RUbioSeq+: A multiplatform application that executes parallelized pipelines to analyse next-generation sequencing data

This is the peer reviewed version of the following article: Computer Methods and Programs in Biomedine 138 (2016): 73-81, which has been published in final form at http://dx.doi.org/10.1016/j.cmpb.2016.10.008Background and objective To facilitate routine analysis and to improve the reproducibility of the results, next-generation sequencing (NGS) analysis requires intuitive, efficient and integrated data processing pipelines. Methods We have selected well-established software to construct a suite of automated and parallelized workflows to analyse NGS data for DNA-seq (single-nucleotide variants (SNVs) and indels), CNA-seq, bisulfite-seq and ChIP-seq experiments. Results Here, we present RUbioSeq+, an updated and extended version of RUbioSeq, a multiplatform application that incorporates a suite of automated and parallelized workflows to analyse NGS data. This new version includes: (i) an interactive graphical user interface (GUI) that facilitates its use by both biomedical researchers and bioinformaticians, (ii) a new pipeline for ChIP-seq experiments, (iii) pair-wise comparisons (case–control analyses) for DNA-seq experiments, (iv) and improvements in the parallelized and multithreaded execution options. Results generated by our software have been experimentally validated and accepted for publication. Conclusions RUbioSeq+ is free and open to all users at http://rubioseq.bioinfo.cnio.es/.M.R-C is funded by the BLUEPRINT Consortium (FP7/ 2007-2013) under grant agreement number 282510. J.M.F is funded by the INB Node 2 - CNIO, a member of Proteored - PRB2-ISCIII and is supported by grant PT13/0001, of the PE I+D+i 2013-2016, funded by ISCIII and FEDER. H.L-F is funded by a postdoctoral fellowship from the Xunta de Galicia. F.F-R and D.G-P are funded by the European Union's Seventh Framework Programme FP7/REGPOT 2012 2013.1 under grant agreement n° 316265 (BIOCAPS) and the "Platform of integration of intelligent techniques for analysis of biomedical information" project (TIN2013-47153-C3-3-R) financed by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness C.FT is funded by the "Spanish National Youth Guarantee Implementation Plan” (2013/2016) financed by the Spanish Ministry of Economy and Competitivenes

SITCOVER: diseño de un Sistema de Información Geográfica para el futuro Corredor Verde del Guadiamar

El Proyecto de creación de un Corredor Verde a lo largo del cauce del río Guadiamar es una propuesta interesante de aplicación metodológica e instrumental de las herramientas de análisis territorial comunmente usadas por los geógrafos. Aun sin ánimo de ser exhaustivos, pueden sistematizarse algunas de las ventajas/aptitudes más evidentes: -primero, los programas de observación espacial permiten disponer de un amplio archivo de imágenes con propiedades resolutivas muy completas. Dado que el Proyecto persigue la recuperación de la franja afectada por el vertido tóxico, es de suma importancia disponer de información registrada con anterioridad a la catástrofe con la que reconstruir el escenario que se persigue. - la cartografía digital puede contribuir a la tarea, bien aportando información adicional en lo que se refiere a las coberturas y usos del suelo anteriormente existentes como a su capacidad para construir representaciones fieles de registro-medio vivo-muestra de la capacidad de regeneración-registro de cambios -los sistemas de información geográfica son imprescindibles para una utilización eficiente de las herramientas anteriores entre sí y vinculadas a otras fuentes de información colaterales, pero sobre todo son una herramienta eficaz como apoyo en la toma de decisiones a partir de informaciones complementarias. Con nuestra aportación al Congreso del Grupo de Trabajo perseguimos mostrar algunos de los primeros análisis que estámos llevando a cabo para el desarrollo de un Sistema de Información Territorial del Corredor Verde (SITCOVER). En concreto planteamos: -una primera identificación de los usos existentes antes del vertido en la cuenca del Guadiamar, -el señalamiento, enumeración y extensión ocupada por los que se han visto afectados, -y por último, su clasificación ambiental y funcional para la identificación de aquellos que puedan constituírse en exponentes de su recuperación

Programa de prácticas de clínica de perros y gatos

El alumno conocerá las partes del expediente clínico orientado a problemas y como utilizarlo en la práctica clínica

Information systems climatology: the CLIMA (Andalusian Information Subsystem for environmental Climatology)

Las variables meteorológicas se encuentran involucradas en un amplio abanico de los procesos físico-ambientales, territoriales, sociales y económicos que afectan a nuestras sociedades. Los procesos de producción de información meteorológica han sufrido, paralelamente, un incremento exponencial en las últimas dos décadas en el conjunto del territorio español. Por otro lado, las exigencias de una información completa, de calidad, accesible y útil por parte de los numerosos estudios y aplicaciones en los que las variables meteorológicas y climáticas se integran, han generado la necesidad de abordar procesos de diseño e implementación de Sistemas de Información que respondan a estas necesidades planteadas. La respuesta a esta necesidad en Andalucía ha sido la puesta en marcha del Subsistema de Información de Climatología Ambiental de Andalucía (CLIMA). Dicho Sistema de Información debía garantizar la integración del conjunto de redes y estaciones de observación existentes en el territorio andaluz (Instituto Nacional de Meteorología, Ministerio de Agricultura, Consejería de Agricultura y Consejería de Medio Ambiente, Instituto Nacional de Técnicas Aeroespacial, etc…), garantizar la homogeneidad y calidad del ingente volumen de información generada en las últimas décadas, permitir el acceso público a dicha información y generar aplicaciones de gestión ambiental a partir de los datos integrados en el Sistema. La comunicación recoge información básica sobre el proceso de diseño y puesta en explotación de CLIMA, deteniéndose en los aspectos metodológicos esenciales que presidieron dicho proceso: integración de redes de observación, diseño de los métodos de validación e interpolación aplicados a las distintas variables medidas en los observatorios meteorológicos y explotación del banco de datos actual y difusión del mismo a través deInternet (www.juntadeandalucia.es/medioambiente/site/web).The meteorological variables are immersed in a wide spectrum of physical-environmental, territorial, social and economical factors which affect our societies. The production process of meteorological information has undergone, at the same time, an exponential increment in the last two decades throughout the Spanish territory. Also, the need for a quality, accessible, useful and complete information from the various studies and applications in which climatological and meteorological variables are integrated, have generated the need to approach the design and implementation of Information Systems that respond to these needs that have risen. Andalusia has responded to this demand by launching the CLIMA, Andalusian Information Subsystem for environmental Climatology. This information system was designed to guarantee the integration of the existing observation stations and networks within the Andalusian territory (Instituto Nacional de Meteorología, Ministerio de Agricultura, Consejería de Agricultura y Consejería de Medio Ambiente, Instituto Nacional de Técnicas Aeroespacial, etc…), guarantee the homogeneity and quality of the huge amount of information generated in the last decades, ensure public access to this information and finally generate environmental managing applications based on the data integrated in the system. This press release gathers basic information about the design and implementation of CLIMA, closely looking into the essential methodological aspects of the project: the observation network integration, the design of interpolation and validation methods applied to the different variables measured in the meteorological observatories and the usage of the current database as well as its broadcast on the internet. (www.juntadeandalucia.es/medioambiente/site/web)

La covariación espacial de la precipitación en la Península Ibérica y su contribución al establecimiento de mecanismos de compensación interterritorial como instrumento de ayuda en la gestión de las sequías

La alta covariación que se registra entre las precipitaciones de las distintas cuencas vertientes que componen el territorio peninsular, con la excepción de la vertiente Norte y Noroeste, parece excluir la posibilidad de llevar a cabo mecanismos de compensación interterritorial en situaciones de sequía. Sin embargo, el estudio de la covariación durante los períodos de déficit hídrico, y en particular durante los períodos prolongados, parece revelar que la utilización de esos mecanismos de compensación en caso de sequía cuenta con muchas más posibilidades de las sugeridas hasta ahora, posibilidades que no apuntan hacia la utilización de mecanismos rígidos y unidireccionales desde unas supuestas cuencas excedentarias hacia otras deficitarias, sino que abogan por una mayor interconexión entre todas las cuencas y por un aumento en la flexibilización de los intercambios

Metodología de cálculo de valores de precipitación diaria en estaciones meteorológicas automáticas para la obtención de indicadores climáticos mensuales

Los recursos hídricos constituyen el eje central de la política ambiental en Andalucía y, por ello, la generación de indicadores climáticos en esta Comunidad Autónoma en rutina es uno de los objetivos prioritarios en la gestión ambiental de la región. Sin embargo, las dificultades derivadas de la obtención de los datos necesarios que permitan disponer de estos indicadores de seguimiento, de forma sincrónica y continua en el tiempo, constituyen un problema aún no resuelto. Los registros provenientes de las estaciones climáticas automáticas no permiten disponer, hoy por hoy, de una información regular ni en el espacio ni el tiempo, lo que impide generar estos indicadores con la actualidad y continuidad necesarias. El principal reto se centra en la obtención de información regional pluviométrica, a escala diaria, a partir de la cual se puedan calcular los valores mensuales, con el objetivo de generar series continuas sin presencia de lagunas en estos datos. En el caso de algunos indicadores, como los de sequía, esta continuidad temporal de los registros mensuales de precipitación es una condición básica para poder efectuar su cálculo, al estar basados en el déficit pluviométrico calculado, como diferencia de precipitación con el mes anterior. Andalucía dispone de varias redes de estaciones automáticas meteorológicas con una cobertura espacial suficiente como para garantizar una buena representación de las variables climáticas que se especialicen. Un conjunto de 84 observatorios fueron utilizados para interpolar los valores diarios de precipitación a partir de las estaciones automáticas disponibles en cada fecha mediante el procedimiento de splines. Mediante regresión lineal se interpolaron las lagunas diarias, utilizando los datos de precipitación obtenidos y los del entorno (precipitación regional) recabados para esa fecha a partir de una ventana de 25 Kilómetros. Todo el proceso se ejecuta mediante un modelo iterativo creado con la aplicación Model Builder de ArcGis, sobre el modelo de información almacenado en una base de datos geográfica diseñada a tal efecto. El procedimiento permite obtener los valores de precipitación mensuales y estimar el error diario y mensual.Water resources are the key issue of environmental policy in Andalusia and, therefore, the generation of climate indicators in routine is of prior interest for environmental policies in the region. However, the difficulties arising from the acquisition of data that enables the delivery of these indicators continuously in time are an unresolved problem. Records from automatic weather stations cannot have, today, regular information in either space or time, which prevents the generation of these indicators to current and continuity. The main challenge is to obtain daily regional rainfall data, from which is calculated monthly values, in order to generate continuous series without the presence of gaps. For some indicators, such as indicators of drought, this temporal continuity of monthly precipitation records is necessary for their calculation as is based on the rainfall deficit calculated as the difference of precipitation with the previous month. Andalucía has several automatic weather station networks with a good spatial coverage to ensure the spatial representation of climatic variables. A set of 73 observatories were used to interpolate daily precipitation values from the automatic stations available on each date by splines procedure. Simple linear regression is used to interpolate daily gaps in the selected stations, using the rainfall data recorded and the regional precipitation obtained for that station and date within a window of 25 kilometres. The whole process runs through an iterative model created with the Model Builder application of ArcGis stored in a geographic database designed for this purpose. The procedure allows the estimation of monthly rainfall data and estimation of the daily and monthly error

Detection of the Endosomal Sorting Complex Required for Transport in Entamoeba histolytica and Characterization of the EhVps4 Protein

Eukaryotic endocytosis involves multivesicular bodies formation, which is driven by endosomal sorting complexes required for transport (ESCRT). Here, we showed the presence and expression of homologous ESCRT genes in Entamoeba histolytica. We cloned and expressed the Ehvps4 gene, an ESCRT member, to obtain the recombinant EhVps4 and generate specific antibodies, which immunodetected EhVps4 in cytoplasm of trophozoites. Bioinformatics and biochemical studies evidenced that rEhVps4 is an ATPase, whose activity depends on the conserved E211 residue. Next, we generated trophozoites overexpressing EhVps4 and mutant EhVps4-E211Q FLAG-tagged proteins. The EhVps4-FLAG was located in cytosol and at plasma membrane, whereas the EhVps4-E211Q-FLAG was detected as abundant cytoplasmic dots in trophozoites. Erythrophagocytosis, cytopathic activity, and hepatic damage in hamsters were not improved in trophozoites overexpressing EhVps4-FLAG. In contrast, EhVps4-E211Q-FLAG protein overexpression impaired these properties. The localization of EhVps4-FLAG around ingested erythrocytes, together with our previous results, strengthens the role for EhVps4 in E. histolytica phagocytosis and virulence

Globalclimatemonitor org: una herramienta de acceso a datos climáticos globales

Presentamos el sistema Global Climate Monitor: un modelo de datos y una herramienta de geovisualización para la difusión de datos climáticos globales y de indicadores climático-ambientales derivados, de fácil comprensión, que permitan transmitir el comportamiento del clima a escala global a cualquier potencial usuario, dentro o fuera de la comunidad científica. Los datos que se ofrecen actualmente en el visor (http://www.globalclimatemonitor.org) se corresponden con la versión CRU TS3.21 de la base de datos de la Climate Research Unit (U. of East Anglia), producto que ofrece datos a una resolución espacial de medio grado en latitud y longitud y que abarcan desde enero de 1901 a diciembre de 2012 a escala mensual.We present the Global Climate Monitor System: a data model and a geovisualization tool for broadcasting global climatic data and derived indicators to any potential user. The data which is currently displayed on the viewer (http://www.globalclimatemonitor.org) corresponds to the CRU TS3.21 version of the Climate Research Unit (University of East Anglia) database, a product that provides data at a spatial resolution of half a degree in latitude and longitude, spanning from January 1901 to December 2012 on a monthly basis

Identification of the Phosphorylated Residues in TveIF5A by Mass Spectrometry

AbstractThe initiation factor eIF5A in Trichomonas vaginalis (TveIF5A) is previously shown to undergo hypusination, phosphorylation and glycosylation. Three different pI isoforms of TveIF5A have been reported. The most acidic isoform (pI 5.2) corresponds to the precursor TveIF5A, whereas the mature TveIF5A appears to be the most basic isoform (pI 5.5). In addition, the intermediary isoform (pI 5.3) is found only under polyamine-depleted conditions and restored with exogenous putrescine. We propose that differences in PI are due to phosphorylation of the TveIF5A isoforms. Here, we have identified phosphorylation sites using mass spectrometry. The mature TveIF5A contains four phosphorylated residues (S3, T55, T78 and T82). Phosphorylation at S3 and T82 is also identified in the intermediary TveIF5A, while no phosphorylated residues are found in the precursor TveIF5A. It has been demonstrated that eIF5A proteins from plants and yeast are phosphorylated by a casein kinase 2 (CK2). Interestingly, a gene encoding a protein highly similar to CK2 (TvCK2) is found in T. vaginalis, which might be involved in the phosphorylation of TveIF5A in T. vaginalis