Has cupper ion any effect on Sinorhizobium Melitoili bacteria?

Proceedings of the I Congress PIIISA celebrado en la Estación Experimental del Zaidín, Granada, el 26 de abril de 2012.Sinorhizobium meliloti is a soil bacterium that in symbiosis with Alfalfa leguminous plants fixes N2 to ammonia. This process occurs after an intimate communication between host and microsimbiont in the rhizosphere niche. This soil bacterium may suffer biotic and abiotic stresses in this complex environment. Resistance to any of this stresses can be an advantage for this type of bacteria. In this work we test the effects of Cupper ion in the bacterium Sinorhizobium meliloti. We found an effect on pigmentation and this effect is specific of each isolate (i.e. it is very pronounced for the isolate AK83 from Aral sea in Russia). On the other hand, comparison of Cupper ion resistance phenotype between isolates 1021 and GR4 suggests that the resistance of GR4 could be due to a set of 10 genes found in the cryptic plasmid pRmeGR4a of this strain. However, this resistance phenotype also appears in other isolates, and it could be explained by an alternative phenotype as Exopolysaccaride production (EPS+).It was supported mainly by research project MICINN Consolider‐Ingenio 2010. CSD2009‐00006; Scientific research by Young Students in Science (PIIISA2012; http://emc2astronomy.blogspot.com/).Peer reviewe

Análisis por epigenómica comparativa de elementos cis-reguladores conservados y activos durante el estado filotípico de vertebrados

Motivación: Determinar qué fase del desarrollo es más resistente a los cambios evolutivos, y por tanto, está más conservada entre los vertebrados ha sido objeto de debate desde hace años. Existen dos propuestas: el modelo del embudo, que propone que la mayor conservación fenotípica se da durante las etapas más tempranas del desarrollo, y el modelo del reloj de arena, que la establece en el estado filotípico, una etapa intermedia. Aunque se ha demostrado que las formulaciones de éste último son ciertas desde el punto de vista morfológico, la controversia persiste a nivel molecular. El propósito de este proyecto es contribuir a resolver este debate mediante un estudio transcriptómico y epigenómico comparativo en peces cebra y medaka, dos especies separadas evolutivamente varios millones de años.Métodos: Se ha realizado un experimento de RNA-seq de embriones de medaka de 48 hpf (horas post-fertilización) para analizar su transcriptoma y compararlo con el de peces cebra de 24 hpf durante la fase filotípica. También se han llevado a cabo experimentos de ChIP-seq para identificar enhancers conservados y activos en ambas especies durante esa etapa del desarrollo (SPARRs). Se han realizado experimentos de transgénesis por inyección en embriones de pez cebra y medaka en estadio de una célula, transformándolos con plásmidos ZED y SED, respectivamente. Estos vectores contienen algunos de los SPARRs identificados, que se han clonado para controlar la expresión específica de tejido de un gen reportero, con el objetivo de averiguar si su patrón de expresión asociado se conserva en ambas especies.Resultados: El análisis trancriptómico comparativo ha determinado un nivel de expresión similar en la mayoría de genes, exceptuando los que son específicos de tejidos que se desarrollan heterocrónicamente, como el músculo y el tejido nervioso. El estudio epigenómico ha permitido identificar unos 700 SPARRs en ambas especies, que en su mayoría controlan el nivel de expresión de factores de transcripción importantes en el desarrollo, y el experimento de transgénesis ha demostrado que el perfil de actividad de los SPARRs examinados está conservado.Conclusiones: La alta similitud morfológica que caracteriza a embriones de distintas especies de vertebrados en el estado filotípico no sólo se debe a una alta conservación de genes específicos de desarrollo, sino a una conservación de toda la estructura genética de regulación subyacente, que permanece activa en dicha etapa

Lateral adhesion drives reintegration of misplaced cells into epithelial monolayers.

Cells in simple epithelia orient their mitotic spindles in the plane of the epithelium so that both daughter cells are born within the epithelial sheet. This is assumed to be important to maintain epithelial integrity and prevent hyperplasia, because misaligned divisions give rise to cells outside the epithelium. Here we test this assumption in three types of Drosophila epithelium; the cuboidal follicle epithelium, the columnar early embryonic ectoderm, and the pseudostratified neuroepithelium. Ectopic expression of Inscuteable in these tissues reorients mitotic spindles, resulting in one daughter cell being born outside the epithelial layer. Live imaging reveals that these misplaced cells reintegrate into the tissue. Reducing the levels of the lateral homophilic adhesion molecules Neuroglian or Fasciclin 2 disrupts reintegration, giving rise to extra-epithelial cells, whereas disruption of adherens junctions has no effect. Thus, the reinsertion of misplaced cells seems to be driven by lateral adhesion, which pulls cells born outside the epithelial layer back into it. Our findings reveal a robust mechanism that protects epithelia against the consequences of misoriented divisions.The authors are grateful to R. Nieuwburg, the St Johnston group, and other Gurdon Institute members for suggestions. We thank the Bloomington Stock Center, J. Knoblich, and the TRiP at Harvard Medical School (NIH/NIGMS R01-GM084947) for fly stocks. We thank N. Lowe for technical assistance. This work was supported by a Wellcome Trust Principal Fellowship to D.St.J. (080007), and by core support from the Wellcome Trust (092096) and Cancer Research UK (A14492). D.T.B. was supported by a Marie Curie Fellowship and the Wellcome Trust. H.E.L. was supported by a Herchel Smith Studentship.This is the author accepted manuscript. The final version is available from NPG via http://dx.doi.org/10.1038/ncb324

Therapeutic targeting of ependymoma as informed by oncogenic enhancer profiling

Genomic sequencing has driven precision-based oncology therapy; however, the genetic drivers of many malignancies remain unknown or non-targetable, so alternative approaches to the identification of therapeutic leads are necessary. Ependymomas are chemotherapy-resistant brain tumours, which, despite genomic sequencing, lack effective molecular targets. Intracranial ependymomas are segregated on the basis of anatomical location (supratentorial region or posterior fossa) and further divided into distinct molecular subgroups that reflect differences in the age of onset, gender predominance and response to therapy1,2,3. The most common and aggressive subgroup, posterior fossa ependymoma group A (PF-EPN-A), occurs in young children and appears to lack recurrent somatic mutations2. Conversely, posterior fossa ependymoma group B (PF-EPN-B) tumours display frequent large-scale copy number gains and losses but have favourable clinical outcomes1,3. More than 70% of supratentorial ependymomas are defined by highly recurrent gene fusions in the NF-κB subunit gene RELA (ST-EPN-RELA), and a smaller number involve fusion of the gene encoding the transcriptional activator YAP1 (ST-EPN-YAP1)1,3,4. Subependymomas, a distinct histologic variant, can also be found within the supratetorial and posterior fossa compartments, and account for the majority of tumours in the molecular subgroups ST-EPN-SE and PF-EPN-SE. Here we describe mapping of active chromatin landscapes in 42 primary ependymomas in two non-overlapping primary ependymoma cohorts, with the goal of identifying essential super-enhancer-associated genes on which tumour cells depend. Enhancer regions revealed putative oncogenes, molecular targets and pathways; inhibition of these targets with small molecule inhibitors or short hairpin RNA diminished the proliferation of patient-derived neurospheres and increased survival in mouse models of ependymomas. Through profiling of transcriptional enhancers, our study provides a framework for target and drug discovery in other cancers that lack known genetic drivers and are therefore difficult to treat.This work was supported by an Alex's Lemonade Stand Young Investigator Award (S.C.M.), The CIHR Banting Fellowship (S.C.M.), The Cancer Prevention Research Institute of Texas (S.C.M., RR170023), Sibylle Assmus Award for Neurooncology (K.W.P.), the DKFZ-MOST (Ministry of Science, Technology & Space, Israel) program in cancer research (H.W.), James S. McDonnell Foundation (J.N.R.) and NIH grants: CA154130 (J.N.R.), R01 CA169117 (J.N.R.), R01 CA171652 (J.N.R.), R01 NS087913 (J.N.R.) and R01 NS089272 (J.N.R.). R.C.G. is supported by NIH grants T32GM00725 and F30CA217065. M.D.T. is supported by The Garron Family Chair in Childhood Cancer Research, and grants from the Pediatric Brain Tumour Foundation, Grand Challenge Award from CureSearch for Children’s Cancer, the National Institutes of Health (R01CA148699, R01CA159859), The Terry Fox Research Institute and Brainchild. M.D.T. is also supported by a Stand Up To Cancer St. Baldrick’s Pediatric Dream Team Translational Research Grant (SU2C-AACR-DT1113)

INDUCCIÓN AL USO DE TIC

Hablar, comentar, discutir, leer y ver sobre las Tecnologías de Información y Comunicación (conocida de forma abreviada como TIC), en este siglo XXI, es parte de la vida de esta nueva generación llamados nativos tecnológicos. Es muy natural, observar a niños que a su corta edad usan y operan los equipos tecnológicos con mucha facilidad y habilidad. A lo largo de mis años, cada día me convenzo más que las TIC constituyen la herramienta fundamental para el crecimiento de todas las carreras profesionales, de las organizaciones y de los países. Sin lugar a duda, no hay un lugar donde no estén presente las TIC. A pesar que no nací “con el mouse en la mano”, como tú, las tecnologías son mi pasión; hoy, escribo este libro motivado en ayudar a aquellos que, a pesar que manejan sus equipos de última generación con mucha facilidad, requieren una orientación básica para que logren habilidades en el uso de tecnologías de información y comunicación y que les permita mejorar su formación profesional; por lo que espero que este libro se constituya en el apoyo que necesitas. Este libro denominado Inducción al uso de TIC; pretende persuadir, instigar, ocasionar y despertar en ti el interés por las TIC para que las utilices diariamente y fortalezcas tus conocimientos con la práctica, pero, sobre todo que te ayude a hacer tú vida y tu formación profesional mucho más fácil. La narración del contenido es bastante fácil de comprender y en su totalidad intenta llevarte de la mano en el aprendizaje y al uso de TIC. El desarrollo y la preparación de este libro está enriquecido por las experiencias vividas en el mundo tecnológico y la observación directa con jóvenes, que, como tú, inician la vida universitaria sin distinguir la profesión o especialidad que estudies. El contenido de Inducción al uso de TIC, es totalmente práctico por lo que te sugiero que, al momento de leerlo, tengas un computador a tu lado para poner en práctica su desarrollo. Al final del libro encontraras una serie de ejercicios propuestos que te permitirán medir tu aprendizaje con la metodología; aprendo – haciendo. Dr. Ing. Víctor Ángel Ancajima Miñá

The Murine endochondral mesenchymal compartment duringperinatal stages at single cell resolution

Trabajo presentado en el 19th International Congress of Developmental Biology, celebrado en Guia (Portugal) del 16 al 20 de octubre de 2022