Sugar conformations that enhance cleavage of glycosidic bonds in carbohydrate-active enzymes

Carbohydrate-active enzymes select particular conformations of one sugar of their carbohydrate substrates to enhance catalysis. The evolution of this conformation during catalysis, known as the catalytic itinerary, is of fundamental interest in glycobiology. Here we calculate the free energy landscape of β- xylose to predict the possible catalytic itineraries of β-xylan enzymes. Our results discard one of the three catalytic itineraries proposed on the basis of X-ray structures of mutant enzymes. Additional classical and quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) calculations indicate that complexes obtained from modified enzymes do not necessarily represent the structures that take place in the reaction coordinate

Sugar conformations that enhance cleavage of glycosidic bonds in carbohydrate-active enzymes

Carbohydrate-active enzymes select particular conformations of one sugar of their carbohydrate substrates to enhance catalysis. The evolution of this conformation during catalysis, known as the catalytic itinerary, is of fundamental interest in glycobiology. Here we calculate the free energy landscape of β- xylose to predict the possible catalytic itineraries of β-xylan enzymes. Our results discard one of the three catalytic itineraries proposed on the basis of X-ray structures of mutant enzymes. Additional classical and quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) calculations indicate that complexes obtained from modified enzymes do not necessarily represent the structures that take place in the reaction coordinate

Desxifrant mecanismes enzimàtics per mitjà d'eines computacionals: implicacions biotecnològiques en l'estudi de glicosidases

El creixement de la glicòmica (camp anàleg al de la genòmica o la proteòmica però centrat en glicòsids) i el desenvolupament de tests de diagnòstic, vacunes i nous fàrmacs basats en carbohidrats es veuen afectats per la falta de mètodes eficients per a la seva producció. La síntesi enzimàtica, caracteritzada per la seva gran estereo- i regioselectivitat duta a terme en condicions suaus, representa una encoratjadora solució per resoldre aquest problema. En aquest aspecte, les glicosilhidrolases (GH) amb retenció de configuració tenen un gran potencial per ser redissenyades per sintetitzar carbohidrats per transglicosidació. La conversió de glicosidases (GH) a transglicosidases (TG), és a dir, d'enzims que hidrolitzen carbohidrats a enzims que els sintetitzen, ha estat molt estudiada en els darrers anys. Tot i així, la falta d'estructures d'enzims i el desconeixement dels detalls dels mecanismes de reacció limiten el disseny racional de TG. En aquest article exposem com la química teòrica i les simulacions de dinàmica molecular de primers principis poden aportar el coneixement fonamental per a la producció d'aquestes valuoses variants enzimàtiques

Introducció

El número 18 de la revista Quaderns de Filologia. Estudis literaris dedica el monogràfic a la investigació, l’anàlisi i la reflexió sobre el relat des d’una triple perspectiva: des de la literatura, des de la lectura i des de l’escriptura. Aquest triple vessant de la narració conflueix de manera habitual en un context particular: el de l’educació secundària. De fet, la presència del relat com a narració literària i alhora com a forma de lectura i d’escriptura en els documents dels diferents nivells educatius ha generat multitud de reflexions i estudis

El fracàs escolar a les Illes Balears. Elements per a l’anàlisi i la comprensió

En aquest document recollim alguns dels indicadors més importants del context i dels recursos educatius de les Illes Balears per analitzar el fracàs escolar, entès com el percentatge d’alumnes que no obtenen la titulació que els acrediti haver !nalitzat de manera satisfactòria l’educació obligatòria, tenint en compte, també, un criteri evolutiu i comparatiu.En este documento se recogen algunos de los indicadores más importantes del contexto y de los recursos educativos de las Islas Baleares para analizar el fracaso escolar, entendido como el porcentaje de alumnos que no obtienen la titulación que acredita haber !nalizado satisfactoriamente la educación obligatoria, teniendo en cuenta, también, un criterio evolutivo y comparativo

Caracterització ampelogràfica i molecular de la varietat garnatxa roja

La varietat garnatxa roja es cultiva de manera tradicional a Catalunya, especialment a l'Alt Empordà, amb un total de 61 ha, el 98 % de les quals es troben a la DO Empordà. La seva caracterització s'inicia amb una descripció i discussió ampelogràfiques. El factor que diferencia la garnatxa roja de les altres garnatxes és el color de l'epidermis de la baia. Un dels objectius del treball que es presenta és realitzar una descripció d'aquesta característica per observar si existeix diferència clara entre el color roig i el gris. Es fa també una caracterització molecular de la varietat, mitjançant tècniques moleculars basades en l'anàlisi de regions de DNA. Els resultats confirmen la garnatxa com un grup de varietats amb una base comuna, i diferenciades per caràcters morfològics provocats per mutacions somàtiques: petits canvis en regions molt concretes del DNA. Aquestes varietats s'han conservat gràcies a la multiplicació vegetativa del cultiu i a l'interès que aquesta variació de caràcters ha tingut en els viticultors, com una part més del procés històric de selecció que ha donat lloc a la gran diversitat genètica de la viticultura.La variedad garnacha roja se cultiva de forma tradicional en Catalunya, especialmente en el Alt Empordà, con una superficie total de 61 ha, el 98 % de las cuales se encuentran en la DO Empordà. La caracterización se inicia con una descripción y discusión ampelográficas. El factor que diferencia la garnacha roja de las otras garnachas es el color de la epidermis de la baya. Uno de los objetivos del trabajo que se presenta es realizar una descripción de esta característica para observar si existe diferencia clara entre el color rojo y el gris. Se realiza también una caracterización molecular de la variedad, mediante técnicas moleculares basadas en el análisis de regiones del DNA. Los resultados confirman la garnacha como un grupo de variedades con una base común y diferenciada por características morfológicas provocadas por mutaciones somáticas: pequeños cambios en regiones muy concretas del DNA. Estas variedades se han conservado gracias a la multiplicación vegetativa del cultivo y al interés que estos cambios de caracteres ha tenido para los agricultores, como una parte más del proceso histórico de la selección que ha dado lugar a la gran diversidad genética de la viticultura