A CpG island hypermethylation profile of primary colorectal carcinomas and colon cancer cell lines

BACKGROUND: Tumor cell lines are commonly used as experimental tools in cancer research, but their relevance for the in vivo situation is debated. In a series of 11 microsatellite stable (MSS) and 9 microsatellite unstable (MSI) colon cancer cell lines and primary colon carcinomas (25 MSS and 28 MSI) with known ploidy stem line and APC, KRAS, and TP53 mutation status, we analyzed the promoter methylation of the following genes: hMLH1, MGMT, p16(INK4a )(CDKN2A α-transcript), p14(ARF )(CDKN2A β-transcript), APC, and E-cadherin (CDH1). We compared the DNA methylation profiles of the cell lines with those of the primary tumors. Finally, we examined if the epigenetic changes were associated with known genetic markers and/or clinicopathological variables. RESULTS: The cell lines and primary tumors generally showed similar overall distribution and frequencies of gene methylation. Among the cell lines, 15%, 50%, 75%, 65%, 20% and 15% showed promoter methylation for hMLH1, MGMT, p16(INK4a), p14(ARF), APC, and E-cadherin, respectively, whereas 21%, 40%, 32%, 38%, 32%, and 40% of the primary tumors were methylated for the same genes. hMLH1 and p14(ARF )were significantly more often methylated in MSI than in MSS primary tumors, whereas the remaining four genes showed similar methylation frequencies in the two groups. Methylation of p14(ARF), which indirectly inactivates TP53, was seen more frequently in tumors with normal TP53 than in mutated samples, but the difference was not statistically significant. Methylation of p14(ARF )and p16(INK4a )was often present in the same primary tumors, but association to diploidy, MSI, right-sided location and female gender was only significant for p14(ARF). E-cadherin was methylated in 14/34 tumors with altered APC further stimulating WNT signaling. CONCLUSIONS: The present study shows that colon cancer cell lines are in general relevant in vitro models, comparable with the in vivo situation, as the cell lines display many of the same molecular alterations as do the primary carcinomas. The combined pattern of epigenetic and genetic aberrations in the primary carcinomas reveals associations between them as well as to clinicopathological variables, and may aid in the future molecular assisted classification of clinically distinct stages

Strong HLA-DR expression in microsatellite stable carcinomas of the large bowel is associated with good prognosis

Progression of colorectal cancer may follow either of two main genetic routes: the chromosome- or microsatellite-instability pathways. Association between the patients' prognosis and microsatellite instability has been questioned. Improved survival has previously been found in patients with expression of HLA-DR antigens on their tumour cells. In this study, the expression of HLA-DR antigen was investigated by immunohistochemistry in 357 large bowel carcinomas stratified by microsatellite instability status. Sixteen per cent of the tumours showed strong HLA-DR expression and 35% had weak DR expression. We confirmed that patients with strong positive HLA-DR staining had improved survival (P<0.001) compared to patients with no HLA-DR expression. Strong epithelial HLA-DR staining was significantly associated with high level of microsatellite instability (P<0.001). In the subgroup of tumours with characteristics typical of the chromosomal instability phenotype, i.e. in microsatellite-stable tumours, the patients positive for the HLA-DR determinants showed better survival than those without HLA-DR expression. The protective effect of HLA-DR expression on survival was confirmed by multivariate analysis, both in the whole patient group and in the microsatellite-stable/microsatellite instability-low group. This might be explained by enhanced T-cell mediated anti-tumour immune responses against tumour cells in the HLA-DR positive tumours. The finding of better patient survival in the subgroup of strong HLA-DR positive microsatellite-stable tumours may have clinical implications for these patients

CML cells actively evade host immune surveillance through cytokine-mediated downregulation of MHC-II expression.

Targeting the fusion oncoprotein BCR-ABL with tyrosine kinase inhibitors has significantly affected chronic myeloid leukemia (CML) treatment, transforming the life expectancy of patients; however the risk for relapse remains, due to persistence of leukemic stem cells (LSCs). Therefore it is imperative to explore the mechanisms that result in LSC survival and develop new therapeutic approaches. We now show that major histocompatibility complex (MHC)-II and its master regulator class II transactivator (CIITA) are downregulated in CML compared with non-CML stem/progenitor cells in a BCR-ABL kinase-independent manner. Interferon γ (IFN-γ) stimulation resulted in an upregulation of CIITA and MHC-II in CML stem/progenitor cells; however, the extent of IFN-γ-induced MHC-II upregulation was significantly lower than when compared with non-CML CD34+ cells. Interestingly, the expression levels of CIITA and MHC-II significantly increased when CML stem/progenitor cells were treated with the JAK1/2 inhibitor ruxolitinib (RUX). Moreover, mixed lymphocyte reactions revealed that exposure of CD34+ CML cells to IFN-γ or RUX significantly enhanced proliferation of the responder CD4+CD69+ T cells. Taken together, these data suggest that cytokine-driven JAK-mediated signals, provided by CML cells and/or the microenvironment, antagonize MHC-II expression, highlighting the potential for developing novel immunomodulatory-based therapies to enable host-mediated immunity to assist in the detection and eradication of CML stem/progenitor cells.This study was funded by project grants from Leuka and Tenovus-Scotland (Ref. S12/21). This study was supported by the Glasgow Experimental Cancer Medicine Centre, which is funded by Cancer Research UK and the Chief Scientist’s Office, Scotland. Cell sorting facilities were funded by the Kay Kendall Leukaemia Fund (KKL501) and the Howat Foundation. A.T. was funded by a Bloodwise project grant (13012). P.G. was funded by a Medical Research Council (MRC) UK clinical research training fellowship grant (G1000288). H.G.J. was funded by the Friends of Paul O’Gorman Leukemia Research Centre. F.P., L.E.M.H., and T.L.H. were supported by Cancer Research UK Programme grant (C11074/A11008). D.V. was funded by LLR project grant (14005). A.M.M. was supported by an MRC project grant (MR/K014854/1)

Immobilisering av peroksidase fra pepperrot på polyuretanmikropartikler syntetisert ved bruk av mikrobølgereaktor

Polyuretan (PU) mikropartikler, fra polyvinylalkohol og heksametylendiisocyanat, ble syntetisert med mikrobølgeoppvarming i en Biotage Initiator +, Fourth Generation Microwave Synthesizer. PU mikropartiklene ble bekreftet med IR (Agilent Technologies 5500 Series FT-IR spektrofotometer) og 1H NMR (Bruker Ascend TM 400). Optimal syntese ble funnet til å være 2 minutter ved 170 °C i en 10-20 mL beholder som ga høyeste utbytte. Partikkelstørrelsen ble testet med laserdiffraksjon (masterziser 3000, Aero S) og viste en varierende størrelsesfordeling fra 2 µm til 3080 µm, men de største partiklene ser ut til å være klumping. PU mikropartikler ble modifisert med gull-nanopartikler med absorpsjon. Peroksidase fra pepperrot (HRP) ble immobilisert via adsorpsjon og enzymaktivitet testet med pyrogallol enzymassay. Det ble ikke observert enzymaktivitet. HRP ble immobilisert på PU mikropartikler uten gull-nanopartikler. PU mikropartikler ble syntetisert med varierende forhold PVA:HDI. Forhold på 1:20 ga høyeste immobiliseringsprosent på 80 %. Enzymaktiviteten ble forsøkt testet kvalitativt og kvantitativt. Kvalitativt ble bekreftet på grunnlag av fargeendring med pyrogallol-, amplex red- og ABTS enzymassay. Kvantitativ enzymaktivitet kunne ikke bekreftes. Immobilisert HRP viste aktivitet på grunnlag av fargeendring etter fem kjøringer med ABTS enzymassay. Immobilisering fungerte på opptil 90 dager gamle PU mikropartikler

Immobilization of horseradish peroxidase on polyurethane microparticles synthesized using microwave reactor

Polyuretan (PU) mikropartikler, fra polyvinylalkohol og heksametylendiisocyanat, ble syntetisert med mikrobølgeoppvarming i en Biotage Initiator +, Fourth Generation Microwave Synthesizer. PU mikropartiklene ble bekreftet med IR (Agilent Technologies 5500 Series FT-IR spektrofotometer) og 1H NMR (Bruker Ascend TM 400). Optimal syntese ble funnet til å være 2 minutter ved 170 °C i en 10-20 mL beholder som ga høyeste utbytte. Partikkelstørrelsen ble testet med laserdiffraksjon (masterziser 3000, Aero S) og viste en varierende størrelsesfordeling fra 2 µm til 3080 µm, men de største partiklene ser ut til å være klumping. PU mikropartikler ble modifisert med gull-nanopartikler med absorpsjon. Peroksidase fra pepperrot (HRP) ble immobilisert via adsorpsjon og enzymaktivitet testet med pyrogallol enzymassay. Det ble ikke observert enzymaktivitet. HRP ble immobilisert på PU mikropartikler uten gull-nanopartikler. PU mikropartikler ble syntetisert med varierende forhold PVA:HDI. Forhold på 1:20 ga høyeste immobiliseringsprosent på 80 %. Enzymaktiviteten ble forsøkt testet kvalitativt og kvantitativt. Kvalitativt ble bekreftet på grunnlag av fargeendring med pyrogallol-, amplex red- og ABTS enzymassay. Kvantitativ enzymaktivitet kunne ikke bekreftes. Immobilisert HRP viste aktivitet på grunnlag av fargeendring etter fem kjøringer med ABTS enzymassay. Immobilisering fungerte på opptil 90 dager gamle PU mikropartikler.Polyurethane (PU) microparticles, from polyvinyl alcohol and hexamethylene diisocyanate, were synthesized with microwave heating employing a Biotage Initiator +, Fourth Generation Microwave Synthesizer. PU microparticles were characterized by IR (Agilent Technologies 5500 Series FT-IR spectrophotometer) and 1H NMR (Bruker Ascend TM 400). Optimal conditions were found to be 2 min at 170 °C in a 10-20 mL container. Particle size were determined with laser diffraction (masterziser 3000, Aero S) and showed that the microparticles consist of particles with varying size distribution between 2 µm and 3080 µm. The larger particles are probably due to particle clumping. PU microparticles were modified with gold nanoparticles with absorption. Horseradish peroxidase (HRP) was immobilized via adsorption. Enzyme activity was not observed. HRP was immobilized onto PU microparticles without gold nanoparticles. The PU microparticles was synthesized using different ratios of PVA:HDI. A ratio of 1:20 gave the highest immobilization with a immobilization yield of 80 %. The enzyme activity was tested both qualitatively and quantitively. Qualitative was confirmed on the basis of color change with pyrogallol, amplex red and 2,2′-azino-bis (3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid) (ABTS) enzyme assay. Quantitatively this could not be confirmed. Immobilized HRP showed activity after five ABTS enzyme assays. PU microparticles was also shown to be usable, without losing activity, 90 days after synthesis.M-K

NAVIGATION AND SLIP DETECTION FOR AN AUTONOMOUS ROBOT IN CROP FIELDS

Autonome roboter som opererer i avlingsfelt, blir ofte utsatt for hjulspinn. Navigasjonssystemer for roboter er som oftest avhengig av målinger fra hjulenkodere for å estimere robotens lineære hastighet og vinkelhastighet. Hastighetsmålingene fra hjulenkodermålingene blir også ofte brukt for å finne posisjonen og orienteringen til roboten gjennom integrering. Når roboten er utsatt for hjulspinn blir hastighetsmålingene fra enkodermålingene feilaktige. Navigasjonssystemer for roboter som er utsatt for hjulspinn må derfor inneholde alternative målinger for å estimere den lineære hastigheten og vinkelhastigheten når roboten blir utsatt for glidning. I denne oppgaven er det utviklet et navigasjonssystem som kan oppdage glidning og estimere tilstandene til roboten når roboten er utsatt for gliding. Det foreslåtte navigasjonssystemet sammenligner målinger fra en IMU og et globalt posisjoneringssystem med enkodermålingene for å oppdage glidning. Tilstandsestimeringsmetoden bruker glidedeteksjonen til å veksle mellom enkodermålinger når det ikke er noe hjulspinn, og et treghetsnavigasjonssystem som bruker IMU målinger for å estimere robotens hastighet. Det foreslåtte navigasjonssystemet blir testet og evaluert i simuleringer gjennom en rekke tester. Resultatene viser at det foreslåtte navigasjonssystemet effektivt kan oppdage glidning. Imidlertid er tilstandsestimeringen når roboten er utsatt for glid variert

Parkinsons sykdom: Ikke bare utenpå

Bakgrunn for valg av tema: Gjennom litteratur og praksis oppleves et stort fokus på de motoriske plagene pasienter med Parkinsons sykdom opplever. Dette til tross for at de psykiske plagene som kan oppstå i minst like stor grad er med på å svekke deres livskvalitet og funksjon. Av den grunn ses det som vesentlig at sykepleiere har kunnskaper om de psykiske innvirkningene denne sykdommen har på pasientenes liv, samtidig som de er i stand til å gi tilrettelagt sykepleie for å øke deres livskvalitet og livsutfoldelse. Problemstilling: Hvordan kan sykepleie bidra til god livskvalitet hos Parkinson pasienter som opplever psykisk vansker? Hensikt: Å få økt kunnskap om hvordan sykepleiere kan tilrettelegge og veilede slik at pasienter med Parkinsons sykdom og påfølgende psykiske vansker kan oppleve best mulig livskvalitet. Metode: Systematisk litteraturstudie er benyttet i denne oppgaven. For å gi svar på problemstillingen har det blitt søkt etter forskning i databasene CINAHL og PubMed for å finne relevante forskningsartikler som allerede finnes på det aktuelle området. Resultat: Forskning viser at forskjellige behandlingsmetoder er med på å bedre livskvaliteten hos Parkinson pasienter og at denne pasientgruppen er mottakelig for intervensjon. Her ser man blant annet at kognitiv adferdsterapi, styrking av selvledelse og deltagelse, og sosial rehabilitering er sentrale begreper. Man ser også at god og tilrettelagt informasjon, tilstrekkelig kunnskap, opplæring, støtte og styrking av pasientenes mestring er med på å bedre deres livskvalitet, og at sykepleieren har en sentral rolle i dette arbeidet