User profiling for diverse user contexts

The amount of content available for consumption online is increasing tremendously. This make the job of recommender systems more important, and at the same time, more demanding. Context-aware recommender systems might be a solution to this problem. This work set out to discover user contexts dynamically by collecting contextual information from user actions and perform cluster analysis on the data collected. User interests are collected from user actions as well, and are sorted into groups based on the contexts discovered. These sorted interests are considered the users’ user profile. The user profiles are in turn used to recommend news articles based on the interests of the users, where the users can select what context to receive recommendations from. The results and evaluation of the system show that the approach used in this work is not very successful and adjustments are recommended to improve the results. The system designed and implemented in this work is only able to identify two very broad contexts based on user data

Determination of lower cut-off levels of adalimumab associated with biochemical remission in Crohn's disease

Background and Aim: Adalimumab is administered and dosed using a standardized treatment regimen. Although therapeutic drug monitoring (TDM) may help optimize treatment efficacy, the lower cut-off concentration of adalimumab needed to retain disease remission has not been established. This cross-sectional study of patients with Crohn’s disease on stable medication aimed to determine a lower therapeutic drug concentration threshold of adalimumab associated with biochemical disease remission. Methods: C-reactive protein (CRP) and fecal calprotectin were used as established markers and albumin as an explorative marker of disease activity. Time since introduction, treatment interval, drug dosage, serum drug concentration and antidrug antibodies, disease duration, age, and sex were recorded. Results: The study included 101 patients who were divided into “active disease” and “remission” groups for inflammatory markers based on cut-off levels of 5 mg/L for CRP and 50 mg/kg for fecal calprotectin. Cut-off levels for albumin of 36.5 and 41.5 g/L were also added as further indicatives of remission. Receiver operating characteristic analysis found optimal thresholds for adalimumab associated with remission at 6.8–7.0 mg/L for the combination of CRP and fecal calprotectin and when combining CRP, fecal calprotectin, and albumin. Conclusions: In patients with Crohn’s disease, serum adalimumab of at least 6.8 mg/L was associated with biochemical disease remission based on CRP and fecal calprotectin, supporting the use of TDM to ensure disease control. Albumin should be further tested in this setting.publishedVersio

Towards cod without spawning: artificial continuous light in submerged sea-cages maintains growth and delays sexual maturation for farmed Atlantic cod Gadus morhua

Sexual maturation and spawning in sea-cages is a major production and environmental challenge for the Atlantic cod farming industry. Altered photoperiod has arrested sexual maturation in cod kept in indoor or covered experimental tanks, but only delayed or caused asynchronous maturation in cod kept in sea-cages. To arrest the onset of puberty more efficiently, we reduced the relative differences in light intensity between night and day by lowering 4 submersible sea-cages, each stocked with 400 juvenile cod, to 20 m depth for 14 mo. Two cages were continuously illuminated (LL), and 2 cages served as controls with natural light (NL) conditions. Cod grew well in both treatments and showed very low mortality. Final weights did not differ, although the pattern of growth differed through time. Continuous light did not arrest maturation, but delayed it by 3 to 6 mo; gonadosomatic indices reached 21.2% for NL females during spawning in February to April, but reached only 10.2% for the LL females over a protracted spawning period from May to September. The liver index for NL fish decreased during spawning by 6% (females) and 15% (males). In contrast, the liver index in the LL fish decreased relatively little (females = 5%, males = 3%), suggesting these fish invested less energy in maturation. Submergence combined with sufficient artificial lighting will both delay and reduce the extent of maturation, which can improve production strategies through better feed conversion ratios and reduce the risks associated with ?escape through spawning?. Deeper submergence, combined with shading and stronger lighting, may even arrest maturation

Ultrasound- and Microbubble-Assisted Gemcitabine Delivery to Pancreatic Cancer Cells

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is a major cause of cancer death worldwide. Poor drug delivery to tumours is thought to limit chemotherapeutic treatment efficacy. Sonoporation combines ultrasound (US) and microbubbles to increase the permeability of cell membranes. We assessed gemcitabine uptake combined with sonoporation in vitro in three PDAC cell lines (BxPC-3, MIA PaCa-2 and PANC-1). Cells were cultured in hypoxic bioreactors, while gemcitabine incubation ± sonoporation was conducted in cells with operational or inhibited nucleoside membrane transporters. Intracellular active metabolite (dFdCTP), extracellular gemcitabine, and inactive metabolite (dFdU) concentrations were measured with liquid chromatography tandem mass spectrometry. Sonoporation with increasing US intensities resulted in decreasing extracellular gemcitabine concentrations in all three cell lines with inhibited membrane transporters. In cells with inhibited membrane transporters, without sonoporation, dFdCTP concentrations were reduced down to 10% of baseline. Sonoporation partially restored gemcitabine uptake in these cells, as indicated by a moderate increase in dFdCTP concentrations (up to 37% of baseline) in MIA PaCa-2 and PANC-1. In BxPC-3, gemcitabine was effectively inactivated to dFdU, which might represent a protective mechanism against dFdCTP accumulation in these cells. Intracellular dFdCTP concentrations did not change significantly following sonoporation in any of the cell lines with operational membrane transporters, indicating that the gemcitabine activation pathway may have been saturated with the drug. Sonoporation allowed a moderate increase in gemcitabine transmembrane uptake in all three cell lines, but pre-existing nucleoside transporters were the major determinants of gemcitabine uptake and retention

A human clinical trial using ultrasound and microbubbles to enhance gemcitabine treatment of inoperable pancreatic cancer

Background: The primary aim of our study was to evaluate the safety and potential toxicity of gemcitabine combined with microbubbles under sonication in inoperable pancreatic cancer patients. The secondary aim was to evaluate a novel image-guided microbubble-based therapy, based on commercially available technology, towards improving chemotherapeutic efficacy, preserving patient performance status, and prolonging survival. Methods: Ten patients were enrolled and treated in this Phase I clinical trial. Gemcitabine was infused intravenously over 30 min. Subsequently, patients were treated using a commercial clinical ultrasound scanner for 31.5 min. SonoVue® was injected intravenously (0.5 ml followed by 5 ml saline every 3.5 min) during the ultrasound treatment with the aim of inducing sonoporation, thus enhancing therapeutic efficacy. Results: The combined therapeutic regimen did not induce any additional toxicity or increased frequency of side effects when compared to gemcitabine chemotherapy alone (historical controls). Combination treated patients (n = 10) tolerated an increased number of gemcitabine cycles compared with historical controls (n = 63 patients; average of 8.3 ± 6.0 cycles, versus 13.8 ± 5.6 cycles, p = 0.008, unpaired t-test). In five patients, the maximum tumour diameter was decreased from the first to last treatment. The median survival in our patients (n = 10) was also increased from 8.9 months to 17.6 months (p = 0.011). Conclusions: It is possible to combine ultrasound, microbubbles, and chemotherapy in a clinical setting using commercially available equipment with no additional toxicities. This combined treatment may improve the clinical efficacy of gemcitabine, prolong the quality of life, and extend survival in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma

Risikovurdering norsk fiskeoppdrett 2012

Havforskningsinstituttet har oppdatert risikovurderingen av miljøvirkninger av norsk fiskeoppdrett med ny kunnskap og nye data med fokus på matfiskoppdrett av laks – og har gjort en innledende vurdering av dyrevelferd i norsk lakseoppdrett, samt risiko ved bruk av leppefisk som rensefisk i oppdrettsanleggene. Vurderingen av miljøvirkninger tar utgangspunkt i målene som er definert i regjeringens ”Strategi for en miljømessig bærekraftig havbruksnæring” fra 2009, der vi har vurdert smittespredning, genetisk påvirkning på villfisk samt utslipp av næringssalter, organisk materiale og legemidler. En har lagt til grunn forslaget til bærekraftsindikatorer og grenseverdier for miljøpåvirkning når det gjelder effekter av rømt laks på villaks og lakselus på vill laksefisk som ble fremmet av Havforskningsinstituttet og Veterinærinstituttet i mai 2012 (Taranger m.fl. 2012). I den grad det har vært mulig ut fra datatilfang og generell kunnskap, har vi gjennomført en regionalisert vurdering av tilstand og risiko for negative miljøvirkninger knyttet til utslipp og deres effekter på villfisk og øvrig økosystem. Den geografiske oppløsningen langs kysten i denne vurderingen varierer med oppløsningen på datatilfang og kunnskap for de ulike påvirkningsfaktorene. Vi har gjort “case”-baserte vurderinger der en mangler data for å gjøre en regional vurdering. Smittepress av lakselus og genetisk påvirkning av rømt oppdrettslaks vurderes fremdeles som de mest problematiske risikofaktorene. Smittedynamikken for lakselus i lakseoppdrettsanlegg langs norskekysten i 2012 er visualisert med en kjernetetthetsmodell som beregner produksjonen av lus ut fra innrapporterte lusedata fra anleggene. Modellen viser lave og lokale smittepress om våren, men deretter en kraftig økning og spredning utover sommeren med utgangspunkt i noen få kjerneområder. Det er relativt sterk sammenheng mellom smittedynamikken i oppdrettsanleggene og den økende påvirkningen på vill laksefisk som ble observert seint på våren og utover sommeren på de ulike undersøkelseslokalitetene. Lusepåslag på garn- og rusefanget vill sjøørret blir brukt som verifiseringsindikator både for risiko for dødelighet for vill laksesmolt som vandrer ut i havet i mai og juni, og for sjøørret og sjørøye utover sommeren. En har lagt til grunn nylig foreslåtte bærekraftsindikatorer og grenseverdier for lakselussmitte på villfisk når en har vurdert tilstand og risiko. Av de 29 lokalitetene som ble undersøkt tidlig i sesongen i 2012, viste 6 høy risiko for luserelatert dødelighet på vill laksesmolt, mens 5 viste moderat og 18 lav risiko for dødelighet. Seinere i sesongen viste 15 av de 29 stasjonene høy risiko for dødelighet på sjøørreten, mens 5 viste moderat og 9 lav risiko for dødelighet. Det er noen flere stasjoner som indikerer økt risiko for dødelighet både på laksesmolt og sjøørret i 2012 enn i 2011 og 2010. Det skal poengteres at stasjonene som er undersøkt i 2012 i stor grad er valgt ut som kjente problemområder mht. lakselus. Utsetting av laksesmolt i Daleelva i Nordhordland tyder på at lakselus økte den marine dødeligheten med gjennomsnittlig 15 % i ubeskyttet smolt sammenlignet med smolt beskyttet med lakselusmiddel i årene 1997 til 2009. I en detaljert studie i Hardanger har en modellert spredning av lakselus fra oppdrettsanlegg både med kjernetetthetsmodellen og en mer presis hydrodynamisk modell i kombinasjon med omfattende undersøkelser av lusesmitte både på villfisk og på laksesmolt i bur. Studien viser klar sammenheng mellom smittepress fra oppdrett og lus på villfisken uke for uke, og demonstrerer hvordan smittepresset varierer mellom ulike områder i fjorden dag for dag og uke for uke. Når det gjelder annen smitterisiko fra oppdrett til villfisk, er det fremdeles for lite data til å gjøre en konkret regionalisert vurdering. Det er relativt god oversikt over patogener i oppdrettsfisk, og noen av disse kan utgjøre en trussel mot villfisk. Men selv for de viktigste patogenene i oppdrett (f.eks. SAV og PRV), er det lite kunnskap om smittespredning til villfisk og konsekvensene av dette. Vi har også 5Risikovurdering norsk fiskeoppdrett – 2012 lite kunnskap om patogenenes generelle økologiske rolle for villfisk. Dette betyr at det så langt er vanskelig og/eller stor usikkerhet i vurderingen av risikoen for negative effekter på ville fiskepopulasjoner ved smitte fra oppdrett. For de patogener der vi har gitt en vurdering, er imidlertid risikoen vurdert som lav. Det er foreslått konkret oppfølging når det gjelder kunnskapshull og behov for overvåking. Sannsynligheten for genetisk påvirkning er mellom ”moderat” og ”høy” i mange elver basert på omfang av rømt laks i elevene som inngår i overvåkingsprogrammet, vurdert ut fra nylig foreslåtte grenseverdier for å varsle risiko. For de 36 elvene som inngikk i høstundersøkelsene og som har data fra to av årene i perioden 2009–2011, kom 13, 8 og 15 elver hhv. i kategoriene ”lav”, ”moderat” og ”høy” sannsynlighet for å bli genetisk påvirket av rømt oppdrettsfisk. Det gjennomsnittlige innslaget av rømt laks for elver i høstundersøkelsene varierte mellom 12 og 16 % i perioden 2006–2011, uten en signifikant endring over tid. En kan således ikke konkludere med at innslaget av rømt fisk verken har økt eller minket signifikant på landsbasis i denne tidsperioden. Omregnet til s.k. årsprosent tilsvarer dette i gjennomsnitt 8 til 11 % rømt laks i de undersøkte elvene. Genetiske analyser på historiske og nåtidige prøver viser at av 20 undersøkte elver kom 2, 14, 1 og 3 i kategoriene; ”Ingen genetiske endringer observert” (grønn), ”svake genetiske endringer indikert” (grønn), ”moderate genetiske endringer er påvist” (gul), og ”store genetiske endringer er påvist” (rød). Sammenhengen mellom den rapporterte andelen rømt laks i disse elvene over en lengre tidsperiode og målt genetisk endring er imidlertid svak, og innebærer at en trenger å verifisere tilstanden i elvene når det gjelder grad av innkrysning av oppdrettslaks og genetisk integritet med genetiske metoder. På grunn av den sterke nedgangen i torskeoppdrett de siste årene, er rømming av torsk et betydelig mindre problem enn for noen år siden. Vi anser ikke rømt oppdrettstorsk å være noen fare for de ville torskebestandene generelt, men enkeltepisoder vil fremdeles kunne være en lokal trussel. En eventuell økning i torskeoppdrett vil måtte følges nøye med tanke på genetisk påvirkning på ville torskebestander. I mangel på gode, fylkesvise data, er vurderingen av regional miljøpåvirkning av akvakultur gjort på grunnlag av undersøkelser av to oppdrettsintensive regioner, Ryfylke og Hardangerfjorden, samt av en beregning av effekten av oppdrett på oksygennivået i de dypere delene av Hardangerfjorden. Resultatene viser at vannkvaliteten i de to undersøkte regionene er god til meget god. Beregningen av oksygenforbruket i Hardangerfjorden indikerer at dagens produksjonsnivå har liten effekt på oksygennivået i fjordbassenget. Sannsynligheten for regional bunnpåvirkning i åpne områder vurderes som liten. Framtidig regional overvåking bør konsentreres om mulige risikoområder. Lokal effekt av næringssalter og organisk materiale kan påvises nær matfiskanlegg. Sannsynligheten for en slik påvirkning vurderes som høyere i indre områder enn på dynamiske kystlokaliteter, men konsekvensene av slike påvirkninger regnes likevel som små, så lenge det er mindre areal som blir berørt. Det må tas forbehold om at det kan finnes særlig sårbare eller verneverdige habitater som koraller, svampsamfunn, ålegress, løsliggende kalkalger og rike skjellforekomster som kan ta permanent skade, og vi har begrenset kunnskap om utbredelsen av slike i områder der det i dag drives matfiskproduksjon. Overvåkingsprogrammene på lokalitetene med B- og C-undersøkelser indikerer imidlertid at bunnforholdene ved og i nærheten av norske matfiskanlegg generelt er tilfredsstillende ut fra gjeldende miljøstandarder. Vi har vurdert legemidler som blir brukt i norsk havbruksnæring, der spesielt noen midler mot lakselus er problematiske. Lavere konsentrasjoner av kitinhemmere kan forekomme i lengre tid i sedimenter og bunnlevende organismer nær anlegget. Vi mangler imidlertid kunnskap om hvilke effekter dette kan ha på organismer rundt oppdrettsanleggene. Det er også gitt en oversikt over bruk av andre fremmedstoffer i oppdrett. Matfiskanlegg med laks og regnbueørret tiltrekker seg annen fisk og kan påvirke vandringsatferd, fangbarhet, utbredelse, fødeopptak og kvalitet hos denne fisken. En del fisk, som sei, kan oppholde seg lenge ved anleggene og spiser spillfôr i perioder, gjerne i kombinasjon med beiting på naturlige byttedyr, som også kan samle seg ved anleggene. En har imidlertid generelt ikke påvist store endringer i kvalitet på villfisk nær oppdrettsanleggene i kontrollerte studier. Det er også spekulert i om oppdrettsanlegg kan påvirke f.eks. gytevandring hos torsk og sild, men studier i felt med merket fisk har så langt ikke påvist slike effekter. En kan ut ifra eksisterende data ikke dra sikre konklusjoner, og man trenger generelt en bedre forståelse av kystøkosystemene for å kunne påvise og kvantifisere slike økologiske effekter av oppdrett, samt bedre kvantifisering av hvilke arter som samler seg rundt anleggene og konsekvensene av dette. Leppefisk brukes i stort omfang som rensefisk for å bekjempe lakselus hos oppdrettet laks og ørret. Brukt på rett måte regnes dette som en miljøvennlig form for lusekontroll. Imidlertid kan fangst, transport/flytting og bruk av leppefisk ha negative effekter på miljøet, bl.a. ved overbeskatning av ulike leppefiskarter og bestander, herunder fiske i gyteperioden samt risiko for smittespreding og genetisk påvirning på lokale stammer. Leppefisk kan potensielt også virke som en smittevektor. I tillegg kommer dyrevelferdsmessige sider ved bruk av leppefisken i laksemerder. En trenger derfor betydelig økt kunnskap om disse risikofaktorene. Dette må bygge på mer grunnleggende kunnskap om de ulike leppefiskartenes og bestandenes biologi og økologi, inklusiv populasjonsstruktur og helse, samt overvåkingsdata, bl.a. for å vurdere fiske og tilstand i de ulike bestandene. Dyrevelferd er et komplekst og omdiskutert begrep – og en mangler omforente operative velferdsindikatorer. En grov indikator på dårlig fiskevelferd i laksemerdene er prosentvis dødelighet per smoltutsett på hver oppdrettslokalitet. Antall, biomasse, dødelighet og andre tap rapporteres månedlig til Fiskeridirektoratet. En analyse av disse dataene for smolt satt i merder i perioden 2005 til 2010 viser at den akkumulerte dødeligheten etter 15 måneder i sjø hadde stor variasjon mellom utsett, år og fylker. Når en regner dette om til en velferdsindikator med 7 ulike nivå fra svært god (< 3 % dødelighet) til svært dårlig velferd (≥ 30 % dødelighet), ligger medianverdien for alle fylkene enten i velferdsnivå ”God velferd” (6–10 % dødelighet) eller ”Middels velferd” (10–15 % dødelighet). Innenfor alle fylkene var det fiskegrupper i alle de definerte velferdsnivåene, men Hordaland og Rogaland peker seg ut som de fylkene med størst andel utsett med ”Meget dårlig velferd” (20–30 % dødelighet) og ”Svært dårlig velferd” (>30 % dødelighet). Nordland og Nord-Trøndelag har best status med en relativt liten andel fiskegrupper i disse to velferdsnivåene, og medianen er i eller nær ”God velferd”. Totalt sett var det relativt stor risiko for at et utsett skulle havne i kategoriene ”dårlig velferd” eller verre, noe som viser at det er et stort forbedringspotensial i merdoppdrett. Det er fortsatt behov for ytterligere å øke overvåking og forskning på de ulike risikofaktorene. Det er bl.a. viktig å få en bedre faglig forankring for terskelnivåer for effektindikatorer som inngår i risikovurderingen, og å sikre bedre nasjonal dekning i vervåkingsprogrammene. Det er også vesentlige kunnskapshull knyttet til bl.a. smittespredning av andre patogener enn lus, miljøeffekter av legemidler, lokale eutrofieringseffekter og organisk belastning på hardbunn. Matfiskoppdrett skjer normalt i åpne merder i tett samspill med kystøkosystemene – og en trenger betydelig økt kunnskap om disse systemene for å kunne vurdere interaksjon med oppdrettsaktiviteten i bred forstand. Som nevnt er det også store behov for å øke kunnskapen rundt fiske, transport og bruk av leppefisk som rensefisk i oppdrettsanlegg. Videreutvikling av operasjonelle velferdsindikatorer kan gi grunnlag for mer presis vurdering av dyrevelferd i oppdrettsanleggene