PCOGR: Phylogenetic COG ranking as an online tool to judge the specificity of COGs with respect to freely definable groups of organisms

BACKGROUND: The rapidly increasing number of completely sequenced genomes led to the establishment of the COG-database which, based on sequence homologies, assigns similar proteins from different organisms to clusters of orthologous groups (COGs). There are several bioinformatic studies that made use of this database to determine (hyper)thermophile-specific proteins by searching for COGs containing (almost) exclusively proteins from (hyper)thermophilic genomes. However, public software to perform individually definable group-specific searches is not available. RESULTS: The tool described here exactly fills this gap. The software is accessible at and is linked to the COG-database. The user can freely define two groups of organisms by selecting for each of the (current) 66 organisms to belong either to groupA, to the reference groupB or to be ignored by the algorithm. Then, for all COGs a specificity index is calculated with respect to the specificity to groupA, i. e. high scoring COGs contain proteins from the most of groupA organisms while proteins from the most organisms assigned to groupB are absent. In addition to ranking all COGs according to the user defined specificity criteria, a graphical visualization shows the distribution of all COGs by displaying their abundance as a function of their specificity indexes. CONCLUSIONS: This software allows detecting COGs specific to a predefined group of organisms. All COGs are ranked in the order of their specificity and a graphical visualization allows recognizing (i) the presence and abundance of such COGs and (ii) the phylogenetic relationship between groupA- and groupB-organisms. The software also allows detecting putative protein-protein interactions, novel enzymes involved in only partially known biochemical pathways, and alternate enzymes originated by convergent evolution

Extension of the COG and arCOG databases by amino acid and nucleotide sequences

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The current versions of the COG and arCOG databases, both excellent frameworks for studies in comparative and functional genomics, do not contain the nucleotide sequences corresponding to their protein or protein domain entries.</p> <p>Results</p> <p>Using sequence information obtained from GenBank flat files covering the completely sequenced genomes of the COG and arCOG databases, we constructed NUCOCOG (nucleotide sequences containing COG databases) as an extended version including all nucleotide sequences and in addition the amino acid sequences originally utilized to construct the current COG and arCOG databases. We make available three comprehensive single XML files containing the complete databases including all sequence information. In addition, we provide a web interface as a utility suitable to browse the NUCOCOG database for sequence retrieval. The database is accessible at <url>http://www.uni-wh.de/nucocog</url>.</p> <p>Conclusion</p> <p>NUCOCOG offers the possibility to analyze any sequence related property in the context of the COG and arCOG framework simply by using script languages such as PERL applied to a large but single XML document.</p

FATORES DE RISCOS BIOMECÂNICOS RELACIONADOS AO TRABALHO DE UM CIRURGIÃO DENTISTA

Os fatores de riscos biomecânicos são inerentes a cada profissão, em cirurgião dentista é comum o acometimento por distúrbios osteomusculares relacionados ao trabalho (DORTs), decorrentes de grande desgaste físico, principalmente como consequência da postura utilizada no trabalho. Para prevenção desses distúrbios ocasionados por agentes mecânicos, é importante que o cirurgião dentista saiba escolher o equipamento e principalmente conhecer a posição de trabalho ergonomicamente correta. Diante disso, o presente estudo buscou avaliar os riscos biomecânicos para desenvolvimento de distúrbios osteomusculares para membros superiores relacionados ao trabalho de um cirurgião dentista. Diante dos resultados, observou-se que o cirurgião dentista avaliado apresentou moderado risco para distúrbios osteomusculares de membros superiores relacionados ao trabalho e apresentou sintomas álgicos em membros superiores bem como coluna lombar. Portanto, os resultados ressaltam a presença de riscos para DORTs em cirurgiões dentistas

Influência do treinamento de força e de multicomponentes na funcionalidade de idosos: revisão sistemática e metanálise

Physical exercise is an important option to maintain functional independence in older adults, however, it is not clear which type of exercise is the most benefic: strength or multicomponent. The objective was to verify the effectiveness of strength training and multicomponent training on functionality of healthy older patients through a systematic review with meta-analysis. Registration number: CRD42017071887. Two independent evaluators searched Pubmed, Web of Science, PEDro, Cochrane and Lilacs databases. Of the 1,434 studies found, 32 clinical trials that investigated the effects of strength training only and/or combined with other modalities (multicomponent) in older adults and evaluated the Timed up and Go (TUG), sit-to-stand (STS) and/or Berg Balance Scale (BBS were included. The methodological quality was evaluated with the Downs &amp; Black scale. Data analysis was performed with the Software Review Manager. It was verified improvement in all the investigated outcomes when performing multicomponent training in comparison to control groups. Strength training, compared to control groups, showed benefit only for sit to stand test. Studies comparing the two trainings found no difference between them. The not high average score in the methodological quality assessment of the included studies is a limitation of the present study. In conclusion, both types of training were effective to improve functionality and are good strategies of training for older individuals. However, as the comparison between the two types of training was performed in few studies, it is not possible to infer which is more effective for the functionality, suggesting the realization of new clinical trials.O exercício físico é uma opção importante para a manutenção da independência funcional nos idosos, porém, não está claro qual tipo de exercício pode ser mais benéfico. Diante disso, buscou-se verificar o efeito de intervenções com treinamento de força e do treino com multicomponentes na funcionalidade em idosos saudáveis, através de uma revisão sistemática com metanálise. Número de registro: CRD42017071887. Foram realizadas buscas nas bases de dados Pubmed, Web of Science, PEDro, Cochrane e Lilacs. Dos 1434 estudos encontrados, 32 ensaios clínicos que realizaram treino de força e/ou combinado com outras modalidades (multicomponentes) em idosos e avaliaram os desfechos Timed up and Go (TUG), sentar-e-levantar (STS) e/ou Escala de Equilíbrio de Berg (EEB) foram incluídos. A qualidade metodológica foi avaliada pela escala Downs &amp; Black. A análise dos dados foi realizada no Software Rewiew Manager. Verificou-se que os resultados favoreceram o treino multicomponentes em comparação aos grupos controle nos desfechos TUG, STS e EEB. Já para o treino de força isso ocorreu somente para o STS. Quando os dois treinamentos foram comparados, não houve favorecimento para nenhum deles. O escore médio não alto na avaliação da qualidade metodológica dos estudos incluídos é uma limitação do presente estudo. Conclui-se que ambos os treinos se mostraram efetivos para a funcionalidade e são boas estratégias de treinamento para idosos. Porém, como a comparação entre os dois tipos de treinamento foi realizada em poucos estudos, não é possível afirmar qual é mais efetivo para a funcionalidade, sugerindo-se a realização de novos ensaios clínicos

AVALIAÇÃO DE DISTÚRBIOS OSTEOMUSCULARES EM ACADÊMICOS DA ODONTOLOGIA

O presente estudo buscou investigar os riscos biomecânicos que estudantes da odontologia estão expostos em sua prática clínica. O grupo de estudo foi composto por sete estudantes do último semestre de odontologia, os quais foram interrogados pelos pesquisadores. Para a investigação utilizou-se o questionário Checklist de Couto e um questionário elaborado pelos pesquisadores. A partir disso, pôde-se constatar que todos os sujeitos do estudo apresentaram algum fator biomecânico. Do total, 14,3% apresentaram fator biomecânico pouco significativo; 28,6% apresentaram fator biomecânico de moderada importância, fator biomecânico significativo e fator biomecânico muito significativo, o que representa riscos a DORTs. Conclui-se que os sujeitos da pesquisa apresentam riscos a DORTs, sendo este um fato bastante preocupante, visto que ainda não estão atuando profissionalmente, período no qual supõe-se que a jornada de trabalho será maior

ESTUDO DE REVISÃO SOBRE A CINESIOLOGIA DOS COMPLEXOS ARTICULARES

Objetivo: Sistematizar e compilar as informações sobre as bases cinesiológicas dos complexos articulares do corpo humano. Metodologia: Este estudo caracteriza-se como uma revisão bibliográfica realizada em livros didáticos que abordam a cinesiologia das articulações disponíveis na Universidade Federal de Santa Maria. Os resultados foram apresentados em forma de três quadros: articulações da cabeça e coluna vertebral, articulações do membro superior e articulações do membro inferior, os quais contém o nome das principais articulações, classificação quanto ao formato, amplitude de movimento, graus de liberdade, movimentos, planos/eixos e músculos agonistas. Resultados: Foram descritas três articulações da cabeça e coluna vertebral, 15 articulações do membro superior e 11 articulações do membro inferior, totalizando 29 articulações. Conclusão: O estudo da Cinesiologia das articulações é complexo, além disso, existem referências que divergem em relação aos termos cinesiológicos. Diante disso, este estudo, pode ser utilizado como uma alternativa para facilitar o estudo desta temática

COMPARAÇÃO DE DIFERENTES MÉTODOS PARA A IDENTIFICAÇÃO DE SOBREPESO

Introdução: A prática regular de musculação traz benefícios ao indivíduo, entre eles, a prevenção do aumento de peso e problemas de saúde. É importante a realização de avaliações relacionadas ao sobrepeso. Existem diferentes métodos que são utilizados para predizer o risco para a saúde relacionado ao sobrepeso. No entanto, ainda não se sabe se há influência desses métodos para indicar se existe risco à saúde relacionado ao sobrepeso. Objetivos: Diante disso, o objetivo do presente estudo foi comparar os métodos de avaliação IMC, RIP e %G para a identificação do sobrepeso de indivíduos de ambos os sexos praticantes de musculação. Materiais e Métodos: Participaram da pesquisa 30 indivíduos, de ambos os sexos, praticantes de musculação, dos quais foi mensurada massa, estatura e percentual de gordura, através das quais se analisou o risco relacionado à saúde utilizando os métodos IMC, RIP e %G. Foi utilizado teste t de student para a análise estatística. Resultados: Houve um maior valor de IMC para o sexo masculino, um menor valor de RIP para o sexo masculino e um maior valor de %G para o sexo feminino. A maioria dos indivíduos apresentaram risco devido ao sobrepeso quando avaliados pelo método do IMC, em contrapartida quando avaliados pelo método do %G nenhum indivíduo apresentou risco a saúde, já em relação ao RIP a maioria estava dentro da normalidade. Conclusão: O método de avaliação pode influenciar no resultado em relação à predição do risco a saúde relacionada ao sobrepeso

Avaliação do equilíbrio postural em idosos utilizando plataforma de força: uma revisão sistemática

The aim of this study was to identify in which way the researches that investigate the balance of the elderly using the force platform are being carried out. We searched for articles indexed in the SCIELO, MEDLINE and VHL databases from 2011 to 2016. We selected 34 studies for analysis, of which 27 studies evaluated the bipodal position (open and closed eyes), 25 studies used time of 0-30 seconds and the treatment, when performed, was of strength and balance training. El objetivo de esta revisión fue verificar de qué forma se están realizando las investigaciones que investigan el equilibrio de ancianos, utilizando la plataforma de fuerza. Se realizó búsqueda por artículos indexados en las bases de datos SCielo, MEDLINE y BVS, en el período de 2011 a 2016. Se seleccionaron 34 estudios para análisis; de estos, 27 estudios evaluaron la posición bipodal (ojos abiertos y cerrados), 25 estudios utilizaron el tiempo de 0 a 30 segundos, y el tratamiento, cuando fue realizado, fue de entrenamiento de fuerza y de equilibrio.O objetivo desta revisão foi verificar de que forma estão sendo realizadas as pesquisas que investigam o equilíbrio de idosos, utilizando-se a plataforma de força. Foi realizada busca por artigos indexados nas bases de dados SCIELO, MEDLINE e BVS, no período de 2011 a 2016. Foram selecionados 34 estudos para análise; destes, 27 estudos avaliaram a posição bipodal (olhos abertos e fechados); 25 estudos utilizaram o tempo de 0-30 segundos; e o tratamento, quando realizado, foi de treinamento de força e de equilíbrio.

Reabilitação estética em dente anterior traumatizado - Relato de Caso

Os dentes anteriores, principalmente os superiores são fundamentais para obtenção de um sorriso estético. Porém, os mesmos são os mais comumente acometidos em casos de fraturas coronárias, que são emergências frequentes na clínica odontológica. Além dos traumatismos dentais acidentais, vários fatores predispõem tais fraturas, como a presença de sobremordida, dentes fragilizados por amplas restaurações, lesões de cárie extensa além de dentes tratados endodonticamente. Em fraturas sem comprometimento pulpar, sempre que possível realiza-se a colagem do fragmento, porém quando este não estiver presente, uma segunda opção é a restauração com resinas compostas de uso direto, que permite resultados estéticos satisfatórios. O objetivo do presente trabalho é descrever um caso clínico de fratura coronária onde optou-se pela restauração com resina composta microhíbrida da parte fraturada. Conclusivamente a metodologia de restaurar dentes através de compósitos restauradores, quando da inviabilidade de uma colagem autógena ou homógena, passa a ser uma opção restauradora de grande importância nos casos de dentes traumatizados