ProtCool 2.0: um modelo cliente/servidor para um gerador de protocolos de ancoragens e simulações de dinâmica molecular em complexos proteína-ligante

The COVID-19 pandemic has made it clear the high demand for computational systems that expedite the discovery of new drugs. In this regard, understanding the dynamic behavior of biomolecular complexes is crucial. Techniques involving molecular dynamics simulations of these complexes have increasingly been used to accelerate the identification of better drug candidates. However, the preparation of such simulations is highly complex, and their numerous details are not always adequately emphasized, compromising their reproducibility and reusability. To address this, the ProtCool tool was proposed—a protocol generator focused on integrating docking and molecular dynamics of protein-ligand complexes. In its initial version, this tool was restricted to the user's local environment. This work presents version 2.0 of ProtCool, developed under a client-server model with a web interface. The aim is to fill the gaps left by the previous version, enhancing the software in three fundamental aspects: making it multi-platform, enabling access to multiple users, and making the tool more intuitive. The development of a user-friendly interface allows this new version to expand its scope of use to inexperienced or novice researchers in computational chemistry. ProtCool 2.0 does not execute the dynamics or perform result analyses; it is designed to be an expert in preparation based on workflows, following the programmed workflow and generating all the necessary configuration files for reliable execution of molecular dynamics on the user's computational setup. With the entire process being properly recorded, this allows for greater reproducibility and reusability of the preparations. Many of its functionalities are based on the adaptation of well-known tools from the literature in the field of molecular dynamics simulations. ProtCool 2.0 was developed using best practices and software engineering processes. Its client-server architecture implemented under the web standard enables it to be cross-platform and multi-user, providing benefits in availability and performance. It features a minimalist graphical interface with interactive resources that ensure user safety in correctly filling out their study parameters, thus preventing errors. To demonstrate its use, ProtCool 2.0 underwent a case study on the simulation of the interaction between acetylcholinesterase and galantamine, used in the treatment of Alzheimer's disease, which allowed for validation through replication of a simulation certified by peers in an international publication. The preparation of the simulation successfully enabled the execution of reliable molecular dynamics, reproducing the expected results. It is expected that this tool will not only bring greater speed, reproducibility, and reusability to molecular dynamics preparations but also contribute to smoothing the learning curve for these simulations in computational chemistry.A pandemia de COVID-19 evidenciou a alta demanda por sistemas computacionais que acelerem a indicação de novos fármacos. Nesse sentido, compreender o comportamento dinâmico de complexos biomoleculares é algo fundamental. As técnicas que envolvem simulações de dinâmica molecular desses complexos vêm sendo crescentemente utilizadas como forma de agilizar a indicação de melhores candidatos à fármacos. No entanto, a preparação de tais simulações é de grande complexidade, e seus inúmeros detalhes nem sempre são suficientemente destacados, comprometendo sua reprodutibilidade e reusabilidade. Para tanto, foi proposta a ferramenta ProtCool – um gerador de protocolos, focado na integração entre ancoragem e dinâmica molecular de complexos proteína-ligantes. Em sua primeira versão, essa ferramenta era de uso restrito ao ambiente local do usuário. Este trabalho apresenta a versão 2.0 do ProtCool, desenvolvida sob um modelo cliente-servidor com interface WEB. O objetivo é preencher as lacunas deixadas pela versão anterior, aprimorando o software em três aspectos fundamentais: torná-lo multiplataforma, possibilitar o acesso a múltiplos usuários e tornar a ferramenta mais intuitiva. O desenvolvimento de uma interface amigável permite que essa nova versão expanda o domínio de uso também para pesquisadores inexperientes ou novatos em química computacional. O ProtCool 2.0 não executa as dinâmicas após preparação nem opera análises dos resultados, ele é construído para ser um expert na preparação baseado em workflows, percorrendo o workflow que lhe foi programado, gerando todos os arquivos de configuração necessários para uma execução confiável da dinâmica molecular no aparato computacional do usuário. Como todo o processo fica devidamente registrado, isso permite maior reprodutibilidade e reusabilidade das preparações. Boa parte de suas funcionalidades estão fundamentadas na adaptação das ferramentas mais conhecidas pela literatura no campo de simulações de dinâmica molecular. O ProtCool 2.0 foi desenvolvido utilizando as melhores práticas e processos de engenharia de software. Sua arquitetura cliente-servidor implementada sob o padrão web permite que ele seja multiplataforma e multiusuário, característica que traz ganhos em disponibilidade e desempenho. Ele possui uma interface gráfica minimalista que oferece recursos interativos que concedem segurança ao usuário para o correto preenchimento de seus parâmetros de estudo, evitando erros. Para demostrar seu uso, o ProtCool 2.0 foi submetido a um estudo de caso na simulação da interação entre acetilcolinesterase e galantamina, usada no tratamento do Alzheimer, o que possibilitou uma validação por replicação de uma simulação certificada por pares em publicação internacional. Foi possível demonstrar ao final que a preparação da simulação de fato permitiu a execução de dinâmicas moleculares confiáveis, reproduzindo os resultados esperados. Espera-se que esta ferramenta possa não somente trazer maior agilidade, reprodutibilidade e reusabilidade às preparações de dinâmica molecular, como contribuir para suavizar a curva de aprendizagem dessas simulações em química computacional

Capacidade preditiva e desempenho gerencial em jogos de negócios

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Sócio-Econômico, Programa de Pós-Graduação em Contabilidade, Florianópolis, 2009.Os resultados de pesquisas na área de jogos de negócios apontam que a redução do erro de previsão pode ser utilizada como uma forma complementar de avaliação do desempenho das equipes. Algumas pesquisas indicam que a redução do erro de previsão pode levar a um melhor desempenho gerencial. O objetivo desta dissertação é verificar se existem relações significativas entre a redução do erro de previsão e a melhoria do desempenho empresarial nos jogos de negócios. O procedimento adotado para atingir este objetivo foi um quase-experimento onde as previsões de desempenhos das equipes participantes foram confrontadas com os resultados realizados das empresas por elas administradas. Este estudo teve como hipóteses: (i) verificar a existência de diferenças entre desempenho gerencial e melhoria na capacidade de previsão; (ii) verificar a existência de diferenças entre desempenho gerencial e melhoria na capacidade de previsão por função gerencial; (iii) verificar se existe melhoria na capacidade de previsão com a experiência adquirida ; (iv) verificar a existência de melhoria no desempenho gerencial global com a redução do erro de previsão global; e (v) verificar o nível de influência da capacidade de previsão de cada indicador no desempenho gerencial global. Um conjunto de testes inferenciais foi realizado para testar as hipóteses levantadas na pesquisa. Os principais resultados foram: (a) houve melhorias na previsão dos indicadores "crescimento das vendas", "saldo final de caixa", "capital circulante líquido", "excesso/falta de vendedores", "lucro líquido" e "margem de lucro" refletindo a experiência adquirida no decorrer dos períodos; (b) dos vinte indicadores analisados, somente os indicadores "saldo final de caixa", "ranking" e "lucro líquido" apresentaram correlação representativa entre a redução no erro de previsão e melhoria no desempenho gerencial; e (c) pelo teste de regressão linear múltipla, verificou-se que o conjunto de variáveis independentes (erro de previsão de cada indicador gerencial) explica 40,75% do desempenho gerencial global, enquanto a outra parcela é explicada por fatores externos. Foi possível verificar que os testes de hipóteses que envolviam os indicadores "lucro líquido" e "saldo final de caixa" apresentaram resultados semelhantes aos encontrados nas pesquisas anteriores. Por último, identificou-se que os erros de previsão da função gerencial "presidência" têm uma maior influência no desempenho gerencial global, seguido das funções vendas, recursos humanos e, com menor influência dos seus erros a função finanças

Amphibia, Anura, Strabomantidae, Pristimantis reichlei Padial and De la Riva, 2009: first record from Brazil, southwestern Amazonia

Here we reported the presence of the strabomantid frog Pristimantis reichlei in the Brazilian territory. The distribution of this newly described species was expected to Brazil, however, no information was available so far. The diversity of species in this genus may be greater in Acre state, and we suggest that further studies be conducted to confirm this hypothesis

"Homens como outros quaisquer" : subjetividade e homoconjugalidade masculina no Brasil e na Argentina

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Sociais, Departamento de Antropologia, 2010.O presente estudo analisa a construção do sujeito, da subjetividade e da conjugalidade de "homens como outros quaisquer" que mantinham relações estáveis de parceria com outros "homens comuns". O trabalho de campo para o desenvolvimento desta pesquisa foi realizado nas cidades de Buenos Aires e Brasília. Tal paralelo entre cidades de distintos países foi construído inicialmente pelos próprios nativos argentinos quando de minha primeira estadia lá, e depois foi reconstruído pelo autor quando da análise dos dados, tendo o sentido de fazer com que a experiência de interpretação das narrativas homoconjugais refletisse e ressaltasse as especificidades de ambas as localidades. Assim, abordo nesta Tese questões como fidelidade, sexo e amor, relações abertas e fechadas, sociabilidade gay, respeito, tolerância e reconhecimento da união, inspirado em uma perspectiva que busca trazer à tona elementos interseccionais de análise, tais como, gênero, cor/raça/etnia/nacionalidade, classe/camada social, religião, grupo etário/geracional. _________________________________________________________________________________ ABSTRACTThe present study analyzes the construction of the citizen, the subjectivity and conjugality of “men as any others” that kept steady relationships with other “common men”. The field work for the development of this research was carried out in the cities of Buenos Aires and Brasilia. Such parallel between those cities from distinct countries was initially constructed by the proper Argentine natives when of my first stay there, and later it was reconstructed by the author by the time of the analysis of the data, having the intention of making that the experience of interpretation of the homo couple histories reflected and stood out the specificities of both the localities. Thus, I deal, in this Thesis, with questions such as fidelity, sex and love, open and not open relationships, gay sociability, respect, tolerance and recognition of the union, inspired in a perspective that it tries to bring out intersectional elements of the analysis, such as, gender, color/ethnics/race/nationality, social class/social strata, religion, age/generational group

O efeito dos extratos de semente de uva e semente de toranja na cicatrização alveolar

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Odontologia, Florianópolis, 2017.Objetivos: Produtos naturais podem levar a alterações nos parâmetros dos tecidos moles e mineralizados, devido ao seu efeito sobre as células e matriz extracelular. Foram investigados os efeitos de dois suplementos dietéticos nos fatores de crescimento, inflamatórios e de coagulação e também o osso recém-formado em alvéolo de extração de humanos. Métodos: Este estudo teve aprovação institucional para pesquisa em seres humanos da Comissão Nacional de Ética em Pesquisa. Os indivíduos tomaram 300 mg 3 vezes ao dia de extrato de semente de uva [GEU] ou extrato de semente de toranja [GTO], iniciando duas semanas antes da extração dentária e mantendo esse regime por sessenta dias (n = 10 por grupo). Dentes com indicação de extração foram removidos e os alvéolos preenchidos com uma esponja de colágeno e suturados. Após 24 h, recolheu-se uma amostra do alvéolo, extraiu-se RNA com TRIzol e converteu-se em cDNA. Reação de transcriptase reversa seguida de reação em cadeia da polimerase quantitativo (qRT-PCR) foi realizada para TGFß-1, VEGF, PDGF, BMP-4, BMP-7, RUNX-2, IL1-ß, CXCL2, IL-6, VWF e F2 trombina. Sessenta dias após a extração do dente, foi obtido uma amostra óssea do local antes da colocação do implante dentário, fixado em formalina tamponada a 10% e desmineralizado por EDTA 0,5 M com pH 7,6. As amostras foram incorporadas em parafina, seccionadas e coradas em hematoxilina e eosina (H&E) para morfologia, picrosirius red (PSR) para avaliar a organização/maturação de colágeno e fosfatase ácida resistente ao tartarato (TRAP) para contagem de osteoclastos. Resultados: qRT-PCR revelou que o grupo GTO apresentou uma diminuição estatisticamente significante nos fatores de crescimento TGFß-1 e PDGF e nos marcadores inflamatórios IL1-ß, CXCL2 e IL-6. GEU mostrou um aumento no fator de coagulação VWF. As análises histológicas mostraram uma clara diminuição da densidade do colágeno, maturação óssea, densidade osteoclástica aumentada e presença abundante de plaquetas e tecido conjuntivo frouxo no grupo GEU. Conclusão: Houve um impacto significativo de suplementos dietéticos específicos na cicatrização de alvéolos de extração com diminuição dos marcadores inflamatórios em GTO e formação óssea atrasada observada em GEU. São necessários outros estudos nesta linha de pesquisa, para que se possa compreender adequadamente as modificações que ocorrem nos alvéolos de extração em pacientes que fazem o uso de suplementos alimentares.Abstract : Objectives: Natural products could lead to altered soft and mineralized tissue parameters due to their effect on cells and extracellular matrix. We investigated the effects of two dietary supplements on growth, inflammatory and coagulation factors and newly formed bone in extraction sockets in humans. Methods: This study had institutional approval for human subjects research from the Comissão Nacional de Ética em Pesquisa. Subjects took 300 mg t.i.d. of Grape Seed Extract [GEU] or Grapefruit Seed Extract [GTO] starting two weeks prior to dental extraction and maintained this regimen for sixty days (n=10 per group). Non-restorable teeth were extracted and sockets filled with a commercially available collagen patch and sutured. After 24 h, a socket sample was collected, RNA extracted with TRIzol and converted into cDNA. Quantitative real time PCR (qRT-PCR) was performed for TGFß-1, VEGF, PDGF, BMP-4, BMP-7, RUNX-2, IL1-ß, CXCL2, IL- 6, VWF and thrombin. Sixty days after tooth extraction, a central core was obtained from the site prior to dental implant placement, fixed in 10% buffered formalin and demineralized by 0.5 M EDTA pH 7.6. Samples were embedded in paraffin, sectioned and stained in hematoxylin and eosin (H&E) for morphology, picrosirius red (PSR) for evaluation of the organization/maturation of collagen and tartrate resistant acid phosphatase (TRAP) for osteoclast count. Results: qRT-PCR revealed that the GTO group had a statistically significant decrease in the growth factors TGFß-1 and PDGF and in the inflammatory markers IL1-ß, CXCL2 e IL-6. GEU showed an increase in the coagulation factor VWF. Histological analyses showed a clear decrease in collagen density, bone maturation, increased osteoclast density and abundant presence of platelets and loose connective tissue in GEU group. Conclusions: There was a significant impact of specific dietary supplements in healing of extraction sockets with decreased inflammatory markers with GTO and delayed bone formation observed with GEU. Further studies are needed in this line of research to adequately understand the changes occurring in extraction sockets in patients using dietary supplements

Língua portuguesa em sala de aula: o ensino pautado nas práticas de linguagem

Dissertação apresentada como parte do requisito de aprovação no Programa de Pós-Graduação Stricto Senso em Educação, Mestrado Acadêmico em Educação da Fundação Universidade Federal de Rondônia.Esta dissertação versa sobre o ensino da Língua Portuguesa em sala de aula e tem a seguinte questão norteadora: como os professores do 6º ao 9º anos do Ensino Fundamental, das escolas municipais e estaduais em Colorado do Oeste, estado de Rondônia ensinam a Língua nas aulas de Português? Os principais objetivos foram: a) investigar a prática dos professores quanto ao ensino da língua portuguesa; depois: b) verificar o nível do desempenho linguístico demonstrado pelos alunos em sala de aula e, por fim: c) analisar e discutir a ocorrência (ou ausência) das práticas linguísticas orais e escritas relativas à interação por meio da linguagem. Quanto aos aspectos metodológicos, adotamos a pesquisa qualitativa, com abordagem de inspiração etnográfica e, como instrumentais, utilizamos o questionário estruturado e observação, por meios dos quais obtivemos os dados necessários para entendermos como acontece o ensino da língua materna nos anos supracitados. Com vistas a tornar o trabalho compreensível, fizemos um recorte temporal a partir de meados do século XVIII, à época das reformas educacionais implantadas por Marquês de Pombal em Portugal e em suas colônias. Sincronicamente, expusemos a oficialização da Língua Portuguesa, seu ensino em solo brasileiro, inicialmente de modo bem elementar, até a efetivação do português como disciplina curricular oficial, ocorrida em 1837. Aludimos ao percurso do ensino da disciplina até o lançamento do documento oficial para o ensino da língua, a saber: os Parâmetros Curriculares Nacionais – PCN –, citando e refletindo os eventos ocorridos nas décadas de 50 e 60, do século XX, sobretudo os referentes à democratização da escola pública e às mudanças ocorridas na disciplina de Língua Portuguesa, bem como, as discussões havidas nos anos 90, as quais serviram de base para a construção do documento oficial. Adiante no trabalho, discutimos as propostas aventadas pelos PCN e, por fim, expusemos e discutimos as informações contidas no questionário e nos relatos de observação com intuito de reconhecer como acontece o ensino da língua materna em Colorado do Oeste. Diante do que já expusemos e analisamos, é justo afirmar que, embora perceptível um esforço dos professores, tanto da rede municipal como da estadual, em efetivar um trabalho próximo do que sugere o documento oficial supracitado e o livro didático, as questões relativas à gramática normativa ocupam lugar de destaque. Equivale dizer que essa prática coaduna com o ensino distante da língua como corpus social, em que as práticas sociais orais e escritas têm pouco destaque

ALGUMAS OBSERVAÇÕES SOBRE AS HOMOSSEXUALIDADES EM “CONTEXTOS INTERIORANOS”: LANÇANDO QUESTÕES DE “FORA DOS CENTROS”

Neste texto apresento algumas observações sobre a construção das homossexualidadesem Cuiabá levando em consideração duas pesquisas desenvolvidas nos últimos anos. Analiso como categorias de raça/cor, classe social e homossexualidade podem ser manipuladas por distintos sujeitos resultando em resistências e subversões ao sistema hierarquicamentedefinido. Na primeira parte do artigo apresento algumas preliminares teóricas que fundamentam minhas análises. Na segunda parte, situo a criação de um “herói” e o contexto que permitiu esta elaboração na cidade de Cuiabá. Finalmente, na terceira parte, lanço algumas questões, que vêm surgindo nas pesquisas que desenvolvo a partir do contextoetnográfico de Cuiabá

MOBILE LEARNING: ESTUDO DO USO DAS TECNOLOGIAS MÓVEIS PELOS ACADÊMICOS COMO FERRAMENTAS DE AUXÍLIO AO ENSINO

A chegada da era digital traz consigo um salto tecnológico, causando uma expressiva mudança no comportamento e no cotidiano das pessoas. O acesso a dispositivos tecnológicos tem mudado a maneira com que as pessoas se comunicam, se informam e se relacionam com o mundo. E essa mudança já tem sido sentida nos ambientes educacionais, à medida que professores e alunos nascidos a partir da década de 1980, denominados de nativos digitais, estejam se tornando maioria nos quadros docentes e discentes das instituições de ensino. A partir desta contextualização, o presente estudo tem como objetivo identificar como os alunos das graduações de Ciência da Computação e Sistemas de Informação da universidade estão utilizando e sua propensão a utilizar seus dispositivos móveis para fins educacionais. Utilizou-se uma pesquisa descritiva de caráter quantitativa com procedimento survey. Foram utilizados dados primários obtidos por meio de um questionário com 32 questões divididas em três grupos de quesitos. Os dados foram analisados quantitativamente. Como principal resultado tem-se que os acadêmicos das graduações supracitadas não utilizam de forma constante e guiada para ensino os dispositivos móveis, no entanto mostram-se propensos a integrar dispositivos móveis em suas praticas de aprendizagem