Linking Genetic Resources, Genomes and Phenotypes of Solanaceus Crops

[ES] El impacto del cambio climático en los cultivos hortícolas es cada vez más evidente, lo que ha llevado a la pérdida y erosión de diversidad genética de manera drástica. Esto plantea importantes desafíos para la mejora de los cultivos, que requiere la exploración de los recursos fitogenéticos conservados en los bancos de germoplasma y el desarrollo de tecnologías que permitan evaluar el valor fenotípico y genotípico de estos materiales. Sin embargo, la situación actual de las colecciones de germoplasma es la existencia de duplicados no identificados entre colecciones, errores en la clasificación taxonómica, documentación insuficiente y no disponible para investigadores y mejoradores, añadido a la falta de financiación para la conservación y gestión adecuadas. Esto dificulta enormemente la utilización de estos recursos. En la presente Tesis se aborda este problema comenzando por la unificación de datos de pasaporte, fenotipado e imágenes de las principales colecciones de tomate, pimiento y berenjena en un mismo repositorio en el primer capítulo. El segundo capítulo se centra en el desarrollo y optimización de un método de extracción de ADN genómico de alta calidad, rápido y económico que combina las ventajas del método de extracción basado en el CTAB, añadido a la purificación de los ácidos nucleicos en una matriz de sílice. Es un método universal que puede utilizarse para diferentes especies y tejidos. Se ha evaluado la eficiencia del ADN genómico resultante en diferentes plataformas de secuenciación como SPET (Single Primer Enrichment Technology) y Oxford Nanopore, generando resultados muy prometedores. Esto facilita el paso previo al genotipado de las colecciones que es la extracción de ADN. En el tercer capítulo se aborda el genotipado de las colecciones. El elevado número de accesiones de cada cultivo, en particular el tomate, supone un problema de tipo económico, en ocasiones irresoluble. Por ello, el tercer capítulo está orientado a la evaluación del potencial de la tecnología de secuenciación SPET, más económica que otras conocidas, para el genotipado de alto rendimiento de colecciones de germoplasma de tomate y berenjena. Los resultados revelan que el genotipado SPET es una tecnología robusta y de alto rendimiento para estudios genéticos, incluyendo la posibilidad de identificación de duplicados y errores de clasificación taxonómica en las entradas conservadas en los bancos. Con la información generada en los primeros tres capítulos se establecieron las colecciones nucleares para cada cultivo, abarcando la máxima diversidad genética y fenotípica en un conjunto de 450 individuos. Finalmente, en el cuarto capítulo, se analiza y describe la colección nuclear de tomate a nivel genético y fenotípico, mediante un enfoque basado en el establecimiento de grupos genéticos basados en su proximidad genética. El análisis de la diversidad genética y fenotípica reveló patrones de variación distintos entre diferentes grupos genéticos, contradiciendo afirmaciones anteriores que proponían una disminución en la diversidad genética como consecuencia de la mejora genética y descubriendo correlaciones entre rasgos morfológicos únicas dentro de los diferentes grupos. En resumen, esta tesis aumenta el conocimiento y accesibilidad a las colecciones de Solanaceae en bancos de germoplasma y proporciona herramientas moleculares. Destaca la importancia de estos bancos como reservorios de diversidad genética, aunque enfrenten desafíos como datos limitados y duplicados. Estos avances sientan las bases para la conservación y programas de mejora futuros.[CA] L'impacte del canvi climàtic en els cultius hortícoles és cada vegada més evident, la qual cosa ha portat a la dràstica pèrdua i erosió de la diversitat genètica. La reduïda diversitat genètica planteja importants reptes per a la millora dels cultius. Sent necessari l'exploració dels recursos genètics vegetals conservats en els bancs de germoplasma i el desenvolupament de tecnologies que permeten avaluar el valor fenotípic i genotípic d'aquests materials. Pel que fa a les col·leccions de germoplasma presenten duplicats no identificats entre col·leccions, errors en la classificació taxonòmica, falta de finançament per a la conservació i gestió adequades a banda de documentació insuficient i no disponible (investigadors i milloradors vegetals). En la present tesi doctoral en el primer capítol s'aborda aquest problema unificant les dades de passaport, fenotipat i imatges de les principals col·leccions de tomaca, pebre i albergínia en un mateix repositori. El segon capítol es focalitza en el desenvolupament i optimització d'un mètode d'extracció de ADN genòmic d'alta qualitat, ràpid i econòmic que combina els avantatges del mètode d'extracció basat en el CTAB amb l'ús de matrius de sílice. El mètode desenvolupat pot utilitzar-se de manera universal per a diferents espècies i teixits vegetals. S'ha avaluat l'eficiència del ADN genòmic resultant en diferents plataformes de seqüenciació com SPET (Single Primer Enrichment Technology) i Oxford Nanopore, generant resultats molt prometedors. Això facilita el pas previ al genotipat de les col·leccions que és l'extracció d'ADN. En el tercer capítol aborda l'optimització del procés de genotipat de les col·leccions generades. L'elevat nombre d'accessions de cada cultiu, en particular la tomaca, suposa un problema de tipus econòmic, a vegades irresoluble. Per això, aquest capítol està orientat a l'avaluació del potencial de la tecnologia de seqüenciació SPET per al genotipat d'alt rendiment de col·leccions de germoplasma de tomaca i albergínia a un preu econòmic. Els resultats revelen que el genotipat SPET és una tecnologia robusta i d'alt rendiment per a estudis genètics, incloent-hi la possibilitat d'identificació de duplicats i errors de classificació taxonòmica en les entrades conservades en els bancs de germoplasma. La informació generada va permetre establir col·leccions nuclears per a cada cultiu, abastant la màxima diversitat genètica i fenotípica en un conjunt de 450 individus. Finalment, en el quart capítol, s'analitza i descrigué la col·lecció nuclear de tomaca a nivell genètic i fenotípic, focalitzant-se en l'establiment de grups genètics basats en la seua proximitat genètica. L'anàlisi de la diversitat genètica i fenotípica va revelar patrons de variació diferents entre diferents grups genètics, contradient afirmacions anteriors que proposaven una disminució en la diversitat genètica a conseqüència de la millora genètica. També és descobriren noves correlacions entre trets morfològics únics dins dels diferents grups. L'estudi destaca la importància d'abordar les iniciatives de millora de la tomaca tenint en compte tant la diversitat genètica com la fenotípica, amb especial èmfasi en aspectes com la grandària, la forma, el color i la qualitat del fruit. En definitiva, els treballs realitzats en aquesta tesi doctoral augmenten, d'una banda, el coneixement i l'accessibilitat a les principals col·leccions de solanàcies conservades en els bancs de germoplasma. Per un altre, generen eines moleculars que permeten l' avaluació genotípica de les col·leccions analizades. En resum, aquests avanços suposen una base per al futur, proporcionant informació valuosa per a la pròpia conservació de les col·leccions i el seu ús en programes de millora.[EN] The impact of climate change on horticultural crops is increasingly evident, leading to drastic loss and erosion of genetic diversity. This poses significant challenges for crop improvement, which requires the exploration of plant genetic resources conserved in germplasm banks and the development of technologies. However, the current situation of germplasm collections is characterized by the existence of unidentified duplicates among collections, taxonomic mislabelling, insufficient and unavailable documentation for researchers and breeders, and a lack of funding for proper conservation and management. This greatly hampers the utilization of these resources. This thesis addresses this problem by starting with the unification of passport, phenotyping, and image data from the main collections of tomato, pepper, and eggplant. Genotyping these collections enables the creation of core collections, enhancing knowledge of genotypic and phenotypic variability for researchers and breeders. In the first chapter, an inventory of available passport and phenotypic data of tomato, pepper, and eggplant accessions conserved in major European and non-European germplasm banks were conducted to improve the efficiency of plant genetic resource management. The second chapter focuses on the development and optimization of a high-quality, fast, and cost-effective genomic DNA extraction method that combines the advantages of the CTAB-based extraction method with nucleic acid purification on a silica matrix. The efficiency of the resulting genomic DNA was evaluated on different sequencing platforms, such as Single Primer Enrichment Technology (SPET) and Oxford Nanopore, yielding promising results. This facilitates the prerequisite step of DNA extraction before genotyping the collections. Chapter three addresses the genotyping of the collections. The high number of accessions for each crop, particularly tomato, poses an often insurmountable economic problem. Therefore, chapter three is focused on evaluating the potential of SPET sequencing technology, which is more cost-effective than other known methods, for high-throughput genotyping of tomato and eggplant germplasm collections. The results reveal that SPET genotyping is a robust and high-performance technology for genetic studies, including the identification of duplicates and taxonomic misclassifications in the accessions stored in the germplasm banks. Based on the information generated in the first three chapters, core collections were established for each crop, encompassing maximum genetic and phenotypic diversity in a set of 450 individuals. Finally, in the fourth chapter, the genetic and phenotypic analysis of the tomato core collection is examined and described using an approach based on establishing genetic groups based on their genetic proximity. Genetic and phenotypic diversity analysis revealed distinct patterns of variation among different genetic groups, contradicting previous claims of a decrease in genetic diversity due to genetic improvement and uncovering unique correlations between morphological traits within different groups. The study highlights the importance of considering both genetic and phenotypic diversity in tomato breeding initiatives, with a particular emphasis on aspects such as fruit size, shape, color, and quality. In conclusion, this thesis enhances knowledge and accessibility to major Solanaceae collections in germplasm banks, while providing molecular tools for genotypic evaluation. It underscores germplasm banks' role as genetic diversity reservoirs, despite challenges such as data limitations and inaccuracies, emphasizing the importance of data standardization and maintenance. These advancements lay a foundation for conservation and breeding programs in the future.This work was supported by grants CIPROM/2021/020 from Conselleria d’Innovació, Universitats, Ciència i Societat Digital (Generalitat Valenciana, Spain), PID2021-128148OB-I00 funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033/ and by “ERDF A way of making Europe”, PDC2022-133513-I00 funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033/, and by “European Union NextGenerationEU/PRTR”, by Grant Agreement No. 677379 (G2P-SOL project: Linking genetic resources, genomes and phenotypes of Solanaceous crops) from European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme, by the Grant Agreement No. 101094738 (PRO-GRACE project: Promoting a Plant Genetic Resource Community for Europe) from the European Union’s Horizon Europe programme, as well as by the initiative "Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives", which is supported by the Government of Norway. This later project is managed by the Global Crop Diversity Trust with the Millennium Seed Bank of the Royal Botanic Gardens, Kew and implemented in partnership with national and international gene banks and plant breeding institutes around the world. For further information, see the project website: htp://www.cwrdiversity.org/. The overall work also partially fulfils some goals of the Agritech National Research Center and received funding from the European Union Next-Generation EU (PIANO NAZIONALE DI RIPRESA E RESILIENZA (PNRR)–MISSIONE 4 COMPONENTE 2, INVESTIMENTO 1.4—D.D. 1032 17/06/2022, CN00000022). David Alonso is grateful to Universitat Politècnica de València for a predoctoral (PAID-01-16)Alonso Martín, D. (2023). Linking Genetic Resources, Genomes and Phenotypes of Solanaceus Crops [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/20155

Southern European Journalists' Perceptions of Discursive Menaces in the Age of (Online) Delegitimization

In a new communication context, factors such as the rise of hate speech, disinformation, or a precarious financial and employment situation in the media have made discursive menaces gain increasing significance. Threats of this kind challenge the legitimacy of institutional news media and professional journalists. This article contributes to the existing literature on the legitimization of journalism and boundary work through a study that seeks to understand the perceptions of Southern European journalists of the threats that they encounter in their work and the factors that help explain them. To this end, a survey of 398 journalists in Spain, Italy, and Greece was conducted to learn what personal or professional factors influenced their views and experiences of discursive and non-discursive menaces. Results show that discursive threats, such as hateful or demeaning speech and public discrediting of one’s work, are the most frequent to the safety of journalists, while expressions of physical violence are less common. Younger and more educated journalists tended to perceive themselves as having been victims of discursive menaces more often, although not many significant differences were observed between different groups of journalists. Even though it could show a worrying trend, this finding can also indicate a growing awareness about menaces of this kind

Teenage visions of gender violence and couple relations

A través del presente trabajo pretendemos reflejar algunas de las creencias que los/las jóvenes y adolescentes encuestados/as tienen en torno a la violencia y a las relaciones de pareja, poniéndose de manifiesto las distorsiones de las mismas, lo cuál les puede llevar a configurar una relación de pareja no igualitaria, reproducir roles estereotipados legitimados socialmente como masculinos o femeninos y tolerar situaciones de abuso, puesto que no reconocen o minimizan determinadas señales de violencia.Trough this work we want to put forward some of the beliefs that the youngsters and teenagers surveyed share in relation to gender violence and couple relations. Such beliefs show certain distortions that may drive to the configuration of gender discriminatory relationships, the reproduction of socially legitimated male/female stereotypes, and tolerance of abusive situations that make youngsters either minimize or be unable to recognize certain signs of violenc

Fracture test of a Gothic ribbed vault

A Gothic ribbed vault has been built at the School of Architecture of Madrid in order to investigate the construction complexities of this kind of vaults. The ribbed vault is described in the manuscript of Alonso de Vandelvira, and its shape was reconstructed making using the drawings this architect from the 16th century. The fracture test was carried on by loading the central keystone of the vault until its collapse took place. The experiment was filmed and by doing so, it was possible to observe the failure mechanism of the vault. At the same time, it was interesting to compare this collapse experience with the results obtained using two different me-thods. First, a stability calculation was carried out through graphic statics, and secondly a calcu-lation was performed using the rigid-block analysis method. The focus of this paper is to show and analyze the results of both studies

Tratamiento integral del paciente adulto desde el punto de vista interdisciplinar

El presente trabajo tiene por objeto la presentación de dos casos clínicos que acuden al Servicio de Prácticas Clínicas Odontológicas de la Universidad de Zaragoza. Se trata de dos mujeres adultas con distintas alteraciones bucodentales que buscan restaurar, de forma integral, su salud bucodental. Tras recoger los datos de la anamnesis y la exploración extra e intraoral se realizan las pueblas complementarias necesarias para cada caso con el fin de obtener una Historia Clínica detallada, que permita realizar el diagnóstico de cada paciente. A partir de este se plantean diversas opciones terapéuticas que serán discutidas y justificadas con la evidencia científica actual para seleccionar el plan de tratamiento más adecuado para cada caso. Este deberá cumplir con las múltiples necesidades de las pacientes en relación con su salud bucodental. Por lo que debe ser enfocado desde todas las áreas de la odontología, tales como cirugía bucal, la periodoncia, la odontología conservadora, la ortodoncia y la prostodoncia, con el fin de conseguir un tratamiento multidisciplinar que garantice el restablecimiento integral de la función del aparato estomatognático y de la estética

Ceros y factorización de funciones holomorfas

El Teorema de factorización de Weierstrass generaliza el Teorema Fundamental del Álgebra a funciones enteras con finitos o infinitos ceros. En este trabajo veremos que cualquier función holomorfa se puede factorizar como un producto infinito de funciones holomorfas que involucran a los ceros de la función. Y también el recíproco, definiendo un producto infinito que cumpla una serie de condiciones, se puede definir una función holomorfa que tenga los ceros que queramos con las multiplicidades que queramos.Para ello vamos a estudiar propiedades de los productos infinitos, en concreto su convergencia.Nos apoyaremos en la Fórmula de Jensen y los Productos de Blashcke para estudiar la localización y distribución de ceros de funciones acotadas.Por último, veremos la aplicación de este estudio en las funciones Gamma de Euler y Zeta de Riemann. La función Gamma se puede definir como un producto infinito, aplicando Terorema de factorización de Weierstrass. En cuanto a la función Zeta, es evidente la importancia de la localizacion de sus ceros, ya que la Hipótesis de Riemann es uno de los problemas abiertos más importantes de la actualidad.<br /

Quistes de colédoco, una causa inusual de ictericia en pediatría. Presentación de serie de casos

ResumenIntroducciónLos quistes de la vía biliar o quistes de colédoco (QC) son una patología rara en nuestro medio. La etiología es desconocida, siendo la hipótesis más aceptada las anomalías en la unión biliopancreática.ObjetivoAnalizar los datos clínicos, diagnóstico y tratamiento de una serie de pacientes diagnosticados de QC y realizar una actualización sobre el tema.MetodoSe revisaron retrospectivamente los diagnósticos de QC en 20 años en un hospital terciario.Casos clínicosSe identificaron 4 casos, con predominio del sexo femenino. Rango de edad 16 meses a 4 años. Los signos y síntomas fueron ictericia y coluria (100%), vómitos (75%), dolor abdominal y acolia (50%). Ninguno tuvo masa palpable. La ecografía abdominal orientó el diagnóstico que se confirmó con colangio-resonancia magnética (colangio-RM). Se clasificaron como QC tipo I tres de los casos y uno como tipo IVa. El tratamiento fue quirúrgico, ningún paciente presentó complicaciones hasta la fecha.ConclusionesLos quistes de las vías biliares son de baja prevalencia. El tratamiento de elección es quirúrgico, requiriendo seguimiento estrecho, dado el riesgo de colangiocarcinoma.AbstractIntroductionCysts of the bile duct or choledochal cysts are rare diseases in our area. The aetiology is unknown, with the most accepted hypothesis being a pancreatobiliary maljunction anomaly.ObjectiveTo analyse the clinical data, diagnosis and treatment of a number of patients with choledochal cyst, as well as presenting an update on this condition.MethodA retrospective descriptive study was performed on paediatric patients diagnosed with choledochal cyst in the last 20 years in a tertiary hospital.Case reportsA total of 4 choledochal cyst cases in childhood, predominantly female, are pre- sented. The most frequent reason for consultation was vomiting, and presenting with jaundice and choluria in all cases. Patients with choledochal cyst were classified as type I in 3 cases, and one case of type IVa. In all cases surgical treatment was performed; any patient had complications to date.ConclusionsCysts of the bile ducts have a low prevalence. The treatment of choice is surgical, requiring close monitoring due to the risk of cholangiocarcinoma

New device for the simultaneous measurement of diffuse solar irradiance on several azimuth and tilting angles

A device is proposed for the measurement of diffuse solar irradiance on tilted surfaces pointing-to as well as fixed on the equatorial direction. Most commercial devices are not designed for this purpose. Here, we present a specific design for a system based on a single multi-lobe shadow-ring that allows us to measure diffuse irradiance with several tilted pyranometers – from 60 to 90 degrees from the horizontal plane – and on different azimuth angles. This first prototype allows us to measure in the four cardinal directions. The ring is designed to minimize the covered celestial dome observed by each sensor. Moreover, the complete device needs a very small installation area and its simplicity means it is inexpensive and easy to operate. The measurements have subsequently to be corrected with a geometrical correction factor that takes into account the portion of the sky vault blocked by the shadow-ring. These measurements are essential for estimating solar potential on tilted surfaces – such as building façades – and for improving current anisotropic solar models, among many other applications.Spanish Government (grant ENE2011-27511

Measuring the Sterile Neutrino Mass in Spallation Source and Direct Detection Experiments

We explore the complementarity of direct detection (DD) and spallation source (SS) experiments for the study of sterile neutrino physics. We focus on the sterile baryonic neutrino model: an extension of the Standard Model that introduces a massive sterile neutrino with couplings to the quark sector via a new gauge boson. In this scenario, the inelastic scattering of an active neutrino with the target material in both DD and SS experiments gives rise to a characteristic nuclear recoil energy spectrum that can allow for the reconstruction of the neutrino mass in the event of a positive detection. We first derive new bounds on this model based on the data from the COHERENT collaboration on CsI and LAr targets, which we find do not yet probe new areas of the parameter space. We then assess how well future SS experiments will be able to measure the sterile neutrino mass and mixings, showing that masses in the range 15-50 MeV can be reconstructed. We show that there is a degeneracy in the measurement of the sterile neutrino mixing that substantially affects the reconstruction of parameters for masses of the order of 40 MeV. Thanks to their lower energy threshold and sensitivity to the solar tau neutrino flux, DD experiments allow us to partially lift the degeneracy in the sterile neutrino mixings and considerably improve its mass reconstruction down to 9 MeV. Our results demonstrate the excellent complementarity between DD and SS experiments in measuring the sterile neutrino mass and highlight the power of DD experiments in searching for new physics in the neutrino sector.Comment: 22 pages, 10 figure