Differential detection and differential expression in single-cell RNA-seq data

openL'introduzione del sequenziamento a singola cellula del RNA, conoscituo anche come scRNA-seq, ha rivoluzionato gli studi di trascrittomica. Le precedenti tecnologie fornivano il numero di geni espressi per ogni campione senza andare a considerare in quale specifica cellula compare ogni gene. Questa nuova tecnologia ci fornisce invece le infromazioni relative al numero di geni presenti in ciascuna cellula in ogni campione mostrando quindi l'eterogeneità del trascritto a livello di singola cellula evidenziando informazioni che i semplici dati RNA-seq non fornirebbero. Tuttavia il scRNA-seq produce una quantità maggiore di dati rispetto al sequenziamento di massa e questo porta a nuove sfide sia computazionali che interpretative. In particolare i dati a singola cellula sono caratterizzati da una matrice di conteggio con un numero molto elevato di zeri; questi possono essere dovuti sia a una varaiabilità di tipo tecnico che biologico. I principali metodi considerano gli zeri come un problema da risolvere, si ritiene invece che questi siano molto importanti e si vuole andare a investigare se la loro mera presenza o assenza possa fornire informazioni rilevanti sul fenomeno di interesse. Si confrontano quindi i risultati ottenuti con i classici metodi che analizzano se i geni sono o meno differenzialmente espressi con dei metodi che considerano se un gene è stato rilevato o meno. Per l'analisi di presenza/assenza viene utilizzata una regressione binomiale per ogni gene ed alcune sue varianti come ad esempio la quasi-binomiale, una binomiale con offset, una quasi-binomiale in cui il paramtro di dispersione viene schiacciato utilizzando un approccio di tipo bayesiano empirico e il metodo edgeR sui conteggi dicotomizzati. Un ulteriore problematica dei dati scRNA-seq è costituita dal fatto che i vari metodi assumono indipendenza delle osservazioni; questa assunzione non viene rispettata in quanto i conteggi dei geni delle varie cellule appartenti a un soggetto risultano dipendenti tra loro. Per ovviare a questo problema si procede aggregando i dati appartenenti allo stesso soggetto. Bisogna quindi verificare quanto sensibili siano i metodi di aggregazione nel rilevare le differenze tra popolazioni

Desenvolvimento inicial de diferentes variedades c?tricas presentes no pomar experimental do Campus Cerro Largo, RS

Citriculture is an activity of great importance in the world economy, in addition to fruit being commonly consumed 'in natura', the juice produced also has good acceptance in the market. Brazil is the largest producer of Orange and the largest exporter of juice, which justifies the need for studies related to culture. The objective of this work was to evaluate the initial development of citrus plants in the municipality of Cerro Largo. The experiment was carried out in the didactic orchard of the experimental area of UFFS-Cerro Largo Campus, in which five varieties of mandarins, four orange trees and two varieties were classified as acidic files. In these plants, monthly measurements were performed during the months of April to October 2018. The parameters evaluated were: plant height, crown diameter, stem circumference and vegetative vigor index (IVV). As conclusion of this work, it is inferred that, for the proposed evaluation months, for the group of Tangerines, the cultivar Dancy differed statistically for the parameters crown diameter and stem circumference. For the Acid Files, Tahiti presented the highest average height, differing from Lima-of-Persia. For evaluation of crown diameter and stem circumference, there was no significant difference. For the orange trees, there was no difference in any parameter evaluated. The highest IVV was observed for the cultivars of acidic Lima and for the cultivar of Tangerina Dancy.A citricultura ? uma atividade de grande import?ncia na economia mundial, al?m das frutas serem comumente consumidas ?in natura?, o suco produzido tamb?m tem boa aceita??o no mercado. O Brasil ? o maior produtor de Laranja e o maior exportador de suco, o que justifica a necessidade de estudos relativos ? cultura. Objetivou-se com o trabalho, avaliar o desenvolvimento inicial das plantas c?tricas no munic?pio de Cerro Largo. O experimento foi realizado no pomar did?tico da ?rea experimental da UFFS- Campus Cerro Largo, no qual foram implantados cinco variedades de tangerinas, quatro laranjeiras e duas variedades classificadas como limas-?cidas. Nestas plantas, foram realizadas medi??es mensais durante os meses de abril a outubro de 2018. Os par?metros avaliados foram: a altura da planta, di?metro da copa, circunfer?ncia do caule e o ?ndice do vigor vegetativo (IVV). Como conclus?o deste trabalho infere-se que, para os meses de avalia??o propostos, para o grupo das Tangerinas, a cultivar Dancy diferiu estatisticamente para os par?metros di?metro de copa e circunfer?ncia do caule. Para as Limas ?cidas, Tahiti apresentou a maior m?dia de altura, diferindo de Lima-da-P?rsia. Para avalia??o do di?metro da copa e circunfer?ncia do caule, n?o houve diferen?a significativa. Para as laranjeiras, n?o houve diferen?a em nenhum par?metro avaliado. Foi observado o maior IVV para as cultivares de Lima ?cida e para a cultivar de Tangerina Dancy

Concise Reviews: Stem Cells and Kidney Regeneration: An Update

Significant progress has been made to advance stem cell products as potential therapies for kidney diseases: various kinds of stem cells can restore renal function in preclinical models of acute and chronic kidney injury. Nonetheless this literature contains contradictory results, and for this reason, we focus this review on reasons for apparent discrepancies in the literature, because they contribute to difficulty in translating renal regenerative therapies. Differences in methodologies used to derive and culture stem cells, even those from the same source, in addition to the lack of standardized renal disease animal models (both acute and chronic), are important considerations underlying contradictory results in the literature. We propose that harmonized rigorous protocols for characterization, handling, and delivery of stem cells in vivo could significantly advance the field, and present details of some suggested approaches to foster translation in the field of renal regeneration. Our goal is to encourage coordination of methodologies (standardization) and long‐lasting collaborations to improve protocols and models to lead to reproducible, interpretable, high‐quality preclinical data. This approach will certainly increase our chance to 1 day offer stem cell therapeutic options for patients with all‐too‐common renal diseases

Expression and Localization of Ryanodine Receptors in the Frog Semicircular Canal

Several experiments suggest an important role for store-released Ca2+ in hair cell organs: drugs targeting IP3 and ryanodine (RyRs) receptors affect release from hair cells, and stores are thought to be involved in vesicle recycling at ribbon synapses. In this work we investigated the semicircular canal distribution of RyRs by immunofluorescence, using slice preparations of the sensory epithelium (to distinguish cell types) and flat mounts of the simpler nonsensory regions. RyRs were present in hair cells, mostly in supranuclear spots, but not in supporting cells; as regards nonsensory regions, they were also localized in dark cells and cells from the ductus. No labeling was found in nerve terminals, although nerve branches could be observed in proximity to hair cell RyR spots. The differential expression of RyR isoforms was studied by RT-PCR and immunoblotting, showing the presence of RyRα in both ampulla and canal arm and RyRβ in the ampulla only

Publicación de Datos Abiertos siguiendo los Principios de Datos Enlazados

Este trabajo presenta una arquitectura basada en un modelo semántico para la publicación de datos abiertos y un método práctico para el poblado y persistencia de dicho modelo utilizando el lenguaje D2RQ y el Triple Store Jena TDB. Actualmente, cada vez son más los gobiernos que publican sus datos siguiendo la doctrina de Gobierno Abierto. Si bien existen varias propuestas de cómo realizar dicha publicación, ninguna de ellas es completa y, por lo tanto, no pueden ser facilmente replicadas. El objetivo de este trabajo es ser una guía práctica para la publicación de datos basados en un modelo semántico utilizando las herramientas previamente mencionadas.This paper presents an architecture based on a semantic model for publishing open data and a practical method for the instantiation and persistence of this model using D2RQ language and Jena TDB Triple Store. Currently, more and more governments publish their data following the doctrine of Open Government. While there are several proposals of how to perform this publication, none of them are complete and, therefore, they can not be easily replicated. The aim of this paper is to be a practical guide for data publication based on a semantic model using the tools afore mentioned.Fil: Gilliard, José Augusto. Universidad Tecnológica Nacional. Facultad Regional Santa Fe. Centro de Investigación y Desarrollo de Ingeniería en Sistemas de Información; ArgentinaFil: Perin, Omar Roberto. Universidad Tecnológica Nacional. Facultad Regional Santa Fe. Centro de Investigación y Desarrollo de Ingeniería en Sistemas de Información; ArgentinaFil: Rico, Mariela Guadalupe. Universidad Tecnológica Nacional. Facultad Regional Santa Fe. Centro de Investigación y Desarrollo de Ingeniería en Sistemas de Información; ArgentinaFil: Caliusco, Maria Laura. Universidad Tecnológica Nacional. Facultad Regional Santa Fe. Centro de Investigación y Desarrollo de Ingeniería en Sistemas de Información; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe; Argentin

Ecosistemi per la ricerca Atti Convegno ACNP/NILDE. Trieste, 22-23 maggio 2014

Il secondo convegno congiunto ACNP / NILDE: ecosistemi per la ricerca è stato ospitato dal 22 al 23 maggio 2014 dall’Università di Trieste. Sono stati affrontati in un’ottica internazionale i temi del rapporto tra cataloghi collettivi e servizi interbibliotecari, e il più generale ambito dei servizi bibliografici per la ricerca scientifica. ACNP e NILDE possono essere considerati un vero e proprio ecosistema. Le biblioteche e i bibliotecari collaborano tra di loro in maniera reciproca e secondo modalità interconnesse, offrendo agli utenti servizi sempre più evoluti e dinamici. Questo ecosistema, essendo aperto, mette i propri servizi a disposizione della ricerca scientifica in senso generale. Il convegno di Trieste ha offerto l’occasione di investigare e proporre soluzioni innovative, interconnessioni e relazioni nuove e più proficue