The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Violence of adolescents with school difficulties : Between affect and cognition

Cette recherche interroge le lien affect-cognition chez des adolescents violents, en souffrance scolaire, à travers une dynamique de dépendance vs différenciation cognitive, émotionnelle et psychique. Elle a été réalisée dans deux établissements secondaires dans la région lyonnaise. Trois phases de travail de terrain ont été articulées. La première, exploratoire, s’est intéressée à l’observation du milieu scolaire à travers des entretiens avec des professionnels (N=8). La deuxième, quantitative, a consisté, à l’aide d’un questionnaire, en un recueil de données auprès d’adolescents (N= 112) quant à leurs violences, leurs rapports aux savoirs, leur quotidien scolaire. Des échelles (Questionnaires de Styles cognitifs, SITA et TAS-20) ont également été administrées pour évaluer la dépendance cognitive, l’alexithymie et le second processus de séparation-individuation. La troisième, clinique, a permis de faire un travail approfondi autour de la singularité d’adolescents en difficulté et dits violents (N=6). Elle s’est basée sur des entretiens cliniques et le Rorschach. Les résultats des phases exploratoire et quantitative ont montré un lien entre dépendance cognitive et difficultés scolaires. La violence à l’école associée aux difficultés scolaires est en lien avec une vulnérabilité cognitive, émotionnelle et relationnelle. Quant à la violence seule, sans difficultés scolaires, elle semble au contraire porter un mouvement de différenciation. Les résultats cliniques corroborent l’idée d’une violence scolaire qui vient interpeller le lien. Elle prend valeur d’une recherche de place singulière, de différenciation et de subjectivation. Les dynamiques de dépendance et d’indifférenciation s’intriquent à un fonctionnement cognitif similaire. Une défaillance dans les contenants de pensée vient s’exprimer dans une violence non contenue, comme une recherche de support à la pensée dans le milieu scolaire, à travers un support à la relation. Le rapport cognitif au scolaire s’inscrit dans cette dynamique globale d’un rapport aux contenants, recherchés et mis à l’épreuve dans les interactions avec l’environnement. Cet environnement peine parfois à décoder, à accueillir cette quête, ou à y apporter la compréhension et la réponse adéquate. Ceci fait de l’espace scolaire un espace de lutte pour la différenciation du sujet et par là même un espace potentiel pour créer, en marge parfois des contingences strictement scolaires, un chemin pour l’identité.This research exmines the link between cognition and affectivity on adolescents with school suffuring, trough studying dependency vs differenciation dynamic on cognitive, emotionnal and affective issues. It was conducted in two secondary establishments in Lyon, France. Three steps have been articulated. The first, exploratory, was interested in the observation of the school through interviews with professionals (N = 8). The second, quantitative, was done with a questionnaire to collect data about adolescents’ violence, relationship to knowledge and school. Scales (Cognitive Styles Questionnaires, SITA and TAS-20) were also administered to assess cognitive dependency, alexithymia and separation-individuation second process. The third, clinical, focused the singularity of troubled and violents teens (N = 6). It was based on clinical interviews and Rorschach test. The results of exploratory and quantitative phases have shown a link between cognitive dependence and scholar difficulties. When associated with scholar difficulties, violence at school is linked with a cognitive, emotionnal and relationnal vulnerability. However, violence alone, without scholar difficulties, seems to be rather a sign of differentiation. The clinical results support the idea that school violence have relationship signification. It takes value of research a space force singular differentiation and subjectivity. The dynamics of dependency and lack of differentiation is also explaining similar cognitive functioning. A failure in containers of thought is expressed in a non-contained violence, as a research of support for thinking in schools, through the relationship. Cognitive relation to the school is part of this overall report to the containers witch are researched and tested in dynamic interactions with the environment. Sometimes, environment has difficulies to receive and understand this quest, and to bring appropriate response. So school may be a space of differenciation and subjectivation struggle. It may be a potential space to create, in marge of school contingency, a way for identity

Penser les émotions dans l'espace scolaire

International audienc

Traumatisme quotidien de la guerre en Syrie. Un après qui tarde à venir

International audienc

CLINIQUE DU HARCÈLEMENT SCOLAIRE : RÉSONANCES FAMILIALES ETSOCIÉTALES

International audienc

Le Roman scolaire d’une adolescente « de migrants » : récit clinique d’une subjectivité en souffrance

International audienceChez les enfants et adolescents de migrants en France, les difficultés à l’école s’attribuent souvent à la non-rencontre des cultures familiales avec les cultures institutionnelles du pays d’accueil. L’écart, parfois vécu comme rupture, impacte le rapport au savoir des jeunes et leur rapport au monde. Un entre-deux social, culturel et symbolique se situe entre la famille migrante et l’institution scolaire. C’est ce chemin entre-deux que nous étudions à travers la présentation du cas d’une adolescente, en difficulté et en souffrance scolaire et identitaire. A travers un dispositif clinique de recherche, nous présentons dans l’après-coup des rencontres les aspects conflictuels réels et fantasmés de la trajectoire scolaire, mais aussi les processus de construction identitaire passant par cette trajectoire racontée sous la forme d’un Roman scolaire. Celui-ci est un moyen de se raconter dans un espace intermédiaire créant des liens de sens entre parcours scolaire et social, et histoire familiale migratoire.School difficulties in children and adolescents in France who are issued from migrant parents are often attributed to no meeting of family origin cultures with the institutional cultures of the host country. This gap, sometimes considered as rupture, has an impact on the relationship to knowledge of young people, but also on their relation to the environment. A social, cultural and symbolic in-between is existing amongst migrant families and the school. We propose to study through the presentation of the case of a teenage girl, who has school difficulties and identity suffering. Through a clinical research protocol, we present real and fantasized conflicting aspects of school trajectory, but also the process of identity construction through this trajectory, wich is told through a school romance. The school romance is a way to express her story between reality and fiction. It is a space to create links and sense between academic and social trajectory, and on the other side, migration and family history

DU NON-SENS À LA MISE EN RÉCIT DU PASSAGE À L’ACTE CHEZ LES MINEURS NON ACCOMPAGNÉS

Notre recherche porte sur le récit post-migratoire des mineurs non accompagnés (MNA) comme alternative au passage à l’acte et sur la manière dont il rend compte du parcours migratoire, des tentatives d’élaboration de vécus traumatiques, et de réappropriation subjective. Hypothèses : Pour ces jeunes, le passage à l’acte aurait une fonction de contenance et de défense contre les affects dépressifs. La création serait une tentative de symbolisation autour d’une aire potentielle d’expérience. Résultats : Les trajectoires individuelles des jeunes montrent une difficulté à exprimer la souffrance qu’ils ont accumulé durant le parcours migratoire.Our research focuses on the post-migratory narrative as an alternative to acting out and nameless distress, and how it reports on the migratory journey, attempts to develop traumatic experiences, and subjective reappropriation. Hypotheses: For these young people that the acting out would have a function of containment and defense against depressive affects. Creation would be an attempt at symbolization around a potential area of experience. Results: The individual trajectories of young people show a difficulty in expressing the suffering they have accumulated during the migratory journey

La violence scolaire du point de vue des professionnels des maisons d’enfants à caractère social : une étude exploratoire

International audienceCe travail s’intéresse au vécu des professionnels des maisons d’enfants à caractère social (MECS), confrontés à la violence scolaire de l’adolescent confié à la Protection de l’Enfance. Il tente d’analyser les facteurs institutionnels, professionnels et subjectifs en jeu dans la perception et l’accompagnement des adolescents violents à l’école. En nous penchant sur le vécu de ces professionnels, leur expérience avec l’adolescent placé et sur leur relation avec l’école, nous interrogeons la qualité du lien éducatif dans l’émergence et l’accompagnement de la violence scolaire. À travers l’analyse d’entretiens avec des professionnels de MECS (n=16) et de récits de violences (n=14) recueillis dans ce cadre auprès d’éducateurs, nous avons pu dégager un état des lieux de la question de la violence scolaire telle qu’elle est vécue en MECS. L’analyse des entretiens et des récits sur la violence scolaire fait ressortir la fragilité du parcours et la fragilité psychique interne des adolescents placés, l’aspect répétitif de la violence sur la scène scolaire et le rapport discontinu des jeunes à l’école et aux institutions de manière générale. Outre les fragilités des adolescents, celles des professionnalités se mettent en évidence en miroir ou en réaction, à la violence du jeune, mais aussi en miroir ou en réaction, au vécu des professionnels de l’école. L’accompagnement de la violence semble avant tout lié à la perception subjective du professionnel et aux rencontres intersubjectives qui se jouent sur la scène interinstitutionnelle, entre l’école et la maison d’enfant

L’addiction à l’adolescence : entre affect et cognition. Symbolisation, inhibition cognitive et alexithymie

Les conduites addictives sont fréquentes chez les adolescents. La littérature montre chez cette population des distorsions cognitives expliquant les tendances impulsives, l’intolérance à la frustration, l’incapacité à contenir son ressenti. La psychologie cognitive pointe la défaillance du contrôle cognitif, à l’image de la défaillance du contrôle de l’action, de l’impulsion et de tout ce qui est en dehors du contrôle mental. La psychopathologie psychodynamique considère ces mêmes conduites comme modalités privilégiées de l’agir, reflétant un fonctionnement d’anti-représentation, de défaillance dans la symbolisation. Cette dernière s’associe aux difficultés d’élaboration des affects et duplique ainsi en termes cognitivistes les caractéristiques de l’alexithymie. Le fonctionnement cognitivo-émotionnel et affectif de l’adolescent et du jeune adulte toxicomane sera étudié. À travers une revue synthétique de la littérature, les auteurs se pencheront sur l’adjonction d’un déficit de l’inhibition cognitive à une défaillance symbolique dans la pathologie addictive de l’adolescence et du jeune adulte.Addictive behaviours are frequent in adolescence. During this period, the literature indicates cognitive distortions that explain impulsivity, intolerance to frustration, and an inability to contain feelings. Cognitive psychology points to a failure in cognitive control, a failure to control actions, impulsivity and behaviours illustrating a lack of mental control. Psychodynamic psychopathology considers these same behaviours as privileged modalities of action, reflecting anti-representational functioning and symbolization failure. Failure in symbolization is associated with difficulties in affect elaboration and, in cognitive terms, duplication of the characteristics of alexithymia. In this article, the cognitive-emotional and affective functioning of adolescent and young adult addicts is studied. Through a synthetic review of the literature, the authors will consider the association of a cognitive inhibition deficit with the failure of symbolic thought in the addictive pathology of adolescents and young adults.Las conductas adictivas son frecuentes en los adolescentes. La literatura demuestra que en este sector de la población existen distorsiones cognitivas que explican las tendencias impulsivas, la intolerancia a la frustración, la incapacidad de contener su sentir. La psicología cognitiva apunta a la falla del control cognitivo, a semejanza de la falla del control de la acción, del impulso y de todo lo que está fuera del control mental. La psicopatología psicodinámica considera que estos mismos comportamientos son modalidades privilegiadas de la acción y que reflejan un funcionamiento de anti representación, de fallo en la simbolización. Esta última se asocia a las dificultades de elaboración de los afectos y, de esta manera, duplica en términos cognitivistas las características de la alexitimia. Se estudiará el funcionamiento cognitivo-emocional y afectivo del adolescente y del joven adulto toxicómano. Mediante una revisión sintética de la literatura, los autores estudiarán la adjunción de un déficit de inhibición cognitiva al fallo simbólico en la patología adictiva de la adolescencia y del joven adulto

Violence psychologique et intimité dans les couples de jeunes adultes. Une étude exploratoire auprès d’une population féminine

International audienc