Analysis of differential gene expression between different libraries of soybean

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães PereiraDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A soja é uma das principais commodities da economia internacional, sendo sua produção mundial de cerca de 220 milhões de toneladas por safra. Além de ser um alimento rico em proteínas e usado para a fabricação de óleo vegetal, a planta vem ganhando visibilidade devido a possibilidade de ser usada na fabricação de biocombustíveis, principalmente o biodiesel. Para o Brasil, a soja tem grande importância na balança comercial, sendo o país o segundo maior produtor do mundo. Neste contexto, no ano de 2007, o governo brasileiro estabeleceu um consórcio de pesquisas em soja - denominado GENOSOJA - com o objetivo de identificar características genéticas que possam facilitar o processo produtivo da planta, com foco nos diversos estresses que acometem a produção nacional, como a ocorrência de secas, o ataque de pragas e a doença da ferrugem asiática, causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi. Este trabalho está inserido no escopo do GENOSOJA, propondo a construção de bancos de dados contendo informações disponíveis nos diversos bancos públicos (sequências genômicas, ESTs e cDNA full-lenght), integrando-as com as informações geradas no decorrer do projeto (tags de SuperSAGE, bibliotecas subtrativas de cDNA e microRNAs). Além disso, foram construídas diversas interfaces web que oferecem aos usuários diversas funcionalidades, incluindo: comparações estatísticas, consultas por palavras-chave, dados sobre anotação e expressão dos genes nas diversas condições e experimentos estudados. Dessa forma, o ferramental de bioinformática aqui apresentado pode facilitar a compreensão de como as diferenças de expressão gênica da planta podem afetar características de importância agronômicaAbstract: Soybean is one of the main commodities in the international economy, with a world production of about 220 millions of tons per harvest. Besides being a protein rich food and used for vegetable oil production, the plant has been gaining visibility due to the possibility of being to make biofuels, especially biodiesel. The soybean culture is of great importance in the Brazilian economy, being the country the second largest producer in the world. In this context, in 2007, the Brazilian government established a research consortium in soybean - called GENOSOJA - aiming to identify genetic traits that may facilitate the production process of the plant, focusing on the different stresses that affect the national production, as the occurrence of drought, pests' attacks and the asian rust disease, caused by the Phakopsora pachyrhizi fungus. This work is inserted in the GENOSOJA, proposing to build a set of databases containing information available in several public databases (genomic sequences, ESTs and full-length cDNA), integrating them with information generated during the project (SuperSAGE tags, cDNA subtractive libraries and miRNAs). Additionally, several web interfaces were built. They offer to users many features, including: statics comparisons, keyword searches, data about annotation and gene expression in different experiments and conditions. Thus, the bioinformatics tools presented here may facilitate the understanding of how the differences in gene expression can affect plant traits with agronomic importanceMestradoBioinformaticaMestre em Genética e Biologia Molecula

A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA project: databases and pipelines

The Genosoja consortium is an initiative to integrate different omics research approaches carried out in Brazil. Basically, the aim of the project is to improve the plant by identifying genes involved in responses against stresses that affect domestic production, like drought stress and Asian Rust fungal disease. To do so, the project generated several types of sequence data using different methodologies, most of them sequenced by next generation sequencers. The initial stage of the project is highly dependent on bioinformatics analysis, providing suitable tools and integrated databases. In this work, we describe the main features of the Genosoja web database, including the pipelines to analyze some kinds of data (ESTs, SuperSAGE, microRNAs, subtractive cDNA libraries), as well as web interfaces to access information about soybean gene annotation and expression.203211Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

Miocardiopatia dilatada: Um relato de caso / Dilated cardiomyopathy: A case report

Introdução: A Miocardiopatia Dilatada é o subtipo mais comum de um grupo de doenças em que a disfunção primária se encontra no miocárdio. Caracteriza-se por dilatação ventricular esquerda, principalmente, associado a déficit contrátil e adelgaçamento de suas paredes. É responsável por mais de 30% dos casos de Insuficiência Cardíaca na população; e um diagnóstico precoce e início de tratamento adequado influenciam na sua morbimortalidade. Objetivos: Relatar o caso de um paciente diagnosticado com miocardiopatia dilatada e discutir sobre os métodos diagnósticos, possíveis etiologias e as dificuldades para defini-la. Métodos: Foi realizada uma coleta de informações em prontuário do paciente, seguida de entrevista e análise de exames realizados. Cerca de 24 artigos foram selecionados utilizando as plataformas do PubMed, UptoDate e Lilacs, além de 3 livros-texto e 1 diretriz. Relato de Caso: Paciente do sexo masculino, 35 anos, frequentador da APAE, há 6 anos iniciou quadro de cansaço, dispneia aos grandes esforços e tosse noturna. Após atendimento ambulatorial, foi evidenciado uma cardiomegalia à radiografia, iniciado tratamento clínico e encaminhado a Clínica de Insuficiência Cardíaca. Ao ecocardiograma, foi diagnosticado com miocardiopatia dilatada, com múltiplos sintomas de insuficiência cardíaca com baixa fração de ejeção, sem etiologia definida. Após anos estável, apresentou piora grave, necessitando implantar um ressincronizador cardíaco. Conclusão: A Miocardiopatia Dilatada é uma doença multifatorial, com sintomatologia variável, que dificulta seu diagnóstico rápido e definição da etiologia, influenciando no prognóstico e bem-estar do paciente.

REPRODUCTIVE BIOLOGY AND VARIATIONS IN THE GONADAL DEVELOPMENT OF THE FISH CURIMATÃ (Prochilodus brevis STEINDACHNER, 1875) IN CAPTIVITY

Este estudo analisou a biologia reprodutiva de Prochilodus brevis mantida em cativeiro durante o desenvolvimento ontogenético, a fim de contribuir com a conservação e o aprimoramento da reprodução induzida dessa espécie, a qual destaca-se por ter valor comercial atribuído ao consumo de sua “ova” e por ser endêmica da região Nordeste. A amostragem foi quinzenal, sendo analisados 137 exemplares. Observações macroscópicas e microscópicas das gônadas permitiu a identificação de quatro estágios de maturação gonadal: Imaturo, Em Maturação, Maduro e Regressão. A idade de maturação foi prevista com grau satisfatório de confiança, pois o desenvolvimento gonadal foi observado de alevinos até peixes na idade adulta. A eclosão dos alevinos foi acompanhada na Estação de Pesca Estevão de Oliveira, em Caicó/RN/Brasil. Posteriormente, os alevinos foram transferidos para um tanque na Escola Agrícola de Jundiaí, em Macaíba/RN/Brasil. Foram verificados machos e fêmeas juvenis até 225 dias após a eclosão (dae), em início de maturação com 247 dae, indivíduos com gônadas maduras a partir de 274 dae e em regressão a partir de 359 dae para fêmeas e 410 dae para machos, sendo corroborado pela curva de maturação com base nos valores do Índice Gônadossomático. Assim, observou-se que, mesmo em cativeiro, P. brevis atinge todos os estágios de maturação gonadal, com exceção da desova, devido ausência de condições ambientais adequadas, visto ser uma espécie reofílica. Portanto, constatou-se que a maturação gonadal de P. brevis ocorre entre 247 e 340 dae, correspondente ao período de outubro a janeiro, semelhante ao ambiente natural. Palavras-chave: Prochilodus, ontogenia gonadal, histologia gonadal, índice gonadossomático, aquicultura. DOI: http://dx.doi.org/10.18561/2179-5746/biotaamazonia.v5n2p65-7

Identification of SNPs in RNA-seq data of two cultivars of Glycine max (soybean) differing in drought resistance

The legume Glycine max (soybean) plays an important economic role in the international commodities market, with a world production of almost 260 million tons for the 2009/2010 harvest. The increase in drought events in the last decade has caused production losses in recent harvests. This fact compels us to understand the drought tolerance mechanisms in soybean, taking into account its variability among commercial and developing cultivars. In order to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes up-regulated during drought stress, we evaluated suppression subtractive libraries (SSH) from two contrasting cultivars upon water deprivation: sensitive (BR 16) and tolerant (Embrapa 48). A total of 2,222 soybean genes were up-regulated in both cultivars. Our method identified more than 6,000 SNPs in tolerant and sensitive Brazilian cultivars in those drought stress related genes. Among these SNPs, 165 (in 127 genes) are positioned at soybean chromosome ends, including transcription factors (MYB, WRKY) related to tolerance to abiotic stress.331334Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

EXPERIÊNCIA DE PRODUÇÃO DE AUDIODESCRIÇÃO PARA VISITA GUIADA NO MUSEU DO INSTITUTO LAURO DE SOUZA LIMA

A promoção da acessibilidade é fator essencial para a inclusão de pessoas com deficiência em diversos âmbitos da sociedade, como em espaços de contato e imersão cultural. Destes, pode-se citar o museu do Instituto Lauro de Souza Lima, de Bauru/SP. Com uma nova exposição em 2020, fez-se necessária a busca pela inclusão de recursos de acessibilidade para que mais públicos pudessem conhecer o museu. Assim, a partir do fomento do ProAC Edital - Programa de Apoio à Cultura 13/2019 do Estado de São Paulo, a museóloga responsável e o projeto de extensão Biblioteca Falada, da Universidade Estadual Paulista (Unesp) de Bauru, produziram audiodescrições para a visita guiada da exposição. A inserção deste recurso e disponibilização de fácil acesso pôde promover a inclusão de pessoas com deficiência visual e outros públicos que se beneficiam da informação em formato sonoro

Ecofisiologia de mudas de Handroanthus impetiginosus submetidas a diferentes ciclos de rega/ Ecophysiology of seedlings of Handroanthus impetiginosus submitted to different irrigation cycles

Objetivou-se avaliar o comportamento de mudas da espécie Handroanthus impetiginosus (Mart. ex DC.) Mattos quanto aos aspectos ecofisiológicos quando submetidas a diferentes regimes hídricos, em casa de vegetação. Para tanto, um experimento foi realizado no Centro de Engenharias e Ciências Agrárias no Laboratório de Tecnologia da Produção da Universidade Federal de Alagoas. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado e consistiu-se de quatro tratamentos (Controle e Ciclos de Rega de três, seis e nove dias), com quatro repetições. Durante o período experimental foram mensurados semanalmente, a altura da planta, o diâmetro do caule e o número de folhas, também foram obtidas as concentrações de pigmentos fotossintéticos (clorofila a, b, total e carotenóides), o teor relativo de água e a produção de biomassa seca. De acordo com os resultados obtidos, pode-se afirmar que mudas de ipê rosa possuem mecanismos de tolerância à seca com alto potencial hídrico, pois na tentariva de suportar as injurias provocadas pela falta de água, as mesmas apresentaram senescência foliar, diminuição do diâmetro do caule e redução da produção de biomassa seca em todos os ciclos de rega. Com o passar do tempo as mudas incrementaram novas folhas com áreas reduzidas, investiram no crescimento do sistema radicular em busca de água e mantiveram a turgescência foliar e os teores de clorofila o que podem ser considerados importantes fatores de rustificação à seca. Outro importante fator é que mudas de Handroanthus impetiginosus são capazes de suportar até 9 dias de estresse hídrico sem apresentar comprometimento ecofisiológico. Levando-se a crer que as mesmas toleram curtos períodos de estiagem em ambiente natural