73 research outputs found

    Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue

    Get PDF
    Publisher Copyright: © 2022, The Author(s).Defining the transition from benign to malignant tissue is fundamental to improving early diagnosis of cancer1. Here we use a systematic approach to study spatial genome integrity in situ and describe previously unidentified clonal relationships. We used spatially resolved transcriptomics2 to infer spatial copy number variations in >120,000 regions across multiple organs, in benign and malignant tissues. We demonstrate that genome-wide copy number variation reveals distinct clonal patterns within tumours and in nearby benign tissue using an organ-wide approach focused on the prostate. Our results suggest a model for how genomic instability arises in histologically benign tissue that may represent early events in cancer evolution. We highlight the power of capturing the molecular and spatial continuums in a tissue context and challenge the rationale for treatment paradigms, including focal therapy.Peer reviewe

    Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue

    Get PDF
    Publisher Copyright: © 2022, The Author(s).Defining the transition from benign to malignant tissue is fundamental to improving early diagnosis of cancer1. Here we use a systematic approach to study spatial genome integrity in situ and describe previously unidentified clonal relationships. We used spatially resolved transcriptomics2 to infer spatial copy number variations in >120,000 regions across multiple organs, in benign and malignant tissues. We demonstrate that genome-wide copy number variation reveals distinct clonal patterns within tumours and in nearby benign tissue using an organ-wide approach focused on the prostate. Our results suggest a model for how genomic instability arises in histologically benign tissue that may represent early events in cancer evolution. We highlight the power of capturing the molecular and spatial continuums in a tissue context and challenge the rationale for treatment paradigms, including focal therapy.Peer reviewe

    The discovAIR project:a roadmap towards the Human Lung Cell Atlas

    Get PDF
    The Human Cell Atlas (HCA) consortium aims to establish an atlas of all organs in the healthy human body at single-cell resolution to increase our understanding of basic biological processes that govern development, physiology and anatomy, and to accelerate diagnosis and treatment of disease. The lung biological network of the HCA aims to generate the Human Lung Cell Atlas as a reference for the cellular repertoire, molecular cell states and phenotypes, and the cell-cell interactions that characterise normal lung homeostasis in healthy lung tissue. Such a reference atlas of the healthy human lung will facilitate mapping the changes in the cellular landscape in disease. The discovAIR project is one of six pilot actions for the HCA funded by the European Commission in the context of the H2020 framework program. DiscovAIR aims to establish the first draft of an integrated Human Lung Cell Atlas, combining single-cell transcriptional and epigenetic profiling with spatially resolving techniques on matched tissue samples, as well as including a number of chronic and infectious diseases of the lung. The integrated Lung Cell Atlas will be available as a resource for the wider respiratory community, including basic and translational scientists, clinical medicine, and the private sector, as well as for patients with lung disease and the interested lay public. We anticipate that the Lung Cell Atlas will be the founding stone for a more detailed understanding of the pathogenesis of lung diseases, guiding the design of novel diagnostics and preventive or curative interventions

    Optimization of UMI counting strategies for Spatial Transcriptomics

    No full text
    Spatial Transcriptomics (ST) is a microarray-based RNA sequencing technology that allows for genome-wide transcriptome profiling of tissue sections with spatialresolution, which was published in Science by StÄhl and Salmén et al in 2016. Polyadenylated transcripts are captured on a microarray surface through hybridizationwith a barcoded DNA oligo that carries the information necessary to infer spatialposition and transcript uniqueness from the output sequencing reads. The ST protocolutilizes Unique Molecular Identifiers (UMIs) to remove PCR duplicates and obtain reliable estimates of gene counts. However, errors gradually accumulate in the UMIpool as a consequence of enzymatic conversion steps and these errors ought to be addressed computationally in data processing steps to produce reliable gene countestimates.In this thesis, we used ERCC reference RNAs and a set of custom-made DNA oligosas spike-ins in the ST protocol to explore sources of technical variation under controlled experimental conditions. An exploratory analysis of the spike-in data gave new insights into the chemistry which could guide future improvements of the protocol. We also developed a new strategy to bin read alignments before gene quantification and showed that this strategy produces a more reliable output. Finally, we developed an in silicosimulation of the ST library preparation to provide a framework that can be used toevaluate the performance of various computational processing strategies. The simulation was then used to benchmark a set of duplicate removal algorithms used toquantify gene expression.This master thesis project was carried out at SciLifeLab at the division of GeneTechnology under supervision of José Fernandez Navarro.Spatial Transcriptomics (ST) Àr en teknologi som utvecklades av StÄhl och Salmén etal (2016) och som anvÀnds för att analysera RNA frÄn vÀvnadssnitt. Metoden anvÀndersig av ett mikrochip som kan fÄnga upp polyadenylerade molekyler frÄn vÀvnaden med hjÀlp av oligo(dT)-prober som Àr riggade pÄ ytan. Varje yt-prob innehÄller en positionsspecifiksekvens som kan anvÀndas för att bestÀmma frÄn vilken position pÄ ytan enRNA-molekyl fÄngats och ger dÀrmed en möjlighet att analysera transkriptomet överhela vÀvnadssnittet. Genom att kombinera denna teknologi med högupplöst ljusfÀltsmikroskopiÀr det möjligt att skapa en tvÄdimensionell representation av genuttrycksom direkt kan kopplas till vÀvnadens morfologi. PÄ varje DNA-oligo finns förutompositions-specifika sekvenser dessutom en kortare sekvens, en sÄ kallad UMI somanvÀnds för att avlÀgsna PCR-duplikat. Dessa sekvenser kan signifikant förbÀttra estimaten av genuttryck, men Àr kÀnsliga för mutationer och fel som uppstÄr under de flertalet enzymatiska reaktioner som utnyttjas i ST-protokollet. Fel som uppstÄr i UMIsekvensen hanteras med data-baserade algoritmer och krÀver en noggrann strategi för att generera en precis biologisk representation.I detta projekt anvÀndes ett sett av standardiserade RNA-molekyler (ERCC) samtskrÀddarsydda DNA-oligos som ett substitut för biologiskt material för att utvÀrderakÀllor till teknisk variation som har en direkt inverkan pÄ estimeringen av genuttryck.Vi utvecklade Àven en ny strategi för att gruppera RNA-sekvenser och visar hur denna strategi producerar mer pÄlitliga resultat. Slutligen presenterar vi en in silico-simuleringav hela ST-metoden som kan anvÀndas som ett ramverk för att testa nya algoritmer för att kvantifiera genuttryck. Med detta ramverk utförde vi en riktmÀrkning av olikaalgoritmer som anvÀnds för att eliminera PCR-duplikat och selekterade dÀrefter en robust algoritm baserat pÄ resultaten frÄn simuleringen.Detta projekt utfördes pÄ SciLifeLab pÄ avdelningen för genteknologi underhandledning av José Fernandez Navarro

    Optimization of UMI counting strategies for Spatial Transcriptomics

    No full text
    Spatial Transcriptomics (ST) is a microarray-based RNA sequencing technology that allows for genome-wide transcriptome profiling of tissue sections with spatialresolution, which was published in Science by StÄhl and Salmén et al in 2016. Polyadenylated transcripts are captured on a microarray surface through hybridizationwith a barcoded DNA oligo that carries the information necessary to infer spatialposition and transcript uniqueness from the output sequencing reads. The ST protocolutilizes Unique Molecular Identifiers (UMIs) to remove PCR duplicates and obtain reliable estimates of gene counts. However, errors gradually accumulate in the UMIpool as a consequence of enzymatic conversion steps and these errors ought to be addressed computationally in data processing steps to produce reliable gene countestimates.In this thesis, we used ERCC reference RNAs and a set of custom-made DNA oligosas spike-ins in the ST protocol to explore sources of technical variation under controlled experimental conditions. An exploratory analysis of the spike-in data gave new insights into the chemistry which could guide future improvements of the protocol. We also developed a new strategy to bin read alignments before gene quantification and showed that this strategy produces a more reliable output. Finally, we developed an in silicosimulation of the ST library preparation to provide a framework that can be used toevaluate the performance of various computational processing strategies. The simulation was then used to benchmark a set of duplicate removal algorithms used toquantify gene expression.This master thesis project was carried out at SciLifeLab at the division of GeneTechnology under supervision of José Fernandez Navarro.Spatial Transcriptomics (ST) Àr en teknologi som utvecklades av StÄhl och Salmén etal (2016) och som anvÀnds för att analysera RNA frÄn vÀvnadssnitt. Metoden anvÀndersig av ett mikrochip som kan fÄnga upp polyadenylerade molekyler frÄn vÀvnaden med hjÀlp av oligo(dT)-prober som Àr riggade pÄ ytan. Varje yt-prob innehÄller en positionsspecifiksekvens som kan anvÀndas för att bestÀmma frÄn vilken position pÄ ytan enRNA-molekyl fÄngats och ger dÀrmed en möjlighet att analysera transkriptomet överhela vÀvnadssnittet. Genom att kombinera denna teknologi med högupplöst ljusfÀltsmikroskopiÀr det möjligt att skapa en tvÄdimensionell representation av genuttrycksom direkt kan kopplas till vÀvnadens morfologi. PÄ varje DNA-oligo finns förutompositions-specifika sekvenser dessutom en kortare sekvens, en sÄ kallad UMI somanvÀnds för att avlÀgsna PCR-duplikat. Dessa sekvenser kan signifikant förbÀttra estimaten av genuttryck, men Àr kÀnsliga för mutationer och fel som uppstÄr under de flertalet enzymatiska reaktioner som utnyttjas i ST-protokollet. Fel som uppstÄr i UMIsekvensen hanteras med data-baserade algoritmer och krÀver en noggrann strategi för att generera en precis biologisk representation.I detta projekt anvÀndes ett sett av standardiserade RNA-molekyler (ERCC) samtskrÀddarsydda DNA-oligos som ett substitut för biologiskt material för att utvÀrderakÀllor till teknisk variation som har en direkt inverkan pÄ estimeringen av genuttryck.Vi utvecklade Àven en ny strategi för att gruppera RNA-sekvenser och visar hur denna strategi producerar mer pÄlitliga resultat. Slutligen presenterar vi en in silico-simuleringav hela ST-metoden som kan anvÀndas som ett ramverk för att testa nya algoritmer för att kvantifiera genuttryck. Med detta ramverk utförde vi en riktmÀrkning av olikaalgoritmer som anvÀnds för att eliminera PCR-duplikat och selekterade dÀrefter en robust algoritm baserat pÄ resultaten frÄn simuleringen.Detta projekt utfördes pÄ SciLifeLab pÄ avdelningen för genteknologi underhandledning av José Fernandez Navarro

    HÄllbarhet vid kreditbedömning : En kvalitativ studie angÄende hur banktjÀnstemÀn bedömer risker och andra aspekter av företags hÄllbarhet vid kreditgivning.

    No full text
    Titel: HÄllbarhet vid kreditbedömning: En kvalitativ studie angÄende hur banktjÀnstemÀnbedömer risker och andra aspekter av företagens hÄllbarhet vid kreditgivning.Författare: Ludvig Larsson och Sebastian LarssonNivÄ: Magisteruppsats, 30 hpNyckelord: HÄllbar utveckling, ESG, bank, kreditbedömning och kreditrisk.Bakgrund: Begreppet hÄllbarhet Àr idag ett vÀldigt diskuterat och aktuellt Àmne i helavÀrlden. För att uppnÄ FNŽs globala mÄl avseende en hÄllbar utveckling krÀvs storaomstÀllningar. I det sammanhanget spelar bankerna en central roll som med hjÀlp av sinainvesteringsbeslut har en möjlighet att pÄverka samhÀllet i rÀtt riktning. DÀrav Àr det viktigtatt banker Àr proaktiva och integrerar hÄllbarhetsaspekter Àven vid sin kreditbedömning tillföretag. SÄledes Àr detta ett viktigt och intressant omrÄde att forska om.ForskningsfrÄga: Hur bedömer banktjÀnstemÀn hÄllbarhetsrelaterade aspekter och risker vidkreditgivning till företag?Syfte: Syftet med denna studie Àr att öka förstÄelsen för hur banktjÀnstemÀn bedömerhÄllbarhetsrelaterade aspekter och risker vid kreditgivning till företag. Vi vill skapa entydligare bild avseende hur granskningen av företagens hÄllbarhetsinformation gÄr till samthur det pÄverkar dagens kreditbeslut.Teoretisk referensram: Studiens teoretiska referensram presenterar vad tidigare forskninghar kommit fram till avseende den traditionella kreditbedömningen och hur begreppethÄllbarhet vÀvs in i processen. UtifrÄn detta innehÄll har en analysmodell utformats.Metod: Forskningen prÀglas av en kvalitativ studie genomförd med en abduktiv ansats.Datainsamlingen har gjorts genom intervjuer dÀr materialet har analyserats med hjÀlp av enanalysmetod som kallas cross-case analys.Slutsats: Resultatet av denna studie visar att banktjÀnstemÀn tar hÄllbarhet i beaktning vid sinkreditbedömning till företag genom interna processer. DÀremot upplevs en viss problematikmed tillvÀgagÄngssÀtten vilket ger utrymme för vidare utveckling

    Optimization of UMI counting strategies for Spatial Transcriptomics

    No full text
    Spatial Transcriptomics (ST) is a microarray-based RNA sequencing technology that allows for genome-wide transcriptome profiling of tissue sections with spatialresolution, which was published in Science by StÄhl and Salmén et al in 2016. Polyadenylated transcripts are captured on a microarray surface through hybridizationwith a barcoded DNA oligo that carries the information necessary to infer spatialposition and transcript uniqueness from the output sequencing reads. The ST protocolutilizes Unique Molecular Identifiers (UMIs) to remove PCR duplicates and obtain reliable estimates of gene counts. However, errors gradually accumulate in the UMIpool as a consequence of enzymatic conversion steps and these errors ought to be addressed computationally in data processing steps to produce reliable gene countestimates.In this thesis, we used ERCC reference RNAs and a set of custom-made DNA oligosas spike-ins in the ST protocol to explore sources of technical variation under controlled experimental conditions. An exploratory analysis of the spike-in data gave new insights into the chemistry which could guide future improvements of the protocol. We also developed a new strategy to bin read alignments before gene quantification and showed that this strategy produces a more reliable output. Finally, we developed an in silicosimulation of the ST library preparation to provide a framework that can be used toevaluate the performance of various computational processing strategies. The simulation was then used to benchmark a set of duplicate removal algorithms used toquantify gene expression.This master thesis project was carried out at SciLifeLab at the division of GeneTechnology under supervision of José Fernandez Navarro.Spatial Transcriptomics (ST) Àr en teknologi som utvecklades av StÄhl och Salmén etal (2016) och som anvÀnds för att analysera RNA frÄn vÀvnadssnitt. Metoden anvÀndersig av ett mikrochip som kan fÄnga upp polyadenylerade molekyler frÄn vÀvnaden med hjÀlp av oligo(dT)-prober som Àr riggade pÄ ytan. Varje yt-prob innehÄller en positionsspecifiksekvens som kan anvÀndas för att bestÀmma frÄn vilken position pÄ ytan enRNA-molekyl fÄngats och ger dÀrmed en möjlighet att analysera transkriptomet överhela vÀvnadssnittet. Genom att kombinera denna teknologi med högupplöst ljusfÀltsmikroskopiÀr det möjligt att skapa en tvÄdimensionell representation av genuttrycksom direkt kan kopplas till vÀvnadens morfologi. PÄ varje DNA-oligo finns förutompositions-specifika sekvenser dessutom en kortare sekvens, en sÄ kallad UMI somanvÀnds för att avlÀgsna PCR-duplikat. Dessa sekvenser kan signifikant förbÀttra estimaten av genuttryck, men Àr kÀnsliga för mutationer och fel som uppstÄr under de flertalet enzymatiska reaktioner som utnyttjas i ST-protokollet. Fel som uppstÄr i UMIsekvensen hanteras med data-baserade algoritmer och krÀver en noggrann strategi för att generera en precis biologisk representation.I detta projekt anvÀndes ett sett av standardiserade RNA-molekyler (ERCC) samtskrÀddarsydda DNA-oligos som ett substitut för biologiskt material för att utvÀrderakÀllor till teknisk variation som har en direkt inverkan pÄ estimeringen av genuttryck.Vi utvecklade Àven en ny strategi för att gruppera RNA-sekvenser och visar hur denna strategi producerar mer pÄlitliga resultat. Slutligen presenterar vi en in silico-simuleringav hela ST-metoden som kan anvÀndas som ett ramverk för att testa nya algoritmer för att kvantifiera genuttryck. Med detta ramverk utförde vi en riktmÀrkning av olikaalgoritmer som anvÀnds för att eliminera PCR-duplikat och selekterade dÀrefter en robust algoritm baserat pÄ resultaten frÄn simuleringen.Detta projekt utfördes pÄ SciLifeLab pÄ avdelningen för genteknologi underhandledning av José Fernandez Navarro

    Percieved Difference in Equalizing Workflow Between a Control Surface and a Mouse and Keyboard : What Differences in Workflow do Sound Engineers Perceive Between Rotary Controllers and Mouse and Keyboard when Equalizing with Parametric Equalizer Software?

    No full text
    In this research an experiment was made to understand how engineers perceive the differences between using a physical rotary knob and graphical user interface (GUI) for an equalizing task. Subjects were given tasks with control surfaces and with GUIs and a questionnaire to find out if there is a perceived difference in workflow in two different interaction situations with a software parametric equalizer. Comparisons based on tasks and questions and overall comparisons are made between the perception of control surface interaction and the mouse and keyboard interaction. Different comments from the subjects are discussed and an evaluation of the experiment and influencing variables was made. Results show that there are perceived differences but they are also task and experience dependent so there is no way of saying that an interaction method is doing the job better than the other. What could be concluded are that overall, almost all subjects, preferred the interaction with the control surface.Validerat; 20140613 (global_studentproject_submitter

    Mapping Transcriptomes in Tissues

    No full text
    Over the past few decades, the advent of pioneering biotechnological methods has allowed scientists to analyze the molecular components of multicellular organisms with remarkable precision. The field of transcriptomics has witnessed a rapid development of technologies for gene expression profiling of biological samples. These gene expression profiles offer crucial insights into biological processes that underlie organism development, homeostasis, and disease-causing dysregulation. Modern transcriptomics technologies can profile samples at various degrees of precision and resolution, and when combined, they contribute to a comprehensive understanding of the complex molecular mechanisms that shape entire organisms. Some of these molecular mechanisms occur at the microscopic scale, controlled by communication between nearby cells. Other mechanisms depend on coordinated efforts between large networks of cells organized into tissues and organs. Cells, tissues and organs represent hierarchical levels of structural organization, and each level plays a vital role in the proper functioning of the organism. Gene expression profiling technologies yield comprehensive data that can be harnessed to explore and characterize biological phenomena within and across these structural levels. The central theme of this thesis revolves around the use of experimental technologies and computational methods in the field of transcriptomics to enhance our understanding of multicellular life. Particular attention is directed at a technology known as Visium, which has held an important position in the field in recent years. The research articles included in this thesis demonstrate the applications of Visium and related technologies in biological research. In article I, we present a computational toolbox for processing, analyzing, and visualizing Visium data, assembled into an open-source package written in the R programming language. The package facilitates the characterization of gene expression profiles in tissue sections and seamlessly integrates expression data with corresponding histological images. This computational framework was used extensively for the data analyses presented in articles II, III and IV and the articles listed in the extended list of publications. In article II, we report one of the first spatiotemporal, transcriptomics atlases of the developing human heart. The atlas encompasses three developmental time points during the first trimester, and is constructed from gene expression data from isolated cells and intact tissue sections. Joint analysis of this data enabled characterization of the transcriptomic profiles and the cellular composition of anatomical domains within the heart, illuminating biological processes that underlie cardiac morphogenesis in humans. Article III constitutes a study of the transcriptomic landscape of the murine colon generated using spatially resolved transcriptomics. By folding the organ into a roll, we successfully obtained tissue sections covering the entire colon, enabling organ-wide transcriptomic profiling. Sections were acquired from a healthy colon and a colon recovering from damage due to treatment with a tissue-damaging substance. Data-driven analysis of the healthy colon unveiled a previously undiscovered molecular regionalization from the proximal to distal parts. In the recovering colon, we observed dramatic alterations in the distal tissues, while the proximal parts remained more similar to the healthy colon. In the injured distal colon, we mapped multiple gene expression programs associated with distinct biological responses to tissue injury. In article IV, we introduce an experimental protocol that makes the Visium method compatible with fresh frozen tissue samples with low RNA quality. The protocol was tested on human prostate cancer, lung, colon, small intestine and pediatric brain tumor tissue samples, as well as mouse brain and cartilage tissue samples. Together, these tissue samples represented a wide selection of specimens with varying composition and RNA quality. Through comparative analyses, we demonstrated that the proposed experimental protocol surpassed the standard Visium protocol in performance for samples with low to moderate RNA integrity. Finally, in article V, we present an updated R package for Visium data analysis. This R package builds upon the work presented in article I, but offers a more versatile and efficient computational framework. The package features web-based tools for interactive data exploration, image processing methods and methods to map cell types in tissue sections. Additionally, it includes several spatially aware analysis methods that incorporate information about distances between measurements to investigate biological phenomena that exhibit spatial patterns.Under de senaste decennierna har tillkomsten av banbrytande bioteknologiska metoder gjort det möjligt för forskare att analysera de molekylÀra komponenterna i flercelliga organismer med anmÀrkningsvÀrd precision. ForskningsfÀltet transkriptomik har bevittnat en snabb utveckling av teknologier som har utökat möjligheterna att erhÄlla omfattande genuttrycksprofiler frÄn biologiska prover. Dessa genuttrycksprofiler ger avgörande insikter i biologiska processer som ligger till grund för organismers utveckling, homeostas och sjukdomsframkallande dysreglering. Moderna teknologier kan anvÀndas för att utforska prover i olika grader av precision och upplösning, och nÀr de kombineras bidrar de till en holistisk bild av de invecklade molekylÀra mekanismerna som formar flercelliga organismer. Vissa av dessa molekylÀra mekanismer förekommer i mikroskopisk skala och styrs genom kommunikation mellan nÀrliggande celler. Andra mekanismer Àr beroende av samordnade processer inom stora nÀtverk av celler organiserade i vÀvnader och organ. Celler, vÀvnader och organ bildar en hierarki av strukturella nivÄer, och varje nivÄ spelar en viktig roll för att organismen ska fungera korrekt. Experimentella teknologier inom fÀltet transkriptomik ger omfattande data som kan anvÀndas för att utforska och karaktÀrisera biologiska fenomen inom och mellan dessa strukturella nivÄer. Det centrala temat för denna avhandling kretsar kring anvÀndningen av experimentella teknologier och berÀkningsmetoder inom biologisk forskning. HÀr undersöks hur dessa verktyg kan anvÀndas för att förbÀttra vÄr förstÄelse av flercelligt liv. SÀrskild uppmÀrksamhet riktas mot en teknologi kÀnd som Visium, vilken haft en viktig position inom fÀltet de senaste Ären. Forskningsartiklarna som ingÄr i denna avhandling visar tillÀmpningarna av Visium-teknologin och relaterade teknologier inom biologisk forskning.  I artikel I beskriver vi berÀkningsverktyg för bearbetning, analys och visualisering av Visium-data, sammansatt till ett paket skrivet i programmeringssprÄket R. Verktygen möjliggör karaktÀrisering av genuttrycksprofiler i vÀvnadssnitt och integrering av genuttrycksdata med histologiska bilder i en interaktiv programmeringsmiljö. Denna mjukvara anvÀndes i stor utstrÀckning för de dataanalyser som presenteras i artiklarna II, III och IV och analyser gjorda i artiklarna listade i den utökade publikationslistan.  I artikel II presenterar vi ett atlas för det mÀnskliga hjÀrtat under utveckling, baserat pÄ data framstÀlld med transkriptomiska metoder. Atlasen omfattar tre tidpunkter under den första trimestern, konstruerad med hjÀlp av genuttrycksdata frÄn celler och vÀvnadssnitt. Integrerad analys av dessa data möjliggjorde karakterisering av genuttrycksprofiler och den cellulÀra sammansÀttningen av anatomiska domÀner i hjÀrtat, vilket belyser de biologiska processer som ligger till grund för hjÀrtats morfogenes hos mÀnniskor.  Artikel III utgör en studie av genuttryckslandskapet i tjocktarmen hos möss, genererad med spatial transkriptomik. Genom att vika organet till en rulle kunde vi erhÄlla vÀvnadssnitt som tÀcker hela tjocktarmen, vilket möjliggjorde transkriptomisk profilering av hela organet i ett enda experiment. VÀvnadssnitt togs frÄn en frisk tjocktarm och en tjocktarm som ÄterhÀmtade sig frÄn skada inducerad med en vÀvnadsskadande substans (DSS-inducerad kolit). Datadriven analys av den friska tjocktarmen avslöjade en tidigare oupptÀckt molekylÀr regionalisering frÄn de proximala till distala delarna. I den skadade tjocktarmen fann vi dramatiska förÀndringar i de distala vÀvnaderna, medan de proximala delarna var mer jÀmförbara med den friska tjocktarmen. I den skadade distala tjocktarmen kartlade vi flera genuttrycksprogram associerade med distinkta biologiska svar pÄ vÀvnadsskada.  I artikel IV introducerar vi ett experimentellt protokoll som utökar tillÀmpningarna av Visium-metoden för att studera vÀvnadsprover med lÄg RNA-kvalitet. Protokollet testades pÄ vÀvnadsprover frÄn prostatacancer, lunga, tjocktarm, tunntarm och pediatrisk hjÀrntumör frÄn mÀnniska, samt vÀvnadsprover frÄn hjÀrna och brosk frÄn mus. Tillsammans representerade dessa prover ett brett urval av vÀvnader med varierande sammansÀttning och RNA-kvalitet. Genom jÀmförande analyser visade vi att denna experimentella metod övertrÀffade det standardiserade Visium-protokollet för prover med lÄg till mÄttlig RNA-kvalitet.  Slutligen, i artikel V, presenterar vi en uppdaterad mjukvara (R-paket) för analys av Visium-data. Detta R-paket bygger pÄ det arbete som presenterades i artikel I, men erbjuder mer mÄngsidiga och effektiva verktyg för bearbetning, analys och visualisering av data. Paketet inkluderar bland annat webbaserade verktyg för interaktiv utforskning av data, bildbehandlingsmetoder och metoder för att kartlÀgga celltyper i vÀvnadssnitt. Vidare innehÄller paketet ett antal analysmetoder som inkorporerar information om avstÄnd mellan mÀtningar, vilket möjliggör undersökning av biologiska fenomen som uppvisar spatiala mönster.QC 2023-04-25</p
    • 

    corecore