Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

The Helicobacter pylori Genome Project : insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes

Helicobacter pylori, a dominant member of the gastric microbiota, shares co-evolutionary history with humans. This has led to the development of genetically distinct H. pylori subpopulations associated with the geographic origin of the host and with differential gastric disease risk. Here, we provide insights into H. pylori population structure as a part of the Helicobacter pylori Genome Project (HpGP), a multi-disciplinary initiative aimed at elucidating H. pylori pathogenesis and identifying new therapeutic targets. We collected 1011 well-characterized clinical strains from 50 countries and generated high-quality genome sequences. We analysed core genome diversity and population structure of the HpGP dataset and 255 worldwide reference genomes to outline the ancestral contribution to Eurasian, African, and American populations. We found evidence of substantial contribution of population hpNorthAsia and subpopulation hspUral in Northern European H. pylori. The genomes of H. pylori isolated from northern and southern Indigenous Americans differed in that bacteria isolated in northern Indigenous communities were more similar to North Asian H. pylori while the southern had higher relatedness to hpEastAsia. Notably, we also found a highly clonal yet geographically dispersed North American subpopulation, which is negative for the cag pathogenicity island, and present in 7% of sequenced US genomes. We expect the HpGP dataset and the corresponding strains to become a major asset for H. pylori genomics

VIII Encuentro de Docentes e Investigadores en Historia del Diseño, la Arquitectura y la Ciudad

Acta de congresoLa conmemoración de los cien años de la Reforma Universitaria de 1918 se presentó como una ocasión propicia para debatir el rol de la historia, la teoría y la crítica en la formación y en la práctica profesional de diseñadores, arquitectos y urbanistas. En ese marco el VIII Encuentro de Docentes e Investigadores en Historia del Diseño, la Arquitectura y la Ciudad constituyó un espacio de intercambio y reflexión cuya realización ha sido posible gracias a la colaboración entre Facultades de Arquitectura, Urbanismo y Diseño de la Universidad Nacional y la Facultad de Arquitectura de la Universidad Católica de Córdoba, contando además con la activa participación de mayoría de las Facultades, Centros e Institutos de Historia de la Arquitectura del país y la región. Orientado en su convocatoria tanto a docentes como a estudiantes de Arquitectura y Diseño Industrial de todos los niveles de la FAUD-UNC promovió el debate de ideas a partir de experiencias concretas en instancias tales como mesas temáticas de carácter interdisciplinario, que adoptaron la modalidad de presentación de ponencias, entre otras actividades. En el ámbito de VIII Encuentro, desarrollado en la sede Ciudad Universitaria de Córdoba, se desplegaron numerosas posiciones sobre la enseñanza, la investigación y la formación en historia, teoría y crítica del diseño, la arquitectura y la ciudad; sumándose el aporte realizado a través de sus respectivas conferencias de Ana Clarisa Agüero, Bibiana Cicutti, Fernando Aliata y Alberto Petrina. El conjunto de ponencias que se publican en este Repositorio de la UNC son el resultado de dos intensas jornadas de exposiciones, cuyos contenidos han posibilitado actualizar viejos dilemas y promover nuevos debates. El evento recibió el apoyo de las autoridades de la FAUD-UNC, en especial de la Secretaría de Investigación y de la Biblioteca de nuestra casa, como así también de la Facultad de Arquitectura de la UCC; va para todos ellos un especial agradecimiento

Caracterización de bacterias cultivables aisladas de sitios de arrecifes mesofóticos de Cuba

The bacterial communities of mesophotic reef sites constitute genetic information of interest due to the particular conditions of temperature, pressure, salinity and availability of organic matter and nutrients in the environment in which they develop. The present work aimed to evaluate the bacterial diversity in waters surrounding the mesophotic reefs of Cuba during the period May-June 2017; as well as some of its biotechnological potentialities. Bacterial cultures were isolated on marine agar medium for two water column depth levels at 10 sampling sites.  Subsequently, the metabolic capacities of the isolates were evaluated and related to the assimilation of different carbon sources and the production of bioactive metabolites.  The results allowed the characterization of 30 bacterial cultures from subsurface-level and 32 from deep-sea waters.  The highest percentage corresponds to Gram positive (G+) sporulated bacilli and Gram negative (G-) bacilli.  Likewise, it was shown that 85.5% of the isolates degrade carbohydrates of different nature and 96.8% produce hydrolytic enzymes with caseinase, gelatinase, lipase or amylase activity.  The ability to degrade petroleum oil and phenolic compounds indistinctly was detected in 61.3% of the isolates.  Among the potentialities of biomedical and industrial interest, surfactant and L-asparaginase activity was detected in 53% and 32% of the cultures, respectively.  For its part, the taxonomic characterization of 40 cultures selected for their metabolic potentials showed that the genus Bacillus presented greater biological activity.  These results constitute the first approach to the characterization of bacterial diversity in mesophotic reef sites of Cuba.As comunidades bacterianas de recifais mesofóticos constituem informações genéticas de interesse devido às particulares condições de temperatura, pressão, salinidade e disponibilidade de matéria orgânica e nutrientes em que se desenvolvem. O trabalho presente teve como objetivo avaliar a diversidade bacteriana nas águas limítrofes dos recifes mesofóticos de Cuba em maio-junho de 2017; assim como algumas de suas potencialidades biotecnológicas. Os cultivos foram isolados em meio ágar marinho, em dois níveis da coluna de água, em 10 pontos de amostragens. Posteriormente, foram avaliadas as capacidades metabólicas dos isolados com relação à assimilação de diferentes fontes de carbono e a produção de metabolitos bioativos. Os resultados permitiram a caracterização de 30 isolados bacterianos de águas do nível subsuperficial e 32 de águas profundas. A maior porcentagem corresponde a bacilos esporulados Gram-positivos e bacilos Gram-negativos. Igualmente, ficou evidente que 85,5% degradam carboidratos de diferente natureza e 96,8% produzem enzimas hidrolíticas com atividade caseinase, gelatinase, lipase ou amilase. A capacidade de degradar petróleo e compostos fenólicos indistintamente foi detectada em 61,3% dos isolados. Entre as potencialidades de interesse biomédico e industrial foi detectada atividade tensoativa e asparaginase em 53% e 32% dos cultivos, respectivamente. Por sua vez, a caracterização taxonômica de 40 cultivos selecionados por suas potencialidades metabólicas demonstrou que o gênero Bacillus apresentou maior atividade biológica. Esses resultados constituem a primeira proximidade à caracterização da diversidade bacteriana em pontos de recifes mesofóticos de Cuba.Las comunidades bacterianas de sitios de arrecifes mesofóticos constituyen información genética de interés por las condiciones particulares de temperatura, presión, salinidad y disponibilidad de materia orgánica y nutrientes en la que se desarrollan. El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar la diversidad bacteriana en aguas aledañas a los arrecifes mesofóticos de Cuba en mayo-junio de 2017; así como algunas de sus potencialidades biotecnológicas. Los cultivos fueron aislados en medio agar marino, en dos niveles de la columna de agua, en 10 sitios de muestreos. Posteriormente se evaluaron las capacidades metabólicas de los aislados, relacionadas con la asimilación de diferentes fuentes de carbono y la producción de metabolitos bioactivos. Los resultados permitieron la caracterización de 30 aislados bacterianos de aguas del nivel subsuperficial y 32 de aguas profundas. El mayor porcentaje corresponde a bacilos esporulados Gram positivos y bacilos Gram negativos. Asimismo, se demostró que el 85.5% degradan carbohidratos de diferente naturaleza y el 96.8% producen enzimas hidrolíticas con actividad caseinasa, gelatinasa, lipasa o amilasa. La capacidad de degradar petróleo y compuestos fenólicos indistintamente fue detectada en el 61.3% de los aislados. Entre las potencialidades de interés biomédico e industrial se detectó actividad tensioactiva y asparaginasa en el 53% y 32% de los cultivos, respectivamente. Por su parte, la caracterización taxonómica de 40 cultivos seleccionados por sus potencialidades metabólicas demostró que el género Bacillus presentó mayor actividad biológica. Estos resultados constituyen el primer acercamiento a la caracterización de la diversidad bacteriana en sitios de arrecifes mesofóticos de Cuba

Selección y aplicación de bacterias marinas nativas con capacidad degradadora de compuestos orgánicos persistentes (COP) en el Pacifico y el Caribe colombiano :

IP 2105-09-13524PONENCIA(S) EN CONGRESO : Aislamiento y caracterizacion debacterias tolerantes a compuestos organicos;persistentes (COPs) presentes en los sedimentos marinos del Caribe y el Pacifico Colombiano / Martha Liliana;Gomez Garcia...[et al]. -- En: II simposio internacional de manejo de ecosistemas costeros (2005 jul : 8 - 18;La Habana, Cuba). -- La Habana, 2005. -- 29 cm. -- Biodiversidadmarina deColombia / Martha Liliana Gomez;Garcia. -- En: curso taller : Bioseguridad para el sectorambiental (2004nov: 26 y 26). -- 29 cm

Phenotypic and molecular characterization, and influence of culture media, on the growth and light emission of bacteria from the coast of Havana, Cuba

Introduction: The light-emitting enzyme complex of luminescent bacteria is a powerful biochemical tool, with a wide variety of applications includ-ing environmental quality monitoring. Objectives: To identify taxonomically two luminescent bacteria from Cuban shelf waters, as well as select the culture media that favor their growth and luminescence. Methods: The taxonomic location of the luminescent bacteria was carried out using traditional and molecular methods. Four culture media (LM, Boss, Chalk, ZoBell) were evaluated as a function of specific growth rate (μ) and lumines-cence, using a Genesys 10UV spectrophotometer and a Shimadzu RF-5301pc spectrofluorometer, respectively.Results: Biochemical and physiological characterization of CBM-976 and CBM-992 isolates showed similari-ties with Vibrio harveyi species. Phylogenetic positioning analysis confirmed a high correspondence with V. harveyi strains isolated from aquatic environments, using partial sequences of 16S rRNA, gyrB and pyrH genes. LM and ZoBell culture media were selected for having a high specific growth rate of CBM-976 and CBM-992 strains, as well as for showing high luminescence values. The results will allow deepening the physiological characterization and are the starting point for the development of contaminant detection methods. Conclusions: The rational combination of physiological and biochemical characteristics, as well as the molecular approach, contributed to determine the taxonomic position of CBM-976 and CBM-992 strains isolated from Cuban marine waters as Vibrio harveyi. Furthermore, LM and ZoBell culture media were selected as the most suitable for growth and luminescence emission for both strains.Introducción: El complejo de enzimas emisoras de luz de bacterias luminiscentes es una poderosa herramienta bioquímica, con una amplia variedad de aplicaciones, incluido el monitoreo de la calidad ambiental. Objetivos: Identificar taxonómicamente dos bacterias luminiscentes de la plataforma de aguas cubanas, así como seleccionar los medios de cultivo que favorezcan su crecimiento y luminiscencia. Métodos: La localización taxonómica de las bacterias luminiscentes se realizó mediante métodos tradicionales y moleculares. Se evaluaron cuatro medios de cultivo (LM, Boss, Chalk, ZoBell) en función de la tasa de crecimiento específico (μ) y luminiscencia, utilizando un espectrofotómetro Genesys 10UV y un espectrofluorómetro Shimadzu RF-5301pc, respectivamente. Resultados: Caracterización bioquímica y fisiológica de los aislados de CBM-976 y CBM-992 mostraron similitudes con las especies de Vibrio harveyi. El análisis de posicionamiento filogenético confirmó una alta correspondencia con las cepas de V. harveyi aisladas de ambientes acuáticos, utilizando secuencias parciales de los genes 16S rRNA, gyrB y pyrH. Los medios de cultivo LM y ZoBell se seleccionaron por tener una alta tasa de crecimiento específico de las cepas CBM-976 y CBM-992, así como por mostrar altos valores de luminiscencia. Los resultados permitirán profundizar en la caracterización fisiológica y son el punto de partida para el desarrollo de métodos de detección de contaminantes. Conclusiones: La combinación racional de características fisiológicas y bioquímicas, así como el enfoque molecular, contribuyeron a determinar la posición taxonómica de cepas CBM-976 y CBM-992 aisladas de aguas marinas cubanas como Vibrio harveyi. Además, los medios de cultivo LM y ZoBell se seleccionaron como los más adecuados para el crecimiento y la emisión de luminiscencia para ambas cepas.Universidad Nacional, Costa RicaMinisterio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente, CubaUniversidad de La Habana, CubaEscuela de Ciencias Biológica

Optimización del proceso de extracción de compuestos fenólicos de la angiosperma marina Thalassia testudinum

Thalassia testudinum is the marine plant of greatest abundance along the coast of Havana and the Caribbean in general, commonly known as seagrass meadows or turtle grass. Among the compounds of interest that can be found in this species there are polyphenols, which are structural components of its cell wall and have functional and bioactive properties such as antioxidant, anti-inflammatory, neuroprotective and hepatoprotective. Previous research evaluated different methods of extracting bioactive compounds from this species, and this work aimed to optimize the extraction conditions of the total polyphenol content. For this, the Box and Hunter method was used and the effect of three influential factors in the extraction of phenolic compounds (agitation speed, vegetal material / solvent ratio and ethanol concentration) was evaluated. The total polyphenol content determined by the Folin-Ciocalteu method was used as a response variable. The design results provided as optimal conditions in the studied variables the following: 1/11.5 w: v, 60% EtOH and 800 r.p.m., reaching a total polyphenol yield of 25.60 mg/g of dry extract; which contributes to the obtaining of a better content of total phenols in a bioactive extract with potentialities of use in the pharmaceutical or nutraceutical industries.Thalassia testudinum es la planta marina de mayor abundancia en el litoral de La Habana y del Caribe en general, conocida comúnmente como praderas submarinas o hierba de tortuga. Entre los compuestos de interés que se pueden encontrar en esta especie sobresalen los polifenoles, los cuales son componentes estructurales de su pared celular y poseen propiedades funcionales y bioactivas como antioxidante, anti-inflamatorio, neuroprotector y hepatoprotector. Investigaciones previas evaluaron diversos métodos de extracción de compuestos bioactivos para esta especie, por lo que este trabajo tuvo como objetivo optimizar las condiciones de extracción del contenido de polifenoles totales. Para ello se utilizó el método de Box y Hunter y se evaluó el efecto de tres factores influyentes en la extracción de compuestos fenólicos (velocidad de agitación, relación material vegetal/% alcohol y concentración de etanol). Como variable respuesta se empleó el contenido de polifenoles totales determinada por el método de Folin-Ciocalteu. Los resultados del diseño proporcionaron como condiciones óptimas en las variables estudiadas las siguientes: 1/11.5 p:v, 60% de EtOH y 800 r.p.m., alcanzando rendimiento de polifenoles totales, igual a 25.60 mg/g de extracto seco; superior a las restantes condiciones de extracción para un extracto bioactivo con potencialidades de uso en la industria farmacéutica o nutracéutica

Optimización del proceso de extracción de compuestos fenólicos de la angiosperma marina Thalassia testudinum

Thalassia testudinum es la planta marina de mayor abundancia en el litoral de La Habana y del Caribe en general, conocida comúnmente como praderas submarinas o hierba de tortuga. Entre los compuestos de interés que se pueden encontrar en esta especie sobresalen los polifenoles, los cuales son componentes estructurales de su pared celular y poseen propiedades funcionales y bioactivas como antioxidante, anti-inflamatorio, neuroprotector y hepatoprotector. Investigaciones previas evaluaron diversos métodos de extracción de compuestos bioactivos para esta especie, por lo que este trabajo tuvo como objetivo optimizar las condiciones de extracción del contenido de polifenoles totales. Para ello se utilizó el método de Box y Hunter y se evaluó el efecto de tres factores influyentes en la extracción de compuestos fenólicos (velocidad de agitación, relación material vegetal/% alcohol y concentración de etanol). Como variable respuesta se empleó el contenido de polifenoles totales determinada por el método de Folin-Ciocalteu. Los resultados del diseño proporcionaron como condiciones óptimas en las variables estudiadas las siguientes: 1/11.5 p:v, 60% de EtOH y 800 r.p.m., alcanzando rendimiento de polifenoles totales, igual a 25.60 mg/g de extracto seco; superior a las restantes condiciones de extracción para un extracto bioactivo con potencialidades de uso en la industria farmacéutica o nutracéutica