Measurement of persistent organic pollutants in landfill leachates

International audienceLeachates from two landfills which receive the stabilized waste (site A) and sorting refuses (site B) from mechanical biological treatment plants (MBT) have been sampled. Classical parameters, as well as organic persistent pollutants (POPs) have been measured and compared between the two sites, and to data from litterature (classical parameters and POPs) and to limit values for drinking waters, when applicable, for POPs. Though the study was limited to 3 samples, the concentrations in organic micropollutants varied, depending on the compounds and on the treatment process

Comparison of polluting potentials of liquid emissions from MBT plants

International audienceLeachates from two waste management plants which include MBT and an associated landfill have been studied. Leachates have been sampled on different parts of the landfill, and, when possible, process waters have also been sampled. Classical parameters have been measured on all samples and values have been compared: between leachates of the same site, between sites, and to literature values. Leachates show different behaviours depending on the compound: some values are typical of young waste, while others are more representative of old, stabilized wast

Taxon Appearance From Extraction and Amplification Steps Demonstrates the Value of Multiple Controls in Tick Microbiota Analysis

Background: The development of high-throughput sequencing technologies has substantially improved analysis of bacterial community diversity, composition, and functions. Over the last decade, high-throughput sequencing has been used extensively to identify the diversity and composition of tick microbial communities. However, a growing number of studies are warning about the impact of contamination brought along the different steps of the analytical process, from DNA extraction to amplification. In low biomass samples, e.g., individual tick samples, these contaminants may represent a large part of the obtained sequences, and thus generate considerable errors in downstream analyses and in the interpretation of results. Most studies of tick microbiota either do not mention the inclusion of controls during the DNA extraction or amplification steps, or consider the lack of an electrophoresis signal as an absence of contamination. In this context, we aimed to assess the proportion of contaminant sequences resulting from these steps. We analyzed the microbiota of individual Ixodes ricinus ticks by including several categories of controls throughout the analytical process: homogenization, DNA extraction, and DNA amplification. Results: Controls yielded a significant number of sequences (1, 126–13, 198 mean sequences, depending on the control category). Some operational taxonomic units (OTUs) detected in these controls belong to genera reported in previous tick microbiota studies. In this study, these OTUs accounted for 50.9% of the total number of sequences in our samples, and were considered contaminants. Contamination levels (i.e., the percentage of sequences belonging to OTUs identified as contaminants) varied with tick instar and sex: 76.3% of nymphs and 75% of males demonstrated contamination over 50%, while most females (65.7%) had rates lower than 20%. Contamination mainly corresponded to OTUs detected in homogenization and extraction reagent controls, highlighting the importance of carefully controlling these steps. Conclusion: Here, we showed that contaminant OTUs from sample laboratory processing steps can represent more than half the total sequence yield in sequencing runs, and lead to unreliable results when characterizing tick microbial communities. We thus strongly advise the routine use of negative controls in tick microbiota studies, and more generally in studies involving low biomass samples

Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions

Background: Ticks transmit pathogens of medical and veterinary importance and are an increasing threat to human and animal health. Assessing disease risk and developing new control strategies requires identifying members of the tick-borne microbiota as well as their temporal dynamics and interactions. Methods: Using high-throughput sequencing, we studied the Ixodes ricinus microbiota and its temporal dynamics. 371 nymphs were monthly collected during three consecutive years in a peri-urban forest. After a Poisson lognormal model was adjusted to our data set, a principal component analysis, sparse network reconstruction, and differential analysis allowed us to assess seasonal and monthly variability of I. ricinus microbiota and interactions within this community. Results: Around 75% of the detected sequences belonged to five genera known to be maternally inherited bacteria in arthropods and to potentially circulate in ticks: Candidatus Midichloria, Rickettsia, Spiroplasma, Arsenophonus and Wolbachia. The structure of the I. ricinus microbiota varied over time with interannual recurrence and seemed to be mainly driven by OTUs commonly found in the environment. Total network analysis revealed a majority of positive partial correlations. We identified strong relationships between OTUs belonging to Wolbachia and Arsenophonus, evidence for the presence of the parasitoid wasp Ixodiphagus hookeri in ticks. Other associations were observed between the tick symbiont Candidatus Midichloria and pathogens belonging to Rickettsia. Finally, more specific network analyses were performed on TBP-infected samples and suggested that the presence of pathogens belonging to the genera Borrelia, Anaplasma and Rickettsia may disrupt microbial interactions in I. ricinus. Conclusions: We identified the I. ricinus microbiota and documented marked shifts in tick microbiota dynamics over time. Statistically, we showed strong relationships between the presence of specific pathogens and the structure of the I. ricinus microbiota. We detected close links between some tick symbionts and the potential presence of either pathogenic Rickettsia or a parasitoid in ticks. These new findings pave the way for the development of new strategies for the control of ticks and tick-borne diseases. [MediaObject not available: see fulltext.] © 2021, The Author(s)

Different Domains of the RNA Polymerase of Infectious Bursal Disease Virus Contribute to Virulence

BACKGROUND: Infectious bursal disease virus (IBDV) is a pathogen of worldwide significance to the poultry industry. IBDV has a bi-segmented double-stranded RNA genome. Segments A and B encode the capsid, ribonucleoprotein and non-structural proteins, or the virus polymerase (RdRp), respectively. Since the late eighties, very virulent (vv) IBDV strains have emerged in Europe inducing up to 60% mortality. Although some progress has been made in understanding the molecular biology of IBDV, the molecular basis for the pathogenicity of vvIBDV is still not fully understood. METHODOLOGY, PRINCIPAL FINDINGS: Strain 88180 belongs to a lineage of pathogenic IBDV phylogenetically related to vvIBDV. By reverse genetics, we rescued a molecular clone (mc88180), as pathogenic as its parent strain. To study the molecular basis for 88180 pathogenicity, we constructed and characterized in vivo reassortant or mosaic recombinant viruses derived from the 88180 and the attenuated Cu-1 IBDV strains. The reassortant virus rescued from segments A of 88180 (A88) and B of Cu-1 (BCU1) was milder than mc88180 showing that segment B is involved in 88180 pathogenicity. Next, the exchange of different regions of BCU1 with their counterparts in B88 in association with A88 did not fully restore a virulence equivalent to mc88180. This demonstrated that several regions if not the whole B88 are essential for the in vivo pathogenicity of 88180. CONCLUSION, SIGNIFICANCE: The present results show that different domains of the RdRp, are essential for the in vivo pathogenicity of IBDV, independently of the replication efficiency of the mosaic viruses

La dynamique du Pathobiome des tiques, l’exemple d’Ixodes ricinus

In Europe, ticks are the primary vectors of pathogens for both humans and animals, and thus represent a serious issue in terms of public and veterinary health. Ixodes ricinus, the predominant tick species in Western Europe, is known to transmit the largest variety of pathogens, including Borrelia burgdorferi s.l., the Lyme disease agent. In addition to pathogens, ticks also carry a multitude of other microorganisms, which can influence the acquisition and / or transmission of pathogens, and thus affect the tick vector competence. This information led to take into account the concept of pathobiome, which aims to consider the pathogen in its biotic environment, including other microorganisms hosted by ticks. Moreover, these microbial communities constitute dynamic systems whose composition and diversity are likely to vary at different scales. On one hand at the scale of the tick, according to the tick species, the individual, the stage, or organs, and on the other hand at the temporal or spatial scale. In this context, the understanding of the different factors that can influence the vector competence of ticks, requires to consider first the notion of pathobiome, but also, the scale concept and the dynamic aspect of this system. In this context, my research project aimed to characterize the dynamics of the I. ricinus pathobiome. For this purpose, two scales were considered: the temporal scale and the tick organs. The first part of my thesis consisted to identify the dynamics of pathogens, on one hand, in ticks collected monthly for three consecutive years, and on the other hand, in two key organs: the digestive tract and salivary glands. We used a high-throughput screening technique, the microfluidic PCR. At the organ scale, the results led us to put into perspective previous postulates regarding the transmission mechanisms of certain pathogens, and more particularly the Borrelia. At the temporal scale, we characterized the dynamics of several pathogenic species belonging to the genera, Borrelia, Anaplasma, Rickettsia and Babesia, well known to circulate in I. ricinus ticks in the studied area. We also highlighted significant differences in prevalence for several of these pathogens depending on the season or years. Then, the microbiota of ticks collected for the temporal study was characterized by high-throughput sequencing of the 16S RNA gene. We also tried to identify potential interactions between the different members of these microbial communities using network analysis. After an in depth methodological development to remove potential contaminations, we showed that tick microbiota is highly dominated by several bacterial genera corresponding to common maternally inherited bacteria in different arthropod species (Arsenophonus, Candidatus Midichloria, Rickettsia, Wolbachia and Spiroplasma). This study also allowed us to observe an effect according to the season at which the ticks were sampled, which appeared to be mainly due to microorganisms commonly found in the environment. Finally, we identified a large number of links between members of the microbiota, some of which involving several taxa of the Rickettsia genus, potentially pathogenic. All our results confirm that the pathobiome of ticks is a dynamic system, which must be studied at different scales.En Europe, les tiques représentent les premiers vecteurs d’agents pathogènes pour l’homme et l’animal, et constituent ainsi un problème de santé publique et vétérinaire préoccupant. Ixodes ricinus, espèce de tique prédominante en Europe occidentale, est l’espèce capable de transmettre la plus grande variété d’agents pathogènes, dont les bactéries du complexe Borrelia burgdorferi s.l., agents de la maladie de Lyme. Outre les agents pathogènes, les tiques sont également porteuses d’une multitude d’autres micro-organismes, capables d’influencer l’acquisition et/ou la transmission des agents pathogènes. Ces informations ont ainsi conduit à prendre en compte le concept de pathobiome, qui vise à considérer les interactions entre l’agent pathogène et son environnement biotique, notamment les autres micro-organismes hébergés par les tiques. Par ailleurs, ces communautés microbiennes constituent des systèmes dynamiques dont la composition et la diversité sont susceptibles de varier, d’une part à l’échelle de la tique et d’autre part à l’échelle temporelle ou spatiale. Ainsi la compréhension des différents facteurs pouvant influer sur la compétence vectorielle des tiques, nécessite, non seulement, de considérer la notion de pathobiome dans l’étude des tiques et des agents pathogènes qu’elles transmettent, mais aussi, de bien considérer cette notion d’échelle et l’aspect dynamique de ce système. Dans un tel contexte, mon projet de thèse visait à caractériser la dynamique du pathobiome de tiques I. ricinus. Pour cela deux échelles ont été considérées : l’échelle temporelle et les organes des tiques. La première partie de ma thèse consistait à identifier la dynamique des agents pathogènes d’une part dans des tiques collectées mensuellement pendant trois années consécutives et d’autre part dans deux organes clés : le tube digestif et les glandes salivaires. Pour cela, nous avons utilisé une technique de criblage haut-débit, la PCR microfluidique. À l’échelle des organes, les résultats obtenus nous ont conduit à remettre en perspective certains postulats établis quant aux mécanismes de transmission de certains agents pathogènes, et plus particulièrement les Borrelia. À l’échelle temporelle, nous avons pu caractériser la dynamique de plusieurs espèces pathogènes appartenant aux genres, Borrelia, Anaplasma, Rickettsia et Babesia, bien connues pour circuler chez les tiques I. ricinus dans la zone étudiée. Nous avons aussi pu mettre en évidence, des différences de prévalences pour plusieurs de ces agents pathogènes en fonction des saisons ou encore des années d’échantillonnage. Par ailleurs, le microbiote des tiques de l’étude temporelle, a été caractérisé par séquençage haut débit du gène de l’ARN 16s et d’éventuelles interactions entre les différents membres de ces communautés microbiennes ont été recherchées à l’aide d’analyses de réseaux. Après une rigoureuse mise au point méthodologique pour s’affranchir des potentielles contaminations liées aux étapes d’extraction et d’amplification de l’ADN, nous avons montré que le microbiote des tiques était largement dominé par plusieurs genres bactériens correspondant à des bactéries communément transmises verticalement chez différentes espèces d’arthropodes (Arsenophonus, Candidatus Midichloria, Rickettsia, Wolbachia et Spiroplasma). L’étude de l’ensemble du microbiote nous a également permis d’observer un effet de la saison à laquelle les tiques avaient été échantillonnées, qui semblait être principalement le fait de micro-organismes communément retrouvés dans l’environnement. Enfin, nous avons identifié un grand nombre de liens entre les membres du microbiote, dont certains impliquant plusieurs taxons du genre Rickettsia, potentiellement pathogènes. Ainsi, l’ensemble des résultats obtenus au cours de cette thèse, a permis de montrer que le pathobiome des tiques est un système dynamique, qu’il est nécessaire d’étudier à différentes échelles, pour en caractériser le fonctionnement

La dynamique du Pathobiome des tiques, l’exemple d’Ixodes ricinus

In Europe, ticks are the primary vectors of pathogens for both humans and animals, and thus represent a serious issue in terms of public and veterinary health. Ixodes ricinus, the predominant tick species in Western Europe, is known to transmit the largest variety of pathogens, including Borrelia burgdorferi s.l., the Lyme disease agent. In addition to pathogens, ticks also carry a multitude of other microorganisms, which can influence the acquisition and / or transmission of pathogens, and thus affect the tick vector competence. This information led to take into account the concept of pathobiome, which aims to consider the pathogen in its biotic environment, including other microorganisms hosted by ticks. Moreover, these microbial communities constitute dynamic systems whose composition and diversity are likely to vary at different scales. On one hand at the scale of the tick, according to the tick species, the individual, the stage, or organs, and on the other hand at the temporal or spatial scale. In this context, the understanding of the different factors that can influence the vector competence of ticks, requires to consider first the notion of pathobiome, but also, the scale concept and the dynamic aspect of this system. In this context, my research project aimed to characterize the dynamics of the I. ricinus pathobiome. For this purpose, two scales were considered: the temporal scale and the tick organs. The first part of my thesis consisted to identify the dynamics of pathogens, on one hand, in ticks collected monthly for three consecutive years, and on the other hand, in two key organs: the digestive tract and salivary glands. We used a high-throughput screening technique, the microfluidic PCR. At the organ scale, the results led us to put into perspective previous postulates regarding the transmission mechanisms of certain pathogens, and more particularly the Borrelia. At the temporal scale, we characterized the dynamics of several pathogenic species belonging to the genera, Borrelia, Anaplasma, Rickettsia and Babesia, well known to circulate in I. ricinus ticks in the studied area. We also highlighted significant differences in prevalence for several of these pathogens depending on the season or years. Then, the microbiota of ticks collected for the temporal study was characterized by high-throughput sequencing of the 16S RNA gene. We also tried to identify potential interactions between the different members of these microbial communities using network analysis. After an in depth methodological development to remove potential contaminations, we showed that tick microbiota is highly dominated by several bacterial genera corresponding to common maternally inherited bacteria in different arthropod species (Arsenophonus, Candidatus Midichloria, Rickettsia, Wolbachia and Spiroplasma). This study also allowed us to observe an effect according to the season at which the ticks were sampled, which appeared to be mainly due to microorganisms commonly found in the environment. Finally, we identified a large number of links between members of the microbiota, some of which involving several taxa of the Rickettsia genus, potentially pathogenic. All our results confirm that the pathobiome of ticks is a dynamic system, which must be studied at different scales.En Europe, les tiques représentent les premiers vecteurs d’agents pathogènes pour l’homme et l’animal, et constituent ainsi un problème de santé publique et vétérinaire préoccupant. Ixodes ricinus, espèce de tique prédominante en Europe occidentale, est l’espèce capable de transmettre la plus grande variété d’agents pathogènes, dont les bactéries du complexe Borrelia burgdorferi s.l., agents de la maladie de Lyme. Outre les agents pathogènes, les tiques sont également porteuses d’une multitude d’autres micro-organismes, capables d’influencer l’acquisition et/ou la transmission des agents pathogènes. Ces informations ont ainsi conduit à prendre en compte le concept de pathobiome, qui vise à considérer les interactions entre l’agent pathogène et son environnement biotique, notamment les autres micro-organismes hébergés par les tiques. Par ailleurs, ces communautés microbiennes constituent des systèmes dynamiques dont la composition et la diversité sont susceptibles de varier, d’une part à l’échelle de la tique et d’autre part à l’échelle temporelle ou spatiale. Ainsi la compréhension des différents facteurs pouvant influer sur la compétence vectorielle des tiques, nécessite, non seulement, de considérer la notion de pathobiome dans l’étude des tiques et des agents pathogènes qu’elles transmettent, mais aussi, de bien considérer cette notion d’échelle et l’aspect dynamique de ce système. Dans un tel contexte, mon projet de thèse visait à caractériser la dynamique du pathobiome de tiques I. ricinus. Pour cela deux échelles ont été considérées : l’échelle temporelle et les organes des tiques. La première partie de ma thèse consistait à identifier la dynamique des agents pathogènes d’une part dans des tiques collectées mensuellement pendant trois années consécutives et d’autre part dans deux organes clés : le tube digestif et les glandes salivaires. Pour cela, nous avons utilisé une technique de criblage haut-débit, la PCR microfluidique. À l’échelle des organes, les résultats obtenus nous ont conduit à remettre en perspective certains postulats établis quant aux mécanismes de transmission de certains agents pathogènes, et plus particulièrement les Borrelia. À l’échelle temporelle, nous avons pu caractériser la dynamique de plusieurs espèces pathogènes appartenant aux genres, Borrelia, Anaplasma, Rickettsia et Babesia, bien connues pour circuler chez les tiques I. ricinus dans la zone étudiée. Nous avons aussi pu mettre en évidence, des différences de prévalences pour plusieurs de ces agents pathogènes en fonction des saisons ou encore des années d’échantillonnage. Par ailleurs, le microbiote des tiques de l’étude temporelle, a été caractérisé par séquençage haut débit du gène de l’ARN 16s et d’éventuelles interactions entre les différents membres de ces communautés microbiennes ont été recherchées à l’aide d’analyses de réseaux. Après une rigoureuse mise au point méthodologique pour s’affranchir des potentielles contaminations liées aux étapes d’extraction et d’amplification de l’ADN, nous avons montré que le microbiote des tiques était largement dominé par plusieurs genres bactériens correspondant à des bactéries communément transmises verticalement chez différentes espèces d’arthropodes (Arsenophonus, Candidatus Midichloria, Rickettsia, Wolbachia et Spiroplasma). L’étude de l’ensemble du microbiote nous a également permis d’observer un effet de la saison à laquelle les tiques avaient été échantillonnées, qui semblait être principalement le fait de micro-organismes communément retrouvés dans l’environnement. Enfin, nous avons identifié un grand nombre de liens entre les membres du microbiote, dont certains impliquant plusieurs taxons du genre Rickettsia, potentiellement pathogènes. Ainsi, l’ensemble des résultats obtenus au cours de cette thèse, a permis de montrer que le pathobiome des tiques est un système dynamique, qu’il est nécessaire d’étudier à différentes échelles, pour en caractériser le fonctionnement

Tick pathobiome dynamics, the example of Ixodes ricinus

En Europe, les tiques représentent les premiers vecteurs d’agents pathogènes pour l’homme et l’animal, et constituent ainsi un problème de santé publique et vétérinaire préoccupant. Ixodes ricinus, espèce de tique prédominante en Europe occidentale, est l’espèce capable de transmettre la plus grande variété d’agents pathogènes, dont les bactéries du complexe Borrelia burgdorferi s.l., agents de la maladie de Lyme. Outre les agents pathogènes, les tiques sont également porteuses d’une multitude d’autres micro-organismes, capables d’influencer l’acquisition et/ou la transmission des agents pathogènes. Ces informations ont ainsi conduit à prendre en compte le concept de pathobiome, qui vise à considérer les interactions entre l’agent pathogène et son environnement biotique, notamment les autres micro-organismes hébergés par les tiques. Par ailleurs, ces communautés microbiennes constituent des systèmes dynamiques dont la composition et la diversité sont susceptibles de varier, d’une part à l’échelle de la tique et d’autre part à l’échelle temporelle ou spatiale. Ainsi la compréhension des différents facteurs pouvant influer sur la compétence vectorielle des tiques, nécessite, non seulement, de considérer la notion de pathobiome dans l’étude des tiques et des agents pathogènes qu’elles transmettent, mais aussi, de bien considérer cette notion d’échelle et l’aspect dynamique de ce système. Dans un tel contexte, mon projet de thèse visait à caractériser la dynamique du pathobiome de tiques I. ricinus. Pour cela deux échelles ont été considérées : l’échelle temporelle et les organes des tiques. La première partie de ma thèse consistait à identifier la dynamique des agents pathogènes d’une part dans des tiques collectées mensuellement pendant trois années consécutives et d’autre part dans deux organes clés : le tube digestif et les glandes salivaires. Pour cela, nous avons utilisé une technique de criblage haut-débit, la PCR microfluidique. À l’échelle des organes, les résultats obtenus nous ont conduit à remettre en perspective certains postulats établis quant aux mécanismes de transmission de certains agents pathogènes, et plus particulièrement les Borrelia. À l’échelle temporelle, nous avons pu caractériser la dynamique de plusieurs espèces pathogènes appartenant aux genres, Borrelia, Anaplasma, Rickettsia et Babesia, bien connues pour circuler chez les tiques I. ricinus dans la zone étudiée. Nous avons aussi pu mettre en évidence, des différences de prévalences pour plusieurs de ces agents pathogènes en fonction des saisons ou encore des années d’échantillonnage. Par ailleurs, le microbiote des tiques de l’étude temporelle, a été caractérisé par séquençage haut débit du gène de l’ARN 16s et d’éventuelles interactions entre les différents membres de ces communautés microbiennes ont été recherchées à l’aide d’analyses de réseaux. Après une rigoureuse mise au point méthodologique pour s’affranchir des potentielles contaminations liées aux étapes d’extraction et d’amplification de l’ADN, nous avons montré que le microbiote des tiques était largement dominé par plusieurs genres bactériens correspondant à des bactéries communément transmises verticalement chez différentes espèces d’arthropodes (Arsenophonus, Candidatus Midichloria, Rickettsia, Wolbachia et Spiroplasma). L’étude de l’ensemble du microbiote nous a également permis d’observer un effet de la saison à laquelle les tiques avaient été échantillonnées, qui semblait être principalement le fait de micro-organismes communément retrouvés dans l’environnement. Enfin, nous avons identifié un grand nombre de liens entre les membres du microbiote, dont certains impliquant plusieurs taxons du genre Rickettsia, potentiellement pathogènes. Ainsi, l’ensemble des résultats obtenus au cours de cette thèse, a permis de montrer que le pathobiome des tiques est un système dynamique, qu’il est nécessaire d’étudier à différentes échelles, pour en caractériser le fonctionnement.In Europe, ticks are the primary vectors of pathogens for both humans and animals, and thus represent a serious issue in terms of public and veterinary health. Ixodes ricinus, the predominant tick species in Western Europe, is known to transmit the largest variety of pathogens, including Borrelia burgdorferi s.l., the Lyme disease agent. In addition to pathogens, ticks also carry a multitude of other microorganisms, which can influence the acquisition and / or transmission of pathogens, and thus affect the tick vector competence. This information led to take into account the concept of pathobiome, which aims to consider the pathogen in its biotic environment, including other microorganisms hosted by ticks. Moreover, these microbial communities constitute dynamic systems whose composition and diversity are likely to vary at different scales. On one hand at the scale of the tick, according to the tick species, the individual, the stage, or organs, and on the other hand at the temporal or spatial scale. In this context, the understanding of the different factors that can influence the vector competence of ticks, requires to consider first the notion of pathobiome, but also, the scale concept and the dynamic aspect of this system. In this context, my research project aimed to characterize the dynamics of the I. ricinus pathobiome. For this purpose, two scales were considered: the temporal scale and the tick organs. The first part of my thesis consisted to identify the dynamics of pathogens, on one hand, in ticks collected monthly for three consecutive years, and on the other hand, in two key organs: the digestive tract and salivary glands. We used a high-throughput screening technique, the microfluidic PCR. At the organ scale, the results led us to put into perspective previous postulates regarding the transmission mechanisms of certain pathogens, and more particularly the Borrelia. At the temporal scale, we characterized the dynamics of several pathogenic species belonging to the genera, Borrelia, Anaplasma, Rickettsia and Babesia, well known to circulate in I. ricinus ticks in the studied area. We also highlighted significant differences in prevalence for several of these pathogens depending on the season or years. Then, the microbiota of ticks collected for the temporal study was characterized by high-throughput sequencing of the 16S RNA gene. We also tried to identify potential interactions between the different members of these microbial communities using network analysis. After an in depth methodological development to remove potential contaminations, we showed that tick microbiota is highly dominated by several bacterial genera corresponding to common maternally inherited bacteria in different arthropod species (Arsenophonus, Candidatus Midichloria, Rickettsia, Wolbachia and Spiroplasma). This study also allowed us to observe an effect according to the season at which the ticks were sampled, which appeared to be mainly due to microorganisms commonly found in the environment. Finally, we identified a large number of links between members of the microbiota, some of which involving several taxa of the Rickettsia genus, potentially pathogenic. All our results confirm that the pathobiome of ticks is a dynamic system, which must be studied at different scales