Development of Tools to Help Understand and Map Protein-Protein Interactions

© 2021 Carlos Henrique Miranda RodriguesMost biological processes are intrinsically coordinated through complex networks of protein-protein interactions. The diversity and the scale of these networks of interactions offer a highly selective and tunable way of modulating protein function. The importance of protein-protein interactions is further highlighted by the fact that many genetic disease-associated mutations are known to be enriched at protein interacting interfaces and, consequently, directly affecting their ability to interact with their partners. My PhD has focused on the systematic analysis of protein-protein interactions as means to provide a deeper molecular understanding of the mechanisms by which they are driven. I have conducted a large scale analysis of all protein-protein interactions available on the Protein Data Bank and I have shown that, contrary to what was originally thought and corroborating more recent studies, interacting interface regions are not flat and featureless. In fact, a detailed examination of the geometrical and physicochemical properties revealed that the majority of interactions made use of small concavities at the interface, presenting opportunities for single residue sites to be used for fragment targeting, and the development of competitive interface small molecules. In addition, I applied sophisticated data analysis and machine learning techniques to develop novel methods to explore the different mechanisms by which mutations affect protein dynamics, stability and binding affinity to other proteins. These methods have been broadly applied to a variety of different studies, from drug resistance in Mycobacterium Tuberculosis to analysing genetic variants in proteins of SARs-CoV-2. Finally, I investigated the properties of small molecules capable of inhibiting protein-protein complexes. Overall, these were larger than orally available small molecules, R05, and the most potent ones were shown to be enriched with ring substructures, including biphenyls. I explored structure and chemical properties of compounds with inhibitory activity against 23 distinct protein-protein interactions, and used them to propose a novel method to assist in rapid screening and ranking of inhibitors for any protein-protein interaction. The outcomes of my research provide powerful and valuable biological insights into the nature of protein-protein interactions, improving our understanding of how these can be better targeted for drug discovery and in the context of disease, particularly through mutation characterisation and modulation

Hipoteca reversa: Experiências em outros países e expectativa de regulamentação no Brasil

A hipoteca reversa consiste em um empréstimo em que o mutuário dispõe como garantia um imóvel, cujo valor será quitado após seu falecimento. Não existe previsão legal para este direito real de garantia no direito brasileiro. Há registros de projetos com iniciativa de lei. O presente trabalho consiste na pesquisa e análise documental e bibliográfica. Tem como objetivo geral apreciar a oportunidade da previsão legal da Hipoteca Reversa no Brasil e por objetivos específicos descrever as experiências com a Hipoteca Reversa em outros países, apontar o público-alvo da Hipoteca Reversa, examinar as implicações decorrentes dos contratos de Hipoteca Reversa e comparar as propostas de lei com a legislação já existente em outros países. A metodologia empregada foi a dedutiva, partindo da análise das experiências estrangeiras. Quanto ao método de procedimento será o comparativo, para se constatar as semelhanças e diferenças entre as experiências e as propostas de lei. Como resultado a Pesquisa pretende contribuir para se entender em que consiste a Hipoteca Reversa e seu funcionamento. A monografia tem como conclusão a oportunidade da regulamentação da Hipoteca Reversa no Brasil como mais uma alternativa para a complementação de renda por um segmento específico da população

Distribuição e conservação das espécies de Aniba Aubl. (Lauraceae Jussieu) no Brasil

This study conducts a biogeographical review of Aniba in Brazil, including its actual and potential distribution, and a review on the species conservation status. The potential distribution of each Aniba species was modeled using the Brazilian Plants and Fungi Biogeography system, which is interconnected with the SpeciesLink network. A consensus model based on up to five algorithms was used to model the potential distribution of each species. The endemism, conservation status and rarity of each species in Brazil were also analyzed. A total of 3059 records of 30 Brazilian Aniba species were found. In total, 16.1% of the records were excluded because of the lack of valid names, and 53.4% were excluded because of the lack of georeference and name of the person who identified the record. The consensus model showed good results for species with 20 or more pixels. The other species had many errors, and their models could only be used to determine new areas for collections. Nine species were endemic to Brazil, and only three species showed no indicator of rarity. The geographical distribution of Brazilian Aniba species shows a predominantly Amazonian pattern. Only four species are not actually found in the Amazon. Some Amazonian species may also be found in Atlantic Forest areas, and many other species have the potential to live there. Our results indicate that only three species have no conservation problems, whereas 14 species have conservation problems, and 13 other species require further population studies to be best evaluated. © 2018, Universidade Estadual de Campinas UNICAMP. All rights reserved

Ciclo reprodutivo da ostra Crassostrea brasiliana (Lamarck, 1819) em cultivo e maturação em laboratório

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-graduação em Aquicultura, Florianópolis, 2009O presente estudo teve como objetivo avaliar o ciclo reprodutivo da ostra nativa Crassostrea brasiliana, em campo e em laboratório. O estádio de desenvolvimento do ciclo reprodutivo dos animais foi acompanhado na praia do Sambaqui/Florianópolis/SC (27º29'18"S e 48º32'12"W) entre maio de 2008 a novembro de 2009. No mês de julho os animais encontravam-se no estádio de repouso, entre os meses de agosto a outubro, as ostras seguiram nos estádios de pré-maturação e maturação. Entre os meses de novembro e dezembro, as ostras começaram a ser encontradas no estádio maturo, havendo predominância de fêmeas aptas a eliminação de gametas. Houve associação positiva (r=0,77; P<0,01) entre o estádio de desenvolvimento do ciclo reprodutivo das ostras e a temperatura, bem como associação negativa com a salinidade (r=-0,56; P=0,042), demonstrando que tanto o aumento da temperatura como a redução da salinidade são fatores ambientais que influenciam no desenvolvimento reprodutivo das ostras da espécie. O índice de condição (IC) dos animais, também teve relação com a temperatura da água do mar, sendo os maiores índices observados nos meses em que a temperatura da água do mar teve aumento gradativo. Também foi realizado um experimento, no Laboratório de Moluscos Marinhos da Universidade Federal de Santa Catarina, visando testar o efeito da salinidade da água sobre o desenvolvimento reprodutivo das ostras. Para tanto, os animais foram condicionados em tanques padronizados e testaram-se duas salinidades (24# e 34#). No experimento de laboratório, observou-se que o regime de salinidade influenciou o desenvolvimento do tecido gonádico das ostras, sendo que a salinidade de 24 permitiu aos animais maior desenvolvimento reprodutivo. Os resultados obtidos neste estudo contribuíram com informações para auxiliar o condicionamento e a reprodução da espécie em laboratório

Evaluation of physico-chemical properties of Portland cements and MTA

The purpose of this study was to evaluate the hydrogenionic potential and electrical conductivity of Portland cements and MTA, as well as the amount of arsenic and calcium released from these materials. In Teflon molds, samples of each material were agitated and added to plastic flasks containing distilled water for 3, 24, 72 and 168 h. The results were analyzed with a Kruskal-Wallis non-parametric test for global comparisons and a Dunn-Tukey test for pairwise comparisons. The results revealed no significant differences in the pH of the materials (p &gt; 0.05). The electrical conductivity of the cements were not statistically different (p &gt; 0.05). White non-structural cement and MTA BIO released the largest amount of calcium ions into solution (p < 0.05), while arsenic release was insignificant in all of the materials (p &gt; 0.05). The results indicated that the physico-chemical properties of Portland cements and MTA were similar. Furthermore, all materials produced an alkaline environment and can be considered safe for clinical use because arsenic was not released. The electrical conductivity and the amount of calcium ions released into solution increased over time

A teoria do capital humano e as pedagogias liberais pós-modernas presentes nas políticas de formação de professores

Dissertação apresentada ao Programa de Pós- Graduação Strictu Senso em Educação, no Núcleo de Ciências Humanas da Universidade Federal de Rondônia-UNIR como requisito para obtenção do Grau de Mestre em Educação. Orientador: Prof. Dr. Antônio Carlos Maciel.Este trabalho trata de pesquisa teórica acerca das pedagogias liberais pós-modernas buscando identificar nelas, explícita e implicitamente, a Teoria do Capital Humano e a compreensão de como esse ideário se reproduz ideologicamente nas politicas educacionais de formação de professores e suas consequências na formação dos trabalhadores. Os postulados da Teoria do Capital Humano tiveram ampla influência no desenvolvimento das políticas, diretrizes e práticas educacionais no Brasil, e ainda o faz de forma revisada, revertido, nas teorias liberais pós-modernas da educação que permeiam e alicerçam as práticas e a formação escolar e docente na atualidade. As pedagogias liberais pós-modernas tem como tronco a pedagogia das competências que se desdobra no cognitivismo, no construtivismo, no socioconstrutivismo. Essas pedagogias assumem várias denominações como pedagogia do professor reflexivo, a pedagogia de projetos, pedagogia da qualidade total, pedagogia multiculturalista, pedagogia das competências. Os programas de formação de professores oferecem uma formação para a prática na qual o processo de ensino aprendizagem se dá em torno da chamada “sociedade do conhecimento”, fundamentadas nas pedagogias da prática que aparecem como progressistas e avançadas em termo de emancipação humana ao utilizarem os conceitos de multiculturalismo, diversidade, gênero, etc. Essas pedagogias aparecem como algo novo, capaz de elevar a qualidade do ensino às classes populares, condenando como ultrapassado tudo o que não cabe nessa compreensão. Nossa pesquisa buscou realizar um estudo bibliográfico do referencial teórico das pedagogias liberais pós-modernas presentes na educação brasileira identificando como a Teoria do Capital Humano nelas se apresenta, como é difundida nas políticas educacionais de formação de professores e suas principais consequências na formação dos trabalhadores. Para isso optamos pelo método do materialismo histórico-dialético entendido como um instrumento de captação dos fatos sociais, da realidade enquanto práxis e na interpretação que possibilite a intervenção transformadora da realidade e de novas sínteses no plano de conhecimento e no plano da realidade histórica

Radiopacity evaluation of Portland and MTA-based cements by digital radiographic system

OBJECTIVE: The aim of the present study was to evaluate the radiopacity of Portland and MTA-based cements using the Digora TM digital radiographic system. MATERIAL AND METHODS: The performed tests followed specification number 57 from the American National Standard Institute/American Dental Association (2000) for endodontic sealing materials. The materials were placed in 5 acrylic plates, especially designed for this experiment, along with a graduated aluminum stepwedge varying from 1 to 10 mm in thickness. The set was radiographed at a 30 cm focus-object distance and with 0.2 s exposure time. After the radiographs were taken, the optical laser readings of radiographs were performed by Digora TM system. Five radiographic density readings were performed for each studied material and for each step of the aluminum scale. RESULTS: White ProRoot MTA (155.99±8.04), gray ProRoot MTA (155.96±16.30) and MTA BIO (143.13±16.94) presented higher radiopacity values (

In-situ simulation of cardiac arrest in ventricular fibrillation for professional nursing training

Objective: Report the experience and perception of nursing professionals with an unannounced in-situ simulation of cardiopulmonary arrest (CPA) in ventricular fibrillation in an in-hospital environment. Methods: A high-fidelity mannequin (Laerdal®) was placed on the isolation bed of a Coronary Care Unit with a monitoring center without the knowledge of the nursing professionals taking over the shift. A nurse technician from the previous shift was told to report the case as a fictitious newly admitted patient with acute myocardial infarction. After the care transition, the cardiac rhythm was changed from sinus rhythm to ventricular fibrillation. The time was recorded (in minutes and seconds) from the onset of ventricular fibrillation until a nursing professional triggered an effective action. After the professionals realized it was a mannequin, they were instructed to initiate the appropriate interventions as if the mannequin were an actual patient. After the end of the simulation, a questionnaire was used to assess the professionals’ perception of the activity. Results: Fifteen professionals participated in this in-situ simulation. The reaction time was 28 seconds on the morning shift, two minutes and six seconds on the afternoon shift, and four minutes and three seconds on the night shift. All professionals (100%) recognized the importance of this training, and all thought it increased professional and patient safety. Most participants (90%) thought it could improve communication among the team. All professionals (100%) felt that such activities should be repeated. Conclusion: In-situ simulation is a feasible alternative to train nursing professionals in the initial CPA management in a Brazilian emergency hospital. Participants positively evaluated this activity.Objetivo: Relatar la experiencia y percepción de los profesionales de enfermería en el uso de la simulación in situ para el entrenamiento en el reconocimiento y tratamiento de la parada cardiorrespiratoria (PCA) intrahospitalaria en fibrilación ventricular. Métodos: Se colocó un maniquí de alta fidelidad (Laerdal®) sobre la camilla de aislamiento de una unidad de cuidados coronarios con centro de monitoreo sin el conocimiento de los profesionales de enfermería a cargo del turno. Un técnico de enfermería del turno anterior fue capacitado para reportar el caso como un paciente ficticio de nuevo ingreso con infarto agudo de miocardio. Después del turno, la frecuencia cardíaca del maniquí se cambió de sinusal a fibrilación ventricular. Se registró el tiempo (en minutos y segundos) desde el cambio de ritmo hasta que el profesional de enfermería desencadena una acción efectiva relacionada con el hecho. Luego de que el profesional se percatara de que se trataba de un maniquí, se le indicó que iniciara las intervenciones necesarias como si fuera un paciente real. Después de la simulación, se aplicó un cuestionario desarrollado por investigadores para evaluar la percepción de estos profesionales sobre la actividad. Resultado: Quince profesionales participaron en la simulación in situ. El tiempo de reacción fue de 28 segundos en el turno de la mañana, dos minutos y seis segundos en el turno de la tarde y cuatro minutos y tres segundos en el turno de la noche. Todos los profesionales (100%) reconocieron la importancia de esta formación; todos (100%) opinaron que esta formación aumenta la seguridad del profesional y del paciente, la mayoría (90%) pensó que podría mejorar la comunicación entre el equipo y todos (100%) opinaron que actividades como esta deberían repetirse. Conclusión: la simulación in situ puede capacitar a las enfermeras en el reconocimiento y tratamiento inicial del paro cardíaco intrahospitalario. Los profesionales participantes evaluaron muy bien esta actividad. &nbsp; &nbsp; &nbsp;Objetivo: Relatar a experiência e a percepção dos profissionais de enfermagem com a utilização de simulação in situ não anunciada de parada cardiorrespiratória (PCR) em ritmo de fibrilação ventricular no ambiente intra-hospitalar. Métodos: Manequim (Laerdal®) de alta fidelidade foi colocado no leito de isolamento de uma Unidade Coronariana que dispõe de central de monitoramento, sem o conhecimento dos profissionais de enfermagem que estavam assumindo o plantão. Um técnico de enfermagem do turno anterior de trabalho passou o caso como um paciente fictício recém-admitido com infarto agudo do miocárdio. Após a passagem do plantão, modificou-se o ritmo cardíaco do manequim de ritmo sinusal para fibrilação ventricular. Registrou-se o tempo (em minutos e segundos) desde a modificação do ritmo até algum profissional da enfermagem desencadear uma ação efetiva relacionada ao fato. Após o profissional perceber que se tratava de um manequim, ele foi orientado a desencadear as intervenções adequadas como se fosse um paciente real. Após o final da simulação, um questionário para avaliação da percepção desses profissionais em relação à atividade foi aplicado. Resultado: Quinze profissionais participaram da simulação in situ. O tempo para reação foi 28 segundos no turno diurno, dois minutos e seis segundos no turno vespertino e quatro minutos e três segundos no período noturno. Todos profissionais (100%) reconheceram a importância do treinamento, todos (100%) acharam que este treinamento aumenta a segurança do profissional e do paciente, a maioria (90%) achou que pode melhorar a comunicação entre a equipe, e todos (100%) acharam que atividades como esta deveriam ser repetidas. Conclusão: A simulação in situ parece ser uma alternativa viável para o treinamento dos profissionais de enfermagem no atendimento inicial da PCR em um hospital de emergência brasileiro. Esta atividade foi avaliada positivamente pelos participantes

PROPOSTA DE MODELOS DE PERIODIZAÇÃO DE TREINAMENTO PARA NÍVEIS DE APRENDIZADO EM GINÁSTICA OLÍMPICA FEMININA

O presente trabalho tem o objetivo de apresentar modelos de periodização para osníveis técnicos de aprendizagem do Programa de Sistematização da Ginástica OlímpicaFeminina - Ciclo 2002/2004 -- no que diz respeito ao seu aspecto técnico para o nível deiniciação. Limita-se a desenvolver um modelo de periodização apenas para os níveis deaprendizado da Federação de Ginástica do Estado do Rio de Janeiro (FGERJ), nãopretendendo esgotar e finalizar com as questões da periodização da ginástica olímpica,utilizado de forma geral em todo o país. A confecção do -- Programa de Planejamento ePeriodização do Treinamento -- P3T - foi realizada, procurando desenvolver a forma esportivados atletas e para atender as expectativas tanto da FGERJ, como de seus atuais e futurosfiliados, procurando combater o fenômeno da heterogeneidade técnica que ocorre notrabalho de iniciação e treinamento da ginástica olímpica. Este artigo traz informações sobrePeriodização do Treinamento Esportivo, e apresenta Modelos de Periodização para Níveis deAprendizado em Ginástica Olímpica

Overview of Hydrological Dynamics and Geomorphological Aspects of the Amazon Region Rivers to Characterize Fluvial Sensitivity to Oil Spills

This chapter presents a collection of studies performed in the Amazon region that includes thematic products portraying its fluvial sensitivity to oil spills. The research addresses the intense Amazonian seasonal dynamics, as well as the environmental peculiarities of this singular ecosystem. Periodic changes caused by natural phenomena have a significant impact on not only flooded alluvial plains and riverine habitats but also on petroleum exploration, production, and transportation activities. Therefore, the implementation of tools to assess the potential impact of oil spills in the Amazonian rivers must be adjusted to the local conditions. The main deliverables of the research are (1) fluvial oil spill sensitivity index maps contemplating each phase of the hydrological cycle (low water, high water, receding water, and rising water), (2) a computational method to represent fluctuations of the seasonal inundation, and (3) a risk analysis method using linguistic rules for the construction of a risk matrix