Lokal betrieben, remote gepflegt – Software für ein Datenrepositorium in Kooperation implementieren

Die Universität Konstanz deckt ihren Bedarf nach einem institutionellen Forschungsdatenrepositorium mit der von FIZ Karlsruhe angebotenen Lösung „RADAR Local“. Als Alternative zu einer Eigenentwicklung wurde das Datenrepositorium als hybrides Modell mit Repositorien-Software und Archivierung auf lokaler Infrastruktur implementiert. Dabei stellt FIZ Karlsruhe die etablierte Repositorien-Software RADAR zur Verfügung, wartet und betreibt sie aus der Ferne und passt sie nach Kundenwunsch an. Um die parallele Installation und Pflege der RADAR-Software auf mehreren lokalen Instanzen effizient bewältigen zu können, hat FIZ Karlsruhe vorab den Automatisierungsgrad der betroffenen Prozesse in der Software-Entwicklung, in der Systemkonfiguration und im Deployment erhöht. Dies wurde durch den Einsatz von Container-Virtualisierung wie Docker und Docker Swarm sowie mit Orchestrierungswerkzeugen wie Ansible erreicht. Der zeitliche Aufwand und der personelle Ressourcenbedarf reduzieren sich dadurch für die Universität Konstanz und als Ergebnis erhält sie ein gepflegtes Repositorium auf dem aktuellen Stand der Technik. Gleichzeitig erfordert diese Betriebsvariante eine intensive Auseinandersetzung mit dem jeweiligen Geschäftsmodell und den technischen Rahmenbedingungen des Anbieters, eine genaue Kostenkalkulation sowie möglicherweise Kompromisse oder Abstriche bei individuellen Wünschen

Kriterien für die Auswahl einer Softwarelösung für den Betrieb eines Repositoriums für Forschungsdaten

Die öffentliche Bereitstellung von Forschungsdaten zur Nachnutzung im Sinne von Open Science ist Bestandteil des Lebenszyklus von Forschungsdaten und erlangt zunehmende Relevanz. Eine zitierbare Veröffentlichung dieser Daten zeugt von einer transparenten Forschung, belegt die Forschungsleistung eines Forschenden sowie der jeweiligen Einrichtung und macht Forschung reproduzierbar und damit überprüfbar. Forschungsförderer erwarten bereits bei der Antragstellung die Dokumentation und Planung eines umsichtigen und nachhaltigen Umgangs mit Forschungsdaten, bspw. in Form eines Datenmanagementplans, der unter anderem Angaben zu geplanten Lizenzen für Forschungsdaten, Rechten an Daten etc. enthält. Die Umsetzung des Datenmanagementplans ist ein kontinuierlicher Prozess im Laufe eines Projekts und nicht auf eine Datenveröffentlichung zum Projektende hin beschränkt. Der Umgang mit Forschungsdaten wird unter anderem in den Richtlinien Guter Wissenschaftlicher Praxis[1], den Open-Access-Policies von Hochschulen, Forschungsinstituten und Forschungsförderern sowie in den “Data Policies” von Zeitschriften adressiert. Repositorien bilden das technische Grundgerüst für das Forschungsdatenmanagement, da sie den gesamten Prozess von der Übernahme über die Qualitätskontrolle bis hin zur zitierfähigen Veröffentlichung unterstützen. Softwarelösungen für Repositorien sind für unterschiedliche Zwecke und Einsatzszenarien verfügbar. Zu den verbreitetsten zählen beispielsweise Fedora, DSpace, MyCoRe, Islandora, EPrints, Dataverse, Rosetta, Archivematica und Invenio. Die Bestimmung von Kriterien für die Auswahl eines Repositoriums ist nicht trivial und es müssen neben Aspekten der Wirtschaftlichkeit, Skalierbarkeit und Funktionalität noch weitere Kriterien wie die Dokumentation, Verbreitung, Entwicklungsperspektive sowie das Daten- und Lizenzmodell berücksichtigt werden. Der Aufwand für die Erarbeitung eines Kriterienkatalogs darf nicht unterschätzt werden. Im Folgenden bezeichnet Repositorium eine Softwarelösung, die - eingebettet in eine Organisationsstruktur und gegebenenfalls im Kontext weiterer Systeme - Forschungsdaten übernimmt, verwaltet und publiziert. Daraus ergeben sich zwangsläufig Abhängigkeiten zur betreibenden organisatorischen Einheit und der grundlegenden technischen Infrastruktur für den Betrieb der Software und die Speicherung der Daten. In diesem Artikel werden verschiedene Aspekte präsentiert, die für den Auswahlprozess potentiell relevant sind. [1] Siehe auch Kodex der DFG zur guten wissenschaftlichen Praxis: https://www.dfg.de/foerderung/grundlagen_rahmenbedingungen/gwp

ZMYND10 Is Mutated in Primary Ciliary Dyskinesia and Interacts with LRRC6

Defects of motile cilia cause primary ciliary dyskinesia (PCD), characterized by recurrent respiratory infections and male infertility. Using whole-exome resequencing and high-throughput mutation analysis, we identified recessive biallelic mutations in ZMYND10 in 14 families and mutations in the recently identified LRRC6 in 13 families. We show that ZMYND10 and LRRC6 interact and that certain ZMYND10 and LRRC6 mutations abrogate the interaction between the LRRC6 CS domain and the ZMYND10 C-terminal domain. Additionally, ZMYND10 and LRRC6 colocalize with the centriole markers SAS6 and PCM1. Mutations in ZMYND10 result in the absence of the axonemal protein components DNAH5 and DNALI1 from respiratory cilia. Animal models support the association between ZMYND10 and human PCD, given that zmynd10 knockdown in zebrafish caused ciliary paralysis leading to cystic kidneys and otolith defects and that knockdown in Xenopus interfered with ciliogenesis. Our findings suggest that a cytoplasmic protein complex containing ZMYND10 and LRRC6 is necessary for motile ciliary function

Autoimmune PAP (aPAP) in children

In childhood, a multitude of causes lead to pulmonary alveolar proteinosis (PAP), an excessive surfactant accumulation in the alveolar space, limiting gas exchange. Autoantibodies against granulocyte–macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) causing autoimmune PAP, the principal aetiology in adults, are rare. In this first case series on autoimmune PAP, we detail the presentation and management issues of four children. Whereas three children presented insidiously with progressive dyspnoea, one was acutely sick with suspected pneumonia. During management, one patient was hospitalised with coronavirus disease 2019, noninvasively ventilated, and recovered. All treatment modalities known from adults including whole-lung lavage, augmentation of GM-CSF by inhaled GM-CSF, removal of neutralising antibody by plasmapheresis and interruption of antibody production using rituximab were considered; however, not all options were available at all sites. Inhaled GM-CSF appeared to be a noninvasive and comfortable therapeutic approach. The management with best benefit-to-harm ratio in autoimmune PAP is unknown and specialised physicians must select the least invasive and most effective treatment. To collect this cohort in a rare condition became feasible as patients were submitted to an appropriate registry. To accelerate the authorisation of novel treatments for autoimmune PAP, competent authorities should grant an inclusion of adolescents into trials in adults

Kriterien für die Auswahl einer Softwarelösung für den Betrieb eines Repositoriums für Forschungsdaten

Die öffentliche Bereitstellung von Forschungsdaten zur Nachnutzung im Sinne von Open Science ist Bestandteil des Lebenszyklus von Forschungsdaten und erlangt zunehmende Relevanz. Eine zitierbare Veröffentlichung dieser Daten zeugt von einer transparenten Forschung, belegt die Forschungsleistung eines Forschenden sowie der jeweiligen Einrichtung und macht Forschung reproduzierbar und damit überprüfbar. Forschungsförderer erwarten bereits bei der Antragstellung die Dokumentation und Planung eines umsichtigen und nachhaltigen Umgangs mit Forschungsdaten, bspw. in Form eines Datenmanagementplans, der unter anderem Angaben zu geplanten Lizenzen für Forschungsdaten, Rechten an Daten etc. enthält. Die Umsetzung des Datenmanagementplans ist ein kontinuierlicher Prozess im Laufe eines Projekts und nicht auf eine Datenveröffentlichung zum Projektende hin beschränkt. Der Umgang mit Forschungsdaten wird unter anderem in den Richtlinien Guter Wissenschaftlicher Praxis[1], den Open-Access-Policies von Hochschulen, Forschungsinstituten und Forschungsförderern sowie in den “Data Policies” von Zeitschriften adressiert. Repositorien bilden das technische Grundgerüst für das Forschungsdatenmanagement, da sie den gesamten Prozess von der Übernahme über die Qualitätskontrolle bis hin zur zitierfähigen Veröffentlichung unterstützen. Softwarelösungen für Repositorien sind für unterschiedliche Zwecke und Einsatzszenarien verfügbar. Zu den verbreitetsten zählen beispielsweise Fedora, DSpace, MyCoRe, Islandora, EPrints, Dataverse, Rosetta, Archivematica und Invenio. Die Bestimmung von Kriterien für die Auswahl eines Repositoriums ist nicht trivial und es müssen neben Aspekten der Wirtschaftlichkeit, Skalierbarkeit und Funktionalität noch weitere Kriterien wie die Dokumentation, Verbreitung, Entwicklungsperspektive sowie das Daten- und Lizenzmodell berücksichtigt werden. Der Aufwand für die Erarbeitung eines Kriterienkatalogs darf nicht unterschätzt werden. Im Folgenden bezeichnet Repositorium eine Softwarelösung, die - eingebettet in eine Organisationsstruktur und gegebenenfalls im Kontext weiterer Systeme - Forschungsdaten übernimmt, verwaltet und publiziert. Daraus ergeben sich zwangsläufig Abhängigkeiten zur betreibenden organisatorischen Einheit und der grundlegenden technischen Infrastruktur für den Betrieb der Software und die Speicherung der Daten. In diesem Artikel werden verschiedene Aspekte präsentiert, die für den Auswahlprozess potentiell relevant sind. &nbsp; [1] Siehe auch Kodex der DFG zur guten wissenschaftlichen Praxis: https://www.dfg.de/foerderung/grundlagen_rahmenbedingungen/gwp/</a

Impact of elexacaftor/tezacaftor/ivacaftor on lung function, nutritional status, pulmonary exacerbation frequency and sweat chloride in people with cystic fibrosis: real-world evidence from the German CF RegistryResearch in context

Summary: Background: Treatment with elexacaftor/tezacaftor/ivacaftor (ETI) improves multiple clinical outcomes in people with cystic fibrosis (pwCF) with at least one F508del allele. This study evaluated the real-world impact of ETI on lung function, nutritional status, pulmonary exacerbation frequency, and sweat chloride concentrations in a large group of pwCF. Methods: This observational cohort study used data from the German CF Registry for pwCF who received ETI therapy and were followed up for a period of 12 months. Findings: The study included 2645 pwCF from 67 centres in Germany (mean age 28.0 ± 11.5 years). Over the first year after ETI was initiated, percent predicted forced expiratory volume in 1 s (ppFEV1) increased by 11.3% (95% confidence interval [CI] 10.8–11.8, p < 0.0001), body mass index (BMI) z-score increased by 0.3 (95% CI 0.3–0.4, p < 0.0001) in individuals aged 12 to <18 years and BMI in adults increased by 1.4 kg/m2 (95% CI 1.3–1.4, p < 0.0001), pulmonary exacerbations decreased by 75.9% (p < 0.0001) and mean sweat chloride concentration decreased by 50.9 mmol/L (95% CI –52.6, −49.3, p < 0.0001). Improvements in ppFEV1 over the first year of therapy were greater in pwCF who had not previously received cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) modulator therapy (12.6% [95% CI 11.9–13.4] vs. 9.7% [95% CI 9.0–10.5] in those with prior CFTR modulator treatment. Interpretation: These real-world data are consistent with the findings of randomised clinical trials, and support the use of ETI as a highly effective treatment option for pwCF who have at least one F508del allele. Funding: None

Initial presenting manifestations in 16,486 patients with inborn errors of immunity include infections and noninfectious manifestations

Background: Inborn errors of immunity (IEI) are rare diseases, which makes diagnosis a challenge. A better description of the initial presenting manifestations should improve awareness and avoid diagnostic delay. Although increased infection susceptibility is a well-known initial IEI manifestation, less is known about the frequency of other presenting manifestations. Objective: We sought to analyze age-related initial presenting manifestations of IEI including different IEI disease cohorts. Methods: We analyzed data on 16,486 patients of the European Society for Immunodeficiencies Registry. Patients with autoinflammatory diseases were excluded because of the limited number registered. Results: Overall, 68% of patients initially presented with infections only, 9% with immune dysregulation only, and 9% with a combination of both. Syndromic features were the presenting feature in 12%, 4% had laboratory abnormalities only, 1.5% were diagnosed because of family history only, and 0.8% presented with malignancy. Two-third of patients with IEI presented before the age of 6 years, but a quarter of patients developed initial symptoms only as adults. Immune dysregulation was most frequently recognized as an initial IEI manifestation between age 6 and 25 years, with male predominance until age 10 years, shifting to female predominance after age 40 years. Infections were most prevalent as a first manifestation in patients presenting after age 30 years. Conclusions: An exclusive focus on infection-centered warning signs would have missed around 25% of patients with IEI who initially present with other manifestations. (J Allergy Clin Immunol 2021;148:1332-41.