Investigation d´une épidémie de coqueluche dans le district sanitaire Tahoua département, Région de Tahoua, Niger, 2019: Etude descriptive des cas: Investigation of a pertussis epidemic in the Tahoua department health district, Tahoua region, Niger, 2019: Descriptive case study

Introduction: Au Niger, chaque année des épidémies de coqueluche sont rapportées. De 2015 à 2019, le pays a enregistré 2184 cas suspects de coqueluche. Le 27 février 2019, le CSI d'Afalla a notifié un nombre inhabituel des cas de toux quinteuse. Nous avons investigué un foyer épidémique dans le District Sanitaire (DS) Tahoua département en vue de confirmer, décrire les cas et de mettre en place des actions de santé publique. L'objectif était de décrire les résultats de cette investigation. Méthodes: Il s'agissait d'une étude transversale descriptive du 28 février au 12 mars 2019. L'ensemble de la population du Centre de Santé Intégré (CSI) de Affala a été considéré. Un cas probable était toute personne résidant dans l'aire du CSI de Affala du 17 au 12 mars 2019 présentant une toux d'une durée ≥2 semaines, avec vomissements post-tussifs. Un questionnaire structuré a été administré aux malades ou aux mères ou accompagnants des nourrissons. Une revue documentaire et une recherche active des cas ont été réalisées. Résultats: Au total, 108 cas de coqueluche ont été enregistrés. Aucun décès n'a été notifié. Le sexe masculin représentait 60,2% des cas. L'âge médian était de 7 ans intervalle interquartile IIQ (2-14 ans). Parmi les cas, 17(15,7%) étaient âgés de moins de 5 ans. Deux villages du CSI Affala ont enregistré des cas. Tous les enfants présentaient une toux et 14,8% des cas étaient vaccinés. La durée de l'épidémie était de 14 jours. Conclusion: L' investigation de cette épidémie a permis de décrire les cas et mettre en place des mesures de contrôle et de prévention. La vaccination de routine contre la coqueluche devrait être renforcée. Introduction: In Niger, every year outbreaks of pertussis are reported. From 2015 to 2019, the country has recorded 2184 suspected cases of pertussis. On 27 February 2019, the Afalla IHC reported an unusual number of cases of whooping cough. We investigated an outbreak in the Tahoua Health District (HD) department in order to confirm and describe the cases and to implement public health actions. The objective was to describe the results of this investigation. Methods: This was a descriptive cross-sectional study from 28 February to 12 March 2019. The entire population of the Affala Integrated Health Centre (IHC) was considered. A probable case was any person residing in the Affala IHC area from 17 to 12 March 2019 presenting with a cough lasting ≥2 weeks, with post-cough vomiting. A structured questionnaire was administered to the patients or mothers/caregivers of infants. A literature review and active case finding were performed. Result: In total, 108 cases of pertussis were recorded. No deaths were reported. Males accounted for 60.2% of the cases. The median age was 7 years, interquartile range IIQ (2-14 years). Of the cases, 17 (15.7%) were under 5 years of age. Two villages in Affala IHC had cases. All children had a cough and 14.8% of cases were vaccinated. The duration of the epidemic was 14 days. Conclusion: The investigation of this epidemic allowed us to describe the cases and to put in place control and prevention measures. Routine vaccination against pertussis should be reinforced

HIV infection and hepatitis B seroprevalence among antenatal clinic attendees in Niger, West Africa

This transversal study was suggested in order to estimate the nationwide seroprevalences of HIV infection and hepatitis B among 495 pregnant women in Niger in 2008. The study detected anti-HIV antibodies with Genscreen® Plus HIV Ag/Ab Ultra Kit (Bio-Rad; Hercules, CA), Vironostika® HIV Uni-Form II Ag/Ab (bioMérieux; Marcy-l’Etoile, France), and ImmunoComb® II HIV 1 and 2 BiSpot (Orgenics; Yavne, Israel). HBsAg was detected by Monolisa® HBsAg Ultra (Bio-Rad) and ImmunoComb® II HBsAg (Orgenics). The rates obtained were 2.02% (95% confidence intervals (CI): 1.03%–3.81%) and 16.16% (95% CI: 13.09%–19.77%), respectively. There were no significant variations according to environment, region, age, marital status, educational level, antecedent of surgery and transfusion. But these data need a large sample, and periodic updates for a better planning of activities in the framework of a national reproductive health program, including prevention of mother-to-child HIV transmission

Multivariate Analysis of Genetic Diversity Among Okra (Abelmoschus spp.) Cultivars Grown in Côte d’Ivoire Based on Agro-morphological Traits

Crop improvement for sustainable agriculture requires information about the genetic variability of traits that helps identify suitable parents. This study was conducted to investigate the extent of genetic diversity among 12 okra cultivars grown and marketed in Côte d’Ivoire, using 12 quantitative and 11 qualitative agro-morphological traits. A Randomized Complete Block Design (RCBD) with five replications and two multivariate techniques, viz. principal component analysis (PCA) and cluster analysis (CA) were used. The okra cultivars evaluated showed wide variation in quantitative traits but minimal variation in qualitative traits except for leaf and fruit shapes. The first two PCs explained 70.489% variation and identify seven traits (day to flowering, stem diameter, plant height, number of fruit ridges, number of fruits per plant, fruit yield and number of seeds per fruit) that play a prominent role in the differentiation of the okra cultivars, and therefore could be used as good criteria for selection in okra improvement. PCA and CA grouped the total cultivars into three divergent clusters exhibiting specific characteristics: vigor and good yield for cluster I, short plants and earliness for cluster II and high yield for cluster III. The results of this investigation indicated that substantial variability was present in the okra studied. The cultivars of the divergent clusters constitute interesting okra genetic resources that can be used as a parental material for further breeding. Keywords: genetic diversity, okra, Abelmoschus caillei, Abelmoschus esculentus, principal component analysis, cluster analysis DOI: 10.7176/JBAH/10-22-03 Publication date: November 30th 202

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Evolution of the management of protected areas in Guinea : the difficult cohabitation of public policies and traditional systems : national Park of Upper Niger

La gestion des aires protégées en Guinée pose le problème de la cohabitation des politiques publiques et des systèmes traditionnels. Censée améliorer la gestion des aires protégées, cette cohabitation s’avère difficile et ne produit pas les résultats escomptés. Pour contribuer à la compréhension de cette difficile cohabitation, cette thèse propose une analyse de l’évolution de la politique de gestion des aires protégées en Guinée, de l’époque précoloniale à nos jours. La démarche utilisée fait appel à plusieurs approches méthodologiques : recueil et analyse de documents historiques et juridiques, recueil et analyses des traditions orales ancestrales relatives à la protection de la nature, observations de terrain, inventaires floristiques, estimations et analyses qualitatives, enquêtes par entretiens semi-directifs. Les résultats obtenus ont permis de retracer et de caractériser les différentes phases de la gestion des aires protégées en Guinée. La gestion des aires protégées précoloniales a connu diverses formes, allant de la sacralisation à la gestion clanique ; elle a varié en fonction des coutumes des populations autochtones de chacune des régions naturelles du pays. Pendant l’époque coloniale, 167 aires protégées ont été mises en place dont 157 forêts classées, 4 parcs de refuge de faune et une réserve naturelle intégrale. A son accession à l’indépendance en 1958, la Guinée a hérité des aires protégées coloniales et a appliqué, jusqu’en 1984, une politique fondée sur la législation forestière de l’administration coloniale. L’Etat s’est approprié les aires protégées dans leur contexte contemporain seulement à partir des années 1984, et a progressivement mis en place de nouveaux dispositifs (législatif et institutionnel) de gestion. Avec l’appui des bailleurs de fonds, il a mis en place plusieurs catégories d’aires protégées (parcs nationaux, réserves de biosphère, aires protégées transfrontalières, zone de conservation) dont la gestion qui se veut participative en associant les populations locales, soufre aujourd’hui essentiellement du manque de financements associé à l’insuffisance de la logistique nécessaire à une gestion opérationnelle et efficace. L’étude du cas du Parc National du Haut Niger révèle que, malgré la reconnaissance et la prise en compte du rôle des communautés traditionnelles (Waton), les populations locales adhèrent à la gestion participative sans grande conviction. Les structures publiques associées à cette gestion ne disposent pas de moyens suffisants pour intervenir de manière efficiente. L’exemple du PHNN illustre l’écart entre le discours dominant qui prône la gestion intégrée des aires protégées et les difficultés de l’Etat à mettre en œuvre une gestion participative. Ces difficultés ne devraient pas pour autant conduire à une remise en cause de la gestion participative, car nos observations et nos enquêtes suggèrent que la stratégie peut fonctionner et faire la preuve de son efficacité si des efforts sont entrepris dans l’appui au développement communautaire et dans la création d’activités génératrices de revenus pour les populations traditionnelles qui mettent leurs savoirs au service de la gestion des aires protégées.Management of protected areas in Guinea is the problem of the coexistence of public policy and traditional systems. To contribute to the understanding of this difficult cohabitation, this thesis proposes an analysis of the evolution of policy management of protected areas in Guinea, from precolonial times to the present. The approach involves several methodological approaches. The results were used to trace and characterize the different phases of the management of protected areas in Guinea. The state has appropriated the protected areas in their contemporary context only from year 1984. The example of PHNN illustrates the difference between the dominant discourse advocating the integrated management of protected areas and the difficulties of the state to implement a participatory management. Our observations and surveys suggest that the strategy of management override implementation can work if efforts are in supporting community development

Evolution de la gestion des aires protégées en Guinée : la difficile cohabitation des politiques publiques et des systèmes traditionnels : cas du Parc National du Haut Niger

Management of protected areas in Guinea is the problem of the coexistence of public policy and traditional systems. To contribute to the understanding of this difficult cohabitation, this thesis proposes an analysis of the evolution of policy management of protected areas in Guinea, from precolonial times to the present. The approach involves several methodological approaches. The results were used to trace and characterize the different phases of the management of protected areas in Guinea. The state has appropriated the protected areas in their contemporary context only from year 1984. The example of PHNN illustrates the difference between the dominant discourse advocating the integrated management of protected areas and the difficulties of the state to implement a participatory management. Our observations and surveys suggest that the strategy of management override implementation can work if efforts are in supporting community development.La gestion des aires protégées en Guinée pose le problème de la cohabitation des politiques publiques et des systèmes traditionnels. Censée améliorer la gestion des aires protégées, cette cohabitation s’avère difficile et ne produit pas les résultats escomptés. Pour contribuer à la compréhension de cette difficile cohabitation, cette thèse propose une analyse de l’évolution de la politique de gestion des aires protégées en Guinée, de l’époque précoloniale à nos jours. La démarche utilisée fait appel à plusieurs approches méthodologiques : recueil et analyse de documents historiques et juridiques, recueil et analyses des traditions orales ancestrales relatives à la protection de la nature, observations de terrain, inventaires floristiques, estimations et analyses qualitatives, enquêtes par entretiens semi-directifs. Les résultats obtenus ont permis de retracer et de caractériser les différentes phases de la gestion des aires protégées en Guinée. La gestion des aires protégées précoloniales a connu diverses formes, allant de la sacralisation à la gestion clanique ; elle a varié en fonction des coutumes des populations autochtones de chacune des régions naturelles du pays. Pendant l’époque coloniale, 167 aires protégées ont été mises en place dont 157 forêts classées, 4 parcs de refuge de faune et une réserve naturelle intégrale. A son accession à l’indépendance en 1958, la Guinée a hérité des aires protégées coloniales et a appliqué, jusqu’en 1984, une politique fondée sur la législation forestière de l’administration coloniale. L’Etat s’est approprié les aires protégées dans leur contexte contemporain seulement à partir des années 1984, et a progressivement mis en place de nouveaux dispositifs (législatif et institutionnel) de gestion. Avec l’appui des bailleurs de fonds, il a mis en place plusieurs catégories d’aires protégées (parcs nationaux, réserves de biosphère, aires protégées transfrontalières, zone de conservation) dont la gestion qui se veut participative en associant les populations locales, soufre aujourd’hui essentiellement du manque de financements associé à l’insuffisance de la logistique nécessaire à une gestion opérationnelle et efficace. L’étude du cas du Parc National du Haut Niger révèle que, malgré la reconnaissance et la prise en compte du rôle des communautés traditionnelles (Waton), les populations locales adhèrent à la gestion participative sans grande conviction. Les structures publiques associées à cette gestion ne disposent pas de moyens suffisants pour intervenir de manière efficiente. L’exemple du PHNN illustre l’écart entre le discours dominant qui prône la gestion intégrée des aires protégées et les difficultés de l’Etat à mettre en œuvre une gestion participative. Ces difficultés ne devraient pas pour autant conduire à une remise en cause de la gestion participative, car nos observations et nos enquêtes suggèrent que la stratégie peut fonctionner et faire la preuve de son efficacité si des efforts sont entrepris dans l’appui au développement communautaire et dans la création d’activités génératrices de revenus pour les populations traditionnelles qui mettent leurs savoirs au service de la gestion des aires protégées

La gestion dérogatoire : une stratégie associant péniblement l’État et les communautés locales dans le Parc National du Haut Niger (Guinée)

Intégrer les structures traditionnelles dans la gestion du Parc National du Haut Niger. Contrairement au schéma classique fondé sur une gestion exclusive par les structures de l’État, l’expérience présentée dans l’article s’appuie sur les structures traditionnelles dont les savoirs ancestraux sont mobilisables pour une gestion concertée des ressources naturelles notamment la faune et flore. Les observations de terrain et les enquêtes par entretiens semi-directifs révèlent que, malgré la reconnaissance et la prise en compte du rôle des communautés traditionnelles concernées, ces dernières adhèrent à la gestion dérogatoire sans grande conviction, d’autant plus que les structures publiques associées à la gestion du Parc ne disposent pas de moyens suffisants pour intervenir de manière efficiente. Cet exemple illustre l’écart entre le discours dominant qui prône la gestion intégrée des aires protégées et les difficultés concrètes de mise en oeuvre d’une telle gestion censée associer l’État et les structures traditionnelles. Ces difficultés ne devraient pas pour autant conduire à une remise en cause de la gestion dérogatoire, car nos observations et nos enquêtes suggèrent que la stratégie peut fonctionner et faire la preuve de son efficacité si des efforts sont entrepris dans l’appui au développement communautaire et dans la création d’activités génératrices de revenus pour les populations traditionnelles qui mettent leurs savoirs au service de la gestion du Parc,en un mot au développement durable.This paper presents the derogatory strategy of management implemented by the Guinean State to integrate traditional structures in the management of the High Niger National Park. Contrary to the traditional management form founded on an exclusive management by State structures, the experiment presented in this paper is based on the traditional structures whose ancestral knowledge is mobilized for a concerted management of natural especially resources fauna and flora. Field observations and investigations reveal that, in spite of the recognition of the role of concerned local communities, they adhere to derogatory management without strong conviction, more especially as the public structures associated to the Park management do not have sufficient means to intervene in an efficient way. This example illustrates the difference between the dominant point of view which preaches the integrated management of protected areas, and the concrete difficulties related to the implementation of such a management system supposed to associate State and traditional communities. Nevertheless, these difficulties should not lead to reject the derogatory management, because our observations and our investigations suggest that the strategy can improve its effectiveness if efforts are made especially to support local community development by income-generating activities for these local populations which put their knowledge at the service of the management of the Park, in one word sustainable développement

La gestion dérogatoire : une stratégie associant péniblement l’État et les communautés locales dans le Parc National du Haut Niger (Guinée)

This paper presents the derogatory strategy of management implemented by the Guinean State to integrate traditional structures in the management of the High Niger National Park. Contrary to the traditional management form founded on an exclusive management by State structures, the experiment presented in this paper is based on the traditional structures whose ancestral knowledge is mobilized for a concerted management of natural especially resources fauna and flora. Field observations and investigations reveal that, in spite of the recognition of the role of concerned local communities, they adhere to derogatory management without strong conviction, more especially as the public structures associated to the Park management do not have sufficient means to intervene in an efficient way. This example illustrates the difference between the dominant point of view which preaches the integrated management of protected areas, and the concrete difficulties related to the implementation of such a management system supposed to associate State and traditional communities. Nevertheless, these difficulties should not lead to reject the derogatory management, because our observations and our investigations suggest that the strategy can improve its effectiveness if efforts are made especially to support local community development by income-generating activities for these local populations which put their knowledge at the service of the management of the Park, in one word sustainable développement