Opportunities and Challenges to Profile mRNA Modifications in Escherichia coli

mRNA methylation is an important regulator of many physiological processes in eukaryotes but has not been studied in depth in prokaryotes. Working with bacterial mRNA is challenging because it lacks a poly(A)-tail. However, methods for detecting RNA modifications, both sequencing and mass spectrometry, rely on efficient preparation of mRNA. Here, we compared size-dependent separation by electrophoresis and rRNA depletion for enrichment of Escherichia coli mRNA. The purification success was monitored by qRT-PCR and RNA sequencing. Neither method allowed complete removal of rRNA. Nevertheless, we were able to quantitatively analyze several modified nucleosides in the different RNA types. We found evidence for stress dependent RNA modification reprofiling in rRNA, but also several modified nucleosides in the mRNA enriched fractions showed significant changes

Dialoge zwischen Stadt und Landwirtschaft - Raum für neue Landschaften

In zahlreichen Städten der Schweiz gibt es Bewegungen, welche die Themen Essen und Ernährung in den Fokus stellen. Es entstehen Initiativen und Start-Ups, die mit Alternativen zum vorherrschenden System der Lebensmittelversorgung experimentieren. Gleichzeitig gerät die Landwirtschaft immer wieder unter Druck, wenn gesellschaftliche Erwartungen zu Klima-, Umwelt-, und Naturschutz diskutiert werden. Sie sieht sich unter Rechtfertigungszwang. Welche Möglichkeiten gibt es, in einen Dialog zu treten zwischen Stadt und Landwirtschaft? Gerade die Landwirtschaft in der unmittelbaren Umgebung von Städten böte hier Potenzial. Einerseits ist sie stark betroffen von Siedlungsdruck und Menschen, die Erholung in den landwirtschaftlichen Landschaften suchen. Andererseits kann sie als Nahversorgerin aktiv mit regionalen Produkten am Ernährungssystem der Stadt teilzuhaben, und kann eine wichtige Rolle spielen, um (Grün)Flächen und Kulturlandschaft zu erhalten. Wie wirkt diese landwirtschaftliche Landschaft in die Stadtlandschaft hinein? Wie verändert die (Rück)besinnung auf die Wichtigkeit der Ernährung die Landschaft in der Stadt, auch die mentale? Und wie wirkt sich der Wandel in den Städten auf die Land(wirt)schaft in der Umgebung aus? Welche Räume eröffnen sich, um zwischen Stadt und Land(wirtschaft) zu verhandeln? Welche Rolle können die verschiedenen Akteure dabei spielen? Am Beispiel des Kantons Basel-Stadt geben wir hierzu einen Impuls für die Diskussion mit dem Publikum

Datenflussvarianten in Prozessmodellen: Szenarien, Herausforderungen, Ansätze

Die geeignete Unterstützung von Geschäftsprozessen gewinnt durch die Abkehr vom funktionalen betrieblichen Aufbau hin zu prozessorientierten Organisationsstrukturen zunehmend an Bedeutung. Dabei wurde erkannt, dass ein bestimmter Prozesstyp oftmals nicht nur durch ein einziges Prozessmodell beschrieben werden kann, sondern dass abhängig vom Anwendungskontext unterschiedliche Prozessvarianten existieren. Die Gründe, mehrere Prozessvarianten gleichzeitig zu unterstützen und nicht auf einer einzigen Definition zu beharren, sind vielfältig. So müssen z.B. bei internationalen Unternehmen die Prozesse an die Rahmenbedingungen des jeweiligen Landes (z.B. gesetzliche Regularien) oder eine prozessorientierte Software für den jeweiligen Anwendungskontext angepasst werden. Der Umgang Prozessvarianten wurde in verschiedenen Forschungsarbeiten thematisiert, wobei diese mehrheitlich auf die Kontrollflussperspektive fokussieren. Die Datenflussperspektive ist im Zusammenhang mit Prozessvarianten noch wenig beachtet. Aus diesem Grund soll im Folgenden untersucht werden, wie das Management von Prozessvarianten unter dem Gesichtspunkt eines modifizierten Datenflusses gestaltet werden sollte. Es wird analysiert, unter welchen Bedingungen der Datenfluss eine Änderung erfährt und welchen Anforderungen ein Prozessvariantenmodellierungsansatz genügen muss

Screening and HPLC-Based Activity Profiling for New Antiprotozoal Leads from European Plants

Based on a survey of remedies used in Renaissance Europe to treat malaria, we prepared and screened a library of 254 extracts from 61 plants for antiplasmodial activity in vitro. HPLC-based activity profiling was performed for targeted identification of active constituents in extracts. One of the most remarkable results was the identification of onopordopicrin, a germacranolide sesquiterpene lactone isolated from Arctium nemorosum as a potent inhibitor of P. falciparum with an IC50 of 6.9 μM. It was tested similarly against Trypanosoma brucei rhodesiense, the parasite which causes African sleeping sickness. With an IC50 of 0.37 μM, onopordopicrin was one of the most potent natural products reported so far. Cytotoxicity was determined against rat myoblast L6 cells (IC50: 3.06)

A blue light receptor that mediates RNA binding and translational regulation

Sensory photoreceptor proteins underpin light-dependent adaptations in nature and enable the optogenetic control of organismal behavior and physiology. We identified the bacterial light-oxygen-voltage (LOV) photoreceptor PAL that sequence-specifically binds short RNA stem loops with around 20 nM affinity in blue light and weaker than 1 µM in darkness. A crystal structure rationalizes the unusual receptor architecture of PAL with C-terminal LOV photosensor and N-terminal effector units. The light-activated PAL–RNA interaction can be harnessed to regulate gene expression at the RNA level as a function of light in both bacteria and mammalian cells. The present results elucidate a new signal-transduction paradigm in LOV receptors and conjoin RNA biology with optogenetic regulation, thereby paving the way toward hitherto inaccessible optoribogenetic modalities

Flexibilisierung von Arbeitszeiten und Arbeitsformen in Bibliotheken

Die vorliegende, von Studierenden der Fachhochschule für Bibliothekswesen in Frankfurt am Main erstellte Projektarbeit befaßt sich mit Fragen, Aspekten und Möglichkeiten der Flexibilisierung von Arbeitszeiten und Arbeitsformen in Bibliotheken. Im ersten Teil der Arbeit werden die wichtigsten Arbeitsteilzeitmodelle vorgestellt und deren Vorteile für Arbeitgeber und nehmer herausgearbeitet. Anschließend erfolgt eine durch Graphiken und Tabellen veranschaulichte Untersuchung von drei ausgewählte Universitätsbibliotheken (Gießen, Marburg, Mainz) in bezug auf bereits existierende Arbeitszeitflexibilisierung. Ein Ausblick geht der Frage nach, ob die dargestellten Teilzeitmodelle für Bibliotheken notwendig und ausreichend sind. Der zweite Themenkomplex befaßt sich mit der Telearbeit als einer innovativen Arbeitsform in Bibliotheken. Ausgehend von einer Begriffsbestimung werden verschiedene Formen der Telearbeit sowie deren Vor und Nachteile geschildert. Es wird erläutert, welche Bedingungen an den Telearbeiter und seinen Arbeitsplatz geknüpft sind, welche rechtlichen Voraussetzungen erfüllt werden müssen, welche finanziellen Aspekte eine Rolle spielen und welche Anwendungsmöglichkeiten für Telearbeit in Bibliotheken bestehen. An drei konkreten Beispielen wird dann geschildert, wie Telearbeit in Bibliotheken bereits verwirklicht wurde. Abschließend wird der Frage nachgegangen, welche Perspektiven der Einsatz von Telearbeit in Bibliotheken hat. Der dritte Abschnitt der Ausarbeitung stellt das bibliothekarische Call Center als neue Form einer benutzerorientierten Einrichtung vor. Zielsetzungen und Dienstleistungsformen des Call Centers werden ebenso abgehandelt wie Aspekte der Planung, Einrichtung und Arbeitsplatzergonomie sowie des Einsatzes von Telearbeit. Anhand des Beispiels der Zentral und Landesbibliothek Berlin wird schließlich dokumentiert, wie sich ein bibliothekarisches Call Center in der Praxis bereits bewährt hat

Comprehensive comparison between azacytidine and decitabine treatment in an acute myeloid leukemia cell line

Azacytidine (AzaC) and decitabine (AzadC) are cytosine analogs that covalently trap DNA methyltransferases, which place the important epigenetic mark 5-methyl-2’-deoxycytidine by methylating 2’-deoxycytidine (dC) at the C5 position. AzaC and AzadC are used in the clinic as antimetabolites to treat myelodysplastic syndrome and acute myeloid leukemia and are explored against other types of cancer. Although their principal mechanism of action is known, the downstream effects of AzaC and AzadC treatment are not well understood and the cellular prerequisites that determine sensitivity toward AzaC and AzadC remain elusive. Here, we investigated the effects and phenotype of AzaC and AzadC exposure on the acute myeloid leukemia cell line MOLM-13. We found that while AzaC and AzadC share many effects on the cellular level, including decreased global DNA methylation, increased formation of DNA double-strand breaks, transcriptional downregulation of important oncogenes and similar changes on the proteome level, AzaC failed in contrast to AzadC to induce apoptosis efficiently in MOLM-13. The only cellular marker that correlated with this clear phenotypical outcome was the level of hydroxy-methyl-dC, an additional epigenetic mark that is placed by TET enzymes and repressed in cancer cells. Whereas AzadC increased hmdC substantially in MOLM-13, AzaC treatment did not result in any increase at all. This suggests that hmdC levels in cancer cells should be monitored as a response toward AzaC and AzadC and considered as a biomarker to judge whether AzaC or AzadC treatment leads to cell death in leukemic cells

Amundsen Sea Mollusca from the BIOPEARL II expedition

Information regarding the molluscs in this dataset is based on the epibenthic sledge (EBS) samples collected during the cruise BIOPEARL II / JR179 RRS James Clark Ross in the austral summer 2008. A total of 35 epibenthic sledge deployments have been performed at five locations in the Amundsen Sea at Pine Island Bay (PIB) and the Amundsen Sea Embayment (ASE) at depths ranging from 476 to 3501m. This presents a unique and important collection for the Antarctic benthic biodiversity assessment as the Amundsen Sea remains one of the least known regions in Antarctica. Indeed the work presented in this dataset is based on the first benthic samples collected with an EBS in the Amundsen Sea. However we assume that the data represented are an underestimation of the real fauna present in the Amundsen Sea. In total 9261 specimens belonging to 6 classes 55 families and 97 morphospecies were collected. The species richness per station varied between 6 and 43. Gastropoda were most species rich 50 species followed by Bivalvia (37), Aplacophora (5), Scaphopoda (3) and one from each of Polyplacophora and Monoplacophora

Alterations of peripheral blood T cell subsets following donor lymphocyte infusion in patients after allogeneic stem cell transplantation

Donor lymphocyte infusion (DLI) after allogeneic stem cell transplantation (alloSCT) is an established method to enhance the Graft-versus-Leukemia (GvL) effect. However, alterations of cellular subsets in the peripheral blood of DLI recipients have not been studied. We investigated the changes in lymphocyte subpopulations in 16 patients receiving DLI after successful alloSCT. Up to three DLIs were applied in escalating doses, prophylactically for relapse prevention in high-risk disease (n = 5), preemptively for mixed chimerism and/or a molecular relapse/persistence (n = 8), or as part of treatment for hematological relapse (n = 3). We used immunophenotyping to measure the absolute numbers of CD4+, CD8+, NK, and CD56+ T cells and their respective subsets in patients’ peripheral blood one day before DLI (d-1) and compared the results at day + 1 and + 7 post DLI to the values before DLI. After the administration of 1 × 106 CD3+ cells/kg body weight, we observed an overall increase in the CD8+ and CD56+ T cell counts. We determined significant changes between day − 1 compared to day + 1 and day + 7 in memory and activated CD8+ subsets and CD56+ T cells. Applying a higher dose of DLI (5 × 106 CD3+ cells/kg) led to a significant increase in the overall counts and subsets of CD8+, CD4+, and NK cells. In conclusion, serial immune phenotyping in the peripheral blood of DLI recipients revealed significant changes in immune effector cells, in particular for various CD8+ T cell subtypes, indicating proliferation and differentiation

In Vitro and In Vivo Antimalarial Activity Assays of Seeds from Balanites aegyptiaca: Compounds of the Extract Show Growth Inhibition and Activity against Plasmodial Aminopeptidase

Balanites aegyptiaca (Balanitaceae) is a widely grown desert plant with multiuse potential. In the present paper, a crude extract from B. aegyptiaca seeds equivalent to a ratio of 1 : 2000 seeds to the extract was screened for antiplasmodial activity. The determined IC50 value for the chloroquine-susceptible Plasmodium falciparum NF54 strain was 68.26 μg/μL ± 3.5. Analysis of the extract by gas chromatography-mass spectrometry detected 6-phenyl-2(H)-1,2,4-triazin-5-one oxime, an inhibitor of the parasitic M18 Aspartyl Aminopeptidase as one of the compounds which is responsible for the in vitro antiplasmodial activity. The crude plant extract had a Ki of 2.35 μg/μL and showed a dose-dependent response. After depletion of the compound, a significantly lower inhibition was determined with a Ki of 4.8 μg/μL. Moreover, two phenolic compounds, that is, 2,6-di-tert-butyl-phenol and 2,4-di-tert-butyl-phenol, with determined IC50 values of 50.29 μM ± 3 and 47.82 μM ± 2.5, respectively, were detected. These compounds may contribute to the in vitro antimalarial activity due to their antioxidative properties. In an in vivo experiment, treatment of BALB/c mice with the aqueous Balanite extract did not lead to eradication of the parasites, although a reduced parasitemia at day 12 p.i. was observed