Análise de seqüências var de populações naturais de Plasmodium falciparum da Amazônia Brasileira

Os genes var de Plasmodium falciparum codificam a proteína PfEMP1 expressa na superfície de eritrócitos infectados e que medeia os fenômenos de citoaderência e \"rosetting\". Ambos os fenômenos estão diretamente associados à malária grave, e seu domínio mais N-terminal, DBL1alfa, media especificamente \"rosetting\". Análise de seqüências DBL1alfa de isolados brasileiros e de outros países revelou que a similaridade entre elas não pode predizer origem geográfica. Com o objetivo de determinar se existem seqüências DBL1alfa associadas à malária grave, analisamos as seqüências DBL1alfa expressas em parasitas obtidos de pacientes brasileiros com esta manifestação clínica e encontramos que as seqüências predominantemente expressas apresentavam uma ou duas deleções de cisteínas. Significativamente, apesar de freqüentes no genoma de parasitas de pacientes com malária não grave, essas seqüências foram raramente expressas. Esses dados demonstram a primeira associação de seqüências PfEMP1 expressas e malária grave em pacientes da Amazônia Brasileira.Plasmodium falciparum var genes code for PfEMP1, a protein expressed on the surface of infected erythrocytes, and which mediates cytoadherence and rosetting. Both phenomena are directly associated with severe malaria and the most N-terminal domain, DBL1alfa, specifically mediates rosetting. DBL1alfa sequence analysis from Brazilian and worldwide isolates revealed that sequence similarities cannot predict geographical origin. To determine whether there are DBL1alfa sequences associated with severe malaria, we examined expressed var DBL1alfa sequences in patients with severe malaria from the Brazilian Amazon and found that the predominantly expressed DBL1alfa sequences from these parasites lacked 1-2 cysteine residues. Significantly, these sequences were amply found on the genomic repertoire of parasites from patients with mild malaria and yet they were rarely expressed. These data demonstrate the first association of particular PfEMP1 expressed sequences and severe malaria in patients from the Brazilian Amazon

Avaliação da sensibilidade in vitro à quinidina em isolados brasileiros de Plasmodium falciparum: análise comparativa à quinina e à cloroquina

Malária falciparum representa grave e crescente problema de saúde pública mundial, dada a resistência do parasito à maioria dos fármacos disponíveis. Em algumas áreas endêmicas, a quinidina, diastereoisômero do antimalárico quinina, vem sendo empregada em substituição a este último. Com o objetivo de avaliar o emprego da quinidina como alternativa à perda crescente de sensibilidade de cepas brasileiras de P. falciparum à quinina, como o observado na região Amazônica, realizamos ensaio comparativo entre quinidina, quinina e cloroquina. A técnica in vitro do microteste de sensibilidade foi utilizada. Todos os isolados mostraram-se altamente resistentes à cloroquina. Resistência à quinina não foi observada, embora altos valores de CMI (concentração mínima inibitória) tenham sido encontrados. Estes resultados corroboram o decréscimo de suscetibilidade de cepas brasileiras à quinina. Observou-se variação de IC50 de 0,053 a 4,577 mimol/L de sangue para a quinidina, enquanto para a quinina estimou-se IC50 de 0,053 a 8,132 mimol/L de sangue. Ademais, observou-se clareamento da parasitemia em concentrações inferiores à da quinidina quando empregada como fármaco antiarrítmico, confirmando estudo anterior por nós realizado. Resultados semelhantes foram encontrados em isolado oriundo da África.Falciparum malaria represents a serious and an increasing world public health problem due to the acquired parasite's resistance to the most available drugs. In some endemic areas, quinidine, a diastereoisomer of the antimalarial quinine, has been employed for replacing the latter. In order to evaluate the use of quinidine as an alternative to the increasing loss of quinine effectiveness in Brazilian P. falciparum strains, as has been observed in the Amazon area, we have assayed quinidine, quinine and chloroquine. The in vitro microtechnique was employed. All isolates showed to be highly resistant to chloroquine. Resistance to quinine was not noted although high MIC (minimal inhibitory concentration) values have been observed. These data corroborate the decreasing sensitivity to quinine in strains from Brazil. Quinidine showed IC50 from 0.053 to 4.577 mumol/L of blood while IC50 from 0.053 to 8.132 mumol/L of blood was estimated for quinine. Moreover, clearance of the parasitemia was observed in concentrations lower than that used for quinidine in antiarrhythmic therapy, confirming our previous data. The results were similar to African isolate

Evaluation of a rapid dipstick test, Malar-CheckTM, for the diagnosis of Plasmodium falciparum malaria in Brazil

The present study was carried out to evaluate the Malar-CheckTM Pf test, an immunochromatographic assay that detects Plasmodium falciparum Histidine Rich Protein II, does not require equipment, and is easy and rapid to perform. In dilution assays performed to test sensitivity against known parasite density, Malar-CheckTMwere compared with thick blood smear (TBS), the gold standard for diagnosis. Palo Alto isolate or P. falciparum blood from patients with different parasitemias was used. The average cut-off points for each technique in three independent experiments were 12 and 71 parasites/mm³ (TBS and Malar-CheckTM, respectively). In the field assays, samples were collected from patients with fever who visited endemic regions. Compared to TBS, Malar-CheckTMyielded true-positive results in 38 patients, false-positive results in 3, true-negative results in 23, and false-negative result in 1. Malar-CheckTMperformed with samples from falciparum-infected patients after treatment showed persistence of antigen up to 30 days. Malar-CheckTM should aid the diagnosis of P. falciparum in remote areas and improve routine diagnosis even when microscopy is available. Previous P. falciparum infection, which can determine a false-positive test in cured individuals, should be considered. The prompt results obtained with the Malar-CheckTM for early diagnosis could avoid disease evolution to severe cases.Este trabalho avaliou o Malar-CheckTM Pf test, ensaio imunocromatográfico que detecta a proteína rica em histidina de Plasmodium falciparum, dispensa uso de equipamentos, é rápido e de fácil execução. Ensaios de diluição com o isolado Palo Alto ou sangue de pacientes com P. falciparum, foram realizados para testar a sensibilidade em diferentes densidades do parasita. Malar-CheckTM foi comparado à gota espessa (GE), padrão ouro para diagnóstico de malária. A média do limiar de sensibilidade para cada técnica em três experimentos independentes foi de 12 e 71 parasitas/mm³ (GE e Malar-CheckTM, respectivamente). Em ensaios de campo, amostras foram coletadas de pacientes febris de áreas endêmicas. Comparado à GE, Malar-CheckTM foi verdadeiramente positivo em 38 pacientes, falso positivo em 3, verdadeiramente negativo em 23 e falso negativo em um. Malar-CheckTMrealizado com sangue de pacientes com P. falciparum após tratamento mostrou persistência do antígeno durante 30 dias. Malar-CheckTM pode ser útil no diagnóstico de P. falciparum em áreas remotas e auxiliar a rotina diagnóstica, mesmo quando a microscopia está disponível. Deve ser considerada infecção pregressa por P. falciparum, que pode determinar testes positivos em indivíduos curados. A rapidez do Malar-CheckTM para o diagnóstico precoce pode evitar evolução para casos graves

Análise de relacionamento genético entre populações de Aedes aegypti de diferentes regiões geográficas do Estado de São Paulo, Brasil

Marcadores de RAPD são utilizados para a análise de diferenciação genética de Aedes aegypti, pois permitem o estudo do relacionamento genético entre populações. Este estudo procurou identificar populações em diferentes regiões geográficas do Estado de São Paulo visando entender o padrão de infestação do A. aegypti. O dendrograma construído com os dados combinados dos padrões de RAPD mostrou que os mosquitos foram separados em dois grupos principais. Mosquitos da região oeste do Estado de São Paulo constituíram um grupo e o outro grupo foi composto de mosquitos de uma cepa de laboratório juntamente com mosquitos de uma cidade litorânea onde se localiza o maior porto da América Latina. Estes dados concordam com o relato de infestação do Estado de São Paulo. A proximidade genética foi maior entre mosquitos cuja origem geográfica foi mais próxima, entretanto, mosquitos da cidade litorânea foram geneticamente mais próximos aos mosquitos criados em laboratório que àqueles coletados no Estado de São Paulo. A origem da infestação deste local permanece obscura mas certamente está relacionada a mosquitos de origens diferentes daqueles que infestaram a região oeste e norte do Estado na década de 80.RAPD markers have been used for the analysis of genetic differentiation of Aedes aegypti, because they allow the study of genetic relationships among populations. The aim of this study was to identify populations in different geographic regions of the São Paulo State in order to understand the infestation pattern of A. aegypti. The dendrogram constructed with the combined data set of the RAPD patterns showed that the mosquitoes were segregated into two major clusters. Mosquitoes from the Western region of the São Paulo State constituted one cluster and the other was composed of mosquitoes from a laboratory strain and from a coastal city, where the largest Latin American port is located. These data are in agreement with the report on the infestation in the São Paulo State. The genetic proximity was greater between mosquitoes whose geographic origin was closer. However, mosquitoes from the coastal city were genetically closer to laboratory-reared mosquitoes than to field-collected mosquitoes from the São Paulo State. The origin of the infestation in this place remains unclear, but certainly it is related to mosquitoes of origins different from those that infested the West and North region of the State in the 80's

Diagnóstico baseado em PCR para avaliar o desempenho de centros de referência em malária

Although the Giemsa-stained thick blood smear (GTS) remains the gold standard for the diagnosis of malaria, molecular methods are more sensitive and specific to detect parasites and can be used at reference centers to evaluate the performance of microscopy. The description of the Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae and P. ovale ssrRNA gene sequences allowed the development of a polymerase chain reaction (PCR) that had been used to differentiate the four species. The objective of this study was to determine Plasmodium species through PCR in 190 positive smears from patients in order to verify the quality of diagnosis at SUCEN's Malaria Laboratory. Considering only the 131 positive results in both techniques, GTS detected 4.6% of mixed and 3.1% of P. malariae infections whereas PCR identified 19.1% and 13.8%, respectively.Embora a gota espessa corada por Giemsa (GTS) permaneça o padrão ouro para o diagnóstico de malária, métodos moleculares são mais sensíveis e específicos para detectar parasitas e podem ser utilizados em centros de referência para avaliar o desempenho da microscopia. A descrição das seqüências dos genes ssrRNA de Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae e P. ovale permitiu o desenvolvimento de uma reação em cadeia da polimerase (PCR) que tem sido utilizada para diferenciar as quatro espécies. O objetivo deste estudo foi determinar as espécies de Plasmodium através de PCR em 190 lâminas positivas de pacientes para verificar a qualidade do diagnóstico realizado no Laboratório de Malária da SUCEN. Considerando somente os 131 resultados positivos em ambas as técnicas, GTS detectou 4,6% de infecções mistas e 3,1% de P. malariae enquanto o PCR identificou 19,1% e 13,8%, respectivamente

Kebutuhan Traktor Dalam Persiapan Lahan Secara Mekanis Pada Budidaya Tembakau Di Sumatera Utara

Tujuan penggunaan tenaga traktor dalam persiapan lahan tembakau adalah untuk meningkatkan produksi dengan meningkatkan luas tanamnya. Produksi tembakau Sumatera Utara masih belum dapat memenuhi kebutuhan lokal namun produktivitasnya sebesar 1105.75 kg/Ha melebihi produktivitas nasional sebesar 848 kg/Ha. Usaha untuk meningkatkan produksi sudah dilakukan dengan meningkatnya luas tanam Sumatera Utara sebesar 1305 Ha. Peningkatan luas tanam ini harus didukung dengan penggunaan traktor dalam persiapan tanahnya agar jadwal tanam yang direncanakan dapat terpenuhi. Jumlah traktor yang harus disediakan oleh Sumatera Utara untuk komoditi tembakau ini sebanyak 38 unit sedangkan bahan bakar yang diperlukan sebanyak 28215 liter

Detection of Plasmodium sp. in capybara

In the present study, we have microscopically and molecularly surveyed blood samples from 11 captive capybaras (Hydrochaeris hydrochaeris) from the Sanctuary Zoo for Plasmodium sp. infection. One animal presented positive on blood smear by light microscopy. Polymerase chain reaction was carried out accordingly using a nested genus specific protocol, which uses oligonucleotides from conserved sequences flanking a variable sequence region in the small subunit ribosomal RNA (ssrRNA) of all Plasmodium organisms. This revealed three positive animals. Products from two samples were purified and sequenced. The results showed less than 1% divergence between the two capybara sequences. When compared with GenBank sequences, a 55% similarity was obtained to Toxoplasma gondii and a higher similarity (73– 77.2%) was found to ssrRNAs from Plasmodium species that infect reptile, avian, rodents, and human beings. The most similar Plasmodium sequence was from Plasmodium mexicanum that infects lizards of North America, where around 78% identity was found. This work is the first report of Plasmodium in capybaras, and due to the low similarity with other Plasmodium species, we suggest it is a new species, which, in the future could be denominated ''Plasmodium hydrochaeri''

Viagem sem volta. [Depoimento a Rodrigo de Oliveira Andrade]

Fêmeas de pinguins-de-magalhães morrem mais que machos durante migração anual.1. Malária aviária e pinguins no Brasil: estudo epidemiológico e patológico de uma enfermidade com potencial risco à conservação da avifauna (nº 10/51801-5); Modalidade Projeto Temático; Coord. José Luiz Catão-Dias/ FMVZ-USP; Investimento R$665.198,08 (FAPESP) 2. Plasmodium spp. em aves silvestres da Fundação Parque Zoológico de São Paulo: identificação de espécie por microscopia e código de barras de DNA (nº 12/51427- 1); Modalidade Auxílio Regular a Projeto de Pesquisa; Coord. Karin Kirchgatter/Sucen-SES/SP; Investimento R$ 52.328,50 (FAPESP

Tracking arboviruses, their transmission vectors and potential hosts by nanopore sequencing of mosquitoes

The risk to human health from mosquito-borne viruses such as dengue, chikungunya and yellow fever is increasing due to increased human expansion, deforestation and climate change. To anticipate and predict the spread and transmission of mosquito-borne viruses, a better understanding of the transmission cycle in mosquito populations is needed. We present a pathogen-agnostic combined sequencing protocol for identifying vectors, viral pathogens and their hosts or reservoirs using portable Oxford Nanopore sequencing. Using mosquitoes collected in São Paulo, Brazil, we extracted RNA for virus identification and DNA for blood meal and mosquito identification. Mosquitoes and blood meals were identified by comparing cytochrome c oxidase I (COI) sequences against a curated Barcode of Life Data System (BOLD). Viruses were identified using the SMART-9N protocol, which allows amplified DNA to be prepared with native barcoding for nanopore sequencing. Kraken 2 was employed to detect viral pathogens and Minimap2 and BOLD identified the contents of the blood meal. Due to the high similarity of some species, mosquito identification was conducted using blast after generation of consensus COI sequences using RACON polishing. This protocol can simultaneously uncover viral diversity, mosquito species and mosquito feeding habits. It also has the potential to increase understanding of mosquito genetic diversity and transmission dynamics of zoonotic mosquito-borne viruses.</p