MAMMALS IN PORTUGAL : A data set of terrestrial, volant, and marine mammal occurrences in P ortugal

Mammals are threatened worldwide, with 26% of all species being includedin the IUCN threatened categories. This overall pattern is primarily associatedwith habitat loss or degradation, and human persecution for terrestrial mam-mals, and pollution, open net fishing, climate change, and prey depletion formarine mammals. Mammals play a key role in maintaining ecosystems func-tionality and resilience, and therefore information on their distribution is cru-cial to delineate and support conservation actions. MAMMALS INPORTUGAL is a publicly available data set compiling unpublishedgeoreferenced occurrence records of 92 terrestrial, volant, and marine mam-mals in mainland Portugal and archipelagos of the Azores and Madeira thatincludes 105,026 data entries between 1873 and 2021 (72% of the data occur-ring in 2000 and 2021). The methods used to collect the data were: live obser-vations/captures (43%), sign surveys (35%), camera trapping (16%),bioacoustics surveys (4%) and radiotracking, and inquiries that represent lessthan 1% of the records. The data set includes 13 types of records: (1) burrowsjsoil moundsjtunnel, (2) capture, (3) colony, (4) dead animaljhairjskullsjjaws, (5) genetic confirmation, (6) inquiries, (7) observation of live animal (8),observation in shelters, (9) photo trappingjvideo, (10) predators dietjpelletsjpine cones/nuts, (11) scatjtrackjditch, (12) telemetry and (13) vocalizationjecholocation. The spatial uncertainty of most records ranges between 0 and100 m (76%). Rodentia (n=31,573) has the highest number of records followedby Chiroptera (n=18,857), Carnivora (n=18,594), Lagomorpha (n=17,496),Cetartiodactyla (n=11,568) and Eulipotyphla (n=7008). The data setincludes records of species classified by the IUCN as threatened(e.g.,Oryctolagus cuniculus[n=12,159],Monachus monachus[n=1,512],andLynx pardinus[n=197]). We believe that this data set may stimulate thepublication of other European countries data sets that would certainly contrib-ute to ecology and conservation-related research, and therefore assisting onthe development of more accurate and tailored conservation managementstrategies for each species. There are no copyright restrictions; please cite thisdata paper when the data are used in publications.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Pyrene degradation by marine-derived ascomycete: process optimization, toxicity, and metabolic analyses

Marine-derived fungi are relevant genetic resources for bioremediation of saline environments/processes. Among the five fungi recovered from marine sponges able to degrade pyrene (Py) and benzo[a]pyrene (BaP), Tolypocladium sp. strainCBMAI 1346 and Xylaria sp. CBMAI 1464 presented the best removal rates of Py and BaP, respectively. Since the decrease in BaP was related to mycelial adsorption, a combined strategy was applied for the investigation of Py degradation by the fungus Tolypocladium sp. CBMAI 1346. The selected fungus was able to degrade about 95% of Py after 7days of incubation (optimized conditions), generating metabolites different from the ones found before optimization. Metabolites and transcriptomic data revealed that the degradation occurred mainly by the cytochrome P450 pathway. Putative monooxygenases and dioxygenases found in the transcriptome may play an important role. After 21days of degradation, no toxicity was found in the optimized culture conditions. The findings from the present study highlight the potential of marine-derived fungi to degrade environmental pollutants and convey innovative information related to the metabolism of pyrene26121241212424FAPESP – Fundação de Amparo à Pesquisa Do Estado De São Paulo2013/19486-0; 2016/07957-

Emergence of the East-Central-South-African genotype of Chikungunya virus in Brazil and the city of Rio de Janeiro may have occurred years before surveillance detection

Brazil, which is hyperendemic for dengue virus (DENV), has had recent Zika (ZIKV) and (CHIKV) Chikungunya virus outbreaks. Since March 2016, CHIKV is the arbovirus infection most frequently diagnosed in Rio de Janeiro. In the analysis of 1835 syndromic patients, screened by real time RT-PCR, 56.4% of the cases were attributed to CHIKV, 29.6% to ZIKV, and 14.1% to DENV-4. Sequence analyses of CHIKV from sixteen samples revealed that the East-Central-South-African (ECSA) genotype of CHIKV has been circulating in Brazil since 2013 [95% bayesian credible interval (BCI): 03/2012-10/2013], almost a year before it was detected by arbovirus surveillance program. Brazilian cases are related to Central African Republic sequences from 1980’s. To the best of our knowledge, given the available sequence published here and elsewhere, the ECSA genotype was likely introduced to Rio de Janeiro early on 2014 (02/2014; BCI: 07/2013-08/2014) through a single event, after primary circulation in the Bahia state at the Northestern Brazil in the previous year. The observation that the ECSA genotype of CHIKV was circulating undetected underscores the need for improvements in molecular methods for viral surveillance.Peer Reviewe

The clinically approved antiviral drug sofosbuvir inhibits Zika virus replication

Corrigendum: The clinically approved antiviral drug sofosbuvir inhibits Zika virus replication.Submitted by Sandra Infurna ([email protected]) on 2017-01-23T12:59:55Z No. of bitstreams: 1 carolina_sacramento_etal_IOC_2017.pdf: 906496 bytes, checksum: 1568349526fa6390efffaec7492e3388 (MD5)Approved for entry into archive by Sandra Infurna ([email protected]) on 2017-01-23T13:40:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 carolina_sacramento_etal_IOC_2017.pdf: 906496 bytes, checksum: 1568349526fa6390efffaec7492e3388 (MD5)Made available in DSpace on 2017-01-23T13:40:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carolina_sacramento_etal_IOC_2017.pdf: 906496 bytes, checksum: 1568349526fa6390efffaec7492e3388 (MD5) Previous issue date: 2017Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil ; Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil ; Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil ; Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia de Fármacos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil ; Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil ; Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil ; Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Ciências Biomédicas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia de Fármacos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Núcleo em Ecologia e Desenvolvimento Sócio-Ambiental de Macaé. Macaé, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Instituto D`OR de Pesquisa e Educação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Instituto D`OR de Pesquisa e Educação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Ciências Biomédicas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto D`OR de Pesquisa e Educação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia de Fármacos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.BMK Consortium / Blanver Farmoquímica Ltda / Microbiológica Química e Farmacêutica / Karin Bruning & Cia Ltda. Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.Zika virus (ZIKV) is a member of the Flaviviridae family, along with other agents of clinical significance such as dengue (DENV) and hepatitis C (HCV) viruses. Since ZIKV causes neurological disorders during fetal development and in adulthood, antiviral drugs are necessary. Sofosbuvir is clinically approved for use against HCV and targets the protein that is most conserved among the members of the Flaviviridae family, the viral RNA polymerase. Indeed, we found that sofosbuvir inhibits ZIKV RNA polymerase, targeting conserved amino acid residues. Sofosbuvir inhibited ZIKV replication in different cellular systems, such as hepatoma (Huh-7) cells, neuroblastoma (SH-Sy5y) cells, neural stem cells (NSC) and brain organoids. In addition to the direct inhibition of the viral RNA polymerase, we observed that sofosbuvir also induced an increase in A-to-G mutations in the viral genome. Together, our data highlight a potential secondary use of sofosbuvir, an anti-HCV drug, against ZIKV

Investigation about the occurrence of transmission cycles of arbovirus in the tropical forest, amazon region

This work was funded by Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), established by notice MCTI/CNPq/FNDCT—Ação Transversal n68/2013 Programa de Grande Escala da Biosfera-Atmosfera na Amazônia (Processo n 457664/2013-4) to PFV and Instituto Evandro Chagas SVS/MS. PFV is fellow of the CNPqFederal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Because of its ecological characteristics, the Caxiuanã National Forest (FLONA) is a potential area of arbovirus circulation. The present study aimed to investigate the occurrence of arbovirus transmission cycles at FLONA de Caxiuanã. Five field trips were performed to capture mosquitoes and sylvatic vertebrates. For these vertebrates, we attempted viral isolation by cell monolayer inoculation from blood, and hemagglutination inhibition and further seroneutralization assays from sera. For mosquitoes, we performed tests of viral genome detection. A total of 338 vertebrates were captured, and the greatest representative was birds (251/74.26%). A total of 16,725 mosquitoes were captured, distributed among 56 species. There were no viruses isolated by newborn mouse inoculation. Among birds, antibodies against Ilheus virus were the most prevalent. Catu virus, Caraparu virus, and Mucambo virus were the most prevalent among mammals and reptiles. Fragments of Mucambo virus, Ilheus virus, Bussuquara virus, and Rocio virus genome were detected in a pool of mosquito samples. These results of the study suggest the occurrence of arbovirus transmission cycles in the FLONA of Caxiuanã. The proximity of human populations with elements, involved in transmission cycles, makes surveillance necessary in this population to avoid dispersion of arboviruses to naïve location