Multidimensional Gene Set Analysis of Genomic Data

Understanding the functional implications of changes in gene expression, mutations, etc., is the aim of most genomic experiments. To achieve this, several functional profiling methods have been proposed. Such methods study the behaviour of different gene modules (e.g. gene ontology terms) in response to one particular variable (e.g. differential gene expression). In spite to the wealth of information provided by functional profiling methods, a common limitation to all of them is their inherent unidimensional nature. In order to overcome this restriction we present a multidimensional logistic model that allows studying the relationship of gene modules with different genome-scale measurements (e.g. differential expression, genotyping association, methylation, copy number alterations, heterozygosity, etc.) simultaneously. Moreover, the relationship of such functional modules with the interactions among the variables can also be studied, which produces novel results impossible to be derived from the conventional unidimensional functional profiling methods. We report sound results of gene sets associations that remained undetected by the conventional one-dimensional gene set analysis in several examples. Our findings demonstrate the potential of the proposed approach for the discovery of new cell functionalities with complex dependences on more than one variable

Método y Sistemas compositivos en la vivienda colectiva de RBTA 1968 1975.

[ES] El presente trabajo tiene por objeto el análisis y estudio de la obra producida por el Taller de Arquitectura Ricardo Bofill durante el período comprendido entre finales de la década de los sesenta y principios de los setenta. Esta etapa corresponde con la producción de una serie de viviendas colectivas con una identidad común en las que se va a identificar y depurar los principios arquitectónicos que rigen estos proyectos. Se pretende aportar una visión y valoración extensa y pormenorizada de la obra producida a través de la evaluación de conceptos tales como crecimiento, flexibilidad, espacio colectivo, recorrido, variedad tipológica y densidad. De esta forma, será posible generar un abanico de recursos y posibilidades extraídas de dicho análisis los cuales nos permitan aplicar esta metodología en la arquitectura contemporánea actual.[EN] The present work aims to analyse and study the work produced by the Ricardo Bofill Taller Arquitectura during the period between the late sixties and early seventies. This stage corresponds to the production of a series of collective dwellings with a common identity in which the architectural principles governing these projects are to be identified and refined. It is sought to provide an extensive and detailed vision and assessment of the work produced through the evaluation of concepts such as growth, flexibility, collective space, route, typological variety and density. In this way, it will be possible to generate a range of resources and possibilities extracted from this analysis which will allow us to apply this methodology in today's contemporary architecture.Pons Montaner, D. (2020). Método y Sistemas compositivos en la vivienda colectiva de RBTA 1968 1975. Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/181951TFG

Methodological advances in the functional profiling of genomic studies

In this thesis we present bioinformatic tools and algorithms for the analysis of genomic data such as those generated by microarray devices or next generation sequencing techniques. Particularly, we develop new approaches to gene set analysis. The described procedures should be useful in practice to tackle complex biological experiments, but hopefully will also be methodologically relevant, as they introduce new ways of conceptualizing genomic functional profiling. Our very flexible approach allows for the inclusion of not just one kind of genomic measurement but many. It makes possible, for instance, to analyze expression measurement and genomic variation data at a time. This multidimensional gene set analysis approach is able to unravel genomic interactions that coordinately regulate functional blocks. We also indicate how to use data available in public repositories to asses gene importance within gene sets. Such importance can be included into our algorithms as a weight, improving performance of the analysis. But, more interestingly, it models functional blocks as non discrete entities, featuring a new concept of fuzzy gene set

Queerologia

Treballs Finals de Grau de Belles Arts. Facultat de Belles Arts. Universitat de Barcelona, Curs: 2019-2020, Tutor: Ruido, María[cat] Queerologia és un treball on es qüestiona el gènere i sexualitat normatius amb els que ens han educat. Està enfocat amb una visió des del present occidental cap al passat, fent una mirada cap a cultures que han existit i altres que encara evolucionen, per a veure expressions de gènere o de sexualitats diferents a les que pensem que són l’única opció i que ho han sigut durant tota la història de la humanitat. A través d’aquesta retrospectiva fins a l’actualitat es fan un seguit de reflexions en les que autors com Foucault o Butler ajuden a entendre l’evolució d’aquests aspectes cap al nostre present, posant èmfasi en les identitats que sembla que sorgeixin en les últimes dècades. La part creativa del treball desenvolupada a partir dels aspectes tractats es veu en la realització de les fotografies. Aquests conceptes s’il·lustren amb una sèrie de retrats que tenen com a objectiu la visibilització de les identitats sexuals i de gènere no normatives, i intentar obrir debats on sorgeixin reflexions entorn al tema i que d’alguna manera és com l’autor ha arribat a desenvolupar aquest treball. Mitjançant la fotografia com a eina que s’utilitza constantment avui dia per a representar cossos, models i construccions d’identitat, es creen models inspirats en deïtats de cultures diferents les quals podríem relacionar amb la comunitat LGBTQ. El concepte queer apareix constantment així com mitologia, i es que l’obra és un espai on conflueixen les mitologies amb les sexualitats i identitats de gènere perifèriques.[eng] Queerology is a piece that challenges the normative notions of gender and sexuality that we have been brought up with. It presents a view of the past through a contemporary Western lens, exploring cultures from both past and present. The aim of this is to shine a light on different ways of looking at gender expressions, identities and sexualities which differ from todays’s more notions, those which we often see as our only options. This retrospection that culminates in the present introduces a series of reflections in which the voices of those such as Foucault and Butler help understand the evolution of those aspects, emphasizing those identities that appear to be new, when in fact the study of its history paints a much different picture. The creative part of this project can be appreciated in the production of the photographs. The main themes are illustrated in a portrait series, seeking to amplify the visibility of peripheral gender and sexualities identities, and encourage discussions on the topic, which in turn has inspired the author himself. Through the use of photography, a tool most commonly employed nowadays to represent bodies, roles and identity constructions, the models of the project are inspired by deities from different cultures whom we can relate to the LGBTQ community. In this work, queer is a recurrent concept together with mythology. This piece is a place where these two meet

Gene set internal coherence in the context of functional profiling

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Functional profiling methods have been extensively used in the context of high-throughput experiments and, in particular, in microarray data analysis. Such methods use available biological information to define different types of functional gene modules (e.g. gene ontology -GO-, KEGG pathways, etc.) whose representation in a pre-defined list of genes is further studied. In the most popular type of microarray experimental designs (e.g. up- or down-regulated genes, clusters of co-expressing genes, etc.) or in other genomic experiments (e.g. Chip-on-chip, epigenomics, etc.) these lists are composed by genes with a high degree of co-expression. Therefore, an implicit assumption in the application of functional profiling methods within this context is that the genes corresponding to the modules tested are effectively defining sets of co-expressing genes. Nevertheless not all the functional modules are biologically coherent entities in terms of co-expression, which will eventually hinder its detection with conventional methods of functional enrichment.</p> <p>Results</p> <p>Using a large collection of microarray data we have carried out a detailed survey of internal correlation in GO terms and KEGG pathways, providing a coherence index to be used for measuring functional module co-regulation. An unexpected low level of internal correlation was found among the modules studied. Only around 30% of the modules defined by GO terms and 57% of the modules defined by KEGG pathways display an internal correlation higher than the expected by chance.</p> <p>This information on the internal correlation of the genes within the functional modules can be used in the context of a logistic regression model in a simple way to improve their detection in gene expression experiments.</p> <p>Conclusion</p> <p>For the first time, an exhaustive study on the internal co-expression of the most popular functional categories has been carried out. Interestingly, the real level of coexpression within many of them is lower than expected (or even inexistent), which will preclude its detection by means of most conventional functional profiling methods. If the gene-to-function correlation information is used in functional profiling methods, the results obtained improve the ones obtained by conventional enrichment methods.</p

Análisis resistente mediante Elementos Finitos del cigüeñal de un motor de combustión

El presente trabajo fin de grado consistirá en el análisis del comportamiento resistente del cigüeñal de un motor de combustión de cuatro tiempos de un automóvil a través del Método de Elementos Finitos (MEF o FEA, por sus siglas en inglés). En el proyecto en primer lugar se realizará un análisis estático de las situaciones más desfavorables en las que trabaja el cigüeñal. Considerando las temperaturas máximas y las fuerzas que ejercen los pistones, se obtendrán los valores de desplazamiento y tensiones que se producen en el ciclo de funcionamiento. Por otra parte se realizará un estudio del daño a fatiga que pueda existir como consecuencia de las cargas que actúan sobre el cigüeñal. Al tratarse de un Trabajo de Fin de Grado no se puede llevar a cabo un análisis completo de un proyecto real, por lo que no se han tenido en cuenta efectos dinámicos, de régimen transitorio y vibraciones entre otras cosas

Diagnostico diferencial y tratamiento fisioterápico de Arcada de frohse versus epicondilitis. a propósito de un caso

Introducción: La epicondilitis es una patología muy común caracterizada por dolor agudo en la cara lateral del codo provocando impotencia funcional.En ocasiones esta patología no mejora con el tratamiento y una de las razones por las que el dolor no remite es un error en el diagnóstico al no tener en cuenta el componente neural.El síndrome de la Arcada de Frohse comparte clínica con la epicondilitis y debe ser abordado de forma diferente, teniendo en cuenta la interfaz y el nervio.Objetivo: Aplicar un diagnóstico diferencial y tratamiento fisioterápico entre dos sujetos con síntomas compatibles con arcada de frohse y epicondilitis.Metodología: Se diseñó un estudio de dos casos clínicos realizando una evaluación antes y después de aplicar cada tratamiento, registrándose las siguientes variables: dolor (EVA), ROM, movimientos traslatorios, balance muscular, sensacion terminal, sensibilidad superficial, sensibilidad profunda, reflejos, mecanosensibilidad, dolor neuropatico (DN4 y McGill).Resultados: En la evaluación tras el tratamiento se registró una disminución del dolor, de la mecanosensibilidad y del dolor neuropático. Así mismo se registró un aumento del ROM y de la capacidad funcional.Conclusiones: Tras la adecuada diferenciación de las dos patologías y el tratamiento fisioterápico procedente en cada una de ellas, se registraron cambios clínicamente significativos en las variables analizadas.Palabras clave: "epicondilitis", "codo de tenista", "Arcada de Frohse", "neurodinámica", "atrapamiento neural"..<br /

6ixt4our. Éxito de las Pop-up Store

A finales del siglo XX, surgió un fenómeno en el mundo textil que se ha reavivado en los últimos años: las pop-up stores.Las pop-up son eventos efímeros que permiten a las marcas presentar sus nuevas prendas de temporada a su público y para que así puedan verlas y probárselas presencialmente sin necesidad de tener una tienda física permanente.Este trabajo tiene como objetivo, el análisis de los principales motivos de éxito de estos eventos realizados por una marca en concreto, 6ixt4our, marca creada por Javi Vila y enfocada al mundo de la moda del “Streetwear”. Para ello, se ha realizado una encuesta a personas que han asistido a los eventos de esta marca. Los resultados del estudio permiten realizar una serie de recomendaciones a la empresa para incrementar el número de asistentes a sus eventos y las ventas generadas en los mismos.<br /