Five distinct biological processes and 14 differentially expressed genes characterize TEL/AML1-positive leukemia

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The t(12;21)(p13;q22) translocation is found in 20 to 25% of cases of childhood B-lineage acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). This rearrangement results in the fusion of <it>ETV6 </it>(<it>TEL</it>) and <it>RUNX1 </it>(<it>AML1</it>) genes and defines a relatively uniform category, although only some patients suffer very late relapse. <it>TEL/AML1</it>-positive patients are thus an interesting subgroup to study, and such studies should elucidate the biological processes underlying TEL/AML1 pathogenesis. We report an analysis of gene expression in 60 children with B-lineage ALL using Agilent whole genome oligo-chips (44K-G4112A) and/or real time RT-PCR.</p> <p>Results</p> <p>We compared the leukemia cell gene expression profiles of 16 <it>TEL/AML1</it>-positive ALL patients to those of 44 <it>TEL/AML1</it>-negative patients, whose blast cells did not contain any additional recurrent translocation. Microarray analyses of 26 samples allowed the identification of genes differentially expressed between the TEL/AML1-positive and negative ALL groups. Gene enrichment analysis defined five enriched GO categories: cell differentiation, cell proliferation, apoptosis, cell motility and response to wounding, associated with 14 genes -<it>RUNX1, TCFL5, TNFRSF7, CBFA2T3</it>, <it>CD9</it>, <it>SCARB1, TP53INP1, ACVR1C, PIK3C3, EGFL7</it>, <it>SEMA6A, CTGF, LSP1, TFPI </it>– highlighting the biology of the <it>TEL/AML1 </it>sub-group. These results were first confirmed by the analysis of an additional microarray data-set (7 patient samples) and second by real-time RT-PCR quantification and clustering using an independent set (27 patient samples). Over-expression of <it>RUNX1 (AML1) </it>was further investigated and in one third of the patients correlated with cytogenetic findings.</p> <p>Conclusion</p> <p>Gene expression analyses of leukemia cells from 60 children with <it>TEL/AML1</it>-positive and -negative B-lineage ALL led to the identification of five biological processes, associated with 14 validated genes characterizing and highlighting the biology of the <it>TEL/AML1</it>-positive ALL sub-group.</p

Passeurs de savoirs Géoconfluences, le site de ressources scientifiques géographiques en ligne, a 15 ans

Géoconfluences, le site de ressources scientifiques géographiques en ligne fête ses 15 ans ! Quelques chiffres donnent le vertige : 2 000 ressources dont plus de 300 articles scientifiques, 1,7 million de visites et 3,3 millions de pages vues en 2017, 20 millions de pages vues depuis 2003. Hébergé à l’École normale supérieure de Lyon pour la Direction générale de l’enseignement scolaire (DGESCO) et associé à son équipe d’enseignants en géographie, le site a pour mission de faciliter l’accès aux connaissances universitaires pour la formation continue des enseignants en géographie. Au-delà cette mission initiale, le site est devenu une référence en géographie. En revenant sur ce qui fait et a fait la particularité et la success story du site, cet article d’Échogéo révèle les dessous du métier de géographes dédiés à la médiation scientifique par l’intermédiaire d’une ressource numérique. Une aventure contée par trois « passeurs de savoirs » : Sylviane Tabarly, Marie-Christine Doceul et Jean-Benoît Bouron, qui se sont succédé à la responsabilité éditoriale du site depuis 2002, date à laquelle le projet a commencé (le site a été mis en ligne la première fois en février 2003)

Chapitre 1. La grotte

La grotte de Pergouset a été découverte en février 1964 par J.‑G. Astruc, C. Brillant, G. et M.‑T. Maury, C. Milhas et l’abbé Terret, tous membres du Groupe spéléologique du Quercy. Elle a fait l’objet d’une étude pluridisciplinaire qui a duré dix années, dont les résultats sont publiés ici. La grotte s’ouvre sur les berges du Lot, sur la commune de Saint‑Géry (Lot). Elle est formée d’un conduit unique et très étroit, long de 190 m, se terminant par une chatière conduisant à un petit cours d’eau souterrain. Elle constitue la galerie supérieure et le trop‑plein de ce ruisseau. Les secteurs ornés de gravures pariétales sont de petites salles dans lesquelles on peut se tenir assis. La partie profonde est par contre plus vaste. Une série de 16 sondages a permis d’étudier le remplissage de la cavité. Les sédiments sont principalement argilo‑limoneux et souvent finement feuilletés. Ils ont été déposés par la rivière souterraine et par le Lot. Ils sont épais de plusieurs mètres à l’entrée et de 1 à 2,50 m dans les galeries profondes où se trouvent les gravures. La cavité est régulièrement inondée en hiver par les crues du Lot : elle le fut également tout au long du passé et même dès le Paléolithique. Les sondages, complétés par des nettoyages du bas des parois couvert de limon d’inondation, n’ont révélé aucune gravure pariétale ensevelie sous le remplissage. Dans la zone d’entrée, les sondages ont permis de mettre en évidence l’importance de l’occupation médiévale, en relation probable avec une exploitation des ressources de la rivière (pêcherie). Aucun niveau paléolithique n’a été mis au jour. Les quelques menus charbons trouvés lors des fouilles dans les zones ornées de gravures (salle II) sont d’époque récente, probablement médiévale. Ils semblent avoir été introduits par les eaux du Lot, lors d’une crue exceptionnelle. Les zones intérieures explorées par les autres sondages se sont avérées archéologiquement stériles. Le seul indice possible de présence paléolithique au pied de la paroi ornée a été découvert dans la salle IV. Il s’agit d’un charbon de bois situé sur une corniche rocheuse et qui était recouvert par 5 cm de limon ; il a été daté de 32 850 ans ± 520 BP (Gif A96675) mais ne semble pas avoir de relation avec les gravures dont l’ensemble est très probablement magdalénien. La fréquentation paléolithique de la grotte lors de la production des gravures a dû être discrète et peu prolongée puisqu’aucun vestige n’a été mis au jour dans les sédiments malgré une recherche systématique incluant même des examens microscopiques. Les études géologique (J.‑G. Astruc), sédimentologique (C. Ferrier) pollinique (F. Diot), anthracologique (J.‑L. Vernet), ichtyologique (O. Le Gall) ainsi que l’étude anthropologique de restes humains découverts dans l’entrée (M. Escola) ont apporté des informations qui complètent les données des sondages et permettent de comprendre l’évolution du site ainsi que son utilisation par l’homme au cours du temps. En tenant compte de la localisation générale des gravures au‑dessus des niveaux d’inondation visibles dans les différents secteurs de la grotte et en s’appuyant également sur les résultats des sondages et de toutes les analyses scientifiques, l’ensemble du travail réalisé permet d’affirmer qu’au moment de l’exécution des gravures, le sol de la grotte était à peu près au niveau où il se trouve aujourd’hui. Presque toutes les gravures sont situées à l’emplacement et à la hauteur où un graveur les placerait aujourd’hui. L’ancienneté de la grande majorité du remplissage, sa stabilité actuelle et sa stérilité archéologique sont donc acquises. Même en acceptant l’existence hypothétique d’un dépôt récent de quelques centimètres dans divers secteurs de la galerie, la permanence topographique des lieux est établie. En réponse à la question qui se posait dès le début des recherches dans la grotte, il est maintenant possible d’affirmer que Pergouset fut bien au Paléolithique une cavité étroite, à peu près aussi étroite qu’aujourd’hui, renfermant un sanctuaire difficile d’accès.The cave of Pergouset was discovered in February 1964 by J.‑G. Astruc, C. Brillant, G. & M.‑T. Maury, C. Milhas and the abbé Terret, all members of the Quercy Spelaeological Group. It has now been the subject of a ten‑year multidisciplinary study, the results of which are presented in this monograph. Located on the bank of the River Lot, in the commune of Saint‑Géry (Lot), it comprises a single, very narrow passage, 190 m long, which ends in a crawlway leading to a small underground watercourse. This constitutes the upper gallery and overflow of this subterranean stream. The areas decorated with parietal engravings are small chambers in which one can only sit. The deep part, on the other hand, is more spacious. A series of sixteen test‑pits have made it possible to study the cave’s fill. The sediments are mostly clay and silt, often finely laminated, which were laid down by the underground river and the Lot. They are several metres thick at the entrance, and 1 to 2.5 m thick in the deep galleries where the engravings are located. The cave is regularly inundated in winter when the Lot floods: the same phenomenon occurred throughout the past, and even in the Palaeolithic. The test‑pits, together with cleaning of the bottom of the walls covered by flood silts, have not revealed a single parietal engraving buried beneath the fill. In the entrance zone, the test‑pits brought to light the importance of the medieval occupation, probably related to exploitation of the river’s resources (fisheries). No palaeolithic layer was discovered. The few small bits of charcoal produced by excavations in the zones decorated with engravings (chamber II) date to a recent period, probably medieval. They seem to have been brought in by the waters of the Lot during an exceptional flood. The interior zones explored by the other test‑pits proved to be archaeologically sterile. The only possible evidence of a palaeolithic presence at the base of the decorated wall was discovered in chamber IV. It was a piece of wood charcoal that lay on a rocky ledge and was covered by five centimetres of silt; it has been dated to 32,850 ± 520 BP (Gif A96675), but does not seem to have any relationship with the engravings, all of which are very probably magdalenian. Palaeolithic visits to the cave at the time when the engravings were produced must have been unobtrusive and of short duration, since no evidence has been found in the sediments despite a systematic search, including microscopic examinations. Geological (J.‑G. Astruc), sedimentological (C. Ferrier), palynological (F. Diot), anthracological (J.‑L. Vernet) and ichthyological (O. Le Gall) studies, as well as the anthropological analysis of the human remains discovered in the entrance (M. Escola) have contributed a variety of information that completes the data from the test‑pits and makes it possible to understand the site’s evolution as well as its utilisation by people through time. If one takes into account the general location of the engravings above the flood levels visible in the cave’s different sectors, and also the results of the test‑pits and all the scientific analyses, then ail of the work carried out enables one to claim that, at the time when the engravings were made, the cave floor was more or less at today’s level. Almost all the engravings are placed in locations and at the height where an engraver would put them today. So the antiquity of most of the fill, its present stability and its archaeological sterility are definite facts. Even if one accepts the hypothetical existence of a recent deposit of a few centimetres in various sectors of the gallery, the cave’s topographic permanence is now well established. In answer to the question that our research posed from the start, it is now possible to affirm that Pergouset in the Palaeolithic was indeed a narrow cave, more or less as narrow as today, that contained a sanctuary which was difficult to reach.En febrero de 1964, J.‑G. Astruc, C. Brillant, G. y M.‑T. Maury, C. Milhas y el abate Terret, todos ellos miembros del Grupo Espeleológico de Quercy, descubrieron la gruta de Pergouset. Ésta, durante diez años fue objeto de un estudio monográfico pluridisciplinar, cuyos resultados se publican aqui. Abierta sobre las riberas del río Lot, en el término municipal de Saint‑Géry (Lot), está formada por un único y muy estrecho conducto de 190m de longitud terminado por una gatera que conduce a un pequeño arroyo subterráneo. La gruta constituye la galería superior y el desagüe de ese arroyo subterráneo. Los sectores decorados con grabados parietales son salas pequeñas en las que una persona puede mantenerse sentada. La parte profunda es más amplia. Una serie de dieciséis sondeos permitió estudiar el relleno de la cavidad. Los sedimentos, depositados por la corriente subterránea y por el Lot, son principalmente arcillo‑limosos, a menudo con finas laminaciones. Su espesor alcanza varios metros en la entrada y oscilan entre 1 y 2.50m en las galerías profundas, en las que se localizan los grabados. La cavidad se inunda regularmente en invierno por las crecidas del Lot ; lo mismo ocurrió en tiempos remotos, incluso en el Paleolítico. Completados con limpiezas de las partes bajas de las paredes cubiertas por limos de inundación, los sondeos no sacaron a la luz grabado parietal alguno que hubiera sido tapado por el relleno. En la zona de entrada, los sondeos pusieron de relieve la importancia de la ocupación medieval, relacionada con una explotación de los recursos ribereños (pesqueria). Ningún nivel paleolítico ha sido descubierto. Algunos diminutos carbones recuperados durante las excavaciones en las zonas decoradas con grabados (sala II) son de época reciente, probablemente medieval. Puede que hayan sido introducidos allí por las aguas del Lot, con ocasión de una crecida excepcional. Las zonas interiores, exploradas con otros sondeos, se han revelado arqueológicamente estériles. El único índice posible de una presencia paleolítica se descubrió en la sala IV al pie de la pared decorada. Se trata de un carbón de madera recubierto por cinco centímetros de limo que se hallaba en una cornisa rocosa. Se dato en 32850 años ± 520 BP (Gif A 96675), pero no parece tener relación con los grabados, cuyo conjunto es muy probablemente magdaleniense. Durante la realización de los grabados, la frecuencia de entrada en la gruta debió de ser discreta y poco prolongada, puesto que ningún vestigio ha sido descubierto en los sedimentos, pese a una búsqueda sistemática, incluso con estudios microscópicos. Los estudios geológico (J.‑G Astruc), sedimentológico (C. Ferrier), polinico (F. Diot), antracologico (J.‑L. Vernet) e ictiológico (O. Le Gall), así como el estudio antropológico de los restos humanos descubiertos en la entrada (M. Escola) han proporcionado informaciones variadas que complementan los datos de los sondeos y permiten comprender la evolución del sitio, así como su utilización por el hombre a lo largo del tiempo. Teniendo en cuenta la localización general de los grabados por encima de los niveles de inundación, visibles en los diferentes sectores de la gruta, y apoyándose igualmente en los resultados de los sondeos y demás análisis científicos, el conjunto del trabajo realizado permite afirmar que cuando se hicieron los grabados el suelo de la cueva estaba poco más o menos al nivel en que se encuentra hoy. Casi todos los grabados se sitúan en el emplazamiento y a la altura en los que hoy día los colocaría un grabador. Por lo tanto podemos considerar como datos reconocidos la antigüedad de la mayoría del relleno, su estabilidad y su esterilidad arqueológica. Incluso aún cuando aceptemos la existencia de un depósito de algunos centimètres de espesor en diversos sectores de la galeria, queda establecida la permanencia topográfica de los lugares. Ahora es posible afirmar que la gruta de Pergouset fue, ya desde el Paleolitico, una cavidad estrecha, poco más o menos como lo es hoy, que encerraba un santuario de dificil acceso

Impact of age, leukocyte count and day 21-bone marrow response to chemotherapy on the long-term outcome of children with philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia in the pre-imatinib era: results of the FRALLE 93 study

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>We explored the heterogeneity of philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia (Ph1-ALL) in a study of the effect of early features on prognosis in children. Here we report the long-term results of the FRALLE 93 study conducted in the era before the use of tyrosine kinase inhibitors.</p> <p>Methods</p> <p>Between 1993 and 1999, 36 children with Ph1-ALL were enrolled into the FRALLE 93 protocol. After conventional four-drug induction, children were stratified by availability of an HLA-matched sibling.</p> <p>Results</p> <p>Complete remission (CR) was observed in 26 children (72%), of which 13 underwent allogeneic bone marrow transplantation (BMT). Thirty-one children were good responders to prednisone, defined on day 8, and 21 were good responders to chemotherapy, defined by day-21 bone marrow (M1). Overall five-year disease-free survival (DFS) was 42 ± 9.7%. Based on multivariate analysis, two groups showed marked differences in five-year outcome: children with age<10, leukocyte count <100,000/mm³and day-21 M1 marrow had a more favorable prognosis (14 pts: 100% CR, event free survival [EFS]: 57%, overall survival [OS]: 79%), than the high-risk group (22 patients: 55% CR, EFS: 18%, OS: 27%) (p < 0.005). We also observed a non statistically significant difference (p = 0.14) in outcome between these groups for transplanted patients (5-year DFS: 83 ± 14% and 33 ± 15%, respectively).</p> <p>Conclusion</p> <p>Age, leukocyte count and early response to treatment defined by the D21 bone marrow response provide an accurate model for outcome prediction. The combination of available tools such as minimal residual disease assessment with determination of these simple factors could be useful for refining indications for BMT in the current era of tyrosine-kinase inhibitor-based therapy.</p