Identification of plasmodium vivax proteins with potential role in invasion using sequence redundancy reduction and profile hidden markov models

Background: This study describes a bioinformatics approach designed to identify Plasmodium vivax proteins potentially involved in reticulocyte invasion. Specifically, different protein training sets were built and tuned based on different biological parameters, such as experimental evidence of secretion and/or involvement in invasion-related processes. A profile-based sequence method supported by hidden Markov models (HMMs) was then used to build classifiers to search for biologically-related proteins. The transcriptional profile of the P. vivax intra-erythrocyte developmental cycle was then screened using these classifiers. Results: A bioinformatics methodology for identifying potentially secreted P. vivax proteins was designed using sequence redundancy reduction and probabilistic profiles. This methodology led to identifying a set of 45 proteins that are potentially secreted during the P. vivax intra-erythrocyte development cycle and could be involved in cell invasion. Thirteen of the 45 proteins have already been described as vaccine candidates; there is experimental evidence of protein expression for 7 of the 32 remaining ones, while no previous studies of expression, function or immunology have been carried out for the additional 25. Conclusions: The results support the idea that probabilistic techniques like profile HMMs improve similarity searches. Also, different adjustments such as sequence redundancy reduction using Pisces or Cd-Hit allowed data clustering based on rational reproducible measurements. This kind of approach for selecting proteins with specific functions is highly important for supporting large-scale analyses that could aid in the identification of genes encoding potential new target antigens for vaccine development and drug design. The present study has led to targeting 32 proteins for further testing regarding their ability to induce protective immune responses against P. vivax malaria

Data Assimilation as a Tool to Improve Chemical Transport Models Performance in Developing Countries

Particulate matter (PM) is one of the most problematic pollutants in urban air. The effects of PM on human health, associated especially with PM of ≤2.5μm in diameter, include asthma, lung cancer and cardiovascular disease. Consequently, major urban centers commonly monitor PM2.5 as part of their air quality management strategies. The Chemical Transport models allow for a permanent monitoring and prediction of pollutant behavior for all the regions of interest, different to the sensor network where the concentration is just available in specific points. In this chapter a data assimilation system for the LOTOS-EUROS chemical transport model has been implemented to improve the simulation and forecast of Particulate Matter in a densely populated urban valley of the tropical Andes. The Aburrá Valley in Colombia was used as a case study, given data availability and current environmental issues related to population expansion. Using different experiments and observations sources, we shown how the Data Assimilation can improve the model representation of pollutants

Identification of Plasmodium vivax Proteins with Potential Role in Invasion Using Sequence Redundancy Reduction and Profile Hidden Markov Models

BACKGROUND: This study describes a bioinformatics approach designed to identify Plasmodium vivax proteins potentially involved in reticulocyte invasion. Specifically, different protein training sets were built and tuned based on different biological parameters, such as experimental evidence of secretion and/or involvement in invasion-related processes. A profile-based sequence method supported by hidden Markov models (HMMs) was then used to build classifiers to search for biologically-related proteins. The transcriptional profile of the P. vivax intra-erythrocyte developmental cycle was then screened using these classifiers. RESULTS: A bioinformatics methodology for identifying potentially secreted P. vivax proteins was designed using sequence redundancy reduction and probabilistic profiles. This methodology led to identifying a set of 45 proteins that are potentially secreted during the P. vivax intra-erythrocyte development cycle and could be involved in cell invasion. Thirteen of the 45 proteins have already been described as vaccine candidates; there is experimental evidence of protein expression for 7 of the 32 remaining ones, while no previous studies of expression, function or immunology have been carried out for the additional 25. CONCLUSIONS: The results support the idea that probabilistic techniques like profile HMMs improve similarity searches. Also, different adjustments such as sequence redundancy reduction using Pisces or Cd-Hit allowed data clustering based on rational reproducible measurements. This kind of approach for selecting proteins with specific functions is highly important for supporting large-scale analyses that could aid in the identification of genes encoding potential new target antigens for vaccine development and drug design. The present study has led to targeting 32 proteins for further testing regarding their ability to induce protective immune responses against P. vivax malaria

Experiencias en el aula: cuarto encuentro de prácticas pedagógicas innovadoras.

Cuarto encuentro de prácticas pedagógicas innovadoras, evento que se llevo a cabo los días 7 y 8 de Octubre de 2019

Experiencias en el aula: cuarto encuentro de prácticas pedagógicas innovadoras.

Cuarto encuentro de prácticas pedagógicas innovadoras, evento que se llevo a cabo los días 7 y 8 de Octubre de 2019

Identification of plasmodium vivax proteins with potential role in invasion using sequence redundancy reduction and profile hidden markov models

Background: This study describes a bioinformatics approach designed to identify Plasmodium vivax proteins potentially involved in reticulocyte invasion. Specifically, different protein training sets were built and tuned based on different biological parameters, such as experimental evidence of secretion and/or involvement in invasion-related processes. A profile-based sequence method supported by hidden Markov models (HMMs) was then used to build classifiers to search for biologically-related proteins. The transcriptional profile of the P. vivax intra-erythrocyte developmental cycle was then screened using these classifiers. Results: A bioinformatics methodology for identifying potentially secreted P. vivax proteins was designed using sequence redundancy reduction and probabilistic profiles. This methodology led to identifying a set of 45 proteins that are potentially secreted during the P. vivax intra-erythrocyte development cycle and could be involved in cell invasion. Thirteen of the 45 proteins have already been described as vaccine candidates; there is experimental evidence of protein expression for 7 of the 32 remaining ones, while no previous studies of expression, function or immunology have been carried out for the additional 25. Conclusions: The results support the idea that probabilistic techniques like profile HMMs improve similarity searches. Also, different adjustments such as sequence redundancy reduction using Pisces or Cd-Hit allowed data clustering based on rational reproducible measurements. This kind of approach for selecting proteins with specific functions is highly important for supporting large-scale analyses that could aid in the identification of genes encoding potential new target antigens for vaccine development and drug design. The present study has led to targeting 32 proteins for further testing regarding their ability to induce protective immune responses against P. vivax malaria

Competencia conversacional en lengua franca para analizar los actos de habla en comunicaciones interculturales

This research focus on the divergences in linguistic action patterns and the effect of intercultural communication through in conversations in lingua franca. The above in order to identify speech acts produced in the social interactions between members of different cultures, specifically Chinese and Colombian. Therefore, an analytical methodology was applied in relation to the dyadic conversation among a Chinese and a Colombian teacher who interacted in English. The results show the obstacles overcoming among both participants, who took into account cultural dimensions, as well as signs of gestural and body language to solve any difficulties presented by verbal communication. However, the lack of knowledge about linguistic rules in relation to the use of language and the cultural standards, such as stereotypes, social distances, besides the cultural iceberg could cause certain difficulties in the pragmatics of communication.Esta investigación señala las divergencias en patrones de acción lingüística, y el efecto de la comunicación intercultural a través de conversaciones en lengua franca. Lo anterior, con el fin de analizar actos de habla dados en interacciones sociales entre miembros chinos y colombianos. Por tanto, se empleó una metodología analítica sobre la conversación en la que se seleccionó una díada entre un docente chino y uno colombiano, quienes interactuaron en inglés. Los resultados muestran la superación de los obstáculos verbales entre ambos participantes, quienes tuvieron en cuenta dimensiones culturales, así como signos del lenguaje gestual y corporal para solventar cualquier dificultad presente frente al lenguaje verbal. Sin embargo, el desconocimiento de las normas lingüísticas con respecto al uso de la lengua y los estándares culturales tales como los estereotipos, las distancias sociales, además del iceberg cultural podrían causar ciertas dificultades en la pragmática de la comunicación

Medellin Air Quality Initiative (MAUI)

This chapter book presents Medellín Air qUality Initiative or MAUI Project; it tells a brief story of this teamwork, their scientific and technological directions. The modeling work focuses on the ecosystems and human health impact due to the exposition of several pollutants transported from long-range places and deposited. For this objective, the WRF and LOTOS-EUROS were configurated and implemented over the región of interest previously updating some input conditions like land use and orography. By other side, a spinoff initiative named SimpleSpace was also born during this time, developing, through this instrumentation branch a very compact and modular low-cost sensor to deploy in new air quality networks over the study domain. For testing this instrument and find an alternative way to measure pollutants in the vertical layers, the Helicopter In-Situ Pollution Assessment Experiment HIPAE misión was developed to take data through the overflight of a helicopter over Medellín. From the data obtained from the Simple units and other experiments in the payload, a citogenotoxicity analysis quantify the cellular damage caused by the exposition of the pollutants

Historia del Banco de la República 1923-2015

Para contar la historia de la banca central de un país se pueden elegir varios caminos. Es posible adoptar un enfoque de carácter biográfico, siguiendo sucesivamente las trayectorias vitales y laborales de los personajes más influyentes en el desarrollo cronológico y administrativo de la entidad; otro método común es hacer un seguimiento de las normas y regulaciones internas y externas que marcaron hitos en la actividad del banco central; también es posible concentrarse en las ideas y doctrinas económicas imperantes a lo largo de la historia de la institución y analizar cómo se reflejaron en el diseño de las políticas y las actuaciones de las autoridades. En el caso de la historia del Banco de la República que ahora presentamos se ha adoptado un enfoque ecléctico, con plena conciencia de que el lector encontrará como producto final un texto heterogéneo. Hemos querido que en este trabajo participara un conjunto muy destacado de economistas e historiadores colombianos, todos con vínculos académicos, personales o profesionales con el Banco, y un rango muy amplio de experiencias, enfoques e intereses. Algunos de los escritores invitados se han ocupado, de tiempo atrás, en la historia económica con un enfoque clásico de ciencia social; otros se han centrado principalmente en los estudios teóricos y econométricos, de manera que su aproximación a esta historia es quizá más descriptiva y puntual. (Tomado del prólogo del libro

Consideraciones de innovación e investigación metodológica aplicadas a las ciencias del entrenamiento deportivo

Las ciencias del deporte son un campo multidisciplinario relacionado con la comprensión y la mejora del rendimiento humano. Incluye el conocimiento, los métodos y las aplicaciones de las subdisciplinas de los estudios del movimiento humano, es decir, fisiología del ejercicio, cineantropometría, biomecánica, desarrollo, aprendizaje y control motor, psicología del ejercicio y del deporte, entre otras. Las ciencias del deporte se ocupan también de la interacción de estas ciencias para proponer respuestas a los problemas del desarrollo de los deportistas y su formación para el rendimiento. La idea es proporcionar intervenciones basadas en evidencia a los deportistas para ayudarlos a lograr el mejor rendimiento deportivo posible. La investigación en las ciencias del deporte produce conocimiento que frecuentemente es muy relevante para el deporte de alto rendimiento. Sin embargo, existe una brecha entre la ciencia actual y el entrenamiento aplicado, la transferencia a la práctica de los desarrollos científicos no es una tarea sencilla. Los descubrimientos de las ciencias del deporte no siempre son transferidos de forma fluida a la práctica del entrenamiento en los campos deportivos y, al contrario, el entrenamiento no siempre está apoyado en los desarrollos científicos. Abordar y salvar esta brecha desde ambos lados de la investigación es una ambición importante. El presente texto presenta una serie interesante de propuestas que pretenden abordar esta problemática y fundamentar el entrenamiento deportivo a partir de la recolección de evidencias. Se trata de una contribución desde diferentes subdisciplinas, como la fisiología del ejercicio, el aprendizaje motor, la pedagogía, la cineantropometría y la psicología del deporte, en donde se pone a prueba, utilizando enfoques de investigación tanto cuantitativos como cualitativos, procedimientos para proponer solución a problemas de rendimiento en diversas modalidades deportivas tales como fútbol, rugby, patinaje de carreras, tenis de campo, gimnasia artísitica y béisbol. Me complace mucho presentar este compendio de 11 capítulos en donde se presentan en sociedad los esfuerzos llevados a cabo por au7 tores que confían en que la investigación es la base fundamental del rendimiento deportivo. De esta manera, los esfuerzos de entrenadores y deportistas serán mucho más productivos y los recursos mejor empleados cuando logramos implementar en la práctica los procedimientos comprobados empíricamente. Los 11 trabajos muestran una estrecha relación entre la teoría y la práctica, y su lectura nos dotará de conocimientos y nuevas ideas. Invito a los lectores a sumergirse en la lectura de este escrito, en el cual se discute el maravilloso, pero a menudo implacable, desafío de mejorar el rendimiento de los deportistas. Combinando el conocimiento existente (lo que sabemos que funciona), el conocimiento transferible (lo que ha funcionado en otros lugares), las observaciones anecdóticas (lo que hemos visto funcionar) y la innovación (como las que se proponen en los 11 capítulos de este texto) nos permitirá encontrar la solución correcta, en el momento adecuado, para el individuo específico (y a menudo único) para superar el desafiante "arte" de la aplicación. Aquí se explora este desafío relacionado con el aprendizaje y entrenamiento de deportes muy populares y con gran cantidad de practicantes en Colombia. Para todos los que nos gusta la combinación ciencia y deporte, es un disfrute pasar las páginas y descubrir algo nuevo y relevante en cada una de ellas. El esfuerzo editorial de Félix y los compañeros de la USB de Cartagena es un regalo para cada uno de nosotros que nos deleitamos con deportes como el béisbol, fútbol y fugby. También apreciamos y nos emocionamos con los desarrollos técnicos y científicos en tenis, patinaje de carreras y gimnasia artísitica. Agradezco a cada uno de los autores por permitirnos disfrutar de su trabajo y por compartir con nosotros los métodos por los cuales llegaron a obtener resultados científicos relevantes para la práctica. Su trabajo será también fuente de ideas para otros investigadores que, a partir de lo construido por los autores participantes en este libro, podrán aportar también su porción de conocimiento para continuar construyendo este gran puzzle de las ciencias del deporte y del entrenamiento deportivo.A manera de prólogoPresentaciónCapítulo 1. Análisis de los efectos sobre la efectividad técnica y resistencia intermitente de los métodos periodización táctica y ATR en jugadores universitarios de tenis de campo. Diego Fernando Polanco Bustos y Jorge Ricardo Sanna GuerreroCapítulo 2. Diseño metodológico basado en ejercicios de variabilidad y su efecto para desarrollar la velocidad en el lanzamiento de la recta en pitchers de 16 años en la escuela de Béisbol de Comfenalco de Cartagena de Indias. Ángel Antonio Lozano Ariza, Oscar Miguel Villarreal Rocha y Edwin José Torres HerreraCapítulo 3. Diseño metodológico basado en ejercicios pliométricos y su efecto para desarrollar la potencia de miembros inferiores en arqueros de 16 a 17 años de la Academia de Fútbol de Crespo de Cartagena de Indias. Félix Enrique Pájaro Olivo, Yehinson Barajas Ramón y Juan Manuel Torres PlataCapítulo 4. Segmentación de la composición corporal según la posición de juego de los deportistas pertenecientes a la selección de rugby de la Universidad de la Guajira Distrito Riohacha. Yaina Panciera Di Zoppola, Juan David Niño Restrepo y Katherine BarrosCapítulo 5. La enseñanza del fútbol: modelo didáctico de competencias de acción de juego. Wilder Geovanny Valencia Sánchez, Ricardo León Díaz García y Elkin Alberto Arias AriasCapítulo 6. Rendimiento anaeróbico en niñas prepúberes que practican patinaje de carreras. Jesús León Lozada MedinaCapítulo 7. Programa de intervención con cargas concentradas de coordinación para el mejoramiento de la defensa de campo en jugadores de cuadro de 4 a 8 años en la Escuela de Béisbol Club de Leones de Cartagena. Luis Ángel Cardozo Pacheco y Manuel De Jesús Cortina NúñezCapítulo 8. Incidencia de un programa de aprendizaje basado en el fútbol, en las habilidades motrices básicas en niños de 6 y 7 años participantes de un semillero extraclase. Juan Sebastián Upegui Agudelo y Enoc Valentín González PalacioCapítulo 9. Las prácticas deportivas en clave de género, aproximaciones desde otros bordes. Idis Alfaro Ponce y Linda Martínez DíazCapítulo 10. Actividad física y deporte en las narrativas de dirigentes y promotores en una institución del Distrito de Cartagena de Indias- Colombia: una línea de base. Diana Díaz Vidal y Keily Puerta MateusCapítulo 11. Características fisiológicas en gimnasia artística masculina. Julián Mauricio Soto Morcote y Fernando Alberto Bohórquez Campo