Targeted proteomics links virulence factor expression with clinical severity in staphylococcal pneumonia

IntroductionThe bacterial pathogen Staphylococcus aureus harbors numerous virulence factors that impact infection severity. Beyond virulence gene presence or absence, the expression level of virulence proteins is known to vary across S. aureus lineages and isolates. However, the impact of expression level on severity is poorly understood due to the lack of high-throughput quantification methods of virulence proteins.MethodsWe present a targeted proteomic approach able to monitor 42 staphylococcal proteins in a single experiment. Using this approach, we compared the quantitative virulomes of 136 S. aureus isolates from a nationwide cohort of French patients with severe community-acquired staphylococcal pneumonia, all requiring intensive care. We used multivariable regression models adjusted for patient baseline health (Charlson comorbidity score) to identify the virulence factors whose in vitro expression level predicted pneumonia severity markers, namely leukopenia and hemoptysis, as well as patient survival.ResultsWe found that leukopenia was predicted by higher expression of HlgB, Nuc, and Tsst-1 and lower expression of BlaI and HlgC, while hemoptysis was predicted by higher expression of BlaZ and HlgB and lower expression of HlgC. Strikingly, mortality was independently predicted in a dose-dependent fashion by a single phage-encoded virulence factor, the Panton-Valentine leucocidin (PVL), both in logistic (OR 1.28; 95%CI[1.02;1.60]) and survival (HR 1.15; 95%CI[1.02;1.30]) regression models.DiscussionThese findings demonstrate that the in vitro expression level of virulence factors can be correlated with infection severity using targeted proteomics, a method that may be adapted to other bacterial pathogens

Les facteurs de virulence de Staphylococcus aureus associés aux pneumonies communautaires sévères : focus sur l’hémolysine-gamma

Staphylococcus aureus is a bacterium responsible for many infections, including pneumonia, most often acquired nosocomial but also community acquired. The latter are rare but often serious, with a high mortality rate. Several virulence factors of S. aureus are known to contribute to its virulence, notably the Panton-Valentin Leucocidin (PVL). Although PVL plays a major role in the severity of community-acquired pneumonia (CAP), it is not present in all S. aureus strains causing pneumonia, implying that other virulence factors contribute to severity. A first objective of my work was to investigate the different virulence factors involved in a dose-dependent manner in severe CAP using a targeted proteomics approach on 136 clinical isolates. This study demonstrated that PVL is the main virulence factor of S. aureus, correlated in a dose-dependent manner with death. However, in addition to PVL, other factors are involved in the severity of infections, notably the g-hemolysin CB (HlgCB), which similarly works and targets the same cells as PVL. The second objective of this work was therefore to study the role of HlgCB in pneumonia and to study the mechanisms regulating its expression in clinical strains. Our results showed that this toxin participates in the virulence of S. aureus, particularly in PVL-negative strains. Moreover, the study of its production in different clinical strains, using different molecular biology approaches, showed the existence of two distinct profiles in addition to a high variability of inter-strain expression. These differences can be explained by differences in promoter activity, RNA stability and translatability, due to sequence differences, and in particular the presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5'- Untranslated Region (5'-UTR). Finally, despite an operon-like organization of HlgCB, several shorter transcripts, some corresponding to hlgB alone, and others to a transcript shorter than hlgB, named short hlgB (shlgB), have been discovered. Their roles and mechanisms of production have been investigated but remain to be further studied.Staphylococcus aureus est une bactérie responsable de nombreuses infections, dont les pneumonies, le plus souvent d’acquisition nosocomiale mais aussi communautaire. Ces dernières sont rares mais souvent graves, avec un fort taux de mortalité. La Leucocidine de Panton-Valentin (PVL) est une toxine de S. aureus connue pour participer à sa virulence dans ce contexte de pneumonie, et bien qu’ayant un rôle majeur dans la sévérité des pneumonies communautaires (PC), la PVL n’est pas présente dans l’ensemble des souches responsables de PC. Ceci implique que d’autres facteurs de virulence contribuent à la sévérité. Un premier objectif de mes travaux a été de rechercher les différents facteurs de virulence impliqués de manière dose-dépendante dans les PC sévères grâce à une approche de protéomique ciblée explorant 136 isolats cliniques. Cette étude a permis de démontrer que la PVL est le principal facteur de la virulence de S. aureus, corrélé de manière dose-dépendante avec le décès. Néanmoins, en plus de la PVL, d’autres facteurs participent à la sévérité des infections, notamment l’hémolysine-g CB (HlgCB), qui fonctionne et cible les mêmes cellules que la PVL. Le second objectif de ces travaux a donc été d’étudier le rôle d’HlgCB dans les pneumonies et d’étudier les mécanismes de régulations de son expression dans des souches cliniques. Nos résultats ont pu montrer que cette toxine participe à la virulence de S. aureus. De plus, l’étude de sa production dans différentes souches cliniques, via différentes approches de biologie moléculaire, a montré l’existence de deux profils distincts en plus d’une forte variabilité d’expression inter-souche. Ces différences s’expliquent par des différences d’activité promotrice, de stabilité des ARN et de traductibilité, dû à la présence de single nucleotide polymorphims (SNPs), notamment dans la région 5’- UnTranslated Region (5’-UTR). Enfin, malgré une organisation en opéron d’HlgCB, plusieurs transcrits plus courts, certains correspondant à hlgB seul, et d’autres à un transcrit plus court qu’hlgB, nommé short hlgB (shlgB), ont été découverts. Leurs rôles et mécanismes de productions ont été investigués, mais restent encore à approfondir. Ces travaux ont donc permis de confirmer le rôle de la PVL dans la virulence de S. aureus dans un contexte de pneumonie, mais également celui d’HlgCB, cette dernière étant très finement régulée

Staphylococcus aureus virulence factors implicated in community-acquired pneumonia : focus on the gamma-hemolysin

Staphylococcus aureus est une bactérie responsable de nombreuses infections, dont les pneumonies, le plus souvent d’acquisition nosocomiale mais aussi communautaire. Ces dernières sont rares mais souvent graves, avec un fort taux de mortalité. La Leucocidine de Panton-Valentin (PVL) est une toxine de S. aureus connue pour participer à sa virulence dans ce contexte de pneumonie, et bien qu’ayant un rôle majeur dans la sévérité des pneumonies communautaires (PC), la PVL n’est pas présente dans l’ensemble des souches responsables de PC. Ceci implique que d’autres facteurs de virulence contribuent à la sévérité. Un premier objectif de mes travaux a été de rechercher les différents facteurs de virulence impliqués de manière dose-dépendante dans les PC sévères grâce à une approche de protéomique ciblée explorant 136 isolats cliniques. Cette étude a permis de démontrer que la PVL est le principal facteur de la virulence de S. aureus, corrélé de manière dose-dépendante avec le décès. Néanmoins, en plus de la PVL, d’autres facteurs participent à la sévérité des infections, notamment l’hémolysine-g CB (HlgCB), qui fonctionne et cible les mêmes cellules que la PVL. Le second objectif de ces travaux a donc été d’étudier le rôle d’HlgCB dans les pneumonies et d’étudier les mécanismes de régulations de son expression dans des souches cliniques. Nos résultats ont pu montrer que cette toxine participe à la virulence de S. aureus. De plus, l’étude de sa production dans différentes souches cliniques, via différentes approches de biologie moléculaire, a montré l’existence de deux profils distincts en plus d’une forte variabilité d’expression inter-souche. Ces différences s’expliquent par des différences d’activité promotrice, de stabilité des ARN et de traductibilité, dû à la présence de single nucleotide polymorphims (SNPs), notamment dans la région 5’- UnTranslated Region (5’-UTR). Enfin, malgré une organisation en opéron d’HlgCB, plusieurs transcrits plus courts, certains correspondant à hlgB seul, et d’autres à un transcrit plus court qu’hlgB, nommé short hlgB (shlgB), ont été découverts. Leurs rôles et mécanismes de productions ont été investigués, mais restent encore à approfondir. Ces travaux ont donc permis de confirmer le rôle de la PVL dans la virulence de S. aureus dans un contexte de pneumonie, mais également celui d’HlgCB, cette dernière étant très finement régulée.Staphylococcus aureus is a bacterium responsible for many infections, including pneumonia, most often acquired nosocomial but also community acquired. The latter are rare but often serious, with a high mortality rate. Several virulence factors of S. aureus are known to contribute to its virulence, notably the Panton-Valentin Leucocidin (PVL). Although PVL plays a major role in the severity of community-acquired pneumonia (CAP), it is not present in all S. aureus strains causing pneumonia, implying that other virulence factors contribute to severity. A first objective of my work was to investigate the different virulence factors involved in a dose-dependent manner in severe CAP using a targeted proteomics approach on 136 clinical isolates. This study demonstrated that PVL is the main virulence factor of S. aureus, correlated in a dose-dependent manner with death. However, in addition to PVL, other factors are involved in the severity of infections, notably the g-hemolysin CB (HlgCB), which similarly works and targets the same cells as PVL. The second objective of this work was therefore to study the role of HlgCB in pneumonia and to study the mechanisms regulating its expression in clinical strains. Our results showed that this toxin participates in the virulence of S. aureus, particularly in PVL-negative strains. Moreover, the study of its production in different clinical strains, using different molecular biology approaches, showed the existence of two distinct profiles in addition to a high variability of inter-strain expression. These differences can be explained by differences in promoter activity, RNA stability and translatability, due to sequence differences, and in particular the presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5'- Untranslated Region (5'-UTR). Finally, despite an operon-like organization of HlgCB, several shorter transcripts, some corresponding to hlgB alone, and others to a transcript shorter than hlgB, named short hlgB (shlgB), have been discovered. Their roles and mechanisms of production have been investigated but remain to be further studied

Les facteurs de virulence de Staphylococcus aureus associés aux pneumonies communautaires sévères : focus sur l’hémolysine-gamma

Staphylococcus aureus is a bacterium responsible for many infections, including pneumonia, most often acquired nosocomial but also community acquired. The latter are rare but often serious, with a high mortality rate. Several virulence factors of S. aureus are known to contribute to its virulence, notably the Panton-Valentin Leucocidin (PVL). Although PVL plays a major role in the severity of community-acquired pneumonia (CAP), it is not present in all S. aureus strains causing pneumonia, implying that other virulence factors contribute to severity. A first objective of my work was to investigate the different virulence factors involved in a dose-dependent manner in severe CAP using a targeted proteomics approach on 136 clinical isolates. This study demonstrated that PVL is the main virulence factor of S. aureus, correlated in a dose-dependent manner with death. However, in addition to PVL, other factors are involved in the severity of infections, notably the g-hemolysin CB (HlgCB), which similarly works and targets the same cells as PVL. The second objective of this work was therefore to study the role of HlgCB in pneumonia and to study the mechanisms regulating its expression in clinical strains. Our results showed that this toxin participates in the virulence of S. aureus, particularly in PVL-negative strains. Moreover, the study of its production in different clinical strains, using different molecular biology approaches, showed the existence of two distinct profiles in addition to a high variability of inter-strain expression. These differences can be explained by differences in promoter activity, RNA stability and translatability, due to sequence differences, and in particular the presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5'- Untranslated Region (5'-UTR). Finally, despite an operon-like organization of HlgCB, several shorter transcripts, some corresponding to hlgB alone, and others to a transcript shorter than hlgB, named short hlgB (shlgB), have been discovered. Their roles and mechanisms of production have been investigated but remain to be further studied.Staphylococcus aureus est une bactérie responsable de nombreuses infections, dont les pneumonies, le plus souvent d’acquisition nosocomiale mais aussi communautaire. Ces dernières sont rares mais souvent graves, avec un fort taux de mortalité. La Leucocidine de Panton-Valentin (PVL) est une toxine de S. aureus connue pour participer à sa virulence dans ce contexte de pneumonie, et bien qu’ayant un rôle majeur dans la sévérité des pneumonies communautaires (PC), la PVL n’est pas présente dans l’ensemble des souches responsables de PC. Ceci implique que d’autres facteurs de virulence contribuent à la sévérité. Un premier objectif de mes travaux a été de rechercher les différents facteurs de virulence impliqués de manière dose-dépendante dans les PC sévères grâce à une approche de protéomique ciblée explorant 136 isolats cliniques. Cette étude a permis de démontrer que la PVL est le principal facteur de la virulence de S. aureus, corrélé de manière dose-dépendante avec le décès. Néanmoins, en plus de la PVL, d’autres facteurs participent à la sévérité des infections, notamment l’hémolysine-g CB (HlgCB), qui fonctionne et cible les mêmes cellules que la PVL. Le second objectif de ces travaux a donc été d’étudier le rôle d’HlgCB dans les pneumonies et d’étudier les mécanismes de régulations de son expression dans des souches cliniques. Nos résultats ont pu montrer que cette toxine participe à la virulence de S. aureus. De plus, l’étude de sa production dans différentes souches cliniques, via différentes approches de biologie moléculaire, a montré l’existence de deux profils distincts en plus d’une forte variabilité d’expression inter-souche. Ces différences s’expliquent par des différences d’activité promotrice, de stabilité des ARN et de traductibilité, dû à la présence de single nucleotide polymorphims (SNPs), notamment dans la région 5’- UnTranslated Region (5’-UTR). Enfin, malgré une organisation en opéron d’HlgCB, plusieurs transcrits plus courts, certains correspondant à hlgB seul, et d’autres à un transcrit plus court qu’hlgB, nommé short hlgB (shlgB), ont été découverts. Leurs rôles et mécanismes de productions ont été investigués, mais restent encore à approfondir. Ces travaux ont donc permis de confirmer le rôle de la PVL dans la virulence de S. aureus dans un contexte de pneumonie, mais également celui d’HlgCB, cette dernière étant très finement régulée

Les facteurs de virulence de Staphylococcus aureus associés aux pneumonies communautaires sévères : focus sur l’hémolysine-gamma

Staphylococcus aureus is a bacterium responsible for many infections, including pneumonia, most often acquired nosocomial but also community acquired. The latter are rare but often serious, with a high mortality rate. Several virulence factors of S. aureus are known to contribute to its virulence, notably the Panton-Valentin Leucocidin (PVL). Although PVL plays a major role in the severity of community-acquired pneumonia (CAP), it is not present in all S. aureus strains causing pneumonia, implying that other virulence factors contribute to severity. A first objective of my work was to investigate the different virulence factors involved in a dose-dependent manner in severe CAP using a targeted proteomics approach on 136 clinical isolates. This study demonstrated that PVL is the main virulence factor of S. aureus, correlated in a dose-dependent manner with death. However, in addition to PVL, other factors are involved in the severity of infections, notably the g-hemolysin CB (HlgCB), which similarly works and targets the same cells as PVL. The second objective of this work was therefore to study the role of HlgCB in pneumonia and to study the mechanisms regulating its expression in clinical strains. Our results showed that this toxin participates in the virulence of S. aureus, particularly in PVL-negative strains. Moreover, the study of its production in different clinical strains, using different molecular biology approaches, showed the existence of two distinct profiles in addition to a high variability of inter-strain expression. These differences can be explained by differences in promoter activity, RNA stability and translatability, due to sequence differences, and in particular the presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5'- Untranslated Region (5'-UTR). Finally, despite an operon-like organization of HlgCB, several shorter transcripts, some corresponding to hlgB alone, and others to a transcript shorter than hlgB, named short hlgB (shlgB), have been discovered. Their roles and mechanisms of production have been investigated but remain to be further studied.Staphylococcus aureus est une bactérie responsable de nombreuses infections, dont les pneumonies, le plus souvent d’acquisition nosocomiale mais aussi communautaire. Ces dernières sont rares mais souvent graves, avec un fort taux de mortalité. La Leucocidine de Panton-Valentin (PVL) est une toxine de S. aureus connue pour participer à sa virulence dans ce contexte de pneumonie, et bien qu’ayant un rôle majeur dans la sévérité des pneumonies communautaires (PC), la PVL n’est pas présente dans l’ensemble des souches responsables de PC. Ceci implique que d’autres facteurs de virulence contribuent à la sévérité. Un premier objectif de mes travaux a été de rechercher les différents facteurs de virulence impliqués de manière dose-dépendante dans les PC sévères grâce à une approche de protéomique ciblée explorant 136 isolats cliniques. Cette étude a permis de démontrer que la PVL est le principal facteur de la virulence de S. aureus, corrélé de manière dose-dépendante avec le décès. Néanmoins, en plus de la PVL, d’autres facteurs participent à la sévérité des infections, notamment l’hémolysine-g CB (HlgCB), qui fonctionne et cible les mêmes cellules que la PVL. Le second objectif de ces travaux a donc été d’étudier le rôle d’HlgCB dans les pneumonies et d’étudier les mécanismes de régulations de son expression dans des souches cliniques. Nos résultats ont pu montrer que cette toxine participe à la virulence de S. aureus. De plus, l’étude de sa production dans différentes souches cliniques, via différentes approches de biologie moléculaire, a montré l’existence de deux profils distincts en plus d’une forte variabilité d’expression inter-souche. Ces différences s’expliquent par des différences d’activité promotrice, de stabilité des ARN et de traductibilité, dû à la présence de single nucleotide polymorphims (SNPs), notamment dans la région 5’- UnTranslated Region (5’-UTR). Enfin, malgré une organisation en opéron d’HlgCB, plusieurs transcrits plus courts, certains correspondant à hlgB seul, et d’autres à un transcrit plus court qu’hlgB, nommé short hlgB (shlgB), ont été découverts. Leurs rôles et mécanismes de productions ont été investigués, mais restent encore à approfondir. Ces travaux ont donc permis de confirmer le rôle de la PVL dans la virulence de S. aureus dans un contexte de pneumonie, mais également celui d’HlgCB, cette dernière étant très finement régulée

Les facteurs de virulence de Staphylococcus aureus associés aux pneumonies communautaires sévères : focus sur l’hémolysine-gamma

Staphylococcus aureus is a bacterium responsible for many infections, including pneumonia, most often acquired nosocomial but also community acquired. The latter are rare but often serious, with a high mortality rate. Several virulence factors of S. aureus are known to contribute to its virulence, notably the Panton-Valentin Leucocidin (PVL). Although PVL plays a major role in the severity of community-acquired pneumonia (CAP), it is not present in all S. aureus strains causing pneumonia, implying that other virulence factors contribute to severity. A first objective of my work was to investigate the different virulence factors involved in a dose-dependent manner in severe CAP using a targeted proteomics approach on 136 clinical isolates. This study demonstrated that PVL is the main virulence factor of S. aureus, correlated in a dose-dependent manner with death. However, in addition to PVL, other factors are involved in the severity of infections, notably the g-hemolysin CB (HlgCB), which similarly works and targets the same cells as PVL. The second objective of this work was therefore to study the role of HlgCB in pneumonia and to study the mechanisms regulating its expression in clinical strains. Our results showed that this toxin participates in the virulence of S. aureus, particularly in PVL-negative strains. Moreover, the study of its production in different clinical strains, using different molecular biology approaches, showed the existence of two distinct profiles in addition to a high variability of inter-strain expression. These differences can be explained by differences in promoter activity, RNA stability and translatability, due to sequence differences, and in particular the presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5'- Untranslated Region (5'-UTR). Finally, despite an operon-like organization of HlgCB, several shorter transcripts, some corresponding to hlgB alone, and others to a transcript shorter than hlgB, named short hlgB (shlgB), have been discovered. Their roles and mechanisms of production have been investigated but remain to be further studied.Staphylococcus aureus est une bactérie responsable de nombreuses infections, dont les pneumonies, le plus souvent d’acquisition nosocomiale mais aussi communautaire. Ces dernières sont rares mais souvent graves, avec un fort taux de mortalité. La Leucocidine de Panton-Valentin (PVL) est une toxine de S. aureus connue pour participer à sa virulence dans ce contexte de pneumonie, et bien qu’ayant un rôle majeur dans la sévérité des pneumonies communautaires (PC), la PVL n’est pas présente dans l’ensemble des souches responsables de PC. Ceci implique que d’autres facteurs de virulence contribuent à la sévérité. Un premier objectif de mes travaux a été de rechercher les différents facteurs de virulence impliqués de manière dose-dépendante dans les PC sévères grâce à une approche de protéomique ciblée explorant 136 isolats cliniques. Cette étude a permis de démontrer que la PVL est le principal facteur de la virulence de S. aureus, corrélé de manière dose-dépendante avec le décès. Néanmoins, en plus de la PVL, d’autres facteurs participent à la sévérité des infections, notamment l’hémolysine-g CB (HlgCB), qui fonctionne et cible les mêmes cellules que la PVL. Le second objectif de ces travaux a donc été d’étudier le rôle d’HlgCB dans les pneumonies et d’étudier les mécanismes de régulations de son expression dans des souches cliniques. Nos résultats ont pu montrer que cette toxine participe à la virulence de S. aureus. De plus, l’étude de sa production dans différentes souches cliniques, via différentes approches de biologie moléculaire, a montré l’existence de deux profils distincts en plus d’une forte variabilité d’expression inter-souche. Ces différences s’expliquent par des différences d’activité promotrice, de stabilité des ARN et de traductibilité, dû à la présence de single nucleotide polymorphims (SNPs), notamment dans la région 5’- UnTranslated Region (5’-UTR). Enfin, malgré une organisation en opéron d’HlgCB, plusieurs transcrits plus courts, certains correspondant à hlgB seul, et d’autres à un transcrit plus court qu’hlgB, nommé short hlgB (shlgB), ont été découverts. Leurs rôles et mécanismes de productions ont été investigués, mais restent encore à approfondir. Ces travaux ont donc permis de confirmer le rôle de la PVL dans la virulence de S. aureus dans un contexte de pneumonie, mais également celui d’HlgCB, cette dernière étant très finement régulée

Agrobacterium fabrum C58 involved nitrate reductase NapA and antisense RNA NorR to denitrify

International audienceABSTRACT Agrobacterium fabrum C58 is a plant-associated bacterium that is able to denitrify under anoxic conditions. The cluster of denitrification genes harbored by this strain has been well characterized. It includes nir and nor operons encoding nitrite and nitric oxide reductases, respectively. However, the reductase involved in nitrate reduction has not yet been studied and little information is available on denitrification regulators in A. fabrum C58. In this study, we aimed to (i) characterize the nitrate reductase, (ii) determine its role in A. fabrum C58 fitness and root colonization and (ii) reveal the contribution of small RNA on denitrification regulation. By constructing a mutant strain defective for napA, we demonstrated that the reduction of nitrate to nitrite was catalyzed by the periplasmic nitrate reductase, NapA. We evidenced a positive role of NapA in A. fabrum C58 fitness and suggested that A. fabrum C58 is able to use components exuded by plant roots to respire anaerobically. Here, we showed that NorR small RNA increased the level of norCBQ mRNA and a decrease of NorR is correlated with a decrease in N2O emission. Together, our results underscore the importance of understanding the denitrification pathway at the strain level in order to develop strategies to mitigate N2O production at the microbial community level

Complex Regulation of Gamma-Hemolysin Expression Impacts Staphylococcus aureus Virulence

ABSTRACT Staphylococcus aureus gamma-hemolysin CB (HlgCB) is a core-genome-encoded pore-forming toxin that targets the C5a receptor, similar to the phage-encoded Panton-Valentine leucocidin (PVL). Absolute quantification by mass spectrometry of HlgCB in 39 community-acquired pneumonia (CAP) isolates showed considerable variations in the HlgC and HlgB yields between isolates. Moreover, although HlgC and HlgB are encoded on a single operon, their levels were dissociated in 10% of the clinical strains studied. To decipher the molecular basis for the variation in hlgCB expression and protein production among strains, different regulation levels were analyzed in representative clinical isolates and reference strains. Both the HlgCB level and the HlgC/HlgB ratio were found to depend on hlgC promoter activity and mRNA processing and translation. Strikingly, only one single nucleotide polymorphism (SNP) in the 5′ untranslated region (UTR) of hlgCB mRNA strongly impaired hlgC translation in the USA300 strain, leading to a strong decrease in the level of HlgC but not in HlgB. Finally, we found that high levels of HlgCB synthesis led to mortality in a rabbit model of pneumonia, correlated with the implication of the role of HlgCB in severe S. aureus CAP. Taken together, this work illustrates the complexity of virulence factor expression in clinical strains and demonstrates a butterfly effect where subtle genomic variations have a major impact on phenotype and virulence. IMPORTANCE S. aureus virulence in pneumonia results in its ability to produce several virulence factors, including the leucocidin PVL. Here, we demonstrate that HlgCB, another leucocidin, which targets the same receptors as PVL, highly contributes to S. aureus virulence in pvl-negative strains. In addition, considerable variations in HlgCB quantities are observed among clinical isolates from patients with CAP. Biomolecular analyses have revealed that a few SNPs in the promoter sequences and only one SNP in the 5′ UTR of hlgCB mRNA induce the differential expression of hlgCB, drastically impacting hlgC mRNA translation. This work illustrates the subtlety of regulatory mechanisms in bacteria, especially the sometimes major effects on phenotypes of single nucleotide variation in noncoding regions