Use of Molecular Biology Techniques for Identification and Analysis of Probiotic Bacteria

Izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) je velmi důležitým krokem v molekulární diagnostice mikroorganismů. Pro amplifikaci DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR) je nezbytná vysoká kvalita izolované DNA. Izolace DNA pomocí konvenční fenol–chloroformové extrakce a srážení DNA ethanolem je časově náročná a vyžaduje použití toxického fenolu. Dalším způsobem izolace DNA je použití komerčně dostupných izolačních kitů, které jsou ovšem ekonomický náročné a neposkytují vysoké výtěžky. Magnetické separační techniky využívající magnetické pevné částice jsou jednou z moderních metod, které urychlují izolaci nukleových kyselin. Cílem této práce bylo ověřit použití dvou typů magnetických částic pro adsorpci DNA na pevnou fázi. Magnetické mikročástice P(HEMA – co – GMA) obsahující skupinu –NH2 a nanočástice PLL, které obsahují polylysin. Množství DNA v separační směsi bylo měřeno za použití ultrafialové spektrofotometrie (UV). Metoda byla testována nejprve na DNA z kuřecích erytrocytů. Pro adsorpci DNA na magnetické částice byl použit fosfátový pufr (pH 7, 7,6 a 8). Ukázalo se, že přibližně polovina DNA byla adsorbována na částice. Následně byly optimalizovány eluční podmínky a nakonec byla testována izolace bakteriální DNA a metoda byla použita k izolaci DNA z reálných vzorků potravinových doplňků stravy. Tato DNA eluovaná z částic byla v kvalitě vhodné pro PCR. Vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM) je jednoduchá a levná metoda, která je používána pro diskriminaci amplikonů po polymerázové řetězové reakci (PCR) v reálném čase. V této práci byla testována HRM-PCR pro rychlou identifikaci kmenů patřících do skupiny Lactobacillus. Byly použity tři různé metody izolace DNA: fenolová extrakce, separace pomocí magnetických částic a izolace pomocí komerčního kitu. K amplifikaci genu 16S rRNA bylo testováno 10 párů primerů pro cílové genové fragmenty (LAC1 - LAC2, LAC2 - LAC4, P1V1 - P2V1, Gro F - GroR, 3BA - 338f - Primer 1, V1F - V1R, CHAU - V3F - CHAU - V3R, CHAU - V6F - CHAU - V6R, poxcDNAFw - poxPromRVC, poxcDNAFw - poxPromRVT). Použitím párů primerů GroF/R a LAC2/4 byly úspěšně identifikovány druhy patřící do rodu Lactobacillus. Výsledky analýzy HRM – PCR ukazují rozdíly mezi sledovanými metodami extrakce použitými pro izolaci DNA.Isolation of deoxyribonucleic acid (DNA) is an important step in the molecular diagnostics of microorganisms. A high quality of isolated DNA is necessary for DNA amplification by the polymerase chain reaction (PCR). The conventional DNA isolation using phenol-chloroform extraction and DNA precipitation in ethanol is time-consuming and requires the use of toxic phenol. Alternative method of DNA isolation is use of commercially available kits which, however, are expensive and their efficiency is low. Magnetic separation techniques using magnetic solid particles are one of modern methods to speed up the nucleic acids isolation. The aim of this work was to use two different types of magnetic particles for solid-phase DNA extraction. Magnetic microparticles P(HEMA – co – GMA) containing –NH2 group and nanoparticles PLL, whitch contains polylysine. The amounts of DNA in separation mixtures were measured using ultraviolet spectrophotometry (UV). The first experimental conditions were tested on chicken erythrocytes DNA. Phosphate buffer (pH 7, 7.6 and 8) was used for adsorption of DNA on magnetic particles. It was shown that approximately almost one half of DNA was adsorbed on the particles. The elution conditions of DNA were also optimized. Secondly, bacterial DNA was tested. After optimalization, the developed method was used for DNA isolation from real food supplements. This DNA eluted from the particles was in PCR ready quality. High resolution melting (HRM) curve analysis is a simple, low-cost method for amplicon discrimination and easy connection with real-time polymerase chain reaction (PCR). In this thesis, we report rapid species identification of strains belonging to the Lactobacillus group using HRM-PCR. Three different DNA isolation methods were used in this work: phenol extraction, separation using magnetic particles and commercial kit. Ten sets of targeted gene fragments primers (LAC1 – LAC2, LAC2 – LAC4, P1V1 – P2V1, Gro F – Gro R, 3BA-338f – Primer 1, V1F – V1R, CHAU - V3F – CHAU - V3R, CHAU - V6F – CHAU - V6R, poxcDNAFw – poxPromRVC, poxcDNAFw – poxPromRVT) were tested for amplification of the 16S rRNA gene. Use of GroF/R and LAC2/4 primers pairs successfully identify strains belong to the Lactobacillus group. The variance between used extraction methods for evidence of HRM curves was found.

Assessment of Market Value of the Easement on the Route of the Sewage Pipelines

Diplomová práce se zabývá problematikou věcných břemen zatěžující nemovitosti v ČR. Cílem diplomové práce je na základě provedeného ocenění stanovit hodnotu věcného břemene a hodnotu rodinného domu zatíženého věcnými břemeny, zhodnotit a zdůvodnit případné znehodnocení nemovitosti zřízením věcných břemen. V teoretické části jsou vymezeny pojmy související s oceňováním nemovitostí, metody oceňování nemovitostí a pojmy z katastru nemovitostí. Poté následuje právní úprava věcných břemen, metody a postupy ocenění věcných břemen a ocenění nemovitostí s věcným břemenem. Praktická část se zabývá oceněním věcného břemene. Městský úřad ve Vyškově zrealizoval výstavbu obecní splaškové kanalizaci v místních částech Lhota a Rychtářov. Vedení kanalizace probíhá přes soukromé pozemky, a proto je s vlastníky dotčených pozemků zahájeno jednání o zřízení věcného břemene, které je po dohodě následně smluvně ošetřeno. Na závěr této části je shrnutí a porovnání ceny věcného břemene v roce 2011 a 2014. Dále je v praktické části oceňován rodinný dům v místní části Rychtářov. Na závěr práce je stanovena obvyklá cena rodinného domu a zhodnocení vlivu věcného břemene (služebnosti) na věc nemovitou.This dissertation deals wtih a problematice of easements of real estates in Czech Republic.The main goal of the dissertation is to estimate the value of considered easement and value of the family house burdened with the easements, consider and give reasons for possible devaluation of the real estate by making the easements. In the theoretical part are defined the terms connected with the real estate business, methods of valuation of the real estates and terms from land registry. Legislation of easements, methods and proceduresof valuation of easementsand valuationof real estates with easements follows. Practical part is about valuation of easements. Municipakl authority in Vyškov reallized construction of sewers in local parts Lhota and Rychtářov. The sewers goes through lands thats why the easements are established for the land owners. The easements are provided with conrtracts. The final part of the dissertation includes the summary and comparison of easements in 2011 and 2014, example of valuation of family house in local part Rychtářov and valuation of the influence of easement on the real estate.

Informovaný souhlas / Informační povinnost / Poučení / Souhlas ošetřovaného

Oblast informovaného souhlasu byla zpracována v celé řadě publikací, domnívám se, že mnohé další budou následovat v návaznosti na změny přinášející právní předpisy, konkrétně na nový zákon č. 89/2012 Sb. občanský zákoník, účinný od 1. 1. 2014.1 Lékařské výkony mají svá rizika, své důsledky a často i alternativy a možnosti. Jedním ze základních práv pacienta je právo pacienta být předem informován o účelu a povaze zákroku, jeho alternativách, důsledcích a rizicích. Povinností poskytovatele zdravotních služeb je tyto informace pacientovi poskytnout. Stále častěji poskytovatelé zdravotních služeb čelí stížnostem a žalobám na odborné pochybení při poskytování zdravotních služeb, nýbrž pro porušení pacientových práv.2 S ohledem na tuto skutečnost pokládám za důležité zvyšovat právní vědomí v oblasti zdravotnického práva a představit účinnou úpravu informovaného souhlasu s důrazem na výkladové obtíže, které nastaly s účinností nového občanského zákoníku a nastínit možná východiska pro praxi

Legislation, Accounting and Taxation of Public Non-Profit Budgetary and Contributory Organizations in the Czech Republic and the Slovak Republic

Import 26/06/2013Diplomová práce mapuje současnou právní úpravu týkající se organizace, pravomocí, hospodaření a finanční kontroly některých vybraných účetních jednotek v České republice a jim odpovídajícím organizacím veřejného sektoru ve Slovenské republice. Dále jsou popsány metody účetnictví a výkaznictví a také rozsah a způsob zdaňování těchto jednotek. Práce ve svém závěru poznatky získané v obou státech srovnává.The graduation thesis follows the current legislation regarding the organization, powers, economy activities and financial control of some selected accounting units in the Czech Republic and their corresponding public sector organizations in the Slovak Republic. There are described the methods of accounting and financial reporting, and the extent and methods of taxation of these units too. The thesis compares the knowledge gained in both countries in finding.117 - Katedra účetnictvívelmi dobř

MAXIMIZATION OF WEAR RATES THROUGH EFFECTIVE CONFIGURATION OF STANDOFF DISTANCE AND HYDRAULIC PARAMETERS IN ULTRASONIC PULSATING WATERJET

A pulsating waterjet is a technological modification of a conventional waterjet that utilizes ultrasonic vibrations to generate a modulated jet, resulting in repetitive fatigue loading of the material. The erosion efficiency of the ultrasonic pulsating waterjet is majorly determined by the hydraulic factors and its interaction with standoff distance. However, the dependency of the wear rates on different hydraulic factors and formulation of an implicit prediction model for determining effective standoff distance is still not present to date. Therefore, in this study, the combined dependency of the supply pressure (20-40 MPa), nozzle diameter (0.3-1.0 mm), and standoff distance (1-121 mm) on wear rates of AW-6060 aluminum alloy are studied. Statistical analysis is used to determine the statistically significant factors and formulate regression equations to determine output responses within the experimental domain. The surface topography and sub-surface microhardness of the eroded grooves were studied. The results show that both the disintegration depth and the material removal increase with an increase in the nozzle diameter and supply pressure. However, the dependency of the output responses on nozzle diameter is statistically more evident than supply pressure and two-way interactions. Cross-sectional images of the grooves showed typical hydrodynamic erosion characteristics in erosion cavities, subsurface voids, and material upheaving. The results of microhardness analysis showed an approximately 15-20% increase in hardness values compared to the untreated samples

Sedimentace v malých vodních nádržích

V současné době roste počet malých vodních nádrží v Česku i na Slovensku, které mají dva hlavní úkoly – protipovodňová ochrana a zásoba vody pro období sucha. Tyto malé vodní nádrže se často objevují v zemědělských oblastech, kde je velký potenciál jejich využití. Problém těchto oblastí je silná eroze půdy, která vede k odnosu a následnému uložení erodovaného materiálu v nádržích či nad jinými překážkami. Takto uložené sedimenty snižují retenční kapacitu nádrže, zvyšují koncentraci chemických látek, což vše může vést ke zhoršení kvality vody v nádrži i pod ní. Tento příspěvek se zaměřuje na dvě malé nádrže vybudované v roce 2011, u kterých se od uvedení do provozu sleduje množství uložených sedimentů. Jsou zde představeny dvě různé metody, jak odvodit množství sedimentů z měření vývoje dna nádrže, včetně možné aplikace empirických erozních modelů pro stanovení potenciálního množství erodovaného materiálu. Důraz je také kladen na terénní průzkum pro odběr vzorků půdy a jejich následnou laboratorní analýzu. Takto získané informace mohou pomoci k pochopení transportních i depozičních procesů v nádrži a odpovídající přispívající ploše (povodí). Výsledky poukazují na relativně rychlé zanášení malých vodních nádrží v zemědělské krajině zejména díky intenzivním srážkovým událostem. Množství sedimentů nezávisí na typu nádrže (suchá nebo se stálou hladinou), ale na charakteru povodí (fyzicko-geografické vlastnosti území), využití území a pěstovaných plodinách.The uncontrolled reservoir siltation presents a hazard together with the rising number of reservoirs and current climate change. This paper presents the possible methodologies to measure siltation in small reservoir and how to calculate the potential soil water erosion and deposition of the contributing area. The results show that the USLE-based erosion models are suitable for estimation of erosion processes, especially USPED model, which is capable to model erosion and deposition of the material in the same time. Also, both approaches to investigate the development of the reservoir bottom were verified. The use of AUV EcoMapper is appropriate for reservoirs with stable water level between 1 and 100 meters, however the second approach is more suitable for shallow reservoirs. According to observed and modelled sediment budget of reservoirs the supposed reservoir lifetime was determined from 100 to 400 years. The siltation is much higher in the Svacenický reservoir in contrast to Němčický reservoir (Suchý creek catchment), which corresponds to bigger catchment area, higher percentage of arable land and more variable relief

Informed Consent / Information Obligation / Education / Consent to be Treated

Oblast informovaného souhlasu byla zpracována v celé řadě publikací, domnívám se, že mnohé další budou následovat v návaznosti na změny přinášející právní předpisy, konkrétně na nový zákon č. 89/2012 Sb. občanský zákoník, účinný od 1. 1. 2014.1 Lékařské výkony mají svá rizika, své důsledky a často i alternativy a možnosti. Jedním ze základních práv pacienta je právo pacienta být předem informován o účelu a povaze zákroku, jeho alternativách, důsledcích a rizicích. Povinností poskytovatele zdravotních služeb je tyto informace pacientovi poskytnout. Stále častěji poskytovatelé zdravotních služeb čelí stížnostem a žalobám na odborné pochybení při poskytování zdravotních služeb, nýbrž pro porušení pacientových práv.2 S ohledem na tuto skutečnost pokládám za důležité zvyšovat právní vědomí v oblasti zdravotnického práva a představit účinnou úpravu informovaného souhlasu s důrazem na výkladové obtíže, které nastaly s účinností nového občanského zákoníku a nastínit možná východiska pro praxi.In April 2014, two years elapsed from the effective date of Act no. 372/2011 Coll., on health services (,Health Services Act“), which was part of the laws of the long-awaited government health care reform. The main part of the Act is also a modification of the patient’s consent to the providing of health services, which brought many application problems in practice, as evidenced by an amendment adopted by Act no. 66/2013 Coll., Which come into force effect from 14 March 2013. Another institute change the patient’s consent to the providing of health which come into force from 1 January 2014. Act no. 89/2012 Coll., The Civil Code. In the following paper, the author gives a brief recapitulation of changes and modifications concerning consent to providing of health services in the context of the new legislation enshrined in the Civil Code. The issue of consent, respectively informed consent is elaborated in several publications, all possible sides and angles. This is reflected in from currently effective legislation as the Convention for the Protection of Human Rights and Dignity of the Human Being with regard to the Application of Biology and Medicine (hereinafter, Convention on Biomedicine „) and the provisions of § 31 et seq. Of Act on Health Services and also provision § 2638 of new Civil Code. Just last mentioned modification of legislation brought many difficulties of interpretation, to be discussed in this paper