Exome Sequencing Identifies Susceptibility Loci for Sarcoidosis Prognosis

Many sarcoidosis-associating immunological genes have been shown to be shared between other immune-mediated diseases. In Finnish sarcoidosis patients, good prognosis subjects more commonly have HLA-DRB1*03:01 and/or HLA-DRB1*04:01-DPB1*04:01 haplotype, but no marker for persistent disease have been found. The objective was to further pinpoint genetic differences between prognosis subgroups in relation to the HLA markers. Whole-exome sequencing was conducted for 72 patients selected based on disease activity (resolved disease, n = 36; persistent disease, n = 36). Both groups were further divided by the HLA markers (one/both markers, n = 18; neither of the markers, n = 18). The Finnish exome data from the Genome Aggregation Database was used as a control population in the WES sample. Statistical analyses included single-variant analysis for common variants and gene level analysis for rare variants. We attempted to replicate associated variants in 181 Finnish sarcoidosis patients and 150 controls. An association was found in chromosome 1p36.21 (AADACL3 and C1orf158), which has recently been associated with sarcoidosis in another WES study. In our study, variations in these genes were associated with resolved disease (AADACL3, p = 0.0001 and p = 0.0003; C1orf158, p = 7.03E-05). Another interesting chromosomal region also peaked, Leucocyte Receptor Complex in 19q13.42, but the association diminished in the replication sample. In conclusion, this WES study supports the previously found association in the region 1p36.21. Furthermore, a novel to sarcoidosis region was found, but additional studies are warranted to verify this association.Peer reviewe

Anvisningar för miljötillsynen

I anvisningarna för miljötillsyn behandlas tillsyn enligt miljöskyddslagen (527/2014), avfallslagen (646/2011), vattenlagen (587/2011) och miljöskyddslagen för sjöfarten (1672/2009). De reviderade anvisningarna ersätter dokumentet Anvisningar för tillsynen över miljötillstånd av den 7 november 2012. Anvisningarna syftar till att främja ett effektivt och enhetligt verkställande av miljölagstiftningen och en planmässig organisering av tillsynen. Ett mål är att tillsynsverksamheten ska vara rättvis och jämlik samt förenlig med de gemensamma förfaringssätten. Anvisningarna för miljötillsyn är i första hand avsedda för statliga tillsynsmyndigheter, dvs. för närings-, trafikoch miljöcentralerna (NTM-centralerna). Kommunerna kan dock enligt prövning använda anvisningarna eller en del av dem när de planerar och utövar miljötillsyn. Anvisningarna för miljötillsyn innehåller en allmän del, en lagspecifik del och bilagor. I den allmänna delen ingår allmänna anvisningar där principerna för tillsynen behandlas. I den här delen fastställs när tillsynsmyndigheten bör vidta administrativa och rättsliga åtgärder för utförandet av sin tillsynsuppgift. I den lagspecifika delen behandlas de mest centrala författningarna med tanke på miljötillsyn och beskrivs mer ingående i vilka situationer speciallagar tillämpas. I bilagorna behandlas bland annat god tillsynspraxis för små och medelstora kommuner. Dessutom presenteras rekommendationer om tiden för handläggning av olika anmälningar i anslutning till tillsyn och om förfaringssätt vid exceptionella situationer. Ändringar som gjorts i miljöskyddslagstiftningen har tagits i beaktande i anvisningarna. Anvisningarna för miljötillsyn har samordnats med Ympäristönsuojelulainsäädännön laillisuusvalvontaopas 2014 (Handledning om övervakning av miljöskyddslagstiftningen, Miljöförvaltningens anvisningar 9/2014). I handledningen ligger fokus på att beskriva övervakningsförfarandena, medan dessa anvisningar för miljötillsyn strävar efter att ge dem som utövar tillsyn anvisningar om hur man bör agera i olika tillsynssituationer. Anvisningarna för miljötillsyn och handledningen utgör en helhet och ska helst läsas parallellt

Ympäristövalvonnan ohje

Ympäristövalvonnan ohjeessa käsitellään ympäristönsuojelulain (527/2014), jätelain (646/2011), vesilain (587/2011) ja merenkulun ympäristönsuojelulain (1672/2009) mukaista valvontaa. Uudistettu ohje korvaa 7.11.2012 annetun Ympäristölupien valvontaohjeen. Ohjeella pyritään tehokkaaseen ja yhdenmukaiseen ympäristölainsäädännön toimeenpanoon sekä valvonnan suunnitelmallisuuteen. Tavoitteena on, että valvonta on tasapuolista ja yhdenvertaista sekä yhteneväisten käytäntöjen mukaista. Ympäristövalvonnan ohje on tarkoitettu ensisijaisesti valtion valvontaviranomaisille eli elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksille (ELY-keskuksille). Kunnat voivat kuitenkin harkintansa mukaan käyttää ohjetta tai sen osaa suunnitellessaan ja toteuttaessaan ympäristövalvontaa. Ympäristövalvonnan ohje sisältää yleisen ja erityisen osan sekä liiteosan. Ohjeen yleiseen osaan sisältyy ympäristövalvonnan yleinen ohje, jossa käsitellään valvonnan periaatteita ja määritellään, milloin valvontaviranomaisen tulisi ryhtyä hallinnollisiin ja oikeudellisiin toimiin valvontatehtävää hoitaessaan. Erityisessä osassa käsitellään ympäristövalvonnan kannalta keskeisimpiä säädöksiä ja kuvataan yksityiskohtaisemmin erityislakien soveltamistilanteita. Liiteosassa muun muassa käsitellään pienten ja keskisuurten kuntien hyviä valvontakäytäntöjä ja esitetään ohjeelliset suositusajat valvonnallisten ilmoitusten käsittelylle ja toiminnalle poikkeuksellisissa tilanteissa. Ohjeessa on huomioitu ympäristönsuojelulainsäädäntöön tehdyt muutokset. Ympäristövalvonnan ohje on laadittu sovittaen se yhteen Ympäristönsuojelulainsäädännön laillisuusvalvontaopas 2014 (Ympäristöhallinnon ohjeita 9/2014) kanssa. Laillisuusvalvontaoppaassa keskitytään valvontamenettelyiden kuvaamiseen ja ympäristövalvonnan ohjeessa pyritään antamaan valvojille ohjeet siitä, miten valvontatilanteissa tulee kulloinkin toimia. Ympäristövalvonnan ohje ja laillisuusvalvontaopas muodostavat kokonaisuuden ja niitä suositellaan luettavaksi rinnakkain

FinnGen provides genetic insights from a well-phenotyped isolated population

Population isolates such as those in Finland benefit genetic research because deleterious alleles are often concentrated on a small number of low-frequency variants (0.1% ≤ minor allele frequency < 5%). These variants survived the founding bottleneck rather than being distributed over a large number of ultrarare variants. Although this effect is well established in Mendelian genetics, its value in common disease genetics is less explored1,2. FinnGen aims to study the genome and national health register data of 500,000 Finnish individuals. Given the relatively high median age of participants (63 years) and the substantial fraction of hospital-based recruitment, FinnGen is enriched for disease end points. Here we analyse data from 224,737 participants from FinnGen and study 15 diseases that have previously been investigated in large genome-wide association studies (GWASs). We also include meta-analyses of biobank data from Estonia and the United Kingdom. We identified 30 new associations, primarily low-frequency variants, enriched in the Finnish population. A GWAS of 1,932 diseases also identified 2,733 genome-wide significant associations (893 phenome-wide significant (PWS), P < 2.6 × 10–11) at 2,496 (771 PWS) independent loci with 807 (247 PWS) end points. Among these, fine-mapping implicated 148 (73 PWS) coding variants associated with 83 (42 PWS) end points. Moreover, 91 (47 PWS) had an allele frequency of <5% in non-Finnish European individuals, of which 62 (32 PWS) were enriched by more than twofold in Finland. These findings demonstrate the power of bottlenecked populations to find entry points into the biology of common diseases through low-frequency, high impact variants.publishedVersionPeer reviewe

Layout-suunnitelma uudelle tuotantosolulle

Tämä opinnäytetyö tehtiin Kempeleessä ja Tyrnävällä toimivalle Metalpower Oy:lle, joka on metallituotteiden ja -komponenttien sopimusvalmistaja. Metalpowerilla oli tuotannon laajentamisen tarve keväälle 2023, sillä Kempeleen toimipisteeseen oli tilattu uusi automaattinen putkentaivutuskone, pyörösaha, purseenpoistokone, putkihiomakone ja hitsauslaitteisto. Laajentaminen synnytti yritykselle tarpeen laatia layout-suunnitelma uudelle tuotantosolulle. Opinnäytetyön tavoitteena oli suunnitella toimiva layout-suunnitelma uudelle tuotantosolulle ennen kuin tilatut laitteet saapuvat. Layout tarkoittaa tuotantotilan järjestystä, eli miten laitteet, kulkureitit, työpisteet, varastot ja kaikki muut tuotantotilan tarvittavat asiat on sijoitettu tilaan. Layoutin tavoitteena on lisätä tuotannon sujuvuutta ja tehokkuutta. Hyvin suunniteltu layout on turvallinen ja tehokas, ja se auttaa tuottamaan aiempaa parempaa laatua sekä hyödyntämään käytettävissä olevan tilan tehokkaasti. Layout-suunnitelman laatimiseen tarvittava lähtötilanteen kartoitus aloitettiin perehdytyksellä yritykseen ja sen tuotannon toimintaan. Perehdytys piti sisällään yrityksen johdon sekä tuotannon työntekijöiden haastattelemista, asiakasvierailun Kokkolassa sekä tutustumisen uuteen tuotantosoluun ja sinne tuleviin laitteisiin. Kartoituksen tavoitteena oli antaa reunaehdot työlle ja riittävästi tietoa layout-suunnitelman laatimista varten. Layout-suunnitelma toteutettiin DraftSight 2D -suunnitteluohjelmistolla. Layout-suunnitelmaa varten mallinnettiin ensiksi B-hallin layout, sillä tuleva tuotantosolu rakennetaan sinne. Tuotantosolun layoutiin mallinnettiin sen pohjaratkaisu ja kaikki tuotannon käynnistämiseksi tarvittavat laitteet ja niiden tarvitsemat työskentelyalueet. Lisäksi layoutista mallinnettiin erillinen vuokaavio, josta ilmenee tuotannon materiaalivirrat ja sen toimintajärjestys. Työn tuloksena yritykselle saatiin luotua toimiva layout-suunnitelma uudelle tuotantosolulle ennen laitteiden saapumista, mitä voi hyödyntää solun rakentamisessa ja käyttöönotossa. Layout-suunnitelma nopeuttaa laitteiden käyttöönottoa ja näin ollen tuotannon käynnistämistä tuotantosolussa. Tämän lisäksi yrityksen käyttöön jäi ajankohtaisempi mallinnus B-hallista, jota voi mahdollisesti hyödyntää myöhemmässä vaiheessa