Estimating Sampling Selection Bias in Human Genetics: A Phenomenological Approach

This research is the first empirical attempt to calculate the various components of the hidden bias associated with the sampling strategies routinely-used in human genetics, with special reference to surname-based strategies. We reconstructed surname distributions of 26 Italian communities with different demographic features across the last six centuries (years 1447-2001). The degree of overlapping between "reference founding core" distributions and the distributions obtained from sampling the present day communities by probabilistic and selective methods was quantified under different conditions and models. When taking into account only one individual per surname (low kinship model), the average discrepancy was 59.5%, with a peak of 84% by random sampling. When multiple individuals per surname were considered (high kinship model), the discrepancy decreased by 8-30% at the cost of a larger variance. Criteria aimed at maximizing locally-spread patrilineages and long-term residency appeared to be affected by recent gene flows much more than expected. Selection of the more frequent family names following low kinship criteria proved to be a suitable approach only for historically stable communities. In any other case true random sampling, despite its high variance, did not return more biased estimates than other selective methods. Our results indicate that the sampling of individuals bearing historically documented surnames (founders' method) should be applied, especially when studying the male-specific genome, to prevent an over-stratification of ancient and recent genetic components that heavily biases inferences and statistics

Las representaciones sociales de los docentes, en relación con la incidencia de la enseñanza de idiomas extranjeros en la formación de grado universitario en el ámbito de la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales (FHyCS-UNaM). EIERS 2. 16H314

Es continuidad del Proyecto EIERS (16H-254); continuando con el diseño de investigación exploratoria, cuali-cuantitativo, que tiene por objeto relevar las representaciones sociales de los docentes de la FHyCS-UNaM sobre el valor otorgado a la inclusión del aprendizaje de idiomas extranjeros en la formación académica de grado y contrastarlos con las prácticas académicas (programas de cátedras, producciones didácticas e Informes de Investigación, de Avance y Finales, producidos por los docentes de las carreras de grado en estudio y con el Informe Final del proyecto EIERS). La finalidad será construir un corpus crítico entre lo relevado en los discursos y lo que se hace en la praxis en cuanto a la incorporación de la lengua extranjera en los procesos de enseñanzaaprendizaje en la formación de estudiantes universitarios de las carreras de grado de la FHyCSUNaM. Con este proceso de indagación se busca disponer de conocimiento, analizado a partir de datos primarios y fuentes secundarias, para construir criterios de análisis que posibiliten desarrollar acciones críticas sobre el quehacer en la formación universitaria de grado en relación a la adquisición de competencias lingüísticas que posibiliten el acceso a la producción científico académica que se realiza en otros idiomas. En esta segunda etapa el equipo de investigadores se propone explorar la percepción que tienen los docentes sobre los aprendizajes instrumentales de lenguas extranjeras y la valoración que realizan acerca del impacto de estos conocimientos en la habilitación académica de los estudiantes en su formación de grado universitario; como así también en la continuidad de las carreras de postgrado y / en su desarrollo profesional. El análisis de las RSd sobre la importancia de los IE en su formación de grado, brindará información acerca de los modos en que el docente construye el espacio disciplinar en que está inmerso a fin de trazar nuevas y más complejas redes conceptuales, redimensionando sus prácticas áulicas Resumen técnico: Es continuidad del Proyecto EIERS (16H-254); continuando con el diseño de investigación exploratoria, cuali-cuantitativo, que tiene por objeto relevar las representaciones sociales de los docentes de la FHyCS-UNaM sobre el valor otorgado a la inclusión del aprendizaje de idiomas extranjeros en la formación académica de grado y contrastarlos con las prácticas académicas (programas de cátedras, producciones didácticas e Informes de Investigación, de Avance y Finales, producidos por los docentes de las carreras de grado en estudio y con el Informe Final del proyecto EIERS). La finalidad será construir un corpus crítico entre lo relevado en los discursos y lo que se hace en la praxis en cuanto a la incorporación de la lengua extranjera en los procesos de enseñanzaaprendizaje en la formación de estudiantes universitarios de las carreras de grado de la FHyCSUNaM. Con este proceso de indagación se busca disponer de conocimiento, analizado a partir de datos primarios y fuentes secundarias, para construir criterios de análisis que posibiliten desarrollar acciones críticas sobre el quehacer en la formación universitaria de grado en relación a la UNaM – FHCS – SinvyP Gsinvyp03 adquisición de competencias lingüísticas que posibiliten el acceso a la producción científico académica que se realiza en otros idiomas

Las representaciones sociales de los graduados, en relacion con la incidencia de la enseñanza de idiomas extranjeros en la formación de grado universitario. 16H379

El presente proyecto, continuidad de los Proyecto EIERS (16H-254) y EIERS 2(16H- 314), tiene por objeto relevar las representaciones sociales de los graduados de la FHyCS-UNaM sobre el valor otorgado a la inclusión del aprendizaje de idiomas extranjeros en la formación académica de grado y contrastarlos con los resultados obtenidos en el Proyecto EIERS ( Encuestas) y en EIERS 2 (programas de cátedras, producciones didácticas e Informes de Investigación, de Avance y Finales, producidos por los docentes de las carreras de grado) y con los Informes Finales de estos proyecto. En esta tercera etapa el equipo de investigadores se propone explorar la percepción que tienen los graduados sobre los aprendizajes instrumentales de lenguas extranjeras desarrollados en su formación de grado y la valoración que realizan acerca del impacto de estos conocimientos en la habilitación y desarrollo profesional; como así también en la continuidad de carreras de postgrado. El análisis de las RSg sobre la importancia de los IE en su formación de grado, brindará información acerca de los modos en que los graduados construyeron este espacio disciplinar a fin de trazar nuevas y más complejas redes conceptuales, redimensionando sus experiencias como graduados y las RS que como estudiantes dieron lugar a estas construcciones. La finalidad será construir un corpus crítico relacionando lo relevado en los anteriores proyectos que integran esta línea investigativa; y lo que se hace en la praxis tanto por parte de docentes como de estudiantes, en cuanto a la incorporación de lenguas extranjeras en los procesos de enseñanza y aprendizaje en la formación de estudiantes universitarios de las carreras de grado de la FHyCS-UNaM. Con este proceso de indagación se busca disponer de conocimiento, analizado a partir de datos primarios y fuentes secundarias, para construir criterios de análisis que posibiliten desarrollar acciones críticas sobre el quehacer en la formación universitaria de grado en relación a la adquisición de competencias lingüísticas que posibiliten el acceso a la producción científico académica que se realiza en lenguas extranjeras en la FHyCS-UNaM.

Colorectal Cancer Stage at Diagnosis Before vs During the COVID-19 Pandemic in Italy

IMPORTANCE Delays in screening programs and the reluctance of patients to seek medical attention because of the outbreak of SARS-CoV-2 could be associated with the risk of more advanced colorectal cancers at diagnosis. OBJECTIVE To evaluate whether the SARS-CoV-2 pandemic was associated with more advanced oncologic stage and change in clinical presentation for patients with colorectal cancer. DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS This retrospective, multicenter cohort study included all 17 938 adult patients who underwent surgery for colorectal cancer from March 1, 2020, to December 31, 2021 (pandemic period), and from January 1, 2018, to February 29, 2020 (prepandemic period), in 81 participating centers in Italy, including tertiary centers and community hospitals. Follow-up was 30 days from surgery. EXPOSURES Any type of surgical procedure for colorectal cancer, including explorative surgery, palliative procedures, and atypical or segmental resections. MAIN OUTCOMES AND MEASURES The primary outcome was advanced stage of colorectal cancer at diagnosis. Secondary outcomes were distant metastasis, T4 stage, aggressive biology (defined as cancer with at least 1 of the following characteristics: signet ring cells, mucinous tumor, budding, lymphovascular invasion, perineural invasion, and lymphangitis), stenotic lesion, emergency surgery, and palliative surgery. The independent association between the pandemic period and the outcomes was assessed using multivariate random-effects logistic regression, with hospital as the cluster variable. RESULTS A total of 17 938 patients (10 007 men [55.8%]; mean [SD] age, 70.6 [12.2] years) underwent surgery for colorectal cancer: 7796 (43.5%) during the pandemic period and 10 142 (56.5%) during the prepandemic period. Logistic regression indicated that the pandemic period was significantly associated with an increased rate of advanced-stage colorectal cancer (odds ratio [OR], 1.07; 95%CI, 1.01-1.13; P = .03), aggressive biology (OR, 1.32; 95%CI, 1.15-1.53; P < .001), and stenotic lesions (OR, 1.15; 95%CI, 1.01-1.31; P = .03). CONCLUSIONS AND RELEVANCE This cohort study suggests a significant association between the SARS-CoV-2 pandemic and the risk of a more advanced oncologic stage at diagnosis among patients undergoing surgery for colorectal cancer and might indicate a potential reduction of survival for these patients

Albiglutide and cardiovascular outcomes in patients with type 2 diabetes and cardiovascular disease (Harmony Outcomes): a double-blind, randomised placebo-controlled trial

Background: Glucagon-like peptide 1 receptor agonists differ in chemical structure, duration of action, and in their effects on clinical outcomes. The cardiovascular effects of once-weekly albiglutide in type 2 diabetes are unknown. We aimed to determine the safety and efficacy of albiglutide in preventing cardiovascular death, myocardial infarction, or stroke. Methods: We did a double-blind, randomised, placebo-controlled trial in 610 sites across 28 countries. We randomly assigned patients aged 40 years and older with type 2 diabetes and cardiovascular disease (at a 1:1 ratio) to groups that either received a subcutaneous injection of albiglutide (30–50 mg, based on glycaemic response and tolerability) or of a matched volume of placebo once a week, in addition to their standard care. Investigators used an interactive voice or web response system to obtain treatment assignment, and patients and all study investigators were masked to their treatment allocation. We hypothesised that albiglutide would be non-inferior to placebo for the primary outcome of the first occurrence of cardiovascular death, myocardial infarction, or stroke, which was assessed in the intention-to-treat population. If non-inferiority was confirmed by an upper limit of the 95% CI for a hazard ratio of less than 1·30, closed testing for superiority was prespecified. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT02465515. Findings: Patients were screened between July 1, 2015, and Nov 24, 2016. 10 793 patients were screened and 9463 participants were enrolled and randomly assigned to groups: 4731 patients were assigned to receive albiglutide and 4732 patients to receive placebo. On Nov 8, 2017, it was determined that 611 primary endpoints and a median follow-up of at least 1·5 years had accrued, and participants returned for a final visit and discontinuation from study treatment; the last patient visit was on March 12, 2018. These 9463 patients, the intention-to-treat population, were evaluated for a median duration of 1·6 years and were assessed for the primary outcome. The primary composite outcome occurred in 338 (7%) of 4731 patients at an incidence rate of 4·6 events per 100 person-years in the albiglutide group and in 428 (9%) of 4732 patients at an incidence rate of 5·9 events per 100 person-years in the placebo group (hazard ratio 0·78, 95% CI 0·68–0·90), which indicated that albiglutide was superior to placebo (p<0·0001 for non-inferiority; p=0·0006 for superiority). The incidence of acute pancreatitis (ten patients in the albiglutide group and seven patients in the placebo group), pancreatic cancer (six patients in the albiglutide group and five patients in the placebo group), medullary thyroid carcinoma (zero patients in both groups), and other serious adverse events did not differ between the two groups. There were three (<1%) deaths in the placebo group that were assessed by investigators, who were masked to study drug assignment, to be treatment-related and two (<1%) deaths in the albiglutide group. Interpretation: In patients with type 2 diabetes and cardiovascular disease, albiglutide was superior to placebo with respect to major adverse cardiovascular events. Evidence-based glucagon-like peptide 1 receptor agonists should therefore be considered as part of a comprehensive strategy to reduce the risk of cardiovascular events in patients with type 2 diabetes. Funding: GlaxoSmithKline

Detailed list of R2 values and correlation signs (S) with nominal and Bonferroni adjusted P-values for different sampling strategies and models.

<p>Sampling strategies: R, random; FQ, first quartile; LS, locally spread; GP, grandparents; FS, founder surnames. Models: LK, low-kinship; HK, high-kinship.</p

Minimum, maximum and mean values of the sampling-dependent bias (SDB) calculated after sampling by random (R), locally spread (LS), first quartile (FQ) and grandparents (GP) strategies, under the low-kinship (A) and the high-kinship (B) models in the 26 investigated communities.

<p>Minimum, maximum and mean values of the sampling-dependent bias (SDB) calculated after sampling by random (R), locally spread (LS), first quartile (FQ) and grandparents (GP) strategies, under the low-kinship (A) and the high-kinship (B) models in the 26 investigated communities.</p