Study of the microbiota susceptible to persist on open surfaces in a beef processing plant

Ce travail de thèse concerne l'étude de l'écologie microbienne d'un atelier de découpe de viande bovine, dans le but de mieux comprendre la persistance bactérienne, c'est-à-dire, la présence répétée d'un même clone bactérien pendant une longue période malgré l'application bien conduite et régulière du nettoyage et de la désinfection (N-D). Des prélèvements par « chiffonnages » multiples de surfaces d'équipements ont été réalisés lors de trois campagnes de prélèvement espacées les unes des autres d'au moins six mois. Les prélèvements ont été réalisés sur un tapis convoyeur en polychlorure de vinyle (PVC) et sur des machines éplucheuses en acier inoxydable avant et après N-D. Nous avons quantifié les cellules totales (les cellules vivantes et les cellules mortes) par PCR quantitative en temps réel (qPCR), les cellules viables par EMA-qPCR, et les UFC (provenant de cellules cultivables) par dénombrement après incubation à 25°C sur gélose tryptone soja. Les résultats montrent qu'avant N-D, les cellules totales (en moyenne 5,6 – exprimé en log10 cellules/cm2 – sur PVC et 4,7 sur acier inoxydable) sont plus nombreuses que les cellules viables (4,5 sur PVC et 4,4 sur acier inoxydable) lesquelles sont plus nombreuses que les UFC (3,8 sur PVC et 2,9 sur acier inoxydable). Le N-D entraîne moins d'une réduction décimale (RD) des populations à l'exception des UFC sur acier inoxydable qui subissent 1,5 RD en moyenne. Ce dernier chiffre s'explique par des forces d'adhésion faibles. L'étude de la diversité des bactéries cultivables montre que sur un total de 51 genres identifiés, 13 seulement sont retrouvés lors des trois campagnes de prélèvements. Les isolats de ces 13 genres représentent 75, 72 et 62% des isolats des campagnes1, 2 et 3 respectivement. Parmi ces isolats, les plus fréquents sont (par ordre décroissant du nombre d'isolats) : Pseudomonas, Staphylococcus, Microbacterium, Acinetobacter, Chryseobacterium, Psychrobacter et Kocuria. Le génotypage d'isolats de 3 genres majoritaires (Staphylococcus, Pseudomonas et Acinetobacter) montre qu'une seule souche, Staphylococcus equorum, est sans aucun doute persistante. L'ensemble de ces observations montrent que l'écosystème varie d'une campagne à une autre. Ces modifications de la diversité bactérienne reflèteraient les modifications de flores des viandes traitées dans l'atelier, qui ont des origines multiples. En outre, il apparaît que, contrairement à ce qui est généralement admis, les bactéries à coloration de Gram négative cultivables sont plus facilement inactivées par le N-D que les bactéries à coloration de Gram positive. L'étude de l'écosystème par PCR-DGGE a permis d'identifier sept genres bactériens et montre que les espèces dominantes sont toutes sous forme vivante, autrement dit, aucune des espèces dominantes n'a été détectée uniquement sous forme de cellules mortes. Sur les sept genres identifiés six sont des Gram – dont majoritairement les genres Acinetobacter, Pseudomonas et Psychrobacter. Cette dominance montre que le N-D permet une forte perte de cultivabilité des bactéries Gram – mais qu'une grande partie n'est pas détachée. La dominance des bactéries Gram – observée par PCR-DGGE masque les staphylocoques qui ne sont pas détectés alors qu'ils sont majoritaires parmi la flore cultivable. Seul un genre bactérien, Propionibacterium, est identifié par PCR-DGGE uniquement mais il n'est trouvé qu'à une seule campagne et uniquement sur l'acier inoxydable avant N-D. En conclusion, l'avancée majeure de ce travail est la mise en évidence qu'une proportion importante de bactéries survit après les opérations très poussées de N-D mais pour une période transitoire.The aim of this work is to acquire a better knowledge of the microbial ecology of a beef processing plant to understand bacterial persistence, e.g. the presence of a clone isolated several times on several visits in the same processing plant despite regular Cleaning and disinfection (C&D) procedures. Successive swabbing were performed on a PVC conveyor belt and skinning machines made of stainless steel before and after C&D during three surveys in minimal 6 month-intervals. Total cells (live and dead cells) were quantified using real-time quantitative PCR (qPCR). Viable cells e.g. cells with intact membrane, were assessed using Ethidium Monoazide combined with qPCR. Culturable cells (CFU) were determined from plate counts on Tryptone Soy Agar. Before C&D, total cells (5.6 log cells/cm2 and 4.7 log10 cells/cm2 on PVC and stainless steel respectively) were greater than viable cells (4.5 and 4.4 log10 cells/cm2) and CFUs (3.8 and 2.9 log10 CFU/cm2). C&D lead to less than 1 log10 reduction in bacterial populations except for CFU counts on stainless steel where a 1.5 log reduction is observed. This result is highlighted by the weak attachment strengths observed on stainless steel for CFUs. Identification of the culturable microbiota revealed that out of 51 genera identified, 13 were found at all the visits. These genera represented 75, 72 and 62% of the total isolates. The most frequently identified bacteria were Pseudomonas, Staphylococcus, Microbacterium, Acinetobacter, Chryseobacterium, Psychrobacter and Kocuria. Molecular typing of three dominant genera (Staphylococcus, Pseudomonas and Acinetobacter) showed that only one strain, Staphylococcus equorum, was persistent in the premises. Our results show that the microbial ecosystem is different from one survey to another, which reflect the various geographical origins of meat products. Contrary to widespread belief, Gram negative strains were more easily eliminated by C&D than Gram positive strains. Furthermore, the microbial diversity assessed by PCR-DGGE allowed the identification of 7 genera. This molecular approach showed that dominant species are all in a viable state: none of these species was solely detected in a dead state. Of the 7 genera identified, 6 were Gram negative, Acinetobacter, Pseudomonas and Psychrobacter being predominant. This result highlights that C&D induced the lost of culturability of Gram negative bacteria although a high proportion was not detached from the surface. The predominance of Gram negative microflora, didn’t allow the detection of staphylococcal isolates which were numerous in the culturable microflora. One genus, Propionibacterium, isolated in one survey on stainless steel before C&D was only identified by PCR-DGGE. In conclusion, the present study has demonstrated that a large proportion of bacteria can survive drastic cleaning and disinfection for a transient period

Etude du microbiote susceptible de persister sur les surfaces d'un atelier de la filière viande bovine

The aim of this work is to acquire a better knowledge of the microbial ecology of a beef processing plant to understand bacterial persistence, e.g. the presence of a clone isolated several times on several visits in the same processing plant despite regular Cleaning and disinfection (C&D) procedures. Successive swabbing were performed on a PVC conveyor belt and skinning machines made of stainless steel before and after C&D during three surveys in minimal 6 month-intervals. Total cells (live and dead cells) were quantified using real-time quantitative PCR (qPCR). Viable cells e.g. cells with intact membrane, were assessed using Ethidium Monoazide combined with qPCR. Culturable cells (CFU) were determined from plate counts on Tryptone Soy Agar. Before C&D, total cells (5.6 log cells/cm2 and 4.7 log10 cells/cm2 on PVC and stainless steel respectively) were greater than viable cells (4.5 and 4.4 log10 cells/cm2) and CFUs (3.8 and 2.9 log10 CFU/cm2). C&D lead to less than 1 log10 reduction in bacterial populations except for CFU counts on stainless steel where a 1.5 log reduction is observed. This result is highlighted by the weak attachment strengths observed on stainless steel for CFUs. Identification of the culturable microbiota revealed that out of 51 genera identified, 13 were found at all the visits. These genera represented 75, 72 and 62% of the total isolates. The most frequently identified bacteria were Pseudomonas, Staphylococcus, Microbacterium, Acinetobacter, Chryseobacterium, Psychrobacter and Kocuria. Molecular typing of three dominant genera (Staphylococcus, Pseudomonas and Acinetobacter) showed that only one strain, Staphylococcus equorum, was persistent in the premises. Our results show that the microbial ecosystem is different from one survey to another, which reflect the various geographical origins of meat products. Contrary to widespread belief, Gram negative strains were more easily eliminated by C&D than Gram positive strains. Furthermore, the microbial diversity assessed by PCR-DGGE allowed the identification of 7 genera. This molecular approach showed that dominant species are all in a viable state: none of these species was solely detected in a dead state. Of the 7 genera identified, 6 were Gram negative, Acinetobacter, Pseudomonas and Psychrobacter being predominant. This result highlights that C&D induced the lost of culturability of Gram negative bacteria although a high proportion was not detached from the surface. The predominance of Gram negative microflora, didn’t allow the detection of staphylococcal isolates which were numerous in the culturable microflora. One genus, Propionibacterium, isolated in one survey on stainless steel before C&D was only identified by PCR-DGGE. In conclusion, the present study has demonstrated that a large proportion of bacteria can survive drastic cleaning and disinfection for a transient period.Ce travail de thèse concerne l'étude de l'écologie microbienne d'un atelier de découpe de viande bovine, dans le but de mieux comprendre la persistance bactérienne, c'est-à-dire, la présence répétée d'un même clone bactérien pendant une longue période malgré l'application bien conduite et régulière du nettoyage et de la désinfection (N-D). Des prélèvements par « chiffonnages » multiples de surfaces d'équipements ont été réalisés lors de trois campagnes de prélèvement espacées les unes des autres d'au moins six mois. Les prélèvements ont été réalisés sur un tapis convoyeur en polychlorure de vinyle (PVC) et sur des machines éplucheuses en acier inoxydable avant et après N-D. Nous avons quantifié les cellules totales (les cellules vivantes et les cellules mortes) par PCR quantitative en temps réel (qPCR), les cellules viables par EMA-qPCR, et les UFC (provenant de cellules cultivables) par dénombrement après incubation à 25°C sur gélose tryptone soja. Les résultats montrent qu'avant N-D, les cellules totales (en moyenne 5,6 – exprimé en log10 cellules/cm2 – sur PVC et 4,7 sur acier inoxydable) sont plus nombreuses que les cellules viables (4,5 sur PVC et 4,4 sur acier inoxydable) lesquelles sont plus nombreuses que les UFC (3,8 sur PVC et 2,9 sur acier inoxydable). Le N-D entraîne moins d'une réduction décimale (RD) des populations à l'exception des UFC sur acier inoxydable qui subissent 1,5 RD en moyenne. Ce dernier chiffre s'explique par des forces d'adhésion faibles. L'étude de la diversité des bactéries cultivables montre que sur un total de 51 genres identifiés, 13 seulement sont retrouvés lors des trois campagnes de prélèvements. Les isolats de ces 13 genres représentent 75, 72 et 62% des isolats des campagnes1, 2 et 3 respectivement. Parmi ces isolats, les plus fréquents sont (par ordre décroissant du nombre d'isolats) : Pseudomonas, Staphylococcus, Microbacterium, Acinetobacter, Chryseobacterium, Psychrobacter et Kocuria. Le génotypage d'isolats de 3 genres majoritaires (Staphylococcus, Pseudomonas et Acinetobacter) montre qu'une seule souche, Staphylococcus equorum, est sans aucun doute persistante. L'ensemble de ces observations montrent que l'écosystème varie d'une campagne à une autre. Ces modifications de la diversité bactérienne reflèteraient les modifications de flores des viandes traitées dans l'atelier, qui ont des origines multiples. En outre, il apparaît que, contrairement à ce qui est généralement admis, les bactéries à coloration de Gram négative cultivables sont plus facilement inactivées par le N-D que les bactéries à coloration de Gram positive. L'étude de l'écosystème par PCR-DGGE a permis d'identifier sept genres bactériens et montre que les espèces dominantes sont toutes sous forme vivante, autrement dit, aucune des espèces dominantes n'a été détectée uniquement sous forme de cellules mortes. Sur les sept genres identifiés six sont des Gram – dont majoritairement les genres Acinetobacter, Pseudomonas et Psychrobacter. Cette dominance montre que le N-D permet une forte perte de cultivabilité des bactéries Gram – mais qu'une grande partie n'est pas détachée. La dominance des bactéries Gram – observée par PCR-DGGE masque les staphylocoques qui ne sont pas détectés alors qu'ils sont majoritaires parmi la flore cultivable. Seul un genre bactérien, Propionibacterium, est identifié par PCR-DGGE uniquement mais il n'est trouvé qu'à une seule campagne et uniquement sur l'acier inoxydable avant N-D. En conclusion, l'avancée majeure de ce travail est la mise en évidence qu'une proportion importante de bactéries survit après les opérations très poussées de N-D mais pour une période transitoire

Etude du microbiote susceptible de persister sur les surfaces d'un atelier de la filière viande bovine

Ce travail de thèse concerne l'étude de l'écologie microbienne d'un atelier de découpe de viande bovine, dans le but de mieux comprendre la persistance bactérienne, c'est-à-dire, la présence répétée d'un même clone bactérien pendant une longue période malgré l'application bien conduite et régulière du nettoyage et de la désinfection (N-D). Des prélèvements par chiffonnages multiples de surfaces d'équipements ont été réalisés lors de trois campagnes de prélèvement espacées les unes des autres d'au moins six mois. Les prélèvements ont été réalisés sur un tapis convoyeur en polychlorure de vinyle (PVC) et sur des machines éplucheuses en acier inoxydable avant et après N-D. Nous avons quantifié les cellules totales (les cellules vivantes et les cellules mortes) par PCR quantitative en temps réel (qPCR), les cellules viables par EMA-qPCR, et les UFC (provenant de cellules cultivables) par dénombrement après incubation à 25C sur gélose tryptone soja. Les résultats montrent qu'avant N-D, les cellules totales (en moyenne 5,6 exprimé en log10 cellules/cm2 sur PVC et 4,7 sur acier inoxydable) sont plus nombreuses que les cellules viables (4,5 sur PVC et 4,4 sur acier inoxydable) lesquelles sont plus nombreuses que les UFC (3,8 sur PVC et 2,9 sur acier inoxydable). Le N-D entraîne moins d'une réduction décimale (RD) des populations à l'exception des UFC sur acier inoxydable qui subissent 1,5 RD en moyenne. Ce dernier chiffre s'explique par des forces d'adhésion faibles. L'étude de la diversité des bactéries cultivables montre que sur un total de 51 genres identifiés, 13 seulement sont retrouvés lors des trois campagnes de prélèvements. Les isolats de ces 13 genres représentent 75, 72 et 62% des isolats des campagnes1, 2 et 3 respectivement. Parmi ces isolats, les plus fréquents sont (par ordre décroissant du nombre d'isolats) : Pseudomonas, Staphylococcus, Microbacterium, Acinetobacter, Chryseobacterium, Psychrobacter et Kocuria. Le génotypage d'isolats de 3 genres majoritaires (Staphylococcus, Pseudomonas et Acinetobacter) montre qu'une seule souche, Staphylococcus equorum, est sans aucun doute persistante. L'ensemble de ces observations montrent que l'écosystème varie d'une campagne à une autre. Ces modifications de la diversité bactérienne reflèteraient les modifications de flores des viandes traitées dans l'atelier, qui ont des origines multiples. En outre, il apparaît que, contrairement à ce qui est généralement admis, les bactéries à coloration de Gram négative cultivables sont plus facilement inactivées par le N-D que les bactéries à coloration de Gram positive. L'étude de l'écosystème par PCR-DGGE a permis d'identifier sept genres bactériens et montre que les espèces dominantes sont toutes sous forme vivante, autrement dit, aucune des espèces dominantes n'a été détectée uniquement sous forme de cellules mortes. Sur les sept genres identifiés six sont des Gram dont majoritairement les genres Acinetobacter, Pseudomonas et Psychrobacter. Cette dominance montre que le N-D permet une forte perte de cultivabilité des bactéries Gram mais qu'une grande partie n'est pas détachée. La dominance des bactéries Gram observée par PCR-DGGE masque les staphylocoques qui ne sont pas détectés alors qu'ils sont majoritaires parmi la flore cultivable. Seul un genre bactérien, Propionibacterium, est identifié par PCR-DGGE uniquement mais il n'est trouvé qu'à une seule campagne et uniquement sur l'acier inoxydable avant N-D. En conclusion, l'avancée majeure de ce travail est la mise en évidence qu'une proportion importante de bactéries survit après les opérations très poussées de N-D mais pour une période transitoire.The aim of this work is to acquire a better knowledge of the microbial ecology of a beef processing plant to understand bacterial persistence, e.g. the presence of a clone isolated several times on several visits in the same processing plant despite regular Cleaning and disinfection (C&D) procedures. Successive swabbing were performed on a PVC conveyor belt and skinning machines made of stainless steel before and after C&D during three surveys in minimal 6 month-intervals. Total cells (live and dead cells) were quantified using real-time quantitative PCR (qPCR). Viable cells e.g. cells with intact membrane, were assessed using Ethidium Monoazide combined with qPCR. Culturable cells (CFU) were determined from plate counts on Tryptone Soy Agar. Before C&D, total cells (5.6 log cells/cm2 and 4.7 log10 cells/cm2 on PVC and stainless steel respectively) were greater than viable cells (4.5 and 4.4 log10 cells/cm2) and CFUs (3.8 and 2.9 log10 CFU/cm2). C&D lead to less than 1 log10 reduction in bacterial populations except for CFU counts on stainless steel where a 1.5 log reduction is observed. This result is highlighted by the weak attachment strengths observed on stainless steel for CFUs. Identification of the culturable microbiota revealed that out of 51 genera identified, 13 were found at all the visits. These genera represented 75, 72 and 62% of the total isolates. The most frequently identified bacteria were Pseudomonas, Staphylococcus, Microbacterium, Acinetobacter, Chryseobacterium, Psychrobacter and Kocuria. Molecular typing of three dominant genera (Staphylococcus, Pseudomonas and Acinetobacter) showed that only one strain, Staphylococcus equorum, was persistent in the premises. Our results show that the microbial ecosystem is different from one survey to another, which reflect the various geographical origins of meat products. Contrary to widespread belief, Gram negative strains were more easily eliminated by C&D than Gram positive strains. Furthermore, the microbial diversity assessed by PCR-DGGE allowed the identification of 7 genera. This molecular approach showed that dominant species are all in a viable state: none of these species was solely detected in a dead state. Of the 7 genera identified, 6 were Gram negative, Acinetobacter, Pseudomonas and Psychrobacter being predominant. This result highlights that C&D induced the lost of culturability of Gram negative bacteria although a high proportion was not detached from the surface. The predominance of Gram negative microflora, didn t allow the detection of staphylococcal isolates which were numerous in the culturable microflora. One genus, Propionibacterium, isolated in one survey on stainless steel before C&D was only identified by PCR-DGGE. In conclusion, the present study has demonstrated that a large proportion of bacteria can survive drastic cleaning and disinfection for a transient period.PARIS-AgroParisTech Centre Paris (751052302) / SudocSudocFranceF

Avis de l'Anses portant sur « des recommandations relatives à la réduction du risque de diffusion du virus Monkeypox aux animaux en France ». Première partie

Citation suggérée : Anses. (2022). Avis de l’Anses portant sur des recommandations relatives à la réduction du risque de diffusion du virus Monkeypox aux animaux en France. Réponse à la première question (saisine 2022-SA-0102). Maisons-Alfort : Anses, 12 p.Depuis le début du mois de mai 2022, de nombreux cas autochtones d’infection à virus Monkeypox (MPXV) ont été signalés dans plusieurs pays non endémiques, dont la France. Ainsi, au 8 juin 2022, 703 cas humains ont été confirmés dans l’Union européenne/Espace économique européen (UE/EEE), et 473 cas hors UE/EEE (source : ECDC). En France, au 7 juin 2022, 66 cas confirmés de Monkeypox ont été rapportés : 48 cas en Ile-de-France, 8 en Occitanie, 5 en Auvergne-Rhône-Alpes, 2 en Normandie, 1 dans les Haut-de- France, 1 en Centre-Val de Loire et 1 en PACA. À ce jour, en Europe, ces cas sont survenus sans contact avec un animal importé de zone endémique et dans un contexte de transmission interhumaine, principalement, mais pas uniquement, chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH), sans lien direct avec des personnes de retour de zone endémique (source : Santé publique France SPF). Avec l’appui des agences d’expertise, les autorités sanitaires françaises ont mis en œuvre des mesures de santé publique cohérentes avec les recommandations internationales.Le MPX est une zoonose endémique en Afrique du Centre et de l’Ouest, où le MPXV ou des traces d’infection (moléculaires ou sérologiques) ont été mises en évidence chez différentes espèces animales sauvages sans que le réservoir en ait été formellement identifié. Un épisode de cas humains est survenu aux Etats-Unis en 2003, suite à la transmission du virus à deschiens de prairie (Cynomys ludovicianus) détenus comme NAC (Nouveaux animaux de compagnie) par des cricétomes des savanes (ou rats de Gambie, Cricetomys gambianus) importés d’Afrique pour être utilisés comme NAC. Le virus a été éliminé suite aux mesures mises en œuvre au niveau des cas humains, des personnes-contacts et des animaux atteints.Les autorités sanitaires au Royaume-Uni ont émis récemment des recommandations visant à l’éviction et à la mise en observation des animaux de compagnie des cas confirmés.Il est demandé à l’Anses, « afin d’être en capacité d’adapter les mesures de santé publique :- Dans un premier temps, d’émettre des recommandations destinées respectivement aux vétérinaires et aux propriétaires, relatives à la conduite à tenir pour les animaux de compagnie (chiens, chats, rongeurs notamment) au contact d’un cas confirmé de MPX ; une réponse est attendue pour le 10 juin 2022 ;- Dans un second temps, de documenter le risque de transmission du virus par un malade à ses animaux de compagnie, à la faune péridomestique et, par l’intermédiaire des effluents domestiques notamment, à l’environnement, et d’émettre desrecommandations relatives à la réduction de ce risque.Vous préciserez également les éventuelles mesures de surveillance associées à mettre en place. Il vous est également demandé d’évaluer le risque d’importation du virus avec des animaux contaminés et d’émettre des recommandations relatives à la réduction de ce risque.Les recommandations de l’Anses sont attendues pour le 1er septembre 2022. Dans l’attente du rendu définitif de l’avis, il lui est demandé de transmettre les mesures conservatoires qui pourraient être mises en place pour limiter ces différents risques. »Le présent avis porte sur la réponse à la première question

Opinion paper: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 and domestic animals: what relation?

This document was prepared thanks to the collective expertappraisal, carried out by the Anses’expert group‘GECUCovid-19’(ANSES opinion 2020-SA-0037), chaired by Sophie Le Poder and whose members for the animal health component are cited in the authors.International audienceIn late December 2019, an outbreak of clustered cases of pneumonia associated with a novel coronavirus was reported by the Chinese authorities to the World Health Organization (WHO). Several initial confirmed cases were linked to a wetmarket selling live animals and seafood products in Wuhan(Hubei province), China (Huang et al.,2020). On 30 January 2020, the WHO declared the outbreak a Public Health Emergency of International Concern. On 11 February 2020, the causative pathogen was officially named Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), responsible for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) (DuToit, 2020). Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 is mainly transmitted from person to person, by direct or indirect contact, through infectious microdroplets emitted wheninfected individuals spit, sneeze or cough (Bernard Stoecklin et al.,2020). The massive circulation of this new pandemiccoronavirus with a probable zoonotic origin raised questions on its ability to spillover to animal species and on the potential consequences of such events on both animals and humans. This public health concern came to the attention of animal health authorities given the close contacts between humans and domestic animals. Therefore, in France, the French Agency for Food, Environmental and Occupational Health and Safety (ANSES) established an Emergency Collective Expert Appraisal Group (Groupe d’Expertise Collective d’Urgence, GECU‘Covid-19’). The GECU ‘Covid-19’ urgently convened on 4 March 2020 and 8 April 2020 to conduct an evaluation of the potential role of domestic animals in the ongoing COVID-19 pandemic

Avis de l'Anses relatif au rôle épidémiologique éventuel de certaines espèces animales dans le maintien et la propagation du virus SARS-CoV-2

Le 31 décembre 2019, les autorités chinoises informent l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) de cas groupés de pneumonies, en lien avec un marché de fruits de mer et d’animaux vivants dans la ville de Wuhan (région du Hubei), en Chine. Le virus émergent (2019-nCoV), un coronavirus officiellement désigné par l’OMS par « SARS-CoV-2 » (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) le 11 février 2020, est responsable de la maladie COVID-19 (Coronavirus Disease, survenue en 2019).La voie principale de transmission du SARS-CoV-2 est interhumaine, par contact direct ou indirect ou par voie aérienne à travers l’inhalation de microgouttelettes émises lors d’éternuements ou de toux par le patient (Bernard Stoecklin et al. 2020). La transmission du virus peut également se produire à partir d’aérosols infectieux émis sur de courtes distances dans les atmosphères confinées (Fennelly 2020).En quelques mois, la COVID-19 est devenue pandémique, touchant une grande majorité de pays à travers le monde.Le 29 Février 2020, le premier cas d’infection d’un animal par le SARS-CoV-2 est déclaré à Hong-Kong. Il s’agit d’un chien Spitz nain âgé de 17 ans, placé sous quarantaine à la suite de l'hospitalisation de son propriétaire atteint de la COVID-19. L'animal n'a présenté aucun signe clinique spécifique. Les cinq prélèvements oraux et nasaux réalisés successivement entre le 26 Février et le 9 Mars se sont révélés « faiblement positifs » par RT-qPCR. Le virus a pu être isolé à partir de deux des prélèvements. Le 16 mars 2020, le chien est mort. Cependant, les autorités de Hong-Kong ont estimé que sa mort n’était pas imputable à son infection par le SARS-CoV-2. Un article (Sit et al. 2020) précise également que la séquence du virus obtenue chez le chien était très similaire1 à celle du virus isolé chez la propriétaire infectée.D’autres découvertes d’animaux de compagnie infectés ont été déclarées tout au long de l’année 2020. Au stade de la rédaction de l’avis, environ une soixantaine d’animaux de compagnie (des chats et des chiens) en contact étroit avec leur propriétaire atteint de la COVID-19, ont été détectés positifs par RT-qPCR à Hong-Kong, en Europe et aux États-Unis. Des animaux de zoos ont également été découverts infectés (Plateforme ESA2).Par ailleurs, le 23 Avril 2020, les Pays-Bas ont confirmé l’infection de deux élevages de visons par le SARS-CoV-2. Les animaux de ces deux élevages présentaient des signes respiratoires et gastro-intestinaux (Oreshkova et al. 2020). L’hypothèse privilégiée pour expliquer la dissémination du virus au sein des élevages est son introduction initiale aux visons par l’humain puis sa transmission entre les animaux.Plusieurs dizaines d’élevages de visons aux Pays-Bas et au Danemark, un élevage en Espagne et six aux États-Unis ont été détectés positifs au SARS-CoV-2 par RT-qPCR. Les animaux ne présentent pas toujours de signes cliniques.Dans le même temps, différentes équipes de recherche ont lancé des études d’infections expérimentales sur différentes espèces animales, afin de tester leur réceptivité et leur sensibilité à l’infection par le virus SARS-CoV-2.L’objectif de cet état des connaissances au 30 septembre 2020, est d’utiliser les données scientifiques disponibles pour donner un avis d’experts sur le rôle épidémiologique éventuel de certaines espèces animales dans la propagation du SARS-CoV-2.Le présent avis constitue ainsi également une mise à jour de l’avis complété 2020-SA-0037

Avis de l’Anses relatif à la surveillance sanitaire à mettre en œuvre pour le SARS-CoV-2 au sein des élevages de visons et lien avec la santé des travailleurs auprès des visons

Suite aux premiers cas d’infection de visons par le SARS-CoV-2 aux Pays-Bas, fin avril 2020, une surveillance clinique renforcée des quatre élevages français de visons a été mise en place par les DDcsPP dès le mois de mai. Une instruction technique DGAL/SDSPA/2020-342 du 08 juin 2020 est ensuite venue préciser les mesures de prévention et de surveillance de l’infection par le virus SARS-CoV-2 dans les élevages de visons et de furets en France. Dans le même temps, les services du ministère de la santé et des solidarités ont été alertés et les Agences régionales de santé (ARS) se sont rapprochées des exploitants de ces sites pourproposer des précautions sanitaires vis-à-vis du travail auprès de ces élevages.La surveillance évènementielle renforcée (basée sur la surveillance des signes cliniques) mise en place dans les élevages courant mai n’avait pas montré de signe de contamination des animaux par le SARS-CoV-2.L’Anses a été saisie une première fois le 24 juin 2020 par la DGAL sur les modalités de surveillance des élevages de visons français. Un premier avis du 1er juillet 2020 a été complété le 21 septembre 2020 , suite à l’information par la DGAL de l’impossibilité pratique de réaliser certains prélèvements sur visons vigiles.Dans le cadre d’un programme scientifique conduit par le laboratoire de l’Anses « Rage et faune sauvage » basé à Nancy, des analyses sérologiques et virologiques ont été réalisées mi-novembre 2020, à l’occasion des abattages d’animaux pour la production de fourrure. Le plan de prélèvement a été réalisé sur la base des préconisations de l’avis de l’Anses 2020-SA-0080, en vue d’établir le statut sanitaire des visons des quatre élevages. Le 20 novembre2020, l’un de ces quatre élevages, situé dans le département de l’Eure-et-Loir, s’est alors révélé infecté. Les résultats étaient positifs en sérologie et en RT-qPCR (reverse-transcription quantitative real-time polymerase chain reaction) témoignant d’une circulation virale en cours au sein du cheptel. L’ensemble des animaux de l’exploitation a été abattu en novembre 2020. Suite à la mise en œuvre de cette surveillance sérologique et virologique, les trois autresélevages français ont été trouvés indemnes de SARS-CoV-2 en novembre et décembre 2020. Les mesures de biosécurité renforcées et la surveillance évènementielle sont cependant maintenues dans ces trois élevages . Par ailleurs, l’analyse de séquençage du virus découvert dans l’élevage infecté a permis d’exclure un lien direct avec les variants du SARSCoV-2 identifiés aux Pays-Bas avant l’été 2020 et fin 2020 au Danemark, dans des élevagesde visons. Cette analyse de séquençage est compatible avec une transmission locale à partir d’humains infectés par le SARS-CoV-2 en France. Trois des 12 séquences obtenues montrent la cooccurrence d’une mutation synonyme dans l’ORF1ab et d’une substitution N501T dans la protéine spike, ces changements faisant partie de mutations dites récurrentes chez le vison.Dans ce contexte, l’Anses a été saisie par la DGAL et la DGS sur les questions suivantes :Question 1 : Dans le contexte sanitaire actuel, avec une circulation active du virus dans la population humaine, et vu la découverte récente d’un élevage positif sans aucune expression clinique, quelle surveillance faut-il mettre en œuvre dans les élevages de visons pour les mois à venir ? Des compléments aux recommandations du précédent avis rendu sur la surveillance des visons sont nécessaires au regard des nouvelles connaissances acquises liées à la surveillance en cours (éléments épidémiologiques et modalités de prélèvements). En fonction du dispositif de surveillance recommandé, le plan d’échantillonnage (unité épidémiologique, taille de l’échantillon, type de prélèvement, …) et le rythme de la surveillance devront être précisés. Les contraintes relatives à la manipulation des animaux pendant les prélèvements devront être prises en compte.Question 2 : Dans le cas où un élevage serait positif en sérologie mais sans mise en évidence de circulation virale (virologie négative), quel serait le risque sanitaire pour les compartiments humain et animal lié au fait de ne pas abattre les animaux ? Ces animaux peuvent-ils constituer un réservoir significatif du virus ?Question 3 : Quelles sont les conditions sanitaires de santé animale à mettre en place à l’introduction de visons extérieurs à l’élevage considéré dans les deux situations suivantes :- dans le cadre du fonctionnement normal d’un élevage non infecté ;- outre un nettoyage/désinfection standard qui semble suffisant dans ce cadre7 (à commenter ou moduler par l’Anses en tant que de besoin), même question dans le cadre du repeuplement d’un élevage après un abattage lié à la détection du virus SARS-Cov-2?Question 4 : En raison des mesures de biosécurité renforcées mises en place dans les élevages de visons, la principale source d’exposition des animaux au SARS-Cov-2 est liée au portage et activité de l’homme (nourrissage, soins, entretien des litières…) : de ce fait, quelle articulation mettre en place entre surveillances humaine et animale? L’existence de variations génétiques et leur portée de santé publique pourraient-elles être de nature à moduler la surveillance ? Quelle conduite tenir en cas de positivité (RT-PCR et/ou sérologie) vis-à-vis du SARS-Cov-2 dans un des « compartiment » humain ou animal et quelles en seraient les conséquences sur la surveillance de l’autre compartiment

Avis de l’Anses relatif à la surveillance sanitaire à mettre en œuvre pour le SARS-CoV-2 au sein des élevages de visons et lien avec la santé des travailleurs auprès des visons

Suite aux premiers cas d’infection de visons par le SARS-CoV-2 aux Pays-Bas, fin avril 2020, une surveillance clinique renforcée des quatre élevages français de visons a été mise en place par les DDcsPP dès le mois de mai. Une instruction technique DGAL/SDSPA/2020-342 du 08 juin 2020 est ensuite venue préciser les mesures de prévention et de surveillance de l’infection par le virus SARS-CoV-2 dans les élevages de visons et de furets en France. Dans le même temps, les services du ministère de la santé et des solidarités ont été alertés et les Agences régionales de santé (ARS) se sont rapprochées des exploitants de ces sites pourproposer des précautions sanitaires vis-à-vis du travail auprès de ces élevages.La surveillance évènementielle renforcée (basée sur la surveillance des signes cliniques) mise en place dans les élevages courant mai n’avait pas montré de signe de contamination des animaux par le SARS-CoV-2.L’Anses a été saisie une première fois le 24 juin 2020 par la DGAL sur les modalités de surveillance des élevages de visons français. Un premier avis du 1er juillet 2020 a été complété le 21 septembre 2020 , suite à l’information par la DGAL de l’impossibilité pratique de réaliser certains prélèvements sur visons vigiles.Dans le cadre d’un programme scientifique conduit par le laboratoire de l’Anses « Rage et faune sauvage » basé à Nancy, des analyses sérologiques et virologiques ont été réalisées mi-novembre 2020, à l’occasion des abattages d’animaux pour la production de fourrure. Le plan de prélèvement a été réalisé sur la base des préconisations de l’avis de l’Anses 2020-SA-0080, en vue d’établir le statut sanitaire des visons des quatre élevages. Le 20 novembre2020, l’un de ces quatre élevages, situé dans le département de l’Eure-et-Loir, s’est alors révélé infecté. Les résultats étaient positifs en sérologie et en RT-qPCR (reverse-transcription quantitative real-time polymerase chain reaction) témoignant d’une circulation virale en cours au sein du cheptel. L’ensemble des animaux de l’exploitation a été abattu en novembre 2020. Suite à la mise en œuvre de cette surveillance sérologique et virologique, les trois autresélevages français ont été trouvés indemnes de SARS-CoV-2 en novembre et décembre 2020. Les mesures de biosécurité renforcées et la surveillance évènementielle sont cependant maintenues dans ces trois élevages . Par ailleurs, l’analyse de séquençage du virus découvert dans l’élevage infecté a permis d’exclure un lien direct avec les variants du SARSCoV-2 identifiés aux Pays-Bas avant l’été 2020 et fin 2020 au Danemark, dans des élevagesde visons. Cette analyse de séquençage est compatible avec une transmission locale à partir d’humains infectés par le SARS-CoV-2 en France. Trois des 12 séquences obtenues montrent la cooccurrence d’une mutation synonyme dans l’ORF1ab et d’une substitution N501T dans la protéine spike, ces changements faisant partie de mutations dites récurrentes chez le vison.Dans ce contexte, l’Anses a été saisie par la DGAL et la DGS sur les questions suivantes :Question 1 : Dans le contexte sanitaire actuel, avec une circulation active du virus dans la population humaine, et vu la découverte récente d’un élevage positif sans aucune expression clinique, quelle surveillance faut-il mettre en œuvre dans les élevages de visons pour les mois à venir ? Des compléments aux recommandations du précédent avis rendu sur la surveillance des visons sont nécessaires au regard des nouvelles connaissances acquises liées à la surveillance en cours (éléments épidémiologiques et modalités de prélèvements). En fonction du dispositif de surveillance recommandé, le plan d’échantillonnage (unité épidémiologique, taille de l’échantillon, type de prélèvement, …) et le rythme de la surveillance devront être précisés. Les contraintes relatives à la manipulation des animaux pendant les prélèvements devront être prises en compte.Question 2 : Dans le cas où un élevage serait positif en sérologie mais sans mise en évidence de circulation virale (virologie négative), quel serait le risque sanitaire pour les compartiments humain et animal lié au fait de ne pas abattre les animaux ? Ces animaux peuvent-ils constituer un réservoir significatif du virus ?Question 3 : Quelles sont les conditions sanitaires de santé animale à mettre en place à l’introduction de visons extérieurs à l’élevage considéré dans les deux situations suivantes :- dans le cadre du fonctionnement normal d’un élevage non infecté ;- outre un nettoyage/désinfection standard qui semble suffisant dans ce cadre7 (à commenter ou moduler par l’Anses en tant que de besoin), même question dans le cadre du repeuplement d’un élevage après un abattage lié à la détection du virus SARS-Cov-2?Question 4 : En raison des mesures de biosécurité renforcées mises en place dans les élevages de visons, la principale source d’exposition des animaux au SARS-Cov-2 est liée au portage et activité de l’homme (nourrissage, soins, entretien des litières…) : de ce fait, quelle articulation mettre en place entre surveillances humaine et animale? L’existence de variations génétiques et leur portée de santé publique pourraient-elles être de nature à moduler la surveillance ? Quelle conduite tenir en cas de positivité (RT-PCR et/ou sérologie) vis-à-vis du SARS-Cov-2 dans un des « compartiment » humain ou animal et quelles en seraient les conséquences sur la surveillance de l’autre compartiment

Avis de l’Anses relatif à la surveillance sanitaire à mettre en œuvre pour le SARS-CoV-2 au sein des élevages de visons et lien avec la santé des travailleurs auprès des visons

Suite aux premiers cas d’infection de visons par le SARS-CoV-2 aux Pays-Bas, fin avril 2020, une surveillance clinique renforcée des quatre élevages français de visons a été mise en place par les DDcsPP dès le mois de mai. Une instruction technique DGAL/SDSPA/2020-342 du 08 juin 2020 est ensuite venue préciser les mesures de prévention et de surveillance de l’infection par le virus SARS-CoV-2 dans les élevages de visons et de furets en France. Dans le même temps, les services du ministère de la santé et des solidarités ont été alertés et les Agences régionales de santé (ARS) se sont rapprochées des exploitants de ces sites pourproposer des précautions sanitaires vis-à-vis du travail auprès de ces élevages.La surveillance évènementielle renforcée (basée sur la surveillance des signes cliniques) mise en place dans les élevages courant mai n’avait pas montré de signe de contamination des animaux par le SARS-CoV-2.L’Anses a été saisie une première fois le 24 juin 2020 par la DGAL sur les modalités de surveillance des élevages de visons français. Un premier avis du 1er juillet 2020 a été complété le 21 septembre 2020 , suite à l’information par la DGAL de l’impossibilité pratique de réaliser certains prélèvements sur visons vigiles.Dans le cadre d’un programme scientifique conduit par le laboratoire de l’Anses « Rage et faune sauvage » basé à Nancy, des analyses sérologiques et virologiques ont été réalisées mi-novembre 2020, à l’occasion des abattages d’animaux pour la production de fourrure. Le plan de prélèvement a été réalisé sur la base des préconisations de l’avis de l’Anses 2020-SA-0080, en vue d’établir le statut sanitaire des visons des quatre élevages. Le 20 novembre2020, l’un de ces quatre élevages, situé dans le département de l’Eure-et-Loir, s’est alors révélé infecté. Les résultats étaient positifs en sérologie et en RT-qPCR (reverse-transcription quantitative real-time polymerase chain reaction) témoignant d’une circulation virale en cours au sein du cheptel. L’ensemble des animaux de l’exploitation a été abattu en novembre 2020. Suite à la mise en œuvre de cette surveillance sérologique et virologique, les trois autresélevages français ont été trouvés indemnes de SARS-CoV-2 en novembre et décembre 2020. Les mesures de biosécurité renforcées et la surveillance évènementielle sont cependant maintenues dans ces trois élevages . Par ailleurs, l’analyse de séquençage du virus découvert dans l’élevage infecté a permis d’exclure un lien direct avec les variants du SARSCoV-2 identifiés aux Pays-Bas avant l’été 2020 et fin 2020 au Danemark, dans des élevagesde visons. Cette analyse de séquençage est compatible avec une transmission locale à partir d’humains infectés par le SARS-CoV-2 en France. Trois des 12 séquences obtenues montrent la cooccurrence d’une mutation synonyme dans l’ORF1ab et d’une substitution N501T dans la protéine spike, ces changements faisant partie de mutations dites récurrentes chez le vison.Dans ce contexte, l’Anses a été saisie par la DGAL et la DGS sur les questions suivantes :Question 1 : Dans le contexte sanitaire actuel, avec une circulation active du virus dans la population humaine, et vu la découverte récente d’un élevage positif sans aucune expression clinique, quelle surveillance faut-il mettre en œuvre dans les élevages de visons pour les mois à venir ? Des compléments aux recommandations du précédent avis rendu sur la surveillance des visons sont nécessaires au regard des nouvelles connaissances acquises liées à la surveillance en cours (éléments épidémiologiques et modalités de prélèvements). En fonction du dispositif de surveillance recommandé, le plan d’échantillonnage (unité épidémiologique, taille de l’échantillon, type de prélèvement, …) et le rythme de la surveillance devront être précisés. Les contraintes relatives à la manipulation des animaux pendant les prélèvements devront être prises en compte.Question 2 : Dans le cas où un élevage serait positif en sérologie mais sans mise en évidence de circulation virale (virologie négative), quel serait le risque sanitaire pour les compartiments humain et animal lié au fait de ne pas abattre les animaux ? Ces animaux peuvent-ils constituer un réservoir significatif du virus ?Question 3 : Quelles sont les conditions sanitaires de santé animale à mettre en place à l’introduction de visons extérieurs à l’élevage considéré dans les deux situations suivantes :- dans le cadre du fonctionnement normal d’un élevage non infecté ;- outre un nettoyage/désinfection standard qui semble suffisant dans ce cadre7 (à commenter ou moduler par l’Anses en tant que de besoin), même question dans le cadre du repeuplement d’un élevage après un abattage lié à la détection du virus SARS-Cov-2?Question 4 : En raison des mesures de biosécurité renforcées mises en place dans les élevages de visons, la principale source d’exposition des animaux au SARS-Cov-2 est liée au portage et activité de l’homme (nourrissage, soins, entretien des litières…) : de ce fait, quelle articulation mettre en place entre surveillances humaine et animale? L’existence de variations génétiques et leur portée de santé publique pourraient-elles être de nature à moduler la surveillance ? Quelle conduite tenir en cas de positivité (RT-PCR et/ou sérologie) vis-à-vis du SARS-Cov-2 dans un des « compartiment » humain ou animal et quelles en seraient les conséquences sur la surveillance de l’autre compartiment

Avis de l’Anses relatif à la surveillance sanitaire à mettre en œuvre pour le SARS-CoV-2 au sein des élevages de visons et lien avec la santé des travailleurs auprès des visons

Suite aux premiers cas d’infection de visons par le SARS-CoV-2 aux Pays-Bas, fin avril 2020, une surveillance clinique renforcée des quatre élevages français de visons a été mise en place par les DDcsPP dès le mois de mai. Une instruction technique DGAL/SDSPA/2020-342 du 08 juin 2020 est ensuite venue préciser les mesures de prévention et de surveillance de l’infection par le virus SARS-CoV-2 dans les élevages de visons et de furets en France. Dans le même temps, les services du ministère de la santé et des solidarités ont été alertés et les Agences régionales de santé (ARS) se sont rapprochées des exploitants de ces sites pourproposer des précautions sanitaires vis-à-vis du travail auprès de ces élevages.La surveillance évènementielle renforcée (basée sur la surveillance des signes cliniques) mise en place dans les élevages courant mai n’avait pas montré de signe de contamination des animaux par le SARS-CoV-2.L’Anses a été saisie une première fois le 24 juin 2020 par la DGAL sur les modalités de surveillance des élevages de visons français. Un premier avis du 1er juillet 2020 a été complété le 21 septembre 2020 , suite à l’information par la DGAL de l’impossibilité pratique de réaliser certains prélèvements sur visons vigiles.Dans le cadre d’un programme scientifique conduit par le laboratoire de l’Anses « Rage et faune sauvage » basé à Nancy, des analyses sérologiques et virologiques ont été réalisées mi-novembre 2020, à l’occasion des abattages d’animaux pour la production de fourrure. Le plan de prélèvement a été réalisé sur la base des préconisations de l’avis de l’Anses 2020-SA-0080, en vue d’établir le statut sanitaire des visons des quatre élevages. Le 20 novembre2020, l’un de ces quatre élevages, situé dans le département de l’Eure-et-Loir, s’est alors révélé infecté. Les résultats étaient positifs en sérologie et en RT-qPCR (reverse-transcription quantitative real-time polymerase chain reaction) témoignant d’une circulation virale en cours au sein du cheptel. L’ensemble des animaux de l’exploitation a été abattu en novembre 2020. Suite à la mise en œuvre de cette surveillance sérologique et virologique, les trois autresélevages français ont été trouvés indemnes de SARS-CoV-2 en novembre et décembre 2020. Les mesures de biosécurité renforcées et la surveillance évènementielle sont cependant maintenues dans ces trois élevages . Par ailleurs, l’analyse de séquençage du virus découvert dans l’élevage infecté a permis d’exclure un lien direct avec les variants du SARSCoV-2 identifiés aux Pays-Bas avant l’été 2020 et fin 2020 au Danemark, dans des élevagesde visons. Cette analyse de séquençage est compatible avec une transmission locale à partir d’humains infectés par le SARS-CoV-2 en France. Trois des 12 séquences obtenues montrent la cooccurrence d’une mutation synonyme dans l’ORF1ab et d’une substitution N501T dans la protéine spike, ces changements faisant partie de mutations dites récurrentes chez le vison.Dans ce contexte, l’Anses a été saisie par la DGAL et la DGS sur les questions suivantes :Question 1 : Dans le contexte sanitaire actuel, avec une circulation active du virus dans la population humaine, et vu la découverte récente d’un élevage positif sans aucune expression clinique, quelle surveillance faut-il mettre en œuvre dans les élevages de visons pour les mois à venir ? Des compléments aux recommandations du précédent avis rendu sur la surveillance des visons sont nécessaires au regard des nouvelles connaissances acquises liées à la surveillance en cours (éléments épidémiologiques et modalités de prélèvements). En fonction du dispositif de surveillance recommandé, le plan d’échantillonnage (unité épidémiologique, taille de l’échantillon, type de prélèvement, …) et le rythme de la surveillance devront être précisés. Les contraintes relatives à la manipulation des animaux pendant les prélèvements devront être prises en compte.Question 2 : Dans le cas où un élevage serait positif en sérologie mais sans mise en évidence de circulation virale (virologie négative), quel serait le risque sanitaire pour les compartiments humain et animal lié au fait de ne pas abattre les animaux ? Ces animaux peuvent-ils constituer un réservoir significatif du virus ?Question 3 : Quelles sont les conditions sanitaires de santé animale à mettre en place à l’introduction de visons extérieurs à l’élevage considéré dans les deux situations suivantes :- dans le cadre du fonctionnement normal d’un élevage non infecté ;- outre un nettoyage/désinfection standard qui semble suffisant dans ce cadre7 (à commenter ou moduler par l’Anses en tant que de besoin), même question dans le cadre du repeuplement d’un élevage après un abattage lié à la détection du virus SARS-Cov-2?Question 4 : En raison des mesures de biosécurité renforcées mises en place dans les élevages de visons, la principale source d’exposition des animaux au SARS-Cov-2 est liée au portage et activité de l’homme (nourrissage, soins, entretien des litières…) : de ce fait, quelle articulation mettre en place entre surveillances humaine et animale? L’existence de variations génétiques et leur portée de santé publique pourraient-elles être de nature à moduler la surveillance ? Quelle conduite tenir en cas de positivité (RT-PCR et/ou sérologie) vis-à-vis du SARS-Cov-2 dans un des « compartiment » humain ou animal et quelles en seraient les conséquences sur la surveillance de l’autre compartiment