Microhomology-mediated mechanisms underlie non-recurrent disease-causing microdeletions of the FOXL2 gene or its regulatory domain

Genomic disorders are often caused by recurrent copy number variations (CNVs), with nonallelic homologous recombination (NAHR) as the underlying mechanism. Recently, several microhomology-mediated repair mechanisms-such as microhomology-mediated end-joining (MMEJ), fork stalling and template switching (FoSTeS), microhomology-mediated break-induced replication (MMBIR), serial replication slippage (SRS), and break-induced SRS (BISRS)-were described in the etiology of non-recurrent CNVs in human disease. In addition, their formation may be stimulated by genomic architectural features. It is, however, largely unexplored to what extent these mechanisms contribute to rare, locus-specific pathogenic CNVs. Here, fine-mapping of 42 microdeletions of the FOXL2 locus, encompassing FOXL2 (32) or its regulatory domain (10), serves as a model for rare, locus-specific CNVs implicated in genetic disease. These deletions lead to blepharophimosis syndrome (BPES), a developmental condition affecting the eyelids and the ovary. For breakpoint mapping we used targeted array-based comparative genomic hybridization (aCGH), quantitative PCR (qPCR), long-range PCR, and Sanger sequencing of the junction products. Microhomology, ranging from 1 bp to 66 bp, was found in 91.7% of 24 characterized breakpoint junctions, being significantly enriched in comparison with a random control sample. Our results show that microhomology-mediated repair mechanisms underlie at least 50% of these microdeletions. Moreover, genomic architectural features, like sequence motifs, non-B DNA conformations, and repetitive elements, were found in all breakpoint regions. In conclusion, the majority of these microdeletions result from microhomology-mediated mechanisms like MMEJ, FoSTeS, MMBIR, SRS, or BISRS. Moreover, we hypothesize that the genomic architecture might drive their formation by increasing the susceptibility for DNA breakage or promote replication fork stalling. Finally, our locus-centered study, elucidating the etiology of a large set of rare microdeletions involved in a monogenic disorder, can serve as a model for other clustered, non-recurrent microdeletions in genetic disease

Визначення впливу використання зерна маша на струкруроутворюючі показники м’ясо-рослинних систем на основі м’яса телятини, свинини, курятини

This paper reports a study into the use of germinated mungbean as a promising raw material influencing the structure-forming indicators of meat systems during the production of meat-vegetable sausages. The content of iodine in the germinated mungbean and its anatomical parts has been examined using solutions of potassium iodide. A change in the phytic acid content and size of phytin globoloids has been established in mungbean malt depending on germination conditions. The influence of flour from germinated mungbean on the moisture-binding, moisture-retaining, fat-retaining abilities, as well as on the pH of meat systems based on veal meat, pork, chicken has been investigated. The reported set of studies is important as the defined patterns could make it possible to devise technologies for meat-vegetable sausages, to expand the range of enriched meat products. The result of this study has established that the degree of biotransformation of iodine into beans is influenced by the protein content in the native beans. Almost 90...95 % of iodine is accumulated in the cotyledons of beans in the protein fraction, 5...10 % ‒ in sprouts and roots. The rational range of potassium iodide concentrations in the germination solution is 76.5 g per 1,000 cm3, over 48 hours. Prolonging the germination time leads to microbiological damage to the bean mass. The germination process affects the reduction of phytic acid content, which is confirmed by a decrease in the diameter of phytin globoloids. It is rational to use in meat systems based on pork meat and veal meat 10 % of the developed flour by reducing meat raw materials. With this ratio of formulation ingredients, the maximum increase in the moisture-binding, moisture-retaining, and fat-retaining capacities of these meat systems is achieved. In the meat systems based on chicken meat, it is possible to increase a replacement part of up to 15 %. The reported set of studies is useful and important because it could form the basis for devising the technologies of meat-vegetable sausages to meet the needs of different segments of consumersПроведено исследование использования пророщенного зерна маша на структурообразующие показатели мясных систем, как перспективного сырья при производстве мясо-растительных колбасных изделий. Исследовано содержание йода в пророщеном зерне маша и его анатомических частях, используя растворы йодида калия. Изучено изменение содержания фитиновой кислоты и размер фитиновых глоболоидов в солоде зерен маша в зависимости от условий проращивания. Исследовано влияние муки из пророщенного зерна маша на влагосвязивающую, влагоудерживающую, жироудерживающую способность и рН мясных систем на основе мяса телятины, свинины, курятины. Проведение данного комплекса исследований является важным, потому что полученные закономерности позволят разработать технологии мясо-растительных колбасных изделий, расширить ассортимент обогащенных мясных продуктов. В результате исследования установлено, что на степень биотрансформации йода в зерно влияет содержание белка в не пророщеном зерне. Около 90...95 % йода аккумулируется в семядолях зерна в белковой фракции, 5...10 % в ростках и корнях. Рациональный диапазон концентраций йодида калия в растворе для проращивания составляет 76,5 г на 1000 см3 в течение 48 часов. Увеличение времени проращивания приводит к микробиологическому ухудшению зерновой массы Процесс проращивания влияет на уменьшение содержания фитиновой кислоты, что подтверждается уменьшением диаметра фитиновых глоболоидов Рационально использовать в мясных системах на основе мяса свинины и телятины 10 % разработанной муки за счет уменьшения мясного сырья. При таком соотношении рецептурных ингредиентов получаем максимальное повышение влагосвязывающеей, влагоудерживающей и жироудерживающей способности исследуемых мясных систем. В мясных системах на основе мяса курицы возможно увеличенин доли замены до 15 %. Проведенный комплекс исследований будет полезным и важным потому, что ляжет в основу разработки технологий мясо-растительных колбасных изделий для удовлетворения потребностей различных сегментов потребителейПроведено дослідження використання пророщеного зерна маша на структуроутворюючі показники м’ясних систем, як перспективної сировини під час виробництва м'ясо-рослинних ковбасних виробів. Досліджено вміст йоду у пророщеному зерні маша та його анатомічних частинах використовуючи розчини йодида калію. Визначено зміну вмісту фітинової кислоти та розмір фітинових глоболоїдів у солоді зерен маша залежно від умов пророщення. Досліджено вплив борошна з пророщеного зерна маша на вологозвязуючу, вологоутримуючу, жироутримуючу здатність та рН мясних систем на основі мяса телятини, свинини, курятини. Проведення даного комплексу досліджень є важливим, тому, що отримані закономірності дозволять розробити технології м'ясо-рослинних ковбасних виробів, розширити асортимент збагачених мясних продуктів. В результаті дослідження встановлено, що на ступінь біотрансформації йоду в зерно має вплив вміст білка у нативному зерні. Майже 90…95 % йоду акумулюється у сім’ядолях зерна у білковій фракції, 5…10 % у паростках та корінцях. Раціональний діапазон концентрацій йодида калію у розчині для пророщування становить 76,5 г на 1000 см3, протягом 48 год. Збільшення часу пророщування призводить до мікробіологічного псування зернової маси. Процес пророщення впливає на зменшення вмісту фітинової кислоти, що підтверджено зменшенням діаметру фітинових глоболоїдів. Раціонально використовувати в мясних системах на основі мяса свинини та телятини 10 % розробленого борошна за рахунок зменшення мясної сировини. За такого співвідношення рецептурних інгредієнтів досягаєься максимальна підвищення вологозвязуючої, вологоутримуючої та жироутримуючої здатності даних мясних сисем. У мясних системах на основі мяса куриці можливо збільнешя частки заміни до 15 %. Проведений комплекс досліджень є корисними і важливими тому, що ляже в основу розробки технологій м'ясо-рослинних ковбасних виробів для задоволення потреб різних сегментів споживачі

Мова як соціальне явище: інтерсуб’єктивність та прагматичний вимір

The paper attempts in answering the question of why the language can be considered a social phenomenon. The author alines herself with the B.A. SerebryakofF’s conception of language as (1) universal social phenomenon of a necessary character, and (2) unique phenomenon unlike to any other.Стаття присвячена пошуку відповіді на питання, що саме робить мову соціальним явищем. Позиція автора співпадає з позицією дослідника В.А. Серебреннікова відносно розуміння мови, по-перше, як універсального соціального явища, без якого були б неможливі будь-які інші, і по-друге, - як унікального явища, несхожого на жодне інше

From visual perception to comprehension: Variations in construal and gaze behavior

The study explores the construal shifts from VISUAL PERCEPTION to COMPREHENSION image schemas (Grady, 2005) which the readers may face when they deal with the contexts employing the verb of visual perception видеть (see) in the Russian language. The aim of the study is to find out how different image schema types affect the readers’ gaze behavior and default interpretation. It develops a two-stage procedure which involves the corpus-based semantic analysis followed by the oculographic experiment and participants’ reports. The corpus-based search and semantic annotation help define a range of linguistic attractors (Gibbs, 2006) contingent on the image schema types of visual perception and comprehension with the latter exhibiting a more abstract character (Grady, 2005). To proceed, we appeal to the morphological, lexical, and syntactic attractors of the verbs of perception and abstract semantics outlined in (Kustova, 2004; Baicchi & Digonne, 2018; Béligon et al., 2019) and apply them for further samples annotation and contingency analysis. The typical attractors for VISUAL PERCEPTION image schema involve the verb in the perfective, visual semantics in pre-position, direct object in post-position, negation marker, animated direct object in post-position; whereas the COMPREHENSION image schema attractors are scarce and are restricted to attributes of evaluation in pre-position and several adverb types. The oculographic experiment tests the effects of perceptual construal priming and the construal entrenchment on gaze behavior and default interpretation. The experiment did not reveal significant schema type contingency on interpretation, however in terms of gaze behavior COMPREHENSION image schema was more demanding

Інтернет-середовище як засіб виховання особистості молодшого школяра

In the article the authors consider the influence of the mass media on the consciousness of a person who is capable of convincing him. The Internet plays the most effective and significant role among them, in particular the study of the influence of the environment on the social upbringing of a child, on his innerworld and behavior. The problem of its influence is quite complex and not unambiguous. This work is only one of the attempts to understand this problem more in depth and to outline the directions of educational and training activities for the fruitful management of children’s vital realities.У статті автори актуалізують проблему впливу засобів масової інформації на свідомість людини, які здатні переконувати її найефективнішим чином і значну роль серед них сьогодні відіграє Інтернет, зокрема вивчення впливу середовища на соціальне виховання дитини, на її внутрішній світ та поведінку. Проблема його впливу є досить складною і неоднозначною. Дана робота є лише однією із спроб розібратися в цій проблемі більш глибоко виділити напрямки виховної та навчальної діяльності для позитивного керування дитячими реаліями

The Motif-Based Approach to the Analysis of the Employee Trajectories within Organization

The analysis of the employees’ movement within organization building is an important task of the investigation of the business processes existing in the organization, including provision its cyberphysical security. In the paper, the motif-based approach to behavior pattern description and anomalies in organization staff movement is proposed. The motif of the employees’ movement represents a combination of the spatial and temporal attributes of the movement enforced by attributes of the visited controlled zone. The usage of motifs enables transformation of the raw logs from the proximity sensors of the access control system containing only identifiers of the controlled zones into semantically meaningful list of the activities. This approach is demonstrated with an application to the 2016 VAST Mini-Challenge 2 data set, which describes movement of the employees within organization building

metaRE R Package for Meta-Analysis of Transcriptome Data to Identify the cis-Regulatory Code behind the Transcriptional Reprogramming

At the molecular level, response to an external factor or an internal condition causes reprogramming of temporal and spatial transcription. When an organism undergoes physiological and/or morphological changes, several signaling pathways are activated simultaneously. Examples of such complex reactions are the response to temperature changes, dehydration, various biologically active substances, and others. A significant part of the regulatory ensemble in such complex reactions remains unidentified. We developed metaRE, an R package for the systematic search for cis-regulatory elements enriched in the promoters of the genes significantly changed their transcription in a complex reaction. metaRE mines multiple expression profiling datasets generated to test the same organism’s response and identifies simple and composite cis-regulatory elements systematically associated with differential expression of genes. Here, we showed metaRE performance for the identification of low-temperature-responsive cis-regulatory code in Arabidopsis thaliana and Danio rerio. MetaRE identified potential binding sites for known as well as unknown cold response regulators. A notable part of cis-elements was found in both searches discovering great conservation in low-temperature responses between plants and animals