

Por una radio digital interactiva de servicio público para nuevas plataformas multimedia, transmedia y/o hipermedia

This proposal brings together diverse conceptual reflections and possible methodological actions to develop an interactive digital radio with multimedia, transmedia and/or hypermedia contents. This digital radio would be cognitive, informative and formative; it sets about to develop a new communicative experience for those existing broadcasters via AM, FM, OC hertzian waves, cable, satellite. Above all, this initiative would be transmitted via internet cyber radio. La presente propuesta recoge diversas reflexiones conceptuales y posibles actuaciones metodológicas para desarrollar una radio interactiva digital con contenidos multimedia, transmedia y/o hipermedia de servicio público cognitivo, informativo y formativo; se trata de plantear el desarrollo de una nueva experiencia comunicativa para todas aquellas radiodifusoras existentes, ya sean a través de ondas hertzianas AM, FM y OC, cable o vía satélite, pero sobre todo, ciber-radios en plena convergencia digital e interactiva con Internet.&nbsp

Análise do conceito de Autotranscendência. Importância no cuidado de enfermagem para os idosos

Introducción: La autotrascendencia es una conexión con el ser, un avance en la optimización de la realización humana, en contextos profundos: el espiritual. Objetivo: Analizar el concepto “autotrascendencia” y proponer su uso en el cuidado de enfermería al adulto mayor. Material y métodos: Se analizó el concepto “autotrascendencia” (método de Walker & Avant). Identificación de elementos conceptuales, revisión de literatura y propuesta conceptual; descriptores: “autotrascendencia” “enfermería” (español, inglés, portugués). Resultados: Elementos conceptuales: Capacidad del ser humano, Ir más allá de sí mismo, Ampliar límites personales, Camino espiritual, Dar sentido a la vida, Conexión con el yo, los demás, el entorno, Conexión con el espíritu del universo, Encontrar significado de la propia existencia. Propuesta conceptual: “Es la capacidad del ser humano para ir más allá del propio yo y como consecuencia ampliar los límites personales mediante un camino espiritual para dar sentido a la vida y que se enlaza con una conexión con el yo, los demás, el entorno y con el espíritu del universo; como un significado de la propia existencia”. Conclusiones: La autotrascendencia es un fenómeno complejo que varía desde situaciones concretas, como entrar en proceso de superación y aspiraciones personales; y complejas como el duelo o muerte.Introduction: The Self-Transcendence is a connection with the being, an advance in optimizing of the human realization, on deeper contexts: the spiritual. Objective: Analyze the concept of “self-transcendence” and propose their use in nursing care for the elderly. Material and methods: It was analyzed the concept of “Self-transcendence” (method from Walker & Avant). Identification of conceptual elements, review of literature and conceptual proposal; Descriptors: “Self-transcendence” “Nursing” (Spanish, English, Portuguese). Results: Conceptual elements: Capacity of human being, Go beyond self, Expand personal bounds, Spiritual path, Giving meaning to life, connection with self, others, the environment, connection with the spirit of the universe, Find meanings of own existence. Conceptual proposal: “It is the ability of the human being to go beyond the self and consequently expand the personal bounds by a spiritual path to give meaning to life and that links to a connection with self, others, the environment and the spirit of the universe; as a meaning of existence itself”. Conclusions: Self-Transcendence is a complex phenomenon that varies from specific situations, like entering in process of improvement and personal aspirations; and complex as mourning or death.Introdução: A Auto transcendência é uma conexão com o ser, um avanço na otimização do desempenho humano, em contextos mais profunda: a espiritual. Objetivo: Analisar o conceito de “Auto transcendência” e propor a sua utilização em cuidados de enfermagem para os idosos. Material e métodos: Foi analisado o conceito de “Auto transcendência” (método do Walker & Avant). Identificação de elementos conceituais, revisão de literatura e proposta conceitual; Descritores: “autotranscendência” “enfermagem” (Espanhol, Inglês, Português). Resultados: Elementos conceituais: Capacidade do homem, vai além de si mesmo, os limites pessoais maiores, caminho espiritual, dar sentido à vida, conexão com o eu, os outros, o ambiente, a conexão com o espírito do universo, descobrir significados de própria existência. Proposta conceitual: “É a capacidade do ser humano de ir além de si mesmo e o efeito de alargar os limites pessoais por um caminho espiritual para dar sentido à vida e que a ligação a uma conexão com o eu, os outros, o ambiente e o espírito do universo; como um sentido da própria existência”. Conclusões: Autotranscendência é um fenômeno complexo que varia de situações específicas, como entrar melhoria de processos e aspirações pessoais; e complexo como o sofrimento ou a morte

Análisis genómico y funcional de los efectores de las familias HopAF y HopAO del sistema de secreción tipo III de Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi NCPPB 3335

Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi (Psv) es el agente causal de la tuberculosis del olivo. El análisis bioinformático del borrador del genoma de Psv NCPPB 3335 permitió identificar 33 posibles efectores (T3E) del sistema de secreción tipo III (T3SS). Además, la secuenciación de los tres plásmidos de esta cepa reveló que los genes codificantes de los T3E HopAF1 y HopAO1 se localizan en los plásmidos pPsv48A y pPsv48B, respectivamente, codificándose en el cromosoma de esta cepa un homólogo de HopAF1 (HopAF1-2). Análisis posteriores revelaron que Psv NCPPB 3335 también codifica en el cromosoma un T3E (HopAO2) que contiene un dominio enzimático tirosina fosfatasa (PTP), similar al que posee HopAO1. El análisis filogenético de las familias HopAF y HopAO permitió identificar que ambas se encuentran ampliamente distribuidas dentro del complejo P. syringae. Análisis de translocación y transcripcionales validaron a los T3E HopAF1, HopAF1-2, HopAO1 y HopAO2 como nuevos T3E del secretoma del T3SS de Psv NCPPB 3335. La expresión heteróloga de estos 4 T3E tiene como consecuencia la interferencia con la respuesta de defensa primaria (PTI) de Nicotiana tabacum, lo que implica una reducción de la deposición de calosa y de la formación de especies reactivas de oxígeno (ROS). Asimismo, los T3E HopAF1-2, HopAO1 y HopAO2 también inhiben la inmunidad mediada por efectores (ETI) en este mismo hospedador. Por otro lado, y utilizando fusiones traduccionales a la proteína verde fluorescente (GFP), se localizaron los T3E HopAF1, HopAF1-2, HopAO1 y HopAO2 próximos a la membrana plasmática de las células de Nicotiana benthamiana. Además, HopAO2 también se localizó en vesículas del aparato de Golgi. La deleción del gen hopAF1 del plásmido pPsv48A en Psv NCPPB 3335 tuvo como consecuencia una ligera reducción en el tamaño de los tumores inducidos por este patógeno en plantas de olivo lignificadas, mientras que la deleción del gen hopAO1 conllevó una clara disminución de la virulencia del mismo.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Comparative Analysis of the Type III Secretion System Effector Repertoires of Pseudomonas savastanoi Pathovars Pathogenic on Woody Hosts

Comunicación de tipo pósterThe species Pseudomonas savastanoi, a member of the Pseudomonas syringae complex, includes four pathovars causing knots or excrescences in woody hosts: P. savastanoi pv. savastanoi (Psv), pv. fraxini (Psf), pv. nerii (Psn) and pv. retacarpa (Psr), comprising isolates from olive, ash, oleander and broom plants, respectively. Pathogenicity of P. savastanoi is dependent, among other factors, on the type III secretion system (T3SS) and its effector (T3E) repertoire. Furthermore, a putative role in the interaction with woody hosts has been suggested for several of these T3E. The recent availability of the genome sequences of several P. savastanoi strains isolated from different hosts has facilitated bioinformatics predictions of their T3SS genes and T3E pools, the study of their distribution in other strains of the P. syringae complex isolated from woody hosts and the functional analysis of several of these secreted proteins. As previously reported for Psv, Psn and Psf, here we show that pathogenicity of Psr ICMP16945, is also dependent on the T3SS. Psv strains NCPPB 3335, ICMP4352 and PseNe107 share a core set of at least 22 T3E, 18 of which are also encoded in Psn ICMP16943, Psf ICMP7711 and Psr ICMP16945. However, these three strains encode truncated versions of 1-2 of these 18 T3E and, Psr ICMP16945 contains three pathovarspecific T3E. Our results also show that several T3E, including HopAO1, are phylogenetically clustered across the P. syringae complex according to the woody/herbaceous nature of their host of isolation, suggesting host specialization of these effectors in this complex.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tec

Análisis del proceso de discusión de la problemática sobre la violencia sexual al interior de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), a partir de la incidencia política internacional de la Corporación Sisma Mujer, Colombia 2006-2010

La investigación partirá con el análisis de los casos de violencia sexual a nivel internacional que permitieron la visibilización del tema, determinando de este modo las herramientas internacionales que se crearon a partir de estos casos. En segunda medida se explicarán cuáles han sido los repertorios de acción de la Corporación Sisma Mujer frente a la judicialización de la violencia sexual en la CIDH, partiendo de un análisis del conflicto armado colombiano y del impacto del mismo en las mujeres. Finalmente se procederá a analizar cómo ha sido la intervención de la CIDH en el proceso de discusión de la violencia sexual en el conflicto colombiano y a nivel regional, teniendo en cuenta las obligaciones internacionales a las que países como Colombia están adscritos

Features associated to woody hosts in the bacterial pathogen of olive plants Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi

The causal agent of olive knot disease, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi, belongs to the Pseudomonas syringae complex, a bacterial group causing diseases in a broad variety of both woody and herbaceous plant species. Here we summarize our results regarding a set of P. savastanoi pv. savastanoi features exclusively found in the genomes of bacteria from the P. syringae complex isolated from woody hosts. Comparative genomics and evolutionary studies allowed us to identify a 15 kb genomic island (WHOP, from woody host and Pseudomonas), carrying a set of genes involved in degradation of phenolic compounds and exclusively found in bacterial pathogens of woody hosts. Deletion of several WHOP-encoded genes in Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi NCPPB 3335 revealed that they play a role in the virulence of the strain in woody olive plants but not in in vitro-grown (nonwoody) plants. In addition, several type III secretion system effectors belonging to the HopAF, HopAO and HopBL families were shown to be clustered across the P. syringae complex according to the woody/herbaceous nature of their host of isolation. Further functional analyses of these virulence factors are needed to facilitate the design of novel strategies directed to control bacterial pathogens of woody hosts.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Análisis pedagógico de plataformas audiovisuales mediante el modelo pentadimensional del discurso educativo

n este artículo se evalúan, desde una perspectiva pedagógica, 55 plataformas audiovisuales o webtvs. Las seleccionadas son aquellas que tratan de incidir formativamente en los receptores, tanto sobre sus conocimientos como sobre sus conductas, actitudes, valores, etc. El estudio realizado responde al propósito fundamental de evaluar la potencia pedagógica de unos espacios virtuales que, a menudo, según consignan ellos mismos, aspiran a cumplir una función educativa. Dada la ausencia de criterios valorativos, en el presente análisis se recurrió a la teoría pedagógica ofrecida por el modelo pentadimensional para analizar el discurso educativo, lo que ha permitido examinar las plataformas audiovisuales y webtvs desde una perspectiva científica. Merced al modelo citado se estableció una definición de plataforma audiovisual web pedagógica y se identificaron cinco dimensiones de análisis interdependientes: instructiva, afectiva, motivadora, social y ética. En el artículo se presentan sumariamente los indicadores adscritos a las respectivas dimensiones evaluadoras de la virtualidad educativa de las plataformas audiovisuales. Los resultados del estudio permiten concluir que, en general, las plataformas analizadas presentan considerables carencias pedagógicas