Simple Shared Motifs (SSM) in conserved region of promoters: a new approach to identify co-regulation patterns

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Regulation of gene expression plays a pivotal role in cellular functions. However, understanding the dynamics of transcription remains a challenging task. A host of computational approaches have been developed to identify regulatory motifs, mainly based on the recognition of DNA sequences for transcription factor binding sites. Recent integration of additional data from genomic analyses or phylogenetic footprinting has significantly improved these methods.</p> <p>Results</p> <p>Here, we propose a different approach based on the compilation of Simple Shared Motifs (SSM), groups of sequences defined by their length and similarity and present in conserved sequences of gene promoters. We developed an original algorithm to search and count SSM in pairs of genes. An exceptional number of SSM is considered as a common regulatory pattern. The SSM approach is applied to a sample set of genes and validated using functional gene-set enrichment analyses. We demonstrate that the SSM approach selects genes that are over-represented in specific biological categories (Ontology and Pathways) and are enriched in co-expressed genes. Finally we show that genes co-expressed in the same tissue or involved in the same biological pathway have increased SSM values.</p> <p>Conclusions</p> <p>Using unbiased clustering of genes, Simple Shared Motifs analysis constitutes an original contribution to provide a clearer definition of expression networks.</p

Análise do impacto da implantação de sistemas ERP nas características organizacionais das empresas de construção civil

Uma das causas do insucesso do ERP nas empresas de construção civil é o fato da implantação desse sistema ser uma grande mudança organizacional. O objetivo desta pesquisa é identificar como a implementação do sistema ERP impacta na organização e nos processos gerencias das empresas de construção civil. Foi realizada uma survey em uma amostra de empresas construtoras brasileiras. Os dados foram coletados por meio de um questionário encaminhado por email a dois grupos de empresas: com e sem ERP implantado. A partir da análise estatística discriminante foi possível identificar as variáveis relacionadas ao nível de desenvolvimento dos processos de gestão e as características organizacionais que mais distinguem os dois grupos de empresas. Os resultados revelaram que a implantação do ERP impacta nas variáveis da maturidade organizacional nos seguintes aspectos: visão estratégica, relacionamento com cliente, gerenciamento de recursos humanos, gestão financeira e de TI