Taxonomy and systematics of Lentinula, Gymnopus, and Rhodocollybia (agaricales, fungi), with emphasis on Oak forests of southern Costa Rica

This dissertation comprises a taxonomic and systematic study of Lentinula, Gymnopus and Rhodocollybia as found in the Talamanca Mountains of southern Costa Rica, based primarily on morphological descriptions and supported by mating studies and ITSI-5.8S-ITS2 nuclear ribosomal DNA sequence analyses. Each morphological description includes analysis of extant or authentic material, examination of the type specimen when possible, and a nomenclatural revision. The genus Lentinula in the Americas comprises three distinct morphological, biological and phylogenetic species. Lentinula boryana and L. raphanica form two intersterility groups distinguished by micromorphology and ITS nrDNA. Assignment of correct names to each species was based on examination of all type specimens of synonymous names for the L. boryana species complex. Both L. boryana and L. raphanica have a widespread tropical-subtropical distribution but only L. raphanica seems to fruit in the Gulf Coast region of the United States. Lentinula aciculospora is the third species known to fruit in the Talamanca Mountains of Costa Rica. Based on ITS nrDNA sequence analysis, all Lentinula species in the Americas form a phylogenetic clade separated from those species in the L. edodes biological species group from Asia and Australia

Role of PknH in Mycobacterium tuberculosis Complex virulence. Involvement of lung myeloid cells in vaccine-induced protection of pulmonary delivered BCG

La tuberculosis es actualmente la enfermedad infecciosa asociada a un único patógeno más devastadora, causando alrededor de 1.5 millones de muertes en 2018. A pesar de la existencia de la vacuna BCG y su amplia administración, su protección variable contra las formas respiratorias de la enfermedad junto con la creciente aparición de cepas resistentes a los antibióticos, convierte a la tuberculosis en un alarmante problema de salud global. La tuberculosis es causada en mamíferos por organismos del complejo de Mycobacterium tuberculosis (MTBC), cuyos genomas presentan más del 99% de homología. Sin embargo, los miembros del MTBC muestran importantes diferencias en cuanto a especificidad de huésped y virulencia. Mycobacterium tuberculosis es el principal agente causal de la tuberculosis en humanos, mientras que otros miembros del MTBC causan tuberculosis en un amplio rango de mamíferos, como Mycobacterium bovis, el principal agente causal de la tuberculosis bovina. La tuberculosis bovina provoca importantes pérdidas económicas a nivel global asociadas al control de la enfermedad y a pérdidas de producción, tanto en países desarrollados como en países en vías de desarrollo. Además, la infección zoonótica causada por M. bovis representa una amenaza para la salud humana. A pesar de su alto grado de homología genómica, M. tuberculosis y M. bovis presentan importantes diferencias fenotípicas. M. bovis ha demostrado ser más virulenta que M. tuberculosis en diferentes modelos animales, y aunque M. tuberculosis no produce enfermedad en el ganado, M. bovis presenta un amplio rango de hospedadores, que incluye diferentes animales mamíferos salvajes y domesticados, así como el ser humano. En este trabajo, hemos caracterizado la infección de diferentes miembros del MTBC en modelo de ratón con el objetivo de definir sus diferencias de virulencia in vivo. Se ha observado que M. bovis presenta mayor virulencia que M. tuberculosis y M. africanum, al inducir mayor patología pulmonar y presentar mayor capacidad de diseminación, así como mayor grado de infectividad en pulmón y mayor infiltración de neutrófilos pulmonares. Sin embargo, a pesar de las diferencias de infección observadas entre M. bovis y M. tuberculosis, los mecanismos genéticos y moleculares responsables de las diferencias en virulencia y especificidad de huésped no son conocidos. La PknH es una serina/treonina quinasa implicada en la regulación de diversos procesos bacterianos en M. tuberculosis que, además, ha sido relacionada con virulencia. La organización genética de la región del genoma que contiene el gen de la pknH (región RD900) presenta gran variación a lo largo de los miembros del MTBC, entre los que se encuentran M. tuberculosis y M. bovis. Con el objetivo de estudiar las consecuencias de estas variaciones, hemos analizado la organización genética de la región RD900 y de los genes pknH en el contexto evolutivo del MTBC, demostrando la existencia de deleciones independientes de la región RD900 en diferentes linajes del MTBC y en diferentes cepas del mismo linaje. Además, se ha observado una deleción en una región correspondiente a un dominio rico en prolinas en el gen de la pknH conservada en M. bovis y M. caprae respecto al resto de especies del MTBC. El posible papel diferencial de la PknH en la regulación de la virulencia de M. bovis como consecuencia de estas variaciones ha sido evaluado mediante la construcción y caracterización de cepas mutantes de la PknH de M. bovis y M. tuberculosis. La inserción de la PknH de M. tuberculosis en el genoma de cepas de M. bovis dio lugar a una reducción de la virulencia de las cepas mutantes respecto a las cepas silvestres de M. bovis. Además, los perfiles de expresión génica de estas cepas mostraron diferencias en la expresión de un amplio conjunto de genes, lo que sugiere un posible papel diferencial de la PknH en la regulación de la virulencia de M. tuberculosis y M. bovis. La falta de eficacia de BCG en la protección contra la tuberculosis pulmonar convierte el desarrollo de nuevas estrategias de vacunación efectivas en una necesidad urgente. El uso de rutas alternativas de vacunación para la administración de BCG o de nuevos candidatos a vacuna ha cobrado un renovado interés durante los últimos años. Una de las rutas alternativas de administración más estudiadas es la ruta pulmonar, cuyo objetivo es mimetizar la vía natural de infección de M. tuberculosis. Diversos estudios preclínicos en diferentes modelos animales han demostrado que la vacunación pulmonar con BCG confiere mejor protección que la vacunación por vía subcutánea o intradérmica. Sin embargo, los estudios de la respuesta inmune inducida por la vacunación pulmonar con BCG realizados hasta el momento están centrados en el estudio de respuestas adaptativas, pero existen pocos datos de la inmunidad innata local y de la interacción de BCG con las células mieloides del pulmón. En este trabajo, hemos administrado micobacterias virulentas y atenuadas que expresan GFP por vía pulmonar, con el objetivo de caracterizar in vivo las poblaciones de células mieloides infectadas en el pulmón y las diferencias en la dinámica de infección en modelo de ratón, observándose grandes diferencias en los patrones de diseminación de M. tuberculosis y BCG. Mientras que BCG permanece principalmente en los macrófagos, M. tuberculosis disemina de forma activa de macrófagos a neutrófilos en un mecanismo dependiente de RD1. La presencia de BCG en los pulmones da lugar a la activación de los macrófagos del pulmón. Como consecuencia, la replicación y diseminación a neutrófilos de M. tuberculosis queda restringida cuando el patógeno es fagocitado por macrófagos pre-activados en ratones previamente vacunados con BCG por vía pulmonar, pero no subcutánea, lo que correlaciona con un elevado nivel de protección. Además, se ha demostrado que el mecanismo de activación de los macrófagos pulmonares inducido por BCG requiere la contribución de las células T CD4 para su generación, pero no para su mantenimiento. De forma relevante, la vacunación pulmonar con BCG induce la activación a largo plazo de los macrófagos alveolares, los cuales mantienen su estatus de activación y capacidad bactericida durante largo tiempo una vez que la vacuna ha sido eliminada del pulmón, lo que sugiere la generación de rasgos de memoria en los macrófagos pulmonares. Estos resultados destacan la gran importancia de la dinámica celular de infección para el éxito de la infección temprana con M. tuberculosis y sugieren que los macrófagos del pulmón contribuyen de manera crucial a la protección temprana contra la tuberculosis inducida por vacunas vivas administradas por vía pulmonar.Tuberculosis (TB) is nowadays the most devastating infectious disease associated with a single pathogen. Despite the existence of the widely administered BCG vaccine, its variable protection against pulmonary TB along with the rising appearance of drug resistant strains makes this disease an alarming global health problem, causing an estimated 1.5 million deaths in 2018. TB is caused in humans and animals by organisms from the Mycobacterium tuberculosis Complex (MTBC), that show more than 99% genetic identity but exhibit distinct host preference and virulence. Unlike the human restriction of M. tuberculosis, Mycobacterium bovis, the causative agent of bovine TB, has one of the broadest host ranges of all known pathogens and exacts a global tremendous economic burden in both developed and developing countries. Although it mainly infects cattle, M. bovis exhibits transmissibility across many other mammalian species and it has been found to be more virulent than M. tuberculosis in different animal models. However, the molecular genetic changes that underly host specificity and infection phenotype within MTBC members have not been fully elucidated. In this work, we performed a comparison study between M. tuberculosis, M. bovis and M. africanum strains regarding their virulence and dissemination ability in vivo. In addition, we analysed RD900 genomic region across MTBC members using whole genome sequences from different MTBC strains so as to determine its role in the context of MTBC evolutionary history. The RD900 region comprises two homologous genes encoding the serine/threonine protein kinase PknH flanking the tbd2 gene. PknH is involved in the regulation of several bacterial processes and has been associated with virulence in M. tuberculosis. This analysis revealed that RD900 has been independently lost in different MTBC lineages and different strains, resulting in the generation of a single pknH gene. Importantly, all the analysed M. bovis and M. caprae strains carry a conserved deletion within a proline rich-region of pknH genes independent of RD900 presence or absence. We hypothesized that conservation of this deletion in M. bovis may affect PknH function, having a potential role in its virulence and evolutionary adaptation. To explore this hypothesis, we constructed and characterized M. bovis and M. tuberculosis pknH mutant strains. M. bovis knock-in strains containing the M. tuberculosis complete pknH gene revealed a reduced virulence compared to the wild type in the mouse model, suggesting that PknH plays an important role in the differential virulence phenotype of M. bovis vs M. tuberculosis. The failure of BCG to protect against pulmonary TB results in an urgent need for the development of new effective TB vaccines strategies. The use of alternative routes of administration for the delivery of BCG or new vaccine candidates has emerged a renewed interest during the last years. One of the most studied non-canonical routes of administration is the pulmonary delivery, with the rationale of mimicking the natural route of M. tuberculosis infection. In this regard, preclinical studies in different animal models have shown that pulmonary BCG confers significantly improved protection compared to subcutaneous or intradermal vaccination. However, current immunogenicity studies about mucosal immune responses elicited by pulmonary BCG are focused on adaptive responses, with few data of local innate immunity and BCG interaction with lung myeloid cells. In the present study, we pulmonary delivered GFP-expressing virulent and attenuated mycobacteria to characterize infected lung myeloid populations and differences in cellular infection dynamics occurring in vivo in the mouse model. We found profound differences in dissemination patterns between M. tuberculosis and BCG. Whereas BCG mainly remained in the macrophage compartment, M. tuberculosis actively spread from macrophages to neutrophils in a mechanism dependent on RD1-containg genes. BCG presence in lungs leads to the activation of lung macrophages. As a consequence, M. tuberculosis replication and neutrophil dissemination is impaired when M. tuberculosis is engulfed by BCG pre-activated macrophages in pulmonary, but not subcutaneous, vaccinated mice, which correlates with a strong vaccine-induced protection. Furthermore, we show that lung macrophages are activated by pulmonary BCG in a mechanism that required the contribution of CD4 T cells for the induction, but not maintenance, of their activation status. Noteworthy, pulmonary BCG induced long-term activation of alveolar macrophages, which maintain their activation status and early bactericidal capacity long after vaccine clearance, suggesting the generation of a memory-like response in lung macrophages. These results highlight a crucial importance of bacterial cell-to-cell infection dynamics for early M. tuberculosis infection success, and indicate that lung macrophages might crucially contribute to the early protection provided by pulmonary live TB vaccines. <br /

Assessing the value of the information provision for enhancing the autonomy of mobility impaired users. Madrid pilot Site Study.

A City is the space where every person acquires the citizen condition, which demands access to multiple services and facilities, and develops social relations in a free and equal condition of options. A lack of accessibility limits independency and autonomy. Thus, the relationship between “sustainable development” and “accessibility for all” becomes clearer, and both goals reinforce each other. In this sense, information plays a key role in order to overcome existing barriers, specially for people who rarely use public transport, have impaired mobility, or make a particular journey for the first time. The impact and benefits is linked with public transport as a “facilitator” of mobility, and, in particular, for the aim of intermodality. The usefulness of information that should be provided (both the information itself and how is offered) to mobility impaired users (MI users) is discussed on this paper based on following of the ASK-IT project that has being carry out on Madrid. The work was done in close cooperation with representatives of all different types of MI user groups

Protocolo de prevención de lesiones en isquiosurales en jugadores de alto rendimiento de fútbol sala

Introducción: La lesión de la musculatura isquiotibial es, junto con la de la ingle, la lesión muscular que más tiempo de baja deportiva supone en el futsal; deporte situado entre los 10 más lesivos, de ahí la importancia de su trabajo preventivo.Objetivo: Comprobar la efectividad de un protocolo de lesiones de isquiotibiales en jugadores de futsal de alto nivel, complementario a la planificación deportiva.Metodología: Se ha realizado un ensayo clínico no controlado en el que los jugadores de 3 equipos de alto nivel han llevado a cabo el protocolo planteado por el grupo investigador, tras el que se realizó un periodo de seguimiento útil para recoger información y compararla con la evidencia actual.Resultados: Tras la realización del protocolo se registraron 70 lesiones (0,26 lesiones/hora de juego), siendo la sobrecarga muscular la lesión más común (61.43%) y el mecanismo intrínseco la principal causa lesional (44/70). Tan sólo 8 lesiones afectaron a los isquiotibiales.Discusión: Se ha logrado una reducción del número de lesiones de isquiotibiales respecto a lo que muestra la evidencia actual, consiguiendo que en ninguna de ellas se presenten daños estructurales ni estas hayan supuesto la pérdida de tiempo de la actividad deportiva. Conclusiones: Debido a la falta de evidencia científica acerca de este deporte y la falta de representatividad de la muestra tomada para el estudio, es necesario seguir investigando en este ámbito para corroborar los resultados obtenidos.<br /

Age-Stratified Analysis of COVID-19 Outcome Using Machine Learning Predictive Models

Since the emergence of COVID-19, most health systems around the world have experienced a series of spikes in the number of infected patients, leading to collapse of the health systems in many countries. The use of clinical laboratory tests can serve as a discriminatory method for disease severity, defining the profile of patients with a higher risk of mortality. In this paper, we study the results of applying predictive models to data regarding COVID-19 outcome, using three datasets after age stratification of patients. The extreme gradient boosting (XGBoost) algorithm was employed as the predictive method, yielding excellent results. The area under the receiving operator characteristic curve (AUROC) value was 0.97 for the subgroup of patients up to 65 years of age. In addition, SHAP (Shapley additive explanations) was used to analyze the feature importance in the resulting model

Moure's amb dificultat al gimnàs: consideracions entorn d'un problema educatiu i de salut

Els problemes evolutius de coordinació motriu en les edats escolars continuen sent una dificultat subjacent del context espanyol. El seu impacte en les dimensions física, social i emocional dels escolars ha estat destacada pels investigadors i la necessitat de prendre’n consciència i del seu efecte esdevé molt necessària. En aquest article s’analitza en què consisteix aquesta dificultat, les seves possibles causes, i els seus efectes, per destacar la necessitat d’una intervenció primerenca a fi de posar remei a les conseqüències, i especialment en la condició física dels escolars que la pateixen, atesa la seva tendència al sedentarisme i a un estil de vida poc actiu. En definitiva, s’hi vol destacar que els problemes evolutius de coordinació motriu no són estrictament un problema educatiu, sinó que s’han convertit en un problema de salut que per resoldre’l implica a tothom

The Rotational Spectrum of Tyrosine

Producción CientíficaIn this work neutral tyrosine has been generated in the gas phase by laser ablation of solid samples, and its most abundant conformers characterized through their rotational spectra. Their identification has been made by comparison between the experimental and ab initio values of the rotational and quadrupole coupling constants. Both conformers are stabilized by an O–H•••N hydrogen bond established within the amino acid skeleton chain and an additional weak N–H•••π hydrogen bond. The observed conformers differ in the orientation of the phenolic −OH group.Junta de Castilla y León (programa de apoyo a proyectos de investigación – Ref. VA175U13

Moverse con dificultad en el gimnasio: consideraciones en torno a un problema educativo y de salud

Los problemas evolutivos de coordinación motriz en las edades escolares siguen siendo una dificultad oculta en el contexto español. Su impacto en las dimensiones física, social y emocional de los escolares ha sido destacado por los investigadores, y la necesidad de tomar conciencia de su presencia y de su efecto se hace muy necesaria. En este artículo se analiza en qué consiste esta dificultad, sus posibles causas y sus efectos, para destacar la necesidad de una intervención temprana para remediar sus onsecuencias, y en especial en la condición física de los escolares que la padecen, dada su tendencia hacia el sedentarismo y un estilo de vida poco activo. En definitiva, se destaca que los problemas evolutivos de coordinación motriz no son estrictamente un problema educativo, sino que se han convertido en un problema de salud que implica a todos en su solución

NeuroTessMesh: A Tool for the Generation and Visualization of Neuron Meshes and Adaptive On-the-Fly Refinement

Gaining a better understanding of the human brain continues to be one of the greatest challenges for science, largely because of the overwhelming complexity of the brain and the difficulty of analyzing the features and behavior of dense neural networks. Regarding analysis, 3D visualization has proven to be a useful tool for the evaluation of complex systems. However, the large number of neurons in non-trivial circuits, together with their intricate geometry, makes the visualization of a neuronal scenario an extremely challenging computational problem. Previous work in this area dealt with the generation of 3D polygonal meshes that approximated the cells’ overall anatomy but did not attempt to deal with the extremely high storage and computational cost required to manage a complex scene. This paper presents NeuroTessMesh, a tool specifically designed to cope with many of the problems associated with the visualization of neural circuits that are comprised of large numbers of cells. In addition, this method facilitates the recovery and visualization of the 3D geometry of cells included in databases, such as NeuroMorpho, and provides the tools needed to approximate missing information such as the soma’s morphology. This method takes as its only input the available compact, yet incomplete, morphological tracings of the cells as acquired by neuroscientists. It uses a multiresolution approach that combines an initial, coarse mesh generation with subsequent on-the-fly adaptive mesh refinement stages using tessellation shaders. For the coarse mesh generation, a novel approach, based on the Finite Element Method, allows approximation of the 3D shape of the soma from its incomplete description. Subsequently, the adaptive refinement process performed in the graphic card generates meshes that provide good visual quality geometries at a reasonable computational cost, both in terms of memory and rendering time. All the described techniques have been integrated into NeuroTessMesh, available to the scientific community, to generate, visualize, and save the adaptive resolution meshes

NeuroEditor: a tool to edit and visualize neuronal morphologies

The digital extraction of detailed neuronal morphologies from microscopy data is an essential step in the study of neurons. Ever since Cajal’s work, the acquisition and analysis of neuron anatomy has yielded invaluable insight into the nervous system, which has led to our present understanding of many structural and functional aspects of the brain and the nervous system, well beyond the anatomical perspective. Obtaining detailed anatomical data, though, is not a simple task. Despite recent progress, acquiring neuron details still involves using labor-intensive, error prone methods that facilitate the introduction of inaccuracies and mistakes. In consequence, getting reliable morphological tracings usually needs the completion of post-processing steps that require user intervention to ensure the extracted data accuracy. Within this framework, this paper presents NeuroEditor, a new software tool for visualization, editing and correction of previously reconstructed neuronal tracings. This tool has been developed specifically for alleviating the burden associated with the acquisition of detailed morphologies. NeuroEditor offers a set of algorithms that can automatically detect the presence of potential errors in tracings. The tool facilitates users to explore an error with a simple mouse click so that it can be corrected manually or, where applicable, automatically. In some cases, this tool can also propose a set of actions to automatically correct a particular type of error. Additionally, this tool allows users to visualize and compare the original and modified tracings, also providing a 3D mesh that approximates the neuronal membrane. The approximation of this mesh is computed and recomputed on-the-fly, reflecting any instantaneous changes during the tracing process. Moreover, NeuroEditor can be easily extended by users, who can program their own algorithms in Python and run them within the tool. Last, this paper includes an example showing how users can easily define a customized workflow by applying a sequence of editing operations. The edited morphology can then be stored, together with the corresponding 3D mesh that approximates the neuronal membrane