Characterization of a novel Lactobacillus species closely related to Lactobacillus johnsonii using a combination of molecular and comparative genomics methods

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Comparative genomic hybridization (CGH) constitutes a powerful tool for identification and characterization of bacterial strains. In this study we have applied this technique for the characterization of a number of <it>Lactobacillus </it>strains isolated from the intestinal content of rats fed with a diet supplemented with sorbitol.</p> <p>Results</p> <p>Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene, <it>recA</it>, <it>pheS</it>, <it>pyrG </it>and <it>tuf </it>sequences identified five bacterial strains isolated from the intestinal content of rats as belonging to the recently described <it>Lactobacillus taiwanensis </it>species. DNA-DNA hybridization experiments confirmed that these five strains are distinct but closely related to <it>Lactobacillus johnsonii </it>and <it>Lactobacillus gasseri</it>. A whole genome DNA microarray designed for the probiotic <it>L. johnsonii </it>strain NCC533 was used for CGH analysis of <it>L. johnsonii </it>ATCC 33200^T, <it>L. johnsonii </it>BL261, <it>L. gasseri </it>ATCC 33323^Tand <it>L. taiwanensis </it>BL263. In these experiments, the fluorescence ratio distributions obtained with <it>L. taiwanensis </it>and <it>L. gasseri </it>showed characteristic inter-species profiles. The percentage of conserved <it>L. johnsonii </it>NCC533 genes was about 83% in the <it>L. johnsonii </it>strains comparisons and decreased to 51% and 47% for <it>L. taiwanensis </it>and <it>L. gasseri</it>, respectively. These results confirmed the separate status of <it>L. taiwanensis </it>from <it>L. johnsonii </it>at the level of species, and also that <it>L. taiwanensis </it>is closer to <it>L. johnsonii </it>than <it>L. gasseri </it>is to <it>L. johnsonii</it>.</p> <p>Conclusion</p> <p>Conventional taxonomic analyses and microarray-based CGH analysis have been used for the identification and characterization of the newly species <it>L. taiwanensis</it>. The microarray-based CGH technology has been shown as a remarkable tool for the identification and fine discrimination between phylogenetically close species, and additionally provided insight into the adaptation of the strain <it>L. taiwanensis </it>BL263 to its ecological niche.</p

New method for selection of hydrogen peroxide adapted bifidobacteria cells using continuous culture and immobilized cell technology

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Oxidative stress can severely compromise viability of bifidobacteria. Exposure of <it>Bifidobacterium </it>cells to oxygen causes accumulation of reactive oxygen species, mainly hydrogen peroxide, leading to cell death. In this study, we tested the suitability of continuous culture under increasing selective pressure combined with immobilized cell technology for the selection of hydrogen peroxide adapted <it>Bifidobacterium </it>cells. Cells of <it>B. longum </it>NCC2705 were immobilized in gellan-xanthan gum gel beads and used to continuously ferment MRS medium containing increasing concentration of H₂O₂from 0 to 130 ppm.</p> <p>Results</p> <p>At the beginning of the culture, high cell density of 10¹³CFU per litre of reactor was tested. The continuous culture gradually adapted to increasing H₂O₂concentrations. However, after increasing the H₂O₂concentration to 130 ppm the OD of the culture decreased to 0. Full wash out was prevented by the immobilization of the cells in gel matrix. Hence after stopping the stress, it was possible to re-grow the cells that survived the highest lethal dose of H₂O₂and to select two adapted colonies (HPR1 and HPR2) after plating of the culture effluent. In contrast to HPR1, HPR2 showed stable characteristics over at least 70 generations and exhibited also higher tolerance to O₂than non adapted wild type cells. Preliminary characterization of HPR2 was carried out by global genome expression profile analysis. Two genes coding for a protein with unknown function and possessing trans-membrane domains and an ABC-type transporter protein were overexpressed in HPR2 cells compared to wild type cells.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our study showed that continuous culture with cell immobilization is a valid approach for selecting cells adapted to hydrogen peroxide. Elucidation of H₂O₂adaptation mechanisms in HPR2 could be helpful to develop oxygen resistant bifidobacteria.</p

Extracorporeal Membrane Oxygenation for Severe Acute Respiratory Distress Syndrome associated with COVID-19: An Emulated Target Trial Analysis.

RATIONALE: Whether COVID patients may benefit from extracorporeal membrane oxygenation (ECMO) compared with conventional invasive mechanical ventilation (IMV) remains unknown. OBJECTIVES: To estimate the effect of ECMO on 90-Day mortality vs IMV only Methods: Among 4,244 critically ill adult patients with COVID-19 included in a multicenter cohort study, we emulated a target trial comparing the treatment strategies of initiating ECMO vs. no ECMO within 7 days of IMV in patients with severe acute respiratory distress syndrome (PaO2/FiO2 <80 or PaCO2 ≥60 mmHg). We controlled for confounding using a multivariable Cox model based on predefined variables. MAIN RESULTS: 1,235 patients met the full eligibility criteria for the emulated trial, among whom 164 patients initiated ECMO. The ECMO strategy had a higher survival probability at Day-7 from the onset of eligibility criteria (87% vs 83%, risk difference: 4%, 95% CI 0;9%) which decreased during follow-up (survival at Day-90: 63% vs 65%, risk difference: -2%, 95% CI -10;5%). However, ECMO was associated with higher survival when performed in high-volume ECMO centers or in regions where a specific ECMO network organization was set up to handle high demand, and when initiated within the first 4 days of MV and in profoundly hypoxemic patients. CONCLUSIONS: In an emulated trial based on a nationwide COVID-19 cohort, we found differential survival over time of an ECMO compared with a no-ECMO strategy. However, ECMO was consistently associated with better outcomes when performed in high-volume centers and in regions with ECMO capacities specifically organized to handle high demand. This article is open access and distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial No Derivatives License 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)

L’Egypte : cauchemar et fantasme des Romains : contrée d’exotisme, de luxure et de mystère

Les premiers contacts entre Rome et le monde oriental s’établirent via le domaine du commerce et de la religion Cependant, le regard que les Romains portaient sur ces cultures et le degré de rapport que ces civilisations entretenaient est encore à définir. L’Egypte est à la fois la patrie des intellectuels, de la sensualité et des créatures fabuleuses. Ce cliché se diffusera dans l’art romain. Néanmoins, des hapax, telle la Mensa Isiaca, laissent entendre une certaine compréhension de l’art et du mode de pensée égyptiens

Compte rendu de Jaime ALVAR, Los cultos egipcios en Hispania, Besançon, Presses Universitaires de Franche Comté, 2012, dans Latomus, 74, fascicule 2, 2015, p. 498-499.

L'étude des cultes isiaques dans le bassin méditerranéen est un champ d'études en pleine efflorescence ( voir les travaux de Françoise Dunand ). L'Egypte était tantôt perçue comme une contrée de sagesse, tantôt comme une contrée exotique ( avec les dérives fantasmatiques que cela entraîne ). L'analyse des aegyptiaca nous permet de mieux connaître le climat d'interculturalité qui régnait au sein de l'empire. La monographie de Jaime Alvar nous propose de mieux comprendre ces échanges culturels en péninsule ibérique

Dendour ou le temple exilé

Conservé au "Metropolitan Museum de New York", le temple de Dendour est un véritable "rescapé" qui a traversé les affres du temps mais aussi la menace du barrage d'Assouan. Découvrons un petit temple qui ne manque pas d'intérêt! Le temple est parfois désigné par le vocable « chapelle » à cause de ses petites dimensions. Edifié en Nubie sous l’empereur Octave-Auguste, ce chef d’œuvre fut offert aux Etats-Unis par le gouvernement égyptien afin de remercier les Américains de l’aide prodiguée à la fois dans la sauvegarde du patrimoine pharaonique mais, aussi, officieusement, sur la scène politique ( envois massifs de nourriture, d’équipements militaire et hospitalier par navires entre 1959 et 1966 ). Par conséquent, aujourd’hui, le temple de Dendour est un des fleurons des collections du Metropolitan Museum of Arts. Il est exposé dans l’aile Sackler sous une verrière, baigné par les rayons solaires, recréant un peu l’atmosphère de sa lointaine contrée d’origine. Quelques palmiers, au charme désuet, garnissent sa salle d’exposition, suggérant peut-être avec nostalgie l’écrin de verdure de la zone fertile qui le vit s’élever au temps des premiers Césars

La circulation des biens et des savoirs en Egypte romaine

L’étude de la circulation des biens dans le monde antique est encore aujourd’hui tributaire de nombreux clichés. Il est souvent considéré qu’il s’agit d’un microcosme vivant en autarcie et ne connaissant pas le commerce des exportations et importations sur de longues distances et pour des produits variés. Or, la documentation archéologique, l’étude des voies de communication et les textes des auteurs anciens nous dévoilent une réalité toute autre

Réflexions sur le rôle de l'armée dans la vie des temples d'Egypte Romaine

Si l'Egypte gréco-romaine a été maintes fois étudiée d'un point de vue sociologique, économique ou théologique, la vie de ses temples a souvent été caricaturée. Serge Sauneron dénonçait fréquemment ce préjugé : les prêtres, confinés dans leurs temples, essayaient de sauver tant bien que mal une tradition vouée à son inéluctable chute. Pourtant, lorsque l'on étudie l'ensemble de la documentation, on se rend compte que le clergé n'était pas le seul intervenant dans la conception de ces temples. L'armée y jouait un grand rôle ..

Le tétradrachme d'Ascalon, I-Medjat, 12, mars 2015

Il peut paraître singulier de consacrer une étude de plus au célèbre tétradrachme d’Ascalon. De par son origine, il est considéré comme très bien documenté. Il s’agît d’une frappe de la célèbre Cléopâtre VII (69-30 avant J-C), dernière reine de la dynastie Laide, compagne de Jules César puis d’Antoine. Cette monnaie est devenue une icône. Elle figure dans tout ouvrage de vulgarisation consacré à la souveraine. Ce statut engendre bien des préjugés. Il est donc nécessaire de poser un regard neuf sur ce numéraire. Il n’est peut-être pas vecteur de tous les fantasmes que l’on lui prête mais il n’en est pas moins intéressant. Mon étude aura pour but de retracer brièvement quelques théories concernant le tétradrachme et ensuite de comprendre quel était son message réel

Le mammisi d'Erment: de la légitimation de Ptolémée XV Césarion à l'exploitation sucrière, Acta Orientalia Belgica, 28, 2015, p. 139-152

Étudier le mammisi d’Erment demande une méthodologie très rigoureuse. Le soin apporté à la critique des sources est primordial.1. En effet, l’édifice n’est plus connu que par des sources secondaires. De plus, il a été érigé par Cléopâtre VII, dont la légende vient souvent phagocyter les réelles données historiques et archéologiques. Pourtant, ce temple disparu mérite d’être analysé au-delà de son lien avec la vie privée des souverains. L’analyse qui suit s'ouvrira sur certaines généralités concernant les mammisi avant de livrer une étude approfondie du cas d’Erment. Ce mammisi a souvent été étudié dans le contexte de la geste de la dernière des Lagides ou d’un point de vue théologique. Pourtant, il offre un véritable programme politique