Giant Viruses of the Kutch Desert

The Kutch desert (Great Rann of Kutch, Gujarat, India) is a unique ecosystem: in the larger part of the year it is a hot, salty desert that is flooded regularly in the Indian monsoon season. In the dry season, the crystallized salt deposits form the "white desert" in large regions. The first metagenomic analysis of the soil samples of Kutch was published in 2013, and the data was deposited in the NCBI Sequence Read Archive. The sequences were analyzed at the same time phylogenetically for prokaryotes, especially for bacterial taxa. In the present work, we are searching for the DNA sequences of the recently discovered giant viruses in the soil samples of the Kutch desert. Since most giant viruses were discovered in biofilms in industrial cooling towers, ocean water and freshwater ponds, we were surprised to find their DNA sequences in the soil samples of a seasonally very hot and arid, salty environment

New insight into the Delia platura Meigen caused alteration in nutrient content of soybean (Glycine max L. Merill)

Climate change has brought about an increasing level of seedcorn maggot (Delia platura Meigen, 1826) (Diptera: Anthomyiidae) damage in Hungary. In order to have a more accurate understanding of the effects of these plant injuries induced by the larvae of D. platura, the nutrient content of soybean (Glycine max L. Merill.) was studied. Our results show that the moisture, raw fat, raw fibre, and raw ash content of the batches damaged by D. platura were significantly less in comparison with that of the control samples. In response to the deleterious effect of the insect, the infected soybean plants showed forced ripening (P = 0.004) (P > 0.05). The difference of moisture content between damaged and control samples was 2.30% on average. The fact of nutritional value loss was also reflected by the alteration of sugar mobilisation. As the result of this experiment the sucrose breakdown to glucose and fructose during the germination was significantly slower in the damaged seeds than that of the control ones. Overall, this late and surprising damage caused by D. platura led to the forced ripening of the affected soybean plants and a significant change in their nutritional values. Based on the herein reported results, it is presumable that in cases when the current climatic extremities, which are envisaged to occur more frequently in the future, and effects of agricultural practices will be coincided in the future a qualitative change of the produced soybean batches can be expected through the damage caused by this fly species

Data Mining in Genomics, Metagenomics and Connectomics

Létrehoztuk az AmphoraNet-et, egy könnyen használható webszervert, amely minden egyes a metagenomban talált filogenetikai marker gén szekvenciához kijelöl egy rendszertani csoportot. A webszerver az AMPHORA2 munkafolyamaton alapul. Az AmphoraNet után kifejlesztettük az AmphoraVizu webszervert, amely az AmphoraNet nehezen feldolgozható szöveges outputjához nyújt interaktív képi megjelenítést. Ezek után kiértékeltük az általunk fejlesztett AmphoraNet+AmphoraVizu-t és két másik metagenomikai elemző szoftvert abból a szempontból, hogy mennyire írják le jól adott baktériumok előfordulási gyakoriságát ugyanazon mintában. Ezután kifejlesztettük a Giant Virus Finder szoftvert, amely képes kimutatni óriás vírus specifikus szekvenciák jelenlétét metagenomokban. Az új szoftver segítségével óriás vírusok jelenlétét mutattuk ki számos forró és hideg sivatagi talajmintában. Megvizsgáltuk az összes baktérium (2261 db) és archaea (151 db) teljes genomi szekvenciára, hogy tartalmaznak-e dUTPáz gént. Meglepő módon azt találtuk, hogy nagy számú baktérium és archaea fajban hiányzik a dUTPáz gén. Kifejlesztettük a Budapest Reference Connectome szervert, amely MRI felvételekből számolt agygráfokhoz számolja ki a referencia agygráfot. A szervert vizsgálva felfedeztünk egy meglepő tulajdonságot. Amikor a szerveren a maximum értéktől indulva csökkentjük a ”Minimum edge confidence” értéket egyre több él jelenik meg a referencia agygráfban. A megdöbbentő észrevétel az, hogy az élek nem véletlenszerűen tűnnek fel, hanem egy kis összefüggő konzervatív gráfból kiindulva egymás után épülve belülről kifelé. Ezen kívül számításokat is végeztünk 395 egyén agygráfjára, felmérve az agyi régiók egyének közötti különbözőségét