Diseño de un sistema semiautomático de clasificación de Whole Side Images para la gradación del cáncer de próstata a partir de anotaciones no expertas y redes neuronales convolucionales

[ES] El presente TFG pretende abordar el desarrollo de un algoritmo de clasificación capaz de catalogar de manera automática muestras histológicas de tejido prostático. El desarrollo de un sistema automático fiable necesita un gran número de anotaciones de expertos. Dado la elevada carga de trabajo de esta tarea y la escasez de recursos de patólogos expertos (en nuestro caso uropatólogos), surge la idea de desarrollar un modelo que obtenga un resultado más preciso sin necesidad de anotación de personal experto. Así pues, el objetivo final es realizar una clasificación de los grados de cáncer según la escala Gleason en imágenes histopatológicas de próstata utilizando un modelo híbrido basado en redes neuronales convolucionales y anotaciones no expertas. Con el fin de llevar a cabo este objetivo, se anotan por el no experto los cortes histológicos de tejido de próstata a partir de la literatura aprendida sobre la escala de Gleason, se utiliza una arquitectura VGG16 para desarrollar un modelo que permita realizar una clasificación de las muestras anotadas por un experto, y finalmente se combinan la anotación no experta y el modelo en la etapa de clasificación de la red neuronal convolucional para realizar una clasificación más precisa de las muestras anotadas. Una vez entrenados ambos modelos, estos se evalúan utilizando el estadístico de kappa de cohen. Obteniendo como resultados un valor de 0,571 para el modelo que utiliza entradas anotadas únicamente por el experto, y un valor estadístico de kappa de cohen de 0,685l, al combinar las entradas anotadas por el experto con las anotadas por el no experto mediante el modelo híbrido. También se ha comparado el acuerdo entre los dos anotadores obteniendo un valor estadístico de kappa de cohen de 0,440. Tras analizar los resultados, concluimos que la capacidad del no experto para detectar los patrones cancerosos según su grado de Gleason es limitada, sobre todo para el grado 4, pero aún así los resultados obtenidos tras la combinación de ambas anotaciones a la CNN ayudan a mejorar la precisión del método considerablemente. Por lo que, la aplicación del modelo híbrido es una posible solución para reducir la carga de trabajo de patólogos sin que la precisión del sistema se vea tan afectada como en literatura previa.[EN] The present TFG aims to address the development of a classification algorithm capable of automatically cataloguing histological samples of prostatic tissue. The development of a reliable automatic system requires a large number of expert annotations. Given the high workload of this task and the scarcity of resources of expert pathologists (in our case uropathologists), the idea arises of developing a model that obtains a more precise result without the need for expert annotation. Thus, the final objective is to perform a classification of cancer grades according to the Gleason scale in prostate histopathological images using a hybrid model based on convolutional neural networks and non-expert annotations. In order to carry out this objective, histological sections of prostate tissue are annotated by the non-expert from the literature learned about the Gleason scale, a VGG16 architecture is used to develop a model that allows a classification of the annotated samples by an expert, and finally non-expert annotation and the model are combined in the classification stage of the convolutional neural network to make a more precise classification of the annotated samples. Once both models have been trained by the non-expert annotator, they are evaluated using the kappa cohen statistic. The results are a value of 0.571 for the model that uses entries annotated only by the expert, and a statistical value of cohen kappa of 0.685l, when combining the entries annotated by the expert with those annotated by the non-expert using the hybrid model. The agreement between the two note-takers has also been compared, obtaining a statistical value of cohen kappa of 0.440. After analyzing the results, we conclude that the ability of the non-expert to detect cancer patterns according to their Gleason grade is limited, especially for grade 4, but still the results obtained after combining both CNN annotations help to improve the accuracy of the method considerably. Therefore, the application of the hybrid model is a possible solution to reduce the workload of pathologists without affecting the accuracy of the system as much as in previous literature.Beser Robles, M. (2020). Diseño de un sistema semiautomático de clasificación de Whole Side Images para la gradación del cáncer de próstata a partir de anotaciones no expertas y redes neuronales convolucionales. http://hdl.handle.net/10251/148063TFG

Empirical models for predicting live fuel moisture content using Sentinel-2 spectral indices and meteorological data

[EN] The water content of the vegetation affects the flammability of the vegetation and fire behavior. A standard measure of this parameter is the live fuel moisture content (LFMC), calculated as the percentage of humidity of the vegetation relative to its dry weight. The aim of this work was to predict LFMC values of Rosmarinus officinalis in forest areas of the Valencian Community (Spain) using spectral indices obtained from Sentinel-2 satellite images and meteorological data. For this, LFMC values of this species were obtained from field samples collected biweekly from June to October in years 2019 and 2020 in three forest plots in the province of Valencia (Spain). The meteorological data (precipitation, temperature, relative humidity and wind speed) were obtained from observatories of the State Meteorological Agency (AEMET) of Spain. Multiple linear regression models were applied to estimate LFMC, using as predictor variables different spectral indices generated from Sentinel-2 images, calculated using Google Earth Engine and R programming. The results obtained using smoothed spectral data with the Savitzky-Golay filter were compared with data without such smoothing, also considering the differential contribution of the meteorological variables in each of the interpolated dates for each plot with data from the study area.[ES] El contenido de agua de la vegetación afecta a la inflamabilidad de la vegetación y al comportamiento del fuego. Una medida estándar de este parámetro es la humedad del combustible vivo (HCV), calculada como el porcentaje de humedad de la vegetación respecto a su peso seco. El objetivo de este trabajo ha sido predecir los valores de HCV de Rosmarinus officinalis en zonas forestales de la Comunitat Valenciana (España) utilizando índices espectrales obtenidos a partir de imágenes de los satélites Sentinel-2 y datos meteorológicos. Para ello, se obtuvieron valores de HCV de dicha especie en muestras tomadas quincenalmente entre los meses desde junio hasta octubre de los años 2019 y 2020 en tres parcelas forestales en la provincia de Valencia (España). Los datos meteorológicos (precipitación, temperatura, humedad relativa y velocidad del viento) se obtuvieron a partir de observatorios de la Agencia Estatal de Meteorología (AEMET) de España. Se aplicaron modelos de regresión lineal múltiple para estimar los valores de HCV, usando como variables predictoras distintos índices espectrales generados a partir de imágenes Sentinel-2, calculados usando Google Earth Engine y programación en R. Se compararon los resultados obtenidos empleando datos espectrales suavizados con el filtro Savitzky-Golay y datos sin suavizar, considerando además el aporte diferencial de las variables meteorológicas en cada una de las fechas interpoladas para cada parcela con datos de campo.Mª Alicia Arcos agradece la ayuda recibida por la Universitat Politècnica de València mediante un contrato predoctoral financiado en la convocatoria, PAID-01-19, subprograma 1. Este trabajo ha sido financiado a través de un convenio de colaboración entre la empresa Red Eléctrica de España S.A.U. y la Universitat Politècnica de València (2020-2023). Los autores agradecen a la Empresa Pública VAERSA y a la Direcció General de Prevenció d’Incendis Forestals de la Generalitat Valenciana por proporcionar los datos de medición de HCV en campo y los datos meteorológicos a través de la AEMET.Arcos, M.; Balaguer-Beser, Á.; Ruiz, L. (2021). Modelos empíricos de predicción del contenido de humedad del combustible vivo mediante índices espectrales de Sentinel-2 y datos meteorológicos. En Proceedings 3rd Congress in Geomatics Engineering. Editorial Universitat Politècnica de València. 239-247. https://doi.org/10.4995/CiGeo2021.2021.12732OCS23924

Analyzing Independent LFMC Empirical Models in the Mid-Mediterranean Region of Spain Attending to Vegetation Types and Bioclimatic Zones

[EN] This paper presents empirical models developed through stepwise multiple linear regression to estimate the live fuel moisture content (LFMC) in a Mediterranean area. The models are based on LFMC data measured in 50 field plots, considering four groups with similar bioclimatic characteristics and vegetation types (trees and shrubs). We also applied a species-specific LFMC model for Rosmarinus officinalis in plots with this dominant species. Spectral indices extracted from Sentinel-2 images and their averages over the study time period in each plot with a spatial resolution of 10 m were used as predictors, together with interpolated meteorological, topographic, and seasonal variables. The models achieved adjusted R2 values ranging between 52.1% and 74.4%. Spatial and temporal variations of LFMC in shrub areas were represented on a map. The results highlight the feasibility of developing satellite-derived LFMC operational empirical models in areas with various vegetation types and taking into account bioclimatic zones. The adjustment of data through GAM (generalized additive models) is also addressed in this study. The different error metrics obtained reflect that these models provided a better fit (most adjusted R2 values ranged between 65% and 74.1%) than the linear models, due to GAMs being more versatile and suitable for addressing complex problems such as LFMC behavior.Ma Alicia Arcos gives thanks for the help received by the Universitat Politecnica de Valencia through a pre-doctoral contract financed in the call, PAID-01-19, subprogram 1. This research was funded by through a collaboration agreement between the company Red Electrica de Espana S.A.U. and the Universitat Politecnica de Valencia (2020-2023), as well as the research project PID2020-117808RB-C21 funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 and by ESF Investing in your future.Arcos-Villacís, MA.; Edo-Botella, R.; Balaguer-Beser, Á.; Ruiz Fernández, LÁ. (2023). Analyzing Independent LFMC Empirical Models in the Mid-Mediterranean Region of Spain Attending to Vegetation Types and Bioclimatic Zones. Forests. 14(7):1-26. https://doi.org/10.3390/f1407129912614

Aplicación del análisis de componentes principales para representar datos usando la información de índices espectrales

En este artículo se muestra el proceso de obtención de las componentes principales usando el programa Statgraphics Centurion XVIII y el software estadístico R. Para ello se usan datos reales de índices espectrales obtenidos a través de los satélites Sentinel-2, en una zona forestal en la provincia de Valencia (España). Se aplican dos métodos para determinar el número óptimo de componentes principales y se analiza el significado de las componentes seleccionadas. También se describen distintos usos de las componentes principales, viendo las ventajas de sustituir las variables originales por las componentes principales, la cuales son combinación lineal de las primeras y están incorreladas.Balaguer Beser, ÁA.; Arcos Villacís, MA. (2023). Aplicación del análisis de componentes principales para representar datos usando la información de índices espectrales. http://hdl.handle.net/10251/19397

Introducción al Marketing

Asignaturas AE1002, EC 1002, FC1002: Introducción a la Administración de Empresas. Curso 2019-2020Este Manual está dirigido a cubrir la asignatura Introducción a la Administración de empresas, compartida por los Planes de estudio del Grado de Administración de empresas, Finanzas y Contabilidad y Economía y Doble grado ADE-Derecho, en primer curso de la Universitat Jaume I. Este manual cubre la parte de marketing de dicha asignatura (Temas 7 a 10)

Endoscopic treatment (endoscopic balloon dilation/self-expandable metal stent) vs surgical resection for the treatment of de novo stenosis in Crohn's disease (ENDOCIR study): an open-label, multicentre, randomized trial.

Background: Stenosis is one of the most common complications in patients with Crohn's disease (CD). Endoscopic balloon dilation (EBD) is the treatment of choice for a short stenosis adjacent to the anastomosis from previous surgery. Self-expandable metal stents (SEMS) may be a suitable treatment option for longer stenoses. To date, however, there is no scientific evidence as to whether endoscopic (EBD/SEMS) or surgical treatment is the best approach for de novo or primary stenoses that are less than 10 cm in length. Methods/design: Exploratory study as "proof-of-concept", multicentre, open-label, randomized trial of the treatment of de novo stenosis in the CD; endoscopic treatment (EBD/SEMS) vs surgical resection (SR). The type of endoscopic treatment will initially be with EDB; if a therapeutic failure occurs, then a SEMS will be placed. We estimate 2 years of recruitment and 1 year of follow-up for the assessment of quality of life, costs, complications, and clinical recurrence. After the end of the study, patients will be followed up for 3 years to re-evaluate the variables over the long term. Forty patients with de novo stenosis in CD will be recruited from 15 hospitals in Spain and will be randomly assigned to the endoscopic or surgical treatment groups. The primary aim will be the evaluation of the patient quality of life at 1 year follow-up (% of patients with an increase of 30 points in the 32-item Inflammatory Bowel Disease Questionnaire (IBDQ-32). The secondary aim will be evaluation of the clinical recurrence rate, complications, and costs of both treatments at 1-year follow-up. Discussion: The ENDOCIR trial has been designed to determine whether an endoscopic or surgical approach is therapeutically superior in the treatment of de novo stenosis in CD

Aplicación de técnicas cromatográficas acopladas a la espectrometría de masas para la determinación de contaminantes orgánicos emergentes en el ámbito de la salud pública

En la presente tesis se han desarrollado nuevas metodologías de análisis aprovechando los avances en la cromatografía acoplada a la espectrometría de masas, con el fin de facilitar la determinación de ciertos contaminantes orgánicos emergentes en muestras de interés alimentario, biológico y ambiental para su utilización en salud pública, es decir, en la evaluación de la exposición humana externa (aire) e interna (leche materna) y en el control de la cadena alimentaria (pescados). Además del desarrollo y optimización de la fase instrumental de los nuevos métodos, se han estudiado diferentes técnicas de extracción, y se han utilizado como herramienta para las etapas optimizadas el análisis multivariante o diseño de experimentos.In the present thesis, new analysis methodologies have been developed taking advantage of advances in chromatography coupled to mass spectrometry, in order to facilitate the determination of certain emerging organic contaminants in food, biological and environmental samples interesting for their use in public health, such as, in the evaluation of external (air) and internal human exposure (maternal milk) and in the control of the food chain (fish). In addition to the development and optimization of the instrumental phase of the new methods, different extraction techniques have been studied, and multivariate analysis or design of experiments have been used as a tool for the optimized steps.Programa de Doctorat en Cièncie

ÁLGEBRA LINEAL

Este libro proporciona un marco general para cualquiera que desee introducirse en el estudio del Álgebra lineal. El principal objetivo del texto es presentar de forma sencilla y práctica un material con definiciones, propiedades, ejemplos y aplicaciones de los conceptos estudiados, trabajándose tanto la componente matricial como la componente geométrica, ambas propias de cualquiercurso de álgebra impartido en titulaciones cienífico-técnicas. El texto está formado por once temas agrupados en tres bloques temáticos: Cálculo matricial, Espacio vectorial euclídeo y Espacio afín euclídeo. Cada uno de los temas que componen el texto está estructurado en tres partes: una primera parte expositiva con los conceptos teóricos y ejercicios; una segunda parte con un breve listado de comandos útiles del programa Mathematica y una tercera parte con una serie de problemas propuestos.Marín Molina, J.; Balaguer Beser, ÁA.; Felipe Román, MJ.; Capilla Roma, MT. (2012). ÁLGEBRA LINEAL. Editorial Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/72444EDITORIA

MÉTODOS MATEMÁTICOS

La materia de Métodos Matemáticos tiene un carácter de formación básica necesaria en la mayoría de los primeros cursos de ingeniería. En este texto aparecen temas correspondientes a tres partes del conocimiento matemático bien diferenciadas: Geometría, Estadística y Métodos Numéricos. En la primera parte se analizarán los conceptos y definiciones básicas de geometría en el plano, geometría esférica y geometría diferencial. En la segunda parte se tratarán las principales propiedades de estadística descriptiva, variables aleatorias discretas y continuas, inferencia estadística, regresión y correlación. Finalmente, la última parte del texto está dedicada a los métodos más elementales de interpolación e integración numérica. La diversidad de los temas presentados, así como la necesidad docente de tratarlos de un modo práctico, ha dado lugar a este libroBalaguer Beser, ÁA.; Capilla Roma, MT.; Felipe Román, MJ.; Marín Molina, J.; Monreal Mengual, L. (2014). MÉTODOS MATEMÁTICOS. Editorial Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/7068

The role of intimate partner violence perpetrators' resting state functional connectivity in treatment compliance and recidivism

Abstract To expand the scientific literature on how resting state functional connectivity (rsFC) magnetic resonance imaging (MRI) (or the measurement of the strength of the coactivation of two brain regions over a sustained period of time) can be used to explain treatment compliance and recidivism among intimate partner violence (IPV) perpetrators. Therefore, our first aim was to assess whether men convicted of IPV (n = 53) presented different rsFC patterns from a control group of non-violent (n = 47) men. We also analyzed if the rsFC of IPV perpetrators before staring the intervention program could explain treatment compliance and recidivism one year after the intervention ended. The rsFC was measured by applying a whole brain analysis during a resting period, which lasted 45 min. IPV perpetrators showed higher rsFC in the occipital brain areas compared to controls. Furthermore, there was a positive association between the occipital pole (OP) and temporal lobes (ITG) and a negative association between the occipital (e.g., occipital fusiform gyrus, visual network) and both the parietal lobe regions (e.g., supramarginal gyrus, parietal operculum cortex, lingual gyrus) and the putamen in IPV perpetrators. This pattern was the opposite in the control group. The positive association between many of these occipital regions and the parietal, frontal, and temporal regions explained treatment compliance. Conversely, treatment compliance was also explained by a reduced rsFC between the rostral prefrontal cortex and the frontal gyrus and both the occipital and temporal gyrus, and between the temporal and the occipital and cerebellum areas and the sensorimotor superior networks. Last, the enhanced rsFC between the occipital regions and both the cerebellum and temporal gyrus predicted recidivism. Our results highlight that there are specific rsFC patterns that can distinguish IPV perpetrators from controls. These rsFC patterns could be useful to explain treatment compliance and recidivism among IPV perpetrators